NatureMethods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高通量测序(RNA-seq)已广泛用于各种组织的基因表达分析。然而，人们开展单细胞转录组分析的愿望也越来越强烈，这是因为有些细胞量少珍贵，不足以开展传统的RNA-seq，也有人希望对异质群体中的细胞亚群开展分析。过去的基因表达“平均值”已不再能满足人们的需求。 近年来，开展单细胞RNA-seq的各种方法时有报道，但关于这些方法的通量和性能还存在一些问题。比如说，性能主要是通过灵敏度和精确性来评估的。然而，为了评估测定方法的有效性，还应当评估准确性，即测量值与真实值之间有多接近。 为此，斯坦福大学生物工程系的Stephen R......阅读全文
“分子标签”技术，让每一个癌细胞都无所遁形
随着精准医学和个性化医疗从概念走向实践，从梦想走进现实，基因组学研究和基因检测技术也在不断走向高精尖，单细胞测序无疑已经成为基因组学前沿研究领域的“新宠”。 在第二十届全国临床肿瘤大会暨2017年CSCO学术年会上，BD作为全球二代测序配套设备和耗材的优质生产商，携其全新的“分子标签”核心技术
真核细胞表达系统的类型与常用真核细胞表达载体
原核表达系统是常被用来研究基因功能的成熟系统，由于原核表达系统具有包涵体蛋白不易纯化、蛋白修饰不完整等缺陷，人们也开始利用真核细胞表达系统来研究基因。自上世纪70年代基因工程 技术诞生以来，基因表达技术已渗透到生命科学研究的各个领域。并随着人类基因组计划实施的进行，在技术方法上得到了很大发展，时至今
蛋白表达为什么加了诱导剂反而表达量变少
温度太高。诱导大肠杆菌细胞的外膜发生有限的渗漏，温度太高会导致加了诱导剂反而表达量变少，从而使细胞内的蛋白向胞外培养基中分泌。
蛋白原核表达没有表达可以延长诱导时间吗
检测原核表达蛋白不需要将菌体超声波破碎的如果是仅仅检测原核蛋白是否有表达，可以直接将菌体重悬于蒸馏水中，并使用SDS-PAGE的方法检测。如果需要检测原核蛋白是否有可溶表达，则需要将菌体超声波破碎之后再检测是否有可溶表达。所以检测原核表达蛋白不需要将菌体超声波破碎的
杆状病毒系统蛋白质表达实验——小规模表达
实验方法原理分析方案依赖于表达蛋白的天然特性。实验材料草地夜蛾（Sf9）细胞高滴度的重组杆状病毒储液试剂、试剂盒PBS1×SDS样品缓冲液仪器、耗材含 10% 胎牛血清（FBS）的TNM-FH昆虫培养基60 mm 组织培养皿27℃ 培养箱（湿度可选）15 ml 聚丙烯离心管带有 GH-3.7 水平转
组蛋白修饰分工调控基因表达水平和基因表达噪音
基因表达过程依赖于转录因子、染色质调控因子和染色质等生物大分子在布朗运动过程中的随机碰撞，因此，即使是基因型和分化类型完全相同的细胞在相同环境下也存在基因表达的差异，被称为基因表达噪音。研究基因表达噪音，对研究干细胞增殖分化、个体发育、病原菌的抗药性以及农作物的稳产有着重要的意义，而其在人类早期
科学家开发单细胞全转录组测序新技术
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全
时空分辨单细胞测序技术和传统单细胞测序技术的区别
时空分辨单细胞测序技术和传统单细胞测序技术主要有以下区别：空间信息获取传统单细胞测序：通常无法获取细胞在组织中的空间位置信息，只是对分离出的单细胞进行独立分析。时空分辨单细胞测序：能够在测定单细胞基因表达等信息的同时，明确细胞在原始组织中的具体空间位置。细胞互作研究传统单细胞测序：难以直观地揭示基于
时空分辨单细胞测序技术与其他单细胞测序技术的差异
时空分辨单细胞测序技术与其他单细胞测序技术主要在以下方面存在区别：空间信息获取普通单细胞测序技术：通常不提供细胞在原始组织中的空间位置信息。时空分辨单细胞测序技术：能够同时获取细胞的基因表达等信息以及它们在组织内的空间位置。细胞间相互作用分析普通单细胞测序技术：难以直接推断细胞间基于空间位置的相互作
北大生科院PNAS发布单细胞测序新技术
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
北大生科院PNAS发布单细胞测序新技术
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
单细胞分离和鉴定系统在清华大学投入使用
2014年2月，由美国FLUDIGM公司生产的C1™ 单细胞全自动制备系统和BioMark™ HD基因分析系统正式在清华大学基因组与合成生物学平台启用。 C1™ 单细胞全自动制备系统基于Fluidigm创新的微流体技术，能够让研究者们快速可靠地分离单个细胞并进行基因组分析。前所未有
RNAseq综述（六）
单细胞分析scRNA-seq于2009年首次报道，当时的研究者在含有裂解缓冲液的EP管中分离了单个卵母细胞。单细胞测序对生物学新问题的解释，以及现有的实验室和计算方法以极快的速度发展，甚至最近几年综述都已经过时了。每种scRNA-seq方法都需要将实体组织进行分离，分离出单个细胞（使用不同的方法），
单细胞研究指南：测序方法大比拼
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。The Scientist杂志最近联系了单细胞研究领域的一些专家，请他们分享了在单细胞中进行转录研究的秘诀。希望帮助研究者们更好地构建文库，处理和分析结果数据。 那么，细胞之间的哪
Nature－Methods：单细胞TCR研究新进展
