整合RNA测序与ATAC测序：揭示耐盐水稻品种抗氧化防御机制，助力培育抗逆水稻新种
在广袤的农田里，水稻是人类重要的主食作物之一。然而，土壤盐渍化这一全球性难题，正严重威胁着水稻的生长与产量。据联合国粮食及农业组织相关数据显示，全球至少 10% 的土地受到盐渍化影响，这使得水稻在生长过程中面临诸多挑战。盐胁迫会导致水稻植株矮小、千粒重下降、小穗数量减少，最终造成产量大幅降低。在众多水稻品种中，耐盐品种 Pokkali 能在盐碱环境中顽强生长，而盐敏感品种 IR29 在盐胁迫下则 “不堪一击”。深入探究 Pokkali 的耐盐机制，对培育更多耐盐水稻品种意义重大。为此，惠州学院生命科学学院以及华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室的研究人员开展了相关研究，研究成果发表在《BMC Plant Biology》杂志上。研究人员采用了多种关键技术方法。首先是转录组测序（RNA-seq），它能帮助研究人员了解基因的表达情况，就像是给基因的 “活动” 拍了一张高清照片。其次是转座酶可及染色质测序（ATAC-......阅读全文
关于DNA测序测序凝胶的银染
染色过程要求凝胶浸在塑料盘中。因而至少使用两个盘子，大小与玻璃板类似。在盘中加入新鲜溶液之前须用高质量的水洗涤盘子。 1. 电泳完毕后用一个塑料片子小心地分开两板，凝胶应该牢固地附着在短玻璃板上。 2. 固定凝胶：将凝胶（连玻璃板）放入塑料盘，用固定/停止溶液浸没，充分振荡20分钟或直至样品
主流DNA测序机器的成本测序比较
主流测序机器的成本测序比较
美国科学家开发全基因组测序水稻变体
水稻不仅是全球一半人口的主食，也为研究能源作物提供了模型。为优化生物燃料作物，科学家正寻找决定水稻产量、抗病性和灌溉效率等性状的基因。 最近在《植物细胞》杂志刊登的一篇论文中，美国加州大学戴维斯分校的研究团队与来自能源部联合基因组研究所的合作者，宣布开发出粳稻Kitaake的第一个全基因组测
中国科学家完成水稻5个“近亲”基因组测序
中国科学家３日说，他们完成了亚洲栽培稻（一般称为水稻）５个“近亲”的全基因组测序，获得了高质量的基因组参考序列。这有望进一步推动水稻品种的改良。 中国科学家在美国《国家科学院学报》上报告说，他们从２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻和南方野生
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点分别介绍如下：一代测序优点是读长较长、准确性高。缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。缺点是序列读长方面
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点分别介绍如下：一代测序优点是读长较长、准确性高。缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。缺点是序列读长方面
吴立刚研究组研发微量小RNA深度测序技术
中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）吴立刚研究组与上海市计划生育研究所施惠娟研究组合作，优化建立了适用于微量样本的小RNA深度测序文库构建方法，并系统解析了小鼠早期胚胎发育过程中小RNA的动态变化及其生物学功能。相关研究成果日前在线发表于《科学进展》。 目前小
ATM机器究竟暗藏多少细菌？让RNA测序来告诉你
比起在银行柜台排队取钱，使用自动柜员机（ATM）算是一种非常便捷的方式。不过，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的细菌。近日，纽约大学的研究人员对纽约市多台ATM键盘上的细菌和真菌进行测序分析，发现了一系列微生物代表，不过总体多样性较低。 纽约大学的Maria Gloria Dominguez-
曹博团队联合MIT开创RNA绝对定量测序新技术
RNA高通量测序技术（RNA-seq）是研究基因表达与调控领域的重要技术手段。然而目前RNA测序技术只能实现相对定量，以及无法检测含表观遗传修饰或复杂高级结构的RNA分子，阻碍了RNA组学研究的进一步发展。 2021年4月15日，Nature Biotechnology 在线发表了曲阜师范大学
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
最准确的基因表达检测方法——RNA测序遭遇“信任”危机？
当前，RNA测序成为了一种常用工具。 利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。 RNA测序的准确性 早在2014年，《Nature Biotechnology》上发表了三篇文章。它们属于RNA测序质量控制（SEQC）
Science：利用单细胞RNA测序分析黑色素瘤
单细胞分析是一种开创性方法，如今在整个生物领域中正被用来研究一个共同的问题：如何研究异质细胞群体中的细胞多样性。这种多样性能够对细胞存活和增殖、对药物疗法和干预作出的反应以及很多其他的生物过程产生深刻影响。单细胞技术已被用于众多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反应异质性，研究传染病中的宿
长链非编码RNA测序服务助力揭开lncRNA神秘面纱
