NatureMethods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高通量测序(RNA-seq)已广泛用于各种组织的基因表达分析。然而，人们开展单细胞转录组分析的愿望也越来越强烈，这是因为有些细胞量少珍贵，不足以开展传统的RNA-seq，也有人希望对异质群体中的细胞亚群开展分析。过去的基因表达“平均值”已不再能满足人们的需求。 近年来，开展单细胞RNA-seq的各种方法时有报道，但关于这些方法的通量和性能还存在一些问题。比如说，性能主要是通过灵敏度和精确性来评估的。然而，为了评估测定方法的有效性，还应当评估准确性，即测量值与真实值之间有多接近。 为此，斯坦福大学生物工程系的Stephen R......阅读全文
基因的表达过程
基因的表达过程是将DNA上的遗传信息传递给mRNA,然后再经过翻译将其传递给蛋白质。在翻译过程中tRNA负责与特定氨基酸结合，并将它们运送到核糖体，这些氨基酸在那里相互连接形成蛋白质。这一过程由tRNA合成酶介导，一旦出现问题就会生成错误的蛋白质，进而造成灾难性的后果。值得庆幸的是，tRNA分子与氨
简述siRNA表达载体
多数的siRNA表达载体依赖三种RNA聚合酶Ⅲ启动子（pol Ⅲ）中的一种，操纵一段小的发夹RNA（short hairpin RNA，shRNA）在哺乳动物细胞中的表达。这三类启动子包括大家熟悉的人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子。之所以采用RNA pol Ⅲ启动子是由于它可以在哺乳动物细胞
基因差异表达技术
真核生物中，从个体的生长、发育、衰老、死亡，到组织的得化、调亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答，本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30000个不同的基因，但在生物体内任意8细胞中只有10%的基因的以表达，而这些基因的表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着，这种表达的方式即为基因的差异表达
基因表达的机制
转录转录过程由RNA聚合酶(RNAP)进行,以DNA为模板,产物为RNA。RNA聚合酶沿着一段DNA移动,留下新合成的RNA链。基因组DNA由两条反向平行和反向互补链组成,每条链具有5'和3'末端。这两条链分别称为“模板链”(产生RNA转录物的模板)和“编码链”(含有转录本序列的DN
表达质粒的定义
中文名称表达质粒英文名称expression plasmid定 义用做表达载体的质粒。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
表达蛋白检测实验
免疫印迹法 免疫沉淀法 点印迹法 实验方法原理 当重组病毒通过噬斑纯化和扩增后，免疫印迹可用于鉴定重组蛋白，并检测其是否有预期的大小以及是
膜蛋白的表达
常用于重组膜蛋白的表达系统有真核表达系统、原核表达系统和近些年来发展的无细胞表达系统。其中以大肠杆菌（E.coli）为代表的原核表达系统因为操作简单、成本相对低廉、遗传背景清楚、方便同位素标记，以及有大量可利用的表达载体和宿主菌株等原因，是当下获取重组膜蛋白的最主要途径。对于一些膜蛋白而言，采用增加
异位表达的定义
自然状态下细胞内大多数基因表达都有组织特异性和诱导表达性,人为操纵外源基因的导入和表达称之为异位表达( ectopic expression) 。功能性外源基因的异位表达势必对细胞造成一定的影响,这种影响可以是多方面的,随基因的功能和细胞类型的不同而不同。
稳定表达的概念
中文名称稳定表达英文名称stable expression定 义(1)外源基因转染真核细胞并整合入基因组后的表达。重组基因的稳定表达水平一般要比短暂表达低1～2个数量级。(2)基因工程表达系统中工程菌株或细胞虽经过多次传代或条件变化，但表达水平仍然保持稳定的现象。应用学科生物化学与分子生物学（一级
基因表达的机制
转录转录过程由RNA聚合酶（RNAP）进行，以DNA为模板，产物为RNA。RNA聚合酶沿着一段DNA移动，留下新合成的RNA链。基因组DNA由两条反向平行和反向互补链组成，每条链具有5'和3'末端。这两条链分别称为“模板链”（产生RNA转录物的模板）和“编码链”（含有转录本序列的DN
基因表达的调控
转录调控可分为三种主要途径：1）遗传调控（转录因子与靶标基因的直接相互作用）；2）调控转录因子与转录机制相互作用，3）表观遗传调控（影响转录的DNA结构的非序列变化）。通过转录因子直接调控靶标DNA表达是最简单和最直接的转录调控改变转录水平的方法。基因的编码区周围通常都具有几个蛋白质结合位点，具有调
基因表达的概念
基因表达(gene expression)是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质,所有已知的生命,都利用基因表达来合成生命的大分子。
基因表达的步骤
基因表达可以通过对其中的几个步骤,包括转录,RNA剪接,翻译和翻译后修饰,进行调控来实现对基因表达的调控。基因调控赋予细胞对结构和功能的控制,基因调控是细胞分化、形态发生以及任何生物的多功能性和适应性的基础。基因调控也可以作为进化改变的底物,因为控制基因表达的时间、位置和量可以对基因在细胞或多细胞生
什么是基因表达？
基因表达(gene expression)是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质,所有已知的生命,都利用基因表达来合成生命的大分子。
