Science：利用单细胞RNA测序分析黑色素瘤
单细胞分析是一种开创性方法，如今在整个生物领域中正被用来研究一个共同的问题：如何研究异质细胞群体中的细胞多样性。这种多样性能够对细胞存活和增殖、对药物疗法和干预作出的反应以及很多其他的生物过程产生深刻影响。单细胞技术已被用于众多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反应异质性，研究传染病中的宿主-病原体相互作用，研究人转录组。如今，它被用来研究癌症组织---一种多样性的复杂细胞环境，这经常难倒科学家们。 在过去两年来，在美国布罗德研究所骨干成员、麻省理工学院生物学教授和霍华德-休斯医学研究所研究员Aviv Regev的领导下，计算生物学家、细胞回路专家和布罗德研究所成员Levi Garraway的癌症研究团队合作接受这个挑战。 在一项新的研究中，通过与麻省理工学院副教授、单细胞分析先锋Alex Shalek合作，Garraway团队研究黑色素瘤，即最为致命的皮肤癌。他们的研究有助揭示肿瘤的多样性细胞环境，这不仅对肿瘤中......阅读全文
Science：利用单细胞RNA测序分析黑色素瘤
单细胞分析是一种开创性方法，如今在整个生物领域中正被用来研究一个共同的问题：如何研究异质细胞群体中的细胞多样性。这种多样性能够对细胞存活和增殖、对药物疗法和干预作出的反应以及很多其他的生物过程产生深刻影响。单细胞技术已被用于众多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反应异质性，研究传染病中的宿
浅谈单细胞RNA测序的技术与分析难点
如今，单细胞生物学是一个热门话题。而在这一领域中，最前沿的则是单细胞RNA测序（scRNA-seq）。传统“批量的”RNA测序方法（RNA-seq）可以一次处理成千上万个细胞，并得到变异的平均水平。但是没有两个细胞是完全相同的，而scRNA-seq则可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
计算小RNA分子的单细胞测序新法
最近，卡罗林斯卡学院的研究人员开发出了一种单细胞程序，测量了单个胚胎干细胞中短的非编码RNA序列的绝对数量。这种新方法可以加深我们对于“基因是如何被调节、不同的细胞类型如何发展”的理解。相关研究结果发表在10月31日的《Nature Biotechnology》。当我们基因中的信息被使用时――例如构
更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不仅推动了单细胞基因组学发展，而且为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。这篇题为“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
单细胞测序，解密小RNA分子的未知功能
随着科研人员对各种遗传疾病和癌症的深入挖掘，单细胞基因组方法捕获的信息变得越来越重要。卡罗林斯卡学院（ Karolinska Institute）的研究人员近日公布了一种新方法，这种方法可以读取个体胚胎干细胞中短的、非编码RNA序列，有助于人们更好地理解基因如何调控不同细胞类型的发展。相关结
环状－RNA－测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
干细胞先驱发表单细胞RNA测序新成果
人多能干细胞是研究人类胚胎发育的理想模型，可以揭示谱系分化背后的细胞和分子机制。不过，人们还不清楚单个干细胞如何退出多能状态并转化为相应的前体细胞。 Morgridge研究院的科学家们使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，对来自人胚胎干细胞的谱系特异性前体细胞进行了转录组分析，揭示了
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
单细胞RNA性能分析新方法
人体由130亿个细胞按不同功能、分门别类顺序组成，每个细胞都有其独特的分子“指纹”，即使是坐落于同一族群之中的细胞也可以彼此不同。并且它们的活动也会随时间变化。单细胞分析工具的应运而生就是为了解决细胞-细胞间非均质的复杂机制。正如德国慕尼黑大学（LMU）分子生物学家Wolfgang Enard教
单细胞RNA性能分析新方法
人体由130亿个细胞按不同功能、分门别类顺序组成，每个细胞都有其独特的分子“指纹”，即使是坐落于同一族群之中的细胞也可以彼此不同。并且它们的活动也会随时间变化。单细胞分析工具的应运而生就是为了解决细胞-细胞间非均质的复杂机制。正如德国慕尼黑大学（LMU）分子生物学家Wolfgang Enard教
Science：单细胞分析？并行测序技术可以
近日，一项发表于国际杂志Science上的研究论文中，来自美国的研究者描述了一种新型的大规模并行技术，通过利用新一代测序技术来在单细胞水平上实现对基因表达的监测；研究者表示，单细胞分析对于理解人类造血系统的必要性及重要性不断凸显，如果没有这种分析的话，来自少许细胞的大量表达改变就和来自许多细胞的
张锋团队开发出高通量的单细胞RNA测序方法
去年，Broad研究所的研究人员在《Science》上发表了一种称为sNuc-Seq的单核RNA测序方法。这种方法让人们能够研究那些难以分离的单细胞中的基因表达谱。如今，Broad研究所领导的团队克服了sNuc-Seq应用的一大障碍：规模。 8月28日，研究人员在《Nature Methods
单细胞基因组测序测的是什么dna还是rna
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将dna打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是dna基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要rna反转，这其实要看你想做什么分析，如做转
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
北京大学Nature子刊单细胞RNA测序新成果
来自北京大学第三医院、教育部辅助生殖重点实验室的研究人员，采用先进的单细胞RNA测序技术绘制出了人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组全景图，这一重要的研究成果发表在8月11日的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。
单细胞基因组测序测的是什么dna还是rna
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将dna打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是dna基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要rna反转，这其实要看你想做什么分析，如做转
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
单细胞－RNA－测序揭示了体内不同的细胞异质性
植入体内的生物材料和设备具有广泛的临床应用，如组织再生和细胞移植。在细胞微环境的组成部分中，结构特征（宏观，微观和纳米特征）在指导细胞行为方面起着至关重要的作用。 2021年5月26日，四川大学满毅团队在Science Advances 在线发表题为“Dissecting the microe
单细胞基因组测序测的是什么dna还是rna
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将dna打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是dna基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要rna反转，这其实要看你想做什么分析，如做转
单细胞RNA测序新成果－带你解开心脏发育的长久谜题
制造一颗心脏，这不是简单的事情。在子宫内，这个器官开始是一根管，芽珠状的硬块，自动折叠，最终变成了更熟悉的四腔结构。 但确切地说，心脏细胞是如何按照它们的基因程序，来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢？这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说：“
利用单细胞RNA测序技术阐明机体多种类型味觉细胞机制
日前，一项刊登在国际杂志Scientific Reports上的研究报告中，来自美国滨州莫奈尔中心(Monell Center)的研究人员通过研究开发出了一种新技术能够鉴别出了任何味觉受体细胞的一整套基因，相关研究或能帮助研究人员阐明味觉感受器细胞发挥特殊功能的分子机制。 研究者Sunil S
单细胞RNA测序新成果－带你解开心脏发育的长久谜题
制造一颗心脏，这不是简单的事情。在子宫内，这个器官开始是一根管，芽珠状的硬块，自动折叠，最终变成了更熟悉的四腔结构。 但确切地说，心脏细胞是如何按照它们的基因程序，来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢？这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说：“
准确高效的单细胞RNA测序的最佳手段—Quartzseq2
为了确保单细胞RNA测序能够使用最好的方法，日前研究人员对13种方法进行了基准性的测试，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自西班牙的科学家们通过研究发现，日本理化所开发的Quartz-seq2方法或许是进行单细胞RNA测序的最佳手段。图片来源：CC0 P
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的