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
Nature－Methods：单细胞TCR研究进展
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
单细胞技术让这些研究成为现实
如今，细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。 2015年底，巴西卫生部门和世界卫生组织报告，新生儿中小头症的发病率急剧增加。没过多久，
单细胞测序前期常见问题解答
目前，单细胞测序这项技术被应用的越来越多，领域包括了神经科学、肿瘤免疫、胚胎发育等等，您是否也计划着开展相关的研究呢？心中关于单细胞的疑惑就让古朵生物带您从常见问题出发，逐步拨开迷雾吧 1、为什么要做单细胞测序？ 细胞与细胞之间的异质性，微环境里的细微差别，这些我们关注的信息都会被常规Bulk
杆状病毒表达系统用于表达融合型蛋白的转染质粒
是一类早期构建的转染质粒，它包括pAC系列[4],如pAC101、pAC311、pAC360等。在每个载体中，多角体蛋白基因启动子下游ATG启始密码后含有一个单一的BamHⅠ酶切位点，当外源基因和多角体基因的读码框架正确时，就可以获得含1个或几个多角体蛋白N端氨基酸的融合型外源基因。
关于甲醇酵母表达系统的关键因素—表达载体的介绍
首先，甲醇酵母中没有稳定的质粒，所以其表达载体采用整合型质粒。利用醇氧化酶（甲醇代谢的关键酶）基因-1（AOX1）的启动子（PAOX1）和转录终止子（3′AOX1）构建成整合型表达载体。PAOX1是一个极强的启动子，醇氧化酶的产量最高可占甲醇酵母中可溶性蛋白质的30%[2]，所以能使外源蛋白质在
表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法
人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中，发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3～5％。基因组中绝大部
杆状病毒表达系统的影响蛋白质表达的因素
在杆状病毒系统中，要获得蛋白质的有效表达，首先要选择合适的转染载体。依据表达的蛋白质属融合型或非融合型，选择单启动子型或多启动子型。另外目的基因的选择要注意以下因素：①该目的基因应不含内含子；②去除其mRNA 5′端非编码区的异源序列；③翻译启始密码子AUG应处于适当的序列之间（如Kozak 序列）
单细胞测序绘制首个人胚胎造血和免疫系统发育图谱
2019年10月10日，来自英国Newcastle University和Wellcome Sanger Institute等机构的科学家在Nature上以长文形式发表了题为“Decoding human fetal liver haematopoiesis”的研究，首次报道了由胎肝驱动的人胚胎
单细胞测序绘制首个人胚胎造血和免疫系统发育图谱
2019年10月10日，来自英国Newcastle University和Wellcome Sanger Institute等机构的科学家在Nature上以长文形式发表了题为“Decoding human fetal liver haematopoiesis”的研究，首次报道了由胎肝驱动的人胚胎
时空分辨单细胞测序技术与传统单细胞测序技术有何不同？
时空分辨单细胞测序技术与传统单细胞测序技术主要有以下几个方面的不同：空间信息获取传统单细胞测序技术通常无法提供细胞在组织中的空间位置信息，只是对分离的单细胞进行独立分析。时空分辨单细胞测序技术能够在获取单个细胞基因表达等信息的同时，明确细胞在组织中的具体位置。细胞间相互作用研究传统技术难以直接揭示细
单细胞表观组学：单细胞ChIPseq解码细胞命运决定机制
在国家重点研发计划“干细胞及转化”重点专项（批准号：2017YFA0103402）等资助下，北京大学分子医学研究所、北大-清华生命科学联合中心何爱彬课题组近期突破单细胞表观遗传研究的瓶颈，开发了两种具有普适性、操作简单、风格迥异的单细胞ChIP-seq技术，可适应于不同课题研究需要，解析发育与疾
基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展（三）
3.2 dPCR在转基因植物检测方面的研究 转基因植物及相关食品的定量分析主要测定转入基因的相对含量。目前常用qPCR作为核酸定量方法。dPCR可以不需要校准物而准确测量低拷贝的DNA分子。Corbisier 等用dPCR分析了提取于MON810玉米种子的外源检测基因和hmg基因的拷贝数，验证了dP
技术强则药物强单个B细胞抗体制备技术
如今,单克隆抗体药物以其独特的作用机制及高效性,在肿瘤和自身免疫疾病的治疗中发挥了不可估量的作用,成为全球的研发热点，目前已有2400个单克隆抗体药物处于研发及商业化阶段。 1975年杂交瘤技术问世[1]。1986年鼠源单克隆抗体药物Muromonab的上市拉开了单克隆抗体发展的序幕。
基因表达度的概念
中文名称表达度英文名称expressivity定 义个体基因表达的变化程度。同一基因型的不同个体在性状或疾病的表现程度上的差异。可以因环境因子的差异、其他基因的影响或者个体遗传背景的不同等引起。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)
基因表达调控主要表现
基因表达调控主要表现在以下几个方面：①转录水平上的调控；②mRNA加工、成熟水平上的调控；③翻译水平上的调控；