单细胞分析技术的发展趋势是什么？
单细胞分析技术的发展呈现出以下几个主要趋势： 1. **更高的分辨率和灵敏度**： - 能够检测到更微量的生物分子，更精确地反映细胞内的细微变化。例如，在单细胞蛋白质组学中，新的检测方法将能够识别更低丰度的蛋白质，从而发现更多与疾病相关的关键分子。 - 对于单细胞 RNA 测序
人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果
人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子（marker）对细胞进行分类，对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术，对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序，通过数据分析发
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。
单细胞藻类的简介
单细胞藻类无胚，自养型生活，进行孢子繁殖，作为一种低等植物广泛存在于活性污泥中。藻体为单细胞、群体或多细胞体，微小者需借助显微镜才能看见，大者如马尾藻、巨藻等可长达几米、几十米到上百米。内部构造初具细胞上的分化，而不具有真正的根、茎、叶。整个藻体结构简单，富含叶绿素，能进行光合作用。藻类的生殖基
单细胞测序方法汇总
单细胞生物学研究一直是当今的热门话题，而且-前沿的领域就是单细胞RNA测序了（scRNA-seq）。常规RNA测序方法一次性能够对成千上万个细胞进行加工测序，并给出平均差异，但并没有两个细胞是完全一样的，而新型的scRNA-seq方法就能够揭示出制造每一种特异性的微小改变，甚至这种技术还能够阐明完整
什么是单细胞测序？
单细胞测序是一种能够在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观遗传组等进行分析的技术。通过单细胞测序，可以：揭示细胞的异质性：了解即使是看似相同的细胞群体中，每个细胞在基因表达、染色质可及性等方面的独特特征。发现新的细胞类型和状态：识别出传统方法难以区分的稀有细胞类型以及细胞在不同生理或病理条件下的特殊
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介编辑细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。
单细胞动物的简介
没有神经系统,没有反射,只有“应激性” 草履虫等单细胞动物也是自然界中降解水体中有机物的主要动力。 草履虫是研究单细胞动物最好的标本，因为它具有这类动物的全部属性。单细胞动物就是只有由一个细胞构成的生物个体，这种动物往往比较低级，如很多细菌就是单细胞生物．其他生物就比单细胞生物要高级的多，而且身
Nature：单细胞测序（上）
Nicholas Navin所需要的就只是一个细胞――问题是如何得到它。这是在2010年，冷泉港实验室的博士后研究员正在探究驱动乳腺癌的遗传改变。此前的大部分癌症基因组研究都是碾碎少量的肿瘤组织，一并将这些DNA进行测序，生成的是一张癌症基因组的一致图像。但Navin想要解析来自单个细胞的序
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介编辑细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。
单细胞生物的概述
单细胞生物主要分有核和无核的单细胞。 有核的如草履虫就是典型的有核单细胞生物。有核单细胞生物主要由细胞核、细胞质、还有细胞器。 它包括：线粒体、高尔基体、核糖体、细胞膜、这是动物型单细胞。如果是植物型单细胞比如 红藻，就是细胞壁、细胞核、细胞质，它的细胞器就包括线粒体、高尔基体、核糖体、叶绿
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介编辑细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。
什么是单细胞生物？
单细胞生物 生物可以根据构成的细胞数目分为单细胞生物（Protozoa）和多细胞生物（Metazoa）。单细胞生物只由单个细胞组成，个体微小，用肉眼很难看的见，大多数单细胞生物生活在水域环境中，有些寄生在我们身上。单细胞生物靠分裂繁殖（酵母菌在适宜的环境下出芽繁殖）单细胞生物包括所有古细菌和真细菌和
单细胞生物的种类
概括 单细胞生物主要分有核和无核的单细胞。 有核的如草履虫就是典型的有核单细胞生物。有核单细胞生物主要由细胞核、细胞质、还有细胞器。 它包括：线粒体、高尔基体、核糖体、细胞膜、这是动物型单细胞。如果是植物型单细胞比如 红藻，就是细胞壁、细胞核、细胞质，它的细胞器就包括线粒体、高尔基体、核糖体
Nature：单细胞测序（下）
随着技术的飞速发展，成本大大降低，使得基因组测序成为常规技术。然而，大多数的人类基因组、癌症或其他仍然是通过从多个细胞中抽提DNA来进行测序，它所忽略的细胞间的差异对于控制基因表达、细胞行为和药物反应却有可能是至关重要的。 该研究小组也观测了其他类型的乳腺癌。将肿瘤作为一个整体测序，研究小
单细胞分离技术介绍
单细胞测序日趋火爆的原因很大程度上得益于单细胞分离技术的不断完善。这一讲，我们将跟大家一起回顾传统的单细胞分离技术，并重点介绍单细胞分离技术的新宠微孔芯片技术及微流控技术。图1为目前常见单细胞分离设备。图1：目前常见单细胞分离设备传统单细胞分离技术相信许多实验人员，都见过下面我们要介绍的传统的单细胞