解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运 多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派对：在拥挤的房间里，与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是，试想你并不知道寿星是谁，只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与其他的生日派对没有什么不同。然而，派对上的每个人都在寿星的生活故事里担当独特的角色。所以，如果不知道每位来宾和他们的角色，一个局外人可能就会做出错误的假设，或错认聚会上的人。 复杂器官的细胞成分，有点类似于生日派对。细胞群体在特定的时刻聚在一起，执行关键的功能，形成一种器官。细胞亚群以不同的方式起作用，在特定的时间点履行专门的职责。（如同在聚会上，不同的人带来礼物、吃食或帮助安排活动）。从技术的角度来......阅读全文
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果
人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子（marker）对细胞进行分类，对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术，对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序，通过数据分析发
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
单细胞转录组测序研究热点和发文锦囊
从Top50期刊2000余篇文献统计： 在刚刚发布的“十四五”规划中，“基因与生物技术”作为前沿科技攻关领域之一。而在这个领域，近年来最具里程碑的技术突破必然不能忽略“单细胞转录组测序”。本文通过对PubMed数据库中Top50期刊的共计2357篇单细胞转录组测序的引文进行数据分析，帮助读者了
同济大学发表单细胞转录组研究新成果
人类大脑是极为复杂的，数十亿神经元形成的庞大网络控制着我们的行为和情感。正因如此，解析神经回路的分子基础并不是一件容易的事。过去人们大多是在一块脑组织上进行遗传学和表观遗传学图谱分析，但这样的方法往往无法提供足够的精确性。 同济大学医学院的研究团队将电生理学技术与单细胞转录组分析结合起来，揭示
效应性Treg细胞分化的转录调控研究中取得进展
调节性T细胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T细胞，其主要的功能是抑制效应T细胞介导的免疫反应及维持机体的免疫耐受。效应性Treg只占次级淋巴器官和外周循环Treg细胞的较少一部分，大多数分布于各种组织脏器，效应性Treg是一群已经接受过抗原刺激、活化程度比较高且具有较强的免疫抑制功能的Treg
效应性Treg细胞分化的转录调控研究中取得进展
调节性T细胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T细胞，其主要的功能是抑制效应T细胞介导的免疫反应及维持机体的免疫耐受。效应性Treg只占次级淋巴器官和外周循环Treg细胞的较少一部分，大多数分布于各种组织脏器，效应性Treg是一群已经接受过抗原刺激、活化程度比较高且具有较强的免疫抑制功能的Treg
效应性Treg细胞分化的转录调控研究中取得进展
调节性T细胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T细胞，其主要的功能是抑制效应T细胞介导的免疫反应及维持机体的免疫耐受。效应性Treg只占次级淋巴器官和外周循环Treg细胞的较少一部分，大多数分布于各种组织脏器，效应性Treg是一群已经接受过抗原刺激、活化程度比较高且具有较强的免疫抑制功能的Treg
研究人员绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱
雷氏七鳃鳗作为现存的无颌脊椎动物代表，是一种由无脊椎动物向脊椎动物进化的过渡类型，被视为研究脊椎动物演化的重要模式生物。近日，华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位在《自然—通讯》发表最新研究成果，团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台，采用单细胞RNA测
研究成果：灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱绘制
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄
研究发现小鼠和人类树突细胞异质性的转录基础
