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PNAS:“打了就跑”的转录因子

细胞核中的调控蛋白,在活化基因时采取了一种“打了就跑”(hit-and-run)的策略。美国国家科学院院刊PNAS杂志上发表的一项最新研究,深入解析了这种高效的转录模式。 “就像马克吐温笔下闯了祸就跑的汤姆·索亚一样,转录因子结合启动子并激活转录之后就会立即离开,让小伙伴们去继续自己未完成的工作,” 文章的资深作者,纽约大学的生物学教授Gloria M. Coruzzia说。 外界信号会在基因调控网络中引发快速而广泛的改变,为了揭示这些网络的动态,研究人员对负责活化基因的转录因子展开了研究。转录因子指挥着每个细胞的基因表达,但要阐明它们的作用机制却并不容易。这是因为转录因子与DNA的作用很短暂,往往只持续几分钟。现有检测技术很容易将其遗漏。 为此,研究人员开发了一种新方法,该方法纯粹以调控效果为基础,监控转录因子的直接作用对象,不依赖于可检测的结合事件。正因如此,研究人员可以捕捉到非常短暂的转录因子作用,揭示此前未知的......阅读全文

高通量的转录因子活性检测

  转录因子(transcription factor,TF)在真核生物的基因表达过程中发挥着重要作用,或调节基因表达的强度,或控制目的基因的时空特异性表达,或应答外界刺激和环境胁迫。近年来,随着干细胞研究的不断升温,人们对转录因子的兴趣也日益浓厚。同一个基因组,为何最终分化成不

ChIP 新手心得

最近有不少战友在做ChIP实验,希望我的一点经验对大家有帮助(本贴不谈实验步骤,最后我会附件一份说明书,有详细步骤,另外建议像我一样的新手用试剂盒,避免不必要的麻烦)一、原理转录从基因的启动子区开始,由一系列的转录因子结合到基因的启动子区,通用转录因子结合在基本启动子区起始转录,而这个过程对基因的转

Cell:揭秘转录因子如何相互作用制造心脏

  刊登于Cell杂志上的一项研究报告中,来自格莱斯顿研究所(Gladstone Institutes)的科学家们近日通过研究发现三种转录因子可以彼此相互作用,并且同基因组相互作用从而影响胚胎心脏的形成,如果没有这些蛋白质(转录因子)的相互作用就会引发新生儿出现严重的先天性心脏缺损;通过理解心脏发育

Nature Methods报道革新性结合蛋白分析技术:SMiLE-seq

  生物通报道:洛桑联邦理工大学的科学家们开发出了一种革新性测序技术,能更快,更准确,更高效的分析DNA结合蛋白,这将会改变遗传学的游戏规则。这一研究成果公布在1月16日的Nature Methods杂志上。  基因是指产生细胞所有蛋白质的DNA编码,作为这一重要生理进程的开始,基因首先必须从DNA

Nature Methods报道革新性结合蛋白分析技术:SMiLE-seq

  洛桑联邦理工大学的科学家们开发出了一种革新性测序技术,能更快,更准确,更高效的分析DNA结合蛋白,这将会改变遗传学的游戏规则。这一研究成果公布在1月16日的Nature Methods杂志上。  基因是指产生细胞所有蛋白质的DNA编码,作为这一重要生理进程的开始,基因首先必须从DNA转录成RNA

启动子与转录因子/基因表达调控蛋白

目的基因的表达调控生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗,不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达,表达产生的一些特殊蛋白(如转录因子、调控蛋白)反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点,涉及到生命活动的各个过程,也是各类

狙击艾滋病毒――“引蛇出洞”还是“关门打狗”?

  曾庆平   有很多非专业或跨专业人士对于人类为何数十年攻克不了艾滋病难题感到迷惑不解,那是因为他们不太了解艾滋病毒致病的“特洛伊木马”机制。   艾滋病毒之所以能“摧毁”人类的免疫系统,是因为它们专门感染并杀死免疫细胞。不过,只要它们在免疫细胞内复制并产生新的病毒,人体都能立即识别它们并设法

Science:相分离与基因转录间存在怎样的关联?

