介绍一下ImmuneCellAtlas数据集的构建过程

构建 Immune Cell Atlas 数据集通常涉及以下主要步骤: 1. 样本采集:从不同个体、组织和疾病状态中收集免疫细胞样本。这可能包括健康人的外周血、淋巴组织,以及患有免疫相关疾病患者的病变组织等。 2. 单细胞分离:使用特定的技术,如流式细胞术或微流控技术,将单个免疫细胞从组织或细胞混合物中分离出来,以确保每个细胞的独立性。 3. 文库制备:对分离出的单细胞进行 RNA 提取,并通过反转录将 RNA 转化为 cDNA。然后,添加特定的接头和引物,构建测序文库。 4. 单细胞测序:采用高通量测序技术,如单细胞 RNA 测序(scRNA-seq),对每个细胞的基因表达进行测序。 5. 数据质量控制:对测序得到的原始数据进行质量评估,去除低质量的读段、检测和纠正错误,以确保数据的准确性和可靠性。 &nbs......阅读全文

单细胞测序技术在-Immune-Cell-Atlas-数据集中的作用是什么?

单细胞测序技术在 Immune Cell Atlas 数据集中起到了关键作用,包括以下几个方面:  1. 揭示细胞异质性:能够检测到单个免疫细胞之间基因表达的细微差异,从而发现不同的免疫细胞亚型和细胞状态,这对于全面了解免疫系统的复杂性至关重要。  2. 精准定义细胞类型:通过分析单个细胞的基因表达

单细胞测序基准数据的特点

单细胞测序基准数据集是用于评估和比较不同单细胞测序数据分析方法和工具的标准化数据集。这些数据集通常具有以下特点:高质量和准确性:经过严格的质量控制和验证,以确保数据的可靠性。多样性:涵盖不同的细胞类型、组织、物种和实验条件,以全面测试分析方法的通用性。详细的注释:包括细胞类型、状态、疾病信息等,以便

免疫学领域中常用的单细胞测序基准数据集有哪些?

在免疫学领域,一些常用的单细胞测序基准数据集包括:Immune Cell Atlas (免疫细胞图谱):涵盖了多种免疫细胞类型和组织来源的数据。COVID-19 相关的免疫细胞单细胞测序数据集:用于研究免疫系统对新冠病毒感染的反应。特定疾病(如自身免疫性疾病、癌症等)中免疫细胞的单细胞测序数据集,例

TACI-and-BCMA-stimulation-of-B-cell-immune-responses.

TACI and BCMA signal transduction pathway that enhances cell survival APRIL and BAFF (also called TALL-I and BLyS) are TNF family members that act as

单细胞测序基准数据集的概念

单细胞测序基准数据集是一组经过精心挑选和整理、具有高质量和代表性的单细胞测序数据集合。这些基准数据集通常具有以下特点和作用:特点:高质量:数据经过严格的质量控制和处理,具有低噪声、高准确性和完整性。多样性:涵盖多种细胞类型、组织、疾病状态、实验条件等,以全面反映单细胞测序的各种情况。详细标注:对细胞

全国水库数据集、湖泊型流域自然人文综合数据集发布

近期,在国家重点研发计划、中科院战略性先导科技专项等资助下,中国科学院南京地理与湖泊研究所研究员宋春桥课题组联合美国堪萨斯州立大学、加州大学洛杉矶分校等,利用地理空间大数据技术,整理汇编现有众源资料,采用空间分析和数理统计等方法,编目全国精细化水库数据集(CRD: China Reservoir D

有哪些常用的基准单细胞测序数据集?

以下是一些常用的基准单细胞测序数据集:Human Cell Atlas(HCA):这是一个大规模的项目,旨在绘制人体所有细胞类型的图谱,包含了来自多个组织和器官的单细胞测序数据。10x Genomics 提供的一些公开数据集,例如 PBMC(外周血单核细胞)数据集。Mouse Cell Atlas:

共享激光雷达数据集

3D 激光雷达数据可公开共享给众多用户和同事。共享激光雷达数据的两个主要方法是通过 Web 共享或通过文件系统共享。通过文件系统共享任何文件都可通过文件系统或 ArcCatalog 进行共享。只需记住,移动文件会使引用的数据源的链接断开。例如,复制、重命名或删除 LAS 数据集或汇总数据会导致 LA

