成都生物所发现一种单核苷酸多态性新型检测方法
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上,由于单个核苷酸的转换、颠换、插入或缺失等引起DNA序列的多态性,它与许多疾病直接相关。因此,快速、准确、廉价的SNP检测技术的开发,对药物研究、个体化医疗、临床试验和分子诊断等至关重要,而目前大多数的SNP检测方法均需要复杂的探针标记,并依靠高成本的检测设备。中国科学院成都生物研究所唐卓研究员课题组,以有机化学、核酸化学及化学生物学为研究方向,一直致力于基于核酶开发核酸检测生物传感器的研究,最近报道了一种新型的基于DNAzyme和Gap-LCR的SNP检测技术。 唐卓课题组向Gap-LCR探针中引入了一条短的功能DNA序列(DNAzyme),进而避免了对探针的化学修饰;然后利用两种核酸外切酶依次降解体系中没有发生连接反应的磷酸化探针和释放Gap-LCR扩增产物中的DNAzyme序列;最后利用DNAzyme与卟啉铁(hemin)或者卟啉铁类似物的结合物具有类似于过氧化物酶活性的......阅读全文
DNA核苷酸序列冈崎片段的介绍
冈崎片段是相对较短的DNA核苷酸序列(真核生物中大约有150到200个碱基对长),它们的合成是不连续的,并随后通过DNA连接酶连接在一起,形成DNA复制过程中的滞后链。冈崎片段是20世纪60年代两位日本分子生物学家、名古屋大学的一对校友夫妇冈崎令治和冈崎恒子共同发现的。
寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验
实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌 试剂、试剂盒 ATP
寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验
本文介绍了由 Zoller 和 Smith 的双引物技术(1984,1987) 结合 Kunkel 的诱变体产量富集方法(1985) 构成的经典方案。本方案中使用的单链 DNA 模板含有较高的尿嘧啶残基,因为它们是从生长于 dut 和 ung 基因突变大肠菌中的 M13 噬菌体中制备的(见方案 1)
寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验
实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌试剂、试剂盒 ATPPE1缓冲液PE2 缓冲液噬菌体 T4 DNA 连接酶噬菌体 T4 多核苷酸激酶大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKlenow 片段M13 噬菌体通用测序引物含 4 种 dNTP 的 dNTP 溶液诱变的 M
核苷酸序列的概念
核苷酸序列,就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A,T,G,C的排列顺序,或者mRNA中A,U,G,C的排列顺序,也包括rRNA,tRNA中碱基的排列顺序。
核苷酸序列的结构
核苷酸序列,就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A,T,G,C的排列顺序,或者mRNA中A,U,G,C的排列顺序,也包括rRNA,tRNA中碱基的排列顺序。
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”,提出采用调频Z变换的分析方法,定义了相应的表达式,同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比,该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”,提出采用调频Z变换的分析方法,定义了相应的表达式,同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比,该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
DNA微序列技术
· Protocols for Making Drosophila Arrays (Stanford U.)Detailed protocol for making arrays including PCR Amplification of cDNAs for Printing,
DNA-序列分析技术
实验方法原理 本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDeoy TM Terminator
DNA-序列分析技术
DNA序列分析技术可用于:(1)分析物种的遗传多样性;(2)鉴定新的物种;(3)用于比较基因组学。实验方法原理本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDe
DNA序列测定技术
DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干
DNA-序列分析技术
试剂、试剂盒 琼脂糖TE 水饱和酚无水乙醇70%乙醇TEMED测序酶溴化乙锭仪器、耗材 电泳仪离心管离心机冰浴箱恒温板DNA 测序仪
DNA序列测定技术
DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略 目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的
核苷酸序列的基本概念
由A、T、C、G四种字符组成的核苷酸序列本质上是生物分子的一种符号表示。在计算生物学中,常采用离散傅立叶变换进行频谱分析。