2012年12月18日，华大基因科技服务有限公司(简称“华大科技”)在国内推出长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)服务。该技术突破了常规研究方法效率低、研究范围受限的瓶颈，可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA序列，不仅可以对已知lncRNA进行定量分析，还可对 novel lnc
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
单分子测序：基因测序不再遥不可及
如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话，那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组，进一步促进测序发展为临床的常规检测技术，在临床诊疗上发挥更大的作用。在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上，美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail，致力于
DNA测序电泳前测序PCR产物的处理
1. 加入12 μl的TSR于离心管中，剧烈振荡，让其充分溶解DNA沉淀，稍离心。 2. 将溶液转移至盖体分离的0.2 ml PCR管中，稍离心。 3. 在PCR仪上进行热变性(95℃ 2 min)，冰中骤冷，待上机。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
全新测序技术利弊比较之单分子测序
在去年召开的美国微生物学会上，来自明斯特大学的医学微生物学家Dag Harmsen开始听到了有关德国大肠杆菌疫情爆发的传言，这场疫情首先在德国北部地区爆发，感染了至少4000人，夺去了超过50人的生命(德国范围内)，在德国以外的欧洲地区也发现了76名患者。 Harmsen教授在这场疫情
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
纳米孔测序技术有望颠覆DNA测序市场？
Scott Tighe（左）等研究人员利用MinION设备在南极泰勒谷测序微生物DNA。 “我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示。你们相信吗？Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
无需建库，直接测序的测序新技术
来自英国老牌测序研究机构Sanger研究院，以及英国剑桥巴布拉汉研究所的研究人员发表了题为“Direct sequencing of small genomes on the Pacific Biosciences RS without library preparation”的文章，首
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单分子测序：基因测序不再遥不可及
在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上，美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail，致力于开发一种不超过1000美元的血液检测，用于多类型癌症的早期筛查。这种肿瘤DNA测序的主要目的是在无症状的个体中诊断各种各样的癌症，从而实现提前预防或治疗。 随着技术的不断进步，
单分子测序：基因测序不再遥不可及
如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话，那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组，进一步促进测序发展为临床的常规检测技术，在临床诊疗上发挥更大的作用。 在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上，美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail
依托高通量测序技术－400多个水稻基因转基因克隆工作完成
我国的水稻研究已进入了一个全新的领域，目前华大基因农能平台已经完成400多个水稻基因的转基因克隆工作，依托华大基因强大的高通量测序技术，今后将进一步加快水稻转基因育种研究工作。这是记者在6月29日结束的“水稻基因组学与农业应用研讨会”上获悉的消息。 作为世界上最早种植水稻的国家，水稻
PNAS：下一代测序助力张启发研究“转基因水稻”
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，与玉米、小麦、土豆被称为“世界四大主粮”。在过去的50年里水稻尤其是籼稻（indica ）的改良取得了一些里程碑式的成果。其中一项重大的突破是在上世纪的五六十年代中国及国际水稻研究所（IRRI）开发出了一系列半矮杆水稻品种，促成了水稻的“绿色革命”。 此后，半
Predica与华大智造携手开启肿瘤精准医疗新纪元：高通量测序平台赋能靶向RNA测序技术
7月11日，肿瘤诊断领域的领先创新者Predica Diagnostics与华大智造宣布达成合作，共同在华大智造高通量测序平台上开发Predica的靶向RNA测序技术，助力精准医疗。 此次合作旨在通过实现早期癌症检测和促进个性化靶向治疗策略，通过将Predica Diagnostics的先进测