动物所建立高通量大视野空间转录组学新技术

在生物医学研究领域,空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具,对探讨胚胎发育、神经科学及疾病发生机制等至关重要。然而,该技术在实际应用中受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈。这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。9月10日,中国科学院动物研究所赵方庆团队在《自然-遗传学》(Nature Genetics)上发表了题为Custom microfluidic chip design enables cost-effective three-dimensional spatiotemporal transcriptomics with a wide field of view的研究论文。该团队开发出高通量、大视野空间转录组学新技术——MAGIC-seq。这一技术通过网格化微流控芯片设计,结合碳二亚胺化学和新型空间编码技术,提升了检测通量和捕获面积,降低了成本和批次效......阅读全文

关于启动子的转录单元和转录起点的介绍

  一、转录单元  转录单元(transcription unit) 是一段从启动子开始至终止子(terminator)结束的DNA序列,RNA聚合酶从转录起点开始沿着模板前进,直到终止子为止,转录出一条RNA链。在细胞中,一个转录单元可以是一个基因,也可以是几个基因。  二、转录起点  转录起点是

人类首次“转录”太阳声波

  英国科研人员对太阳日冕层产生的声波实施“转录”,首次推出太阳“交响乐”。这项研究不但有助于了解太阳大气层活动,还有助于预测太阳耀斑爆发。首次“转录”  谢菲尔德大学太阳物理和空间等离子体研究中心首次把日冕环状磁场振荡转变为人耳可以听到的声音。  3年前,这一研究中心宣布,观察到太阳日冕

简述转录控制的性质

  一种基因可以通过多种方式调节,例如,改变转录的RNA的数量,或者控制基因转录时的时间。这种控制允许细胞或有机体对多种内细胞和细胞外的信号作出反应。这其中的一些例子包括:产生信使mRNA、编码产生酶以适应食物来源方式的变化,以及产生参与细胞周期活动的基因产物和产生在高等真核生物中负责细胞分化的基因

3.1.2-RNA-大量转录合成

RNA 标准转录体系的一般回收率为 lugRNA/ug 质粒 DNA, 使用下面的方法,可以提高回收率至 5〜l0ug RNA/ug 质粒 DNA。大量制备 RNA 可以用于体外翻译。实验材料模板 DNA 或质粒试剂、试剂盒TETE 饱和酚氯仿异内醇3mol LNaAc无水乙醇5X 转录缓冲液lOO

转录物组的定义

转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。

转录辅阻遏物

中文名称转录辅阻遏物英文名称transcriptional corepressor定  义对阻止转录起辅助作用的蛋白质。其中许多为组蛋白脱乙酰酶。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录物组的定义

转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。

合成-5'加帽转录物

试剂、试剂盒 DEPC处理的水 转录缓冲液 lOOmmol LDTT RNasin rATPrCTPrUTP rGTP0.5 mmol L m7 G(5')ppp(5')G DNA 模板 RNA 样品缓冲液 RNA 载样缓冲液 MOPS 缓冲液 TE 缓冲液实验步骤 一材料与设备1)DEPC:处理的

合成-5'加帽转录物

            试剂、试剂盒 DEPC处理的水   转录缓冲液   lOOmmol LDTT   RNasin   rATP rCTP rU

连缀转录分析实验

            实验方法原理 离心机和转头,沸腾的水浴锅, Dounce 匀浆器,晶型塑料或超明亮型吊桶式离心管,聚丙烯管,刀片,预设到 30°C 的振荡水浴,预设到 4°C 和 65°C 的水浴 实验材

基因转录后调控方式

真核生物的RNA被翻译之前需要通过核孔输出,因此核输出对基因表达有着显著影响。所有进出细胞核的mRNA的运输都是通过核孔进行的,受到各种输入蛋白和输出蛋白的控制。携带遗传密码的mRNA需要存活足够长的时间才能被翻译,因为mRNA在翻译之前必须经过很长距离的运输。在典型的细胞中,RNA分子仅在特异性保

双向转录的技术特点

E.coli外膜蛋白OmpC和OmpF的合成调控:OmpC和OmpF的合成受到培养基渗透压的控制,当培养基渗透压增加时,由 envZ基因编码的一种外膜受体蛋白能感受渗透压的变化,将信息传递给细胞质内的OmpR蛋白。激活的OmpR是一种正调节蛋白,能促进双向转录,除转录OmpC基因外,还以相反方向在O

