7月5日Science杂志精选
封面故事：埃平森林的农田鸟瞰图景 英国全国范围的研究揭示了得到土地终极价值的策略 一项新的研究强调，通过考虑土地的多种用途——并不只是那些像农业生产这种会产生眼前利益的用途——我们赖以生存的土地最终会产出更多的价值。组成我们多种生态系统景观的树木、土壤、平原和水路会产生让社会受益的范围广泛的服务，其中包括温室气体的封存、防洪、开放式获取的娱乐以及野生物种的多元性。然而，有关如何使用土地的决定常常忽略了这些服务，而只是专注于市场价值，像如何让农业产出最大化等等。确实，在英国，农业占了近75%的土地使用。 Ian J. Bateman及其同事应用英国的国家生态系统评估(NEA)——这是一个对区域生态系统进行的深入的长达数十年的评估——的详细资料证明了专注于比市场更广泛的目标会如何改善土地对社会的价值。应用高分辨率NEA数据，研究人员设计了土地使用决策的驱动因子与后果的模型。Bateman及其同事用这些模型来预测......阅读全文
PNAS：儿童营养不良，甲基化随之改变
根据联合国儿童基金会的统计，每四名5岁以下儿童中，就有一名患有慢性营养不良。营养不良会导致持续的健康问题，包括发育迟缓、疫苗失效和认知障碍。最新的一项研究还表明，营养不良的儿童在基因组甲基化方面表现出整体的变化。 弗吉尼亚大学领导的一个国际研究小组对居住在孟加拉国达卡贫民区的儿童的甲基化模式进
RNA甲基化整体水平鉴定的方法汇总
RNA甲基化（RNA methylation）是一类表观遗传修饰，在已经发现的超过100种不同的RNA化学修饰中，主要有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）、5-甲基胞嘧啶（C5-methylcytidine, m5C）和1-甲基腺嘌呤（N1-methylad
DNA甲基化酶的作用和种类
DNA甲基化酶分为2类，即维持DNA甲基化转移酶（Dnmtl或维持甲基化酶）和从头甲基化酶。根据序列的同源性和功能，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：Dnmtl/METl、Dnmt2、CMTs和Dn-mt3。DnmtliiMETl类酶参与CG序列甲基化的维持。CMTs类酶仅发现在植物中，主要特征
甲基化msap方法的引物需要筛选吗
甲基化msap方法的引物需要筛选DNA甲基化是一种表观遗传修饰,它是由DNA甲基转移酶（DNA methyl-transferase,Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体,将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶（mC）的一种反应,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是唯一存在的化学性修饰碱基.CG二核苷酸
我科学家改写DNA甲基化经典
近日，吉林大学人兽共患病研究所和华大基因研究院通过合作，首次在旋毛虫基因组中发现了甲基转移酶，并证实了DNA甲基化的存在，改写了长期以来认为线虫中没有该种表观遗传修饰的历史。相关成果发表于《基因组生物学》。业内专家认为，该研究为以DNA甲基化为靶标的抗旋毛虫及类似病原药物与预防制剂
DNA甲基化与拟南芥的免疫力
DNA甲基化有助于拟南芥的免疫力，它动态调控了某些基因的表达，让植物能够抵御细菌感染。近日，一篇在线发表于《PNAS》上的文章阐述了以上研究成果。 美国加州索尔克生物学研究所(Salk Institute for Biological Studies)的研究人员利用MethylC测序鉴
无需参考的甲基化分析新方法
分析DNA甲基化的高通量方法大多依赖参考基因组，而许多物种不一定有。最近，奥地利的研究人员就开发出一种方法，在没有参考基因组的情况下分析DNA甲基化。这项成果于本周发表在《Cell Reports》上。 文章的第一作者是奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Johanna Klughammer
科学研究揭示DNA甲基化的秘密