癌症学研究公布最新数据集

  据英国《自然》杂志10月17日在线发表的一项癌症研究,美国俄勒冈健康与科学大学公布了一个数据集,揭示了此前未发现的、急性髓性白血病(AML)患者的特定突变与药物敏感性之间的关联。这些发现将增进对急性髓性白血病的生物学和临床方面的理解。  急性髓性白血病是一种非常多样化的疾病,目前已在患者中观察到

通过IRENA的Global-Atlas免费获取全球太阳能资源数据

  3TIER与国际可再生能源署(IRENA)日前合作提供风能和太阳能数据集,其比任何其他公开可用的数据源分辨率高出三至三十倍。   可再生能源评估和预测专家3TIER日前向国际可再生能源署提供信息,该机构将在其Global Renewable Energy Atlas网站上公布该信息。  

提供一些单细胞测序基准数据集的资源链接

以下是一些可以获取单细胞测序基准数据集的资源链接:The Human Cell Atlas (HCA):https://www.humancellatlas.org/10x Genomics:https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/ ,这里提供了

“新冠肺炎单细胞研究中国联盟”揭示新冠肺炎免疫学特征

  新型冠状病毒肺炎(COVID-19)爆发以来,全球感染人数已超过一亿人,死亡病例已超过两百万人,给全球社会经济带来了极大灾难。认识和理解新冠肺炎发病机理对于诊疗与防控具有重要意义。单细胞转录组测序技术在生命科学各个领域的广泛应用催生了许多重要的生物学发现,然而,该技术在新冠肺炎研究中的应用因其成

将激光雷达用作-terrain-数据集

terrain 数据集是一种将地理数据库要素类用作数据源的基于 TIN 的数据集。不规则三角网 (TIN) 是以多个三角形相连的网络进行表面建模(例如高程)的数据结构。要将激光雷达(LAS 文件)添加到 terrain 数据集,则需要将其导入地理数据库要素数据集中的多点要素类。terrain 数据集

单细胞测序基准数据集如何选择?

选择单细胞测序基准数据集时,可以考虑以下几个关键因素: 1. 研究目的和问题    - 明确您的具体研究目标,例如是关注特定细胞类型的分类、细胞发育轨迹分析还是差异表达基因检测等,选择与研究问题相关的数据集。 2. 细胞类型和组织    - 确保数据集包含您感兴趣的细胞类型和组织来源。如果您

LAMOST-DR6数据集正式发布

  2018年6月,在中国科学院国家天文台LAMOST运行和发展中心及相关单位的共同努力下,LAMOST第六年光谱观测任务圆满结束。经过9个月的数据处理及质量分析,2019年3月27日,包含先导巡天及前六年正式巡天的LAMOST DR6数据集正式对国内天文学家和国际合作者发布。  2017年6月,L

将激光雷达用作-LAS-数据集

LAS 数据集提供一种快速访问大量的 激光雷达和表面数据而无需进行数据转换和导入的方法。这样可以轻松地处理覆盖整个管理区域的数千个 LAS 文件,或者可能只是关于特定研究区域的几个 LAS 文件。LAS 数据集允许您快捷地检查 LAS 文件,并在 LAS 文件中提供了激光雷达数据的详细统计数据和区域

大气所发布CERN紫外辐射数据集

  科学数据如果孤立存在就毫无用途,因此,中国科学院大气物理研究所主办的国际期刊《大气科学进展》(Advances in Atmospheric Sciences, AAS)正积极推动与协助充分发挥数据集应用的作用,于5月15日预出版发布了第一篇数据描述文章。该文描述了两个关于中国紫外辐射的数据集。

237个科学数据集揭开人口与健康大数据“面纱”

   2017年1月4日,国家人口与健康科学数据共享平台科技资源发布会暨2016健康医疗大数据创新应用与发展峰会在京举行,本次会议主题为“医学科学数据共享,推进健康中国建设”。王陇德院士、陈可冀院士、刘德培院士、曹雪涛院士、金力院士等40余名权威专家以及国家科技部和卫生计生委有关领导出席发布会,会议

“新冠肺炎单细胞研究中国联盟”揭示新冠肺炎免疫学特征

  “新冠肺炎单细胞研究中国联盟”揭示新冠肺炎免疫学特征  新型冠状病毒肺炎(COVID-19)爆发以来,全球感染人数已超过一亿人,死亡病例已超过两百万人,给全球社会经济带来了极大灾难。认识和理解新冠肺炎发病机理对于诊疗与防控具有重要意义。单细胞转录组测序技术在生命科学各个领域的广泛应用催生了许多重

单细胞测序基准数据集有哪些特点?