  DNA结合转录因子(TF)是真核基因表达的典型调节因子。针对转录因子的早期研究揭示出它们的结构良好的DNA结合结构域(DNA binding domain, DBD)并鉴定出转录所需的功能上至关重要的激活结构域(activation domain, AD)。后来很明显的是,许多激活结构域包含着固

张余课题组揭示细菌Class III转录激活机制

  9月28日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室研究员张余课题组在Nature Chemical Biology上,在线发表题为CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究论文,主要研究细菌

外源基因在真核细胞中的表达系统

1. 真核生物表达的优越性和必要性① 真核生物具有转录后加工系统,可识别并删除基因中的内含子,剪切加工为成熟mRNA.②具备完善的翻译后加工系统,可进行糖基化、乙酰化等修饰,使蛋白形成正确的天然构型,因而真核生物表达系统产生的蛋白更接近天然状态,有利于其功能、生物活性的研究。③某些真核细胞可将基因表

科研人员在酵母中合成记忆环

哈佛医学院的研究人员成功在酵母细胞中合成了一种以DNA为基础的记忆环。这一成果标志着人们向着合成生物学领域又前进了重要一步。 在利用随机的DNA小片断构建出基因后,Pamela Silver教授的实验室的研究人员不但重构了基因的动态过程,而且还创造出了一种能够预测记忆如何接收的数学模型。这项研究

研究蛋白质与DNA相互作用的主要方法

  一、引言   在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。   重组DNA技术的发展,人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要:   a、鉴定分析

研究蛋白质与DNA相互作用的主要方法

一、引言在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。重组DNA技术的发展,人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要:a、鉴定分析参与基因表达调控的DNA元件

克隆基因的表达(expression of cloned gene)-3

(3)原核生物的基因组基本上是单倍体,而真核基因组是二倍体。(4)如前所述,细菌多数基因按功能相关成串排列,组成操纵元的基因表达调控的单元,共同开启或关闭,转录出多顺反子(polycistron)的mRNA;真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA,即mRNA是单顺反子(monocistron)

高通量测序技术实现绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱

  人类胚胎发育从受精卵开始,经过着床前胚胎发育(胚内和胚外组织的产生),原肠胚产生(三胚层的特化)和器官发生等阶段,最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞,历时二百八十天,整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控,其中很多机制尚未明确。  为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网

Hoxb5细胞的命运我做主将B细胞重编程为功能性T淋巴细胞

  小编:天地悠悠过客匆匆潮起又潮落~~~   小鼠甲:咳咳,咱们是个严肃的科普节目……   小编:天地洪荒,宇宙万物,生命起源,又到了万物~~~   小鼠乙:(咆哮体)现在是冬天!冬天!咱们几(今)天要讲的是细胞!细胞!   小编:呃(⊙o⊙)… 好吧,咱们今天要讲的是细胞(*^▽^*),

Nature Biotechnology:可取代ChIP-seq的新技术

  生物体内的所有细胞都携带着相同的遗传物质——DNA。不同细胞读取和表达不同的部分,从而实现特异性的功能。比如说,神经细胞表达的基因帮助它们给其他神经细胞传递信息,而免疫细胞表达基因帮助它们合成抗体。  这样的基因表达受到转录因子的控制,但人们一直很难定位功能性转录因子在DNA上的结合位点。之前的

云序生物为你解密ATAC-seq研究方案

  ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某

为你解密ATAC-seq研究方案

ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶

点评Nature背靠背 |浙大教授解释基因敲除为何没有表型

  Robustness指一个复杂系统适应和应对内部和外界扰断而行使正常功能的能力。遗传系统健壮性(genetic robustness)指一个生命体能缓冲基因组中有害突变的能力。突变是生命进化的原动力,而有害突变是致死。一个稳定的遗传系统既能缓冲突变同时进行世代更迭,这样本体能维持正常功能,突变在