甲基化指 DNA 的化学修饰，这种修饰发生在 DNA 序列的数百万个位置上。直到现在，科学家们相信这种表观遗传学的现象减少了一些基因的表达。 近日，来自UNIGE大学的研究团队们，发现 DNA 甲基化在基因调节中扮演着积极和消极的角色。 DNA 序列的变异性与基因表达之间的关系也
DNA甲基化：在衰老细胞中的作用
近日，科学家们在45万个基因组位点中发现了8%的与衰老有关的DNA甲基化的改变。这项研究成果题为“Age-related variations in the methylome associated with gene expression in human monocytes and T c
在基因组范围定位DNA甲基化
DNA甲基化在哺乳动物基因表达中扮演了重要角色。尽管通过线粒体遗传且随时间稳定，但是细胞分化、疾病或环境影响都会改变DNA甲基化的模式。近年来，科学家们开发出多种新方法，试图在基因组范围定位DNA甲基化。 尽管从理论上来说，全基因组亚硫酸氢盐测序能让研究人员全面观察甲基化组，但它还是面临技
甲基化的基因组直接测序法
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解
关于甲基化检测的基本信息介绍
甲基化检测：DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前
DNA“甲基化指纹”鉴定出91种肿瘤
英国《自然》杂志近日在线发表了一项癌症研究成果，欧洲科学家研发了一种全新机器学习程序，通过DNA甲基化数据——“甲基化指纹”技术可以改善脑肿瘤的诊断。 正确诊断肿瘤，对于癌症的治疗至关重要。但是，在已知的约100种肿瘤中，中枢神经系统肿瘤尤其难以准确鉴定出来。 为了解决这个问题，德
RNA甲基化位点分析新方法
继上次QB期刊给大家推荐了WendyV. Gilbert教授的《关于pre-mRNA存在的修饰形式及其对剪接的影响》综述后，小编看到读者们的热情度特别高。借此机会，再给大家推荐一篇来自德克萨斯大学西南医学中心，QBRC、BICF中心主任谢阳教授实验室在QB期刊上发表的最新关于分析MeRIP-Se
甲基化引物和普通有什么区别
ABI将以免费的方式将一套新开发的软件 Methyl Primer Express这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中，许多研究人员认为最麻烦也是最花时
DNA甲基化酶的主要类型介绍
DNA甲基化酶分为2类，即维持DNA甲基化转移酶（Dnmtl或维持甲基化酶）和从头甲基化酶。根据序列的同源性和功能，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：Dnmtl/METl、Dnmt2、CMTs和Dn-mt3。DnmtliiMETl类酶参与CG序列甲基化的维持。CMTs类酶仅发现在植物中，主要特征
DNA甲基化与癌症之NGS检测篇
摘要 DNA甲基化是哺乳动物中研究最为深入的表观遗传修饰之一。正常细胞中，DNA 甲基化有效的调控基因表达水平。某些抑癌基因的失活是由于启动子区域的高甲基化，大量实验研究表明，在多种类型癌症中，DNA甲基化导致了大范围的基因沉默。除了启动子区域和DNA重复序列中的甲基化水平改变外，甲基化还与非
关于DNA甲基化的酶分类的介绍
基因组中DNA的甲基化模式是通过DNA甲基转移酶实现的。DNA甲基化酶分为2类，即维持DNA甲基化转移酶（Dnmtl或维持甲基化酶）和从头甲基化酶。根据序列的同源性和功能，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：Dnmtl/METl、Dnmt2、CMTs和Dn-mt3。DnmtliiMETl类酶参
甲基化——肿瘤检测治疗的又一靶标？
前言在测序和相关技术不断进步的今天，研究人员不仅能够获得DNA、RNA的碱基序列，更能够获得碱基修饰的复杂信息。目前已经证明DNA甲基化能够导至的肿瘤产生，而Ribomed、基准医疗和鹍远基因等公司作为该领域的先行者，已经开发出相关产品。RNA作为中心法则的下游分子，也有多种多样的修饰，特别是m6A
DNA甲基化研究方法的回顾与评价