通用转录因子的定义

通用转录因子(general transcription factors, GTFs) 。真核生物中有效的和启动子特异性的起始过程中需要几个起始因子,这些起始因子称为通用转录因子

简述转录因子的作用

  是通过和顺式因子的互作来实现的。这段序列可以和转录因子的DNA结合域实现共价结合,从而对基因的表达起抑制或增强的作用。  目前,人工转录因子(Artificial Transcription Factor,ATF)的构建已用于转录因子的生物学功能研究中起到重要作用。ATF是指将不同的DNA结合结

关于转录的特点介绍

  转录时,细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA,通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比,转录有很多相同或相似之处,亦有其自己的特点。  转录中,一个基因会被读取并复制为mRNA。就是说,以特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的RNA聚合酶作为催化剂,

共转录的技术特点

中文名称共转录英文名称cotranscription定  义(1)原核生物的基因以多顺反子或操纵子形式存在,被转录为一个共同的信使核糖核酸(mRNA)。(2)通过基因操作使不同的基因同时在细胞或组织中一起转录。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

信使RNA转录的调控

  一、遗传信息的表达有时序调控和适应调控,转录水平的调控是关键环节,因为这是表达的第一步。转录调控主要发生在起始和终止阶段。  二、操纵子是细菌基因表达和调控的单位,有正调节和负调节因子。阻遏蛋白的作用属于负调控。环腺苷酸通过其受体蛋白(CRP)促进转录,可促进许多诱导酶的合成。操纵子可构成综合性

RNA转录的技术特点

转录时,细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA,通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比,转录有很多相同或相似之处,亦有其自己的特点。转录中,一个基因会被读取并复制为mRNA。就是说,以特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的RNA聚合酶作为催化剂,合成前体

基因转录调控的途径

可分为三种主要途径:1)遗传调控(转录因子与靶标基因的直接相互作用);2)调控转录因子与转录机制相互作用,3)表观遗传调控(影响转录的DNA结构的非序列变化)。

关于转录单位的简介

  RNA的合成是由RNA聚合酶(RNA polymerase)催化的。当RNA聚合酶结合到基因起始处时,即为启动子(promoter)的特殊序列上时,转录开始进行。最先转录成RNA的一个碱基对是转录起点(startpoint),启动子序列围绕在它周围。从起点开始,RNA聚合酶不断沿着模板链不断合成

通用转录因子的定义

通用转录因子(general transcription factors, GTFs)   。真核生物中有效的和启动子特异性的起始过程中需要几个起始因子,这些起始因子称为通用转录因子。

转录的调节控制方式

转录的调节控制是基因表达调节控制中的一个重要环节。促进基因转录叫正调节,抑制基因转录叫负调节。在原核生物方面1961年F.雅各布和J.莫诺提出的操纵子学说,得到许多人的验证和充实。操纵子通常的调控方式为:①诱导和阻遏作用;②环腺苷酸(CAMP)和降解物活化蛋白(CAP)的调节作用;③弱化作用。对真核

连缀转录分析实验

核连缀分析用于确定某个克隆的基因是否受转录调控。理论上,核连缀分析应该在检测稳定状态 mRNA 水平变化的杂交实验之后,而在启动子分析之前进行。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。实验方法原理离心机和转头,沸腾的水浴锅, Dounce 匀浆器,

连缀转录分析实验

实验方法原理 离心机和转头,沸腾的水浴锅, Dounce 匀浆器,晶型塑料或超明亮型吊桶式离心管,聚丙烯管,刀片,预设到 30°C 的振荡水浴,预设到 4°C 和 65°C 的水浴实验材料 非重组质粒载体含感兴趣 cDNA 或基因的重组质粒培养细胞或新鲜组织试剂、试剂盒 氯仿DNA变性溶液乙醇甘油贮

转录模板的操作步骤

1. 提取cDNA质粒;2. 线性化质粒:(利用单一的酶切位点线性化有利于转录)3. 纯化质粒:(尽量避免RNase污染) ① 加等体积的Tris-苯酚:氯仿(1:1)到100μL限制内切酶消化体系,涡旋振荡20s, 13000g离心5min; ②上清转移,加入2倍体积无水乙醇和1/10体积的3M的

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录终止因子的定义

中文名称转录终止因子英文名称transcription termination factor定  义辅助具有RNA聚合酶活性的转录复合体特异性地识别转录终止信号的蛋白质因子(如ρ因子等),其作用导致转录终止。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)

依赖ρ因子的转录终止

ρ因子是一种分子量为46kDa的蛋白质,以六聚体为活性形式。