核苷酸序列的分析方法介绍
核苷酸序列,就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A,T,G,C的排列顺序,或者mRNA中A,U,G,C的排列顺序,也包括rRNA,tRNA中碱基的排列顺序。 根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”,提出采用调频Z变换的分析方法,定义了相应的表达式,同
DNA重组(DNA-recombination)技术:DNA序列测定1
㈣ DNA聚合酶 如前所述,选用合适的DNA聚合酶进行测序反应也是保证测序质量的重要因素之一。常用于双脱氧末端终止法测序的有几种不同的酶: 1.大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ大片段(Klenow片段) 此酶是最早用于建立Sanger测序的酶。但通常会有两个问题:①Klenow片段的持续合成能力较
DNA重组(DNA-recombination)技术:DNA序列测定2
目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法(双脱氧链终止法)和Maxam(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都同样生成相互独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组核苷酸都有共同的起点,却随机终止于一种(或多种)特定的残基,形成一系列以某一特定核苷酸
DNA重组(DNA-recombination)技术:DNA序列测定3
2.利用末端转移酶和α-32P-ddNTP标记DNA的3ˊ-末端 在二价阳离子存在下,末端转移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羟基末端,如果作为底物的核苷酸经过修饰(如ddNTP),则可以在DNA的3ˊ-OH上仅加入一个核苷酸。对于双链DNA片段,亦存在DNA的两侧均被标记问题,可通过上述同
DNA序列家族的概念
中文名称DNA序列家族英文名称DNA sequence family;sequence family定 义DNA分子变性后可复性形成稳定的碱基配对双链分子的一组序列。序列之间有很高的同源性。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
DNA序列分析技术2
3)电泳电极缓冲液 1 倍TBE(pH 值8.0)预电泳 30 分钟至1 小时恒温方式 测序胶板上夹盖铝恒温板电泳温度 50℃左右电泳条件 恒功率 90~110W电泳时间 2.5 小时至5 小时4)干胶制备和压片电泳结束后取下胶板,用工具撬开玻璃板,使胶留在其中一块板上。将裁剪好的新华3 号滤纸在胶
重复[DNA]序列的概念
中文名称重复[DNA]序列英文名称repetitive [DNA] sequence定 义DNA分子中重复出现的核苷酸序列。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
端粒DNA-序列的概念
端粒DNA 序列(telomere DNA sequence,TEL)端粒的功能是与端粒酶结合,完成染色体末端复制。端粒酶以其自身的RNA 为模板,在染色体端部添加上端粒的重复序列。作为模板的RNA 比较短,含有1.5 个端粒重复单元。端粒结构还能防止染色体融合及降解。端粒是保护DNA分子中的基因的
DNA序列分析技术1
物种的遗传多样性在本质上是DNA 一级序列的多样性。近年来,随着DNA 测序技术的迅速发展和日益普及,DNA 测序在遗传多样性的研究中正在起着越来越大的作用。本章将介绍目前在遗传多样性研究中常用的一种手动和一种全自动双链DNA 测序方法。1.DNA 模板的制备在遗传多样性的研究中,由于样本量一般都较
DNA自动序列测定试验
[实验原理]DNA 测序(DNA sequencing)是对DNA 分子的一级结构的分析。其基本原理是DNA 的复制反应体系中需要存在DNA 聚合酶、DNA 模板、寡核苷酸引物和dNTP,引物和模板退火形成双链后,DNA 聚合酶在引物的引导下在模板链上沿3’→5’的方向移动,dNTP 按照碱
DNA-下游序列的结构特点
中文名称下游序列英文名称downstream sequence定 义DNA或RNA分子中,相对于某一序列的3′方向的序列。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),总论(二级学科)
细胞化学基础端粒DNA序列
端粒DNA 序列(telomere DNA sequence,TEL)端粒的功能是与端粒酶结合,完成染色体末端复制。端粒酶以其自身的RNA 为模板,在染色体端部添加上端粒的重复序列。作为模板的RNA 比较短,含有1.5 个端粒重复单元。端粒结构还能防止染色体融合及降解。端粒是保护DNA分子中的基因的
DNA-前导序列的结构特点
前导序列是结构基因中编码区之前的一段序列,这部分序列能被转录,但不被翻译,在mRNA是从5′端起至结构基因第一编码子开始点(通常 AUG)为止,在蛋白质合成过程中不被翻译。
着丝粒DNA序列的概念
中文名称着丝粒DNA序列英文名称centromere DNA sequence定 义真核细胞染色体着丝粒部位可与动粒结合的DNA序列。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞化学(二级学科)
DNA保守序列的结构特点
保守序列(Conserved Sequence):指在进化过程中基本保持不变的 DNA 分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段。