摘要： DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。这些方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲
DNA甲基化酶的主要类型介绍
基因组中DNA的甲基化模式是通过DNA甲基转移酶实现的。DNA甲基化酶分为2类，即维持DNA甲基化转移酶（Dnmtl或维持甲基化酶）和从头甲基化酶。根据序列的同源性和功能，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：Dnmtl/METl、Dnmt2、CMTs和Dn-mt3。DnmtliiMETl类酶参与C
DNA甲基化：诊断癌症的强大工具
最近，来自香港中文大学的研究人员，通过分析血浆DNA中的甲基化序列，能够检测到癌症患者的肝肿瘤和淋巴瘤，以及孕妇胎盘中的遗传异常。他们使用已知的组织甲基化图谱，能够识别循环DNA的组织起源，从而使其成为一种强大的工具，用于筛选、癌症检测和治疗监测。这项研究是由几个机构的研究人员合作，由香港中文大
Nature：基于DNA甲基化的早期癌症检测
加拿大玛格丽特公主癌症中心和多伦多大学的研究人员近日开发出一种新方法，能够通过甲基化DNA实现癌症的早期检测。尽管这些结果还有待更多独立样本的验证，但他们认为这有望催生非侵入性的新型癌症筛查检测。 研究人员在上周的《Nature》杂志上介绍了一种基于免疫沉淀的实验方案，能够分析少量循环游离DN
关于甲基化特异性的PCR介绍
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。
DNA甲基化酶的基本信息
大多数限制性内切酶常常伴随有1~2种修饰酶，即DNA甲基化酶，它能保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏。限制修饰系统（R-M系统）Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中的甲基化酶可使细菌DNA分子中的胞嘧啶和腺嘌呤发生甲基化，形成5‘-甲基胞嘧啶和6‘-甲基腺嘌呤.在DNA重组实验中，常用的甲基化酶属于Ⅱ型，它与相应的
DNA甲基化酶的基本信息
大多数限制性内切酶常常伴随有1~2种修饰酶，即DNA甲基化酶，它能保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏。限制修饰系统（R-M系统）Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中的甲基化酶可使细菌DNA分子中的胞嘧啶和腺嘌呤发生甲基化，形成5‘-甲基胞嘧啶和6‘-甲基腺嘌呤.在DNA重组实验中，常用的甲基化酶属于Ⅱ型，它与相应的
保持甲基化酶的基本信息
中文名称保持甲基化酶英文名称maintenance methylase定 义编号：EC 2.1.1.37。催化半甲基化的DNA双链分子内与MeCpG配对的GpC序列中的胞嘧啶甲基化，从而使甲基化在DNA复制中得以连续保持的酶。Ⅰ型、Ⅱ型DNA甲基化酶均能以半甲基化DNA为底物，而Ⅲ型DNA甲基化酶
DNA“甲基化指纹”鉴定出91种肿瘤
英国《自然》杂志近日在线发表了一项癌症研究成果，欧洲科学家研发了一种全新机器学习程序，通过DNA甲基化数据——“甲基化指纹”技术可以改善脑肿瘤的诊断。正确诊断肿瘤，对于癌症的治疗至关重要。但是，在已知的约100种肿瘤中，中枢神经系统肿瘤尤其难以准确鉴定出来。为了解决这个问题，德国癌症研究中心科学
RNA甲基化酶的基本信息
中文名称RNA甲基化酶英文名称RNA methylase定 义编号：EC 2.1.1.-。催化RNA中碱基甲基化反应的酶。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），酶（二级学科）
Dam甲基化酶的基本信息
中文名称Dam甲基化酶英文名称Dam methylase定 义由大肠杆菌染色体编码的两种甲基化酶之一，是dam基因的产物。将其识别序列GATC中的腺嘌呤转变成6-甲基腺嘌呤。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），酶（二级学科）