近日，美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心等科研机构的科研人员在Cell上发表了题为“Transcriptional Basis of Mouse and Human Dendritic Cell Heterogeneity”的文章，发现小鼠和人类树突细胞异质性的转录基础。 树突细胞（dendriti
Nature子刊发布单细胞转录组开创性研究成果
来自苏黎世大学的生物学家们开发出了一种可在单细胞中显像基因活性的新方法。这种方法如此的高效，从而使得研究人员第一次在1万个人类单细胞中平行研究了 1000种基因，揭示出基因的活性和生成的转录分子的空间结构在单细胞之间存在显著差异。这一新方法可广泛应用于基础研究和医学诊断等领域。 当细胞
日找到控制细胞分化转录因子
日本理化研究所4月20日发表新闻公报说，该所研究人员与文部科学省项目小组通过大规模数据分析，找到一群控制细胞分化状态的转录因子，并解开了其中的具体机制。 公报说，研究人员以白血病患者的人体免疫细胞株THP—1为研究对象，借助先进的基因测序技术，按细胞分化过程中不同时间段收集它们从原单核细胞
原核细胞的RNA转录过程
原核细胞的RNA转录：原核细胞的RNA聚合酶全酶(a2Bβ'σ)是由4条多肽链组成的核心酶加σ因子构成转录过程可划分为开始、延伸和终止三个阶段。①开始：σ因子识别DNA分子上的启动子并与之结合，将DNA双链局部解开，RNA合成开始，σ因子与核心酶分离。②延伸：RNA聚合酶沿模板链向前移动，使
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
研究揭示转录后调控的体细胞同义突变在癌症中的作用
1月17日，中国科学院北京生命科学研究院孙中生团队与北京大学肿瘤医院合作在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了题为Prevalence and architecture of posttranscriptionally impaired synonymo
研究发现自然杀伤细胞促进胚胎发育的转录调控新机制
中国科学技术大学免疫学研究所教授魏海明、傅斌清和田志刚课题组合作研究发现，蜕膜自然杀伤细胞（NK细胞）高表达转录因子PBX1，能够增强生长因子转录，促进胚胎发育；NK 细胞 PBX1 功能异常与不明原因复发性流产病因存在相关性。研究成果于4月1日以PBX1 Expression in Uteri
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
生化与细胞所研究发现转录中介体复合物的新功能
《细胞》子刊《分子细胞》(Molecular Cell)杂志于1月19日在线发表了中国科学院上海生科院生化与细胞所王纲研究组、惠静毅研究组和美国新泽西医科大学的田斌研究组合作的一项最新研究成果。该工作发现了中介体复合物（Mediator Complex）在调控mRNA可变加工中的重要作
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
角朊细胞的其他转录因子介绍
K17基因的上游启动子中有γ干扰素激活的STAT因子的结合位点，被称为γ干扰素活化序列（GAS），在皮肤发生迟发型接触性过敏时，STAT-91可转位至角朊细胞核内与启动子中的GAS元件结合而激活K17的表达[8]。兔K3基因的5’上游序列中则有NFκB的结合位点（5’GGGCTTTCC-3’），
T细胞基因的转录激活及其表达
TCR/CD3复合物与配体结合后，经多种信号转导途径传递信号，最终导致T细胞活化和增殖。信号转导中所涉及的基因根据其活化时间可以分为早早期、早期、晚期基因三种类型（表8-5)。早早期基因的转录不需蛋白的合成，而早期及晚期基因的转录则需蛋白的合成。早早期及早期基因转录在有丝分裂期之前，而晚期基因转
研究揭示人胚胎发育转录组
原始态（Naïve state）多能性相关研究是近年来干细胞及重编程领域的研究热点和难点，与传统的primed状态相比，Naïve态捕获了体内植入前胚胎发育的阶段，具有更强的可塑性，在早期胚胎发育研究及未来临床应用中具有更广阔的前景。在近10年的研究中，科学家们取得了一系列重要进展，已建立了较为
中国科大基因转录调控研究取得进展
近日，中国科学技术大学生命科学学院教授单革实验室研究发现，秀丽线虫中两个高度保守的转录因子UNC-30和UNC-55，共调控包括cAMP通路、微小RNA（microRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）等在内的数以千计的靶基因的表达，从而调控D型运动神经元的发育和可塑性。研究论文近日发表在《
研究发现植物位置与转录调控有关
奥地利科学院Magnus Nordborg和Yoav Voichek共同合作，近期取得重要工作进展。他们研究提出，植物中广泛存在的位置依赖性转录调控序列。相关研究成果2024年9月12日在线发表于《自然—遗传学》杂志上。 据介绍，人们对真核转录的了解大多来自动物和酵母，然而，植物分别演化了十亿