单细胞测序基准数据集通常具有以下特点:高质量和准确性:数据经过严格的质量控制和处理,具有较低的噪声和错误率,以确保分析结果的可靠性。多样性:涵盖多种细胞类型、组织来源和实验条件,能够全面评估分析方法在不同情况下的性能。标注详细:包括已知的细胞类型、标记基因、细胞状态等信息,为评估分析结果的准确性提供

最大活跃DNA转座子数据集构建

DNA转座子也称跳跃基因,可被用作基因工程工具。记者6月24日获悉,中国科学院动物研究所研究员张勇和王皓毅研究组开展了迄今为止最大规模DNA转座子活性筛选,构建了目前最大活跃DNA转座子数据集,极大扩展了基于DNA转座子的基因工程工具箱。相关研究成果日前在线发表于《细胞》杂志。DNA转座子约占人类基

最大活跃DNA转座子数据集构建

科技日报讯 (记者陆成宽)DNA转座子也称跳跃基因,可被用作基因工程工具。记者6月24日获悉,中国科学院动物研究所研究员张勇和王皓毅研究组开展了迄今为止最大规模DNA转座子活性筛选,构建了目前最大活跃DNA转座子数据集,极大扩展了基于DNA转座子的基因工程工具箱。相关研究成果日前在线发表于《细胞》杂

多模态同步语言神经影像数据集发布

  大脑在加工语言时,需要实时调动多个脑区的神经元进行协同工作。构建高时空分辨率的神经影像数据可以帮助我们更好地了解各个脑区以及脑区之间的协同合作,对于探索大脑的语言加工机制至关重要。当前已有的开源数据主要针对英文采集,只包括单一模态的神经影像数据,如高空间分辨率的功能核磁共振(fMRI)或高时间分

单细胞测序基准数据集的选择标准

选择单细胞测序基准数据集的标准通常包括以下几个方面:  1. 数据质量和可靠性    - 低噪声、低错误率,经过严格的质量控制步骤,例如对低质量细胞的有效过滤。  2. 代表性    - 涵盖广泛的细胞类型、组织和生理/病理状态,能够代表常见的研究场景和问题。  3. 标注完整性和准确性

多模态同步语言神经影像数据集发布

  大脑在加工语言时,需要实时调动多个脑区的神经元进行协同工作。构建高时空分辨率的神经影像数据可以帮助我们更好地了解各个脑区以及脑区之间的协同合作,对于探索大脑的语言加工机制至关重要。当前已有的开源数据主要针对英文采集,只包括单一模态的神经影像数据,如高空间分辨率的功能核磁共振(fMRI)或高时间分

中国最新最完整蛇类特征数据集出炉

  截至2023年1月,中国共记录312种蛇类,是世界上蛇类多样性最丰富的国家之一。物种特征决定其在环境中的生存能力,在进化生物学、生态学和保护生物学研究中具有重要作用。但是,目前还没有关于我国蛇类形态学、生活史和生态学等特征的完整数据库。日前,《生物多样性》杂志发表了目前中国最新、最完整的蛇类特征

业界首个开源车路协同数据集发布

2月24日,业界首个基于真实场景的车路协同自动驾驶数据集DAIR-V2X正式发布,并面向用户提供下载使用。该数据集由清华大学智能产业研究院(AIR)联合北京市高级别自动驾驶示范区、北京车网科技发展有限公司、百度Apollo、北京智源人工智能研究院共同发布。据了解,此次发布的数据集首次实现在相同时空下

我国蛇类DNA条形码参考数据集发布

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498440.shtm

中国蛇类DNA条形码参考数据集发布

  中国科学院昆明动物研究所(以下简称昆明动物所)研究员车静课题组联合国内科研团队开展合作,首次系统性构建了中国蛇类DNA条形码参考数据集(COI),对中国蛇类多样性进行了评估。日前,相关研究成果发表于《分子生态学资源》(Molecular Ecology Resources)。  据了解,两栖爬行

iChallenge子数据集PALM研究获新进展

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516705.shtm