研究团队发现玉米籽粒发育与灌浆协同调控中心因子

  近期,中国科学院分子植物科学卓越创新中心研究员巫永睿课题组在Plant Cell上,在线发表了题为The B3 Domain-Containing Transcription Factor ZmABI19 Coordinates Expression of Key Factors Require

转录中介体复合物如何调控茉莉酸信号途径

  转录中介体 (Mediator)是由多个在进化上高度保守的亚基组成的蛋白复合物。在基因转录过程中,转录中介体分别与基因特异的转录因子和RNA聚合酶II相互作用,广泛参与二者之间的信息传递,被称为真核生物基因转录的中央控制器。在植物激素信号转导研究中,人们主要关注激素特异的转录因子的作用,但对

Nature:表观遗传与基因调控的新发现

  最近在《Nature》杂志发表的一篇研究中,瑞士Friedrich Miescher生物医学研究所(FMI)的Dirk Schübeler和他的研究小组,描述了转录因子和DNA表观遗传修饰之间的相互作用,会对基因调控有何影响。科学家发现,转录因子可以通过DNA甲基化模式的改变而间接合作:通过去除

2012国家自然科学基金哪些干细胞项目资助金额最大

  国家自然科学基金委员会公布了2012年度面上项目、重点项目、重大国际(地区)合作研究项目、青年科学基金项目、地区科学基金项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、科学仪器基础研究专款项目等方面的评审结果。有关评审结果将通知相关依托单位,其科研管理人员可登录科学基金网络信息系统(https:

新的基因编辑领域突破口—表观遗传调控

  几十年来,DNA一直被认为是决定生命遗传信息的核心物质,但是近些年不断的研究表明,生命遗传信息从来就不是基因所能完全决定的,比如科学家们发现,可以在不影响DNA序列的情况下改变基因组的修饰,这种改变不仅影响个体的发育,而且还可遗传给后代。如肿瘤等多种疾病并非仅由基因突变而引起,且与DNA和组蛋白

新的基因编辑领域突破口—表观遗传调控

  几十年来,DNA一直被认为是决定生命遗传信息的核心物质,但是近些年不断的研究表明,生命遗传信息从来就不是基因所能完全决定的,比如科学家们发现,可以在不影响DNA序列的情况下改变基因组的修饰,这种改变不仅影响个体的发育,而且还可遗传给后代。如肿瘤等多种疾病并非仅由基因突变而引起,且与DNA和组蛋白

遗传发育所PlantCell解密未知功能与机理

  来自中科院遗传与发育生物学研究所的研究人员发表了题为“The Arabidopsis Mediator Subunit MED25 Differentially Regulates Jasmonate and Abscisic Acid Signaling through Interac

Cell子刊发布首个植物转录因子文库

  近日科学家们借助自动化平台,建立了首个植物遗传学开关的综合性文库,以帮助全球学者更好的理解植物对环境改变的适应,培育更好的植物品种。相关论文于七月十七日发表在Cell旗下的Cell Reports杂志上。  该文库的建立耗时八年,包含大约两千个植物转录因子的克隆。转录因子是天然的遗传学开关,研究

eRNA与Super Enhancer RNA在转录调控中扮演的角色

增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件,能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录,产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具

调控玉米性状 可变剪接“火”起来

  最近,中国农业大学国家玉米改良中心田丰教授团队与杨小红教授团队合作研究,以368份玉米自交系未成熟籽粒为实验材料,定位玉米种全基因组水平QTL(数量性状位点),全面解析了其可变剪接的调控机制,并为研究表型变异提供了重要线索。相关论文近日发表在《植物细胞》杂志上。   可变剪接,这个早在上世纪就