北京基因组所开发完成DNA甲基化重编程数据库
DNA甲基化是一个重要的表观遗传标记，在胚胎早期发育过程中起到至关重要的作用，不同物种所采用的机制亦各不相同。因而，整合多个物种的海量甲基化数据并提供在线的数据浏览、获取及其功能分析，可帮助更多研究人员深入探析不同物种在早期发育时期的DNA甲基化差异，并揭示其DNA甲基化重编程过程与机制。 中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室章张研究组、刘江研究组以及所级中心信息室组成的开发团队，在研究所高性能计算平台和大数据存储平台的有力支撑下，共同开发完成“基于高通量测序的单碱基精度DNA甲基化重编程数据库MethBank”，该成果于2014年10月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research 在线发表。 MethBank是面向多种模式生物配子和早期胚胎多个不同发育时期的DNA甲基化组重编程数据库，整合的数据包括甲基化水平、差异甲基化区域、CpG岛甲基化水平等，全部是全基因组单碱基精度的D......阅读全文
吸烟可以改变－DNA－甲基化
近日，英国 Nature 出版社子刊《Scientific Reports》在线发表了浙江大学医学院附属第一医院李明定教授和他的学生马云龙博士最新研究成果——首次利用系统生物学的方法探讨吸烟如何导致癌症发生的表观遗传学机制，证明了吸烟可以通过改变 DNA 甲基化而导致癌症的发生，为预防和治疗由吸
简述DNA甲基化的原理
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以S—腺苷甲硫氨酸（S—adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结
DNA甲基化反应类型
DNA甲基化反应分为2种类型。一种是2条链均未甲基化的DNA被甲基化，称为从头甲基化（denovo methylation）；另一种是双链DNA的其中一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化，这种类型称为保留甲基化（maintenance methylation）。
DNA甲基化的作用原理
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以S—腺苷甲硫氨酸（S—adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的
关于甲基化的类型介绍
甲基化包括DNA甲基化和蛋白质甲基化。 （1）DNA甲基化：脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点）。经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。人类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化，但是在某些特定区域，如
DNA甲基化的过程介绍
由于Dnmtl和Dnmt3基因家族没有针对CpG二核苷酸序列的特异性，人们因此提出了DNA甲基化转移酶发现靶位点的机制。首先，甲基化转移酶并不是同等地接近所有染色体区域。具有染色体重构和DNA螺旋酶活性的蛋白质能调节哺乳动物细胞内DNA甲基化，如SNF2家族2个成员ATRX和Lsh;其次，附件因子（
概述甲基化的功能作用
甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。 最常见的甲基化修饰有DNA甲基化和组蛋白甲基化。 DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA
DNA甲基化的作用特点
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
DNA甲基化有什么作用
DNA甲基化作用主要是DNA甲基转移酶以S-腺苷甲硫氨酸(SAM）为甲基供体，将甲基转移至碱基特定结构上的过程。哺乳动物中90%的DNA甲基化修饰是由DNA甲基转移酶识别DNA的5'CG-3'序列（CpG），并将SAM的甲基转移至胞嘧啶C-5位上。DNA 甲基化可引起基因组中相应区域
甲基化特异性PCR
实验方法原理 MSP是一种简便、特异的、敏感的检测单基因甲基化的方式。其基本原理是用亚硫酸氢钠处理基因 组DNA，未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，然后用3对特异性的引物对所测基因的同一核苷酸序列进行扩增。扩增产物用DNA琼脂糖凝胶电泳，凝胶扫描观察分析结果。实验材料 DNA
DNA甲基化的类型介绍
DNA甲基化反应分为2种类型。一种是2条链均未甲基化的DNA被甲基化，称为从头甲基化（denovo methylation）；另一种是双链DNA的其中一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化，这种类型称为保留甲基化（maintenance methylation）。
甲基化特异性PCR
亚硫酸氢钠法 实验方法原理 MSP是一种简便、特异的、敏感的检测单基因甲基化的方式。其基本原理是用亚硫酸氢钠处理基因 组DNA，未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶
甲基化的概念和过程
甲基化，是指从活性甲基化合物上将甲基催化转移到其他化合物的过程，可形成各种甲基化合物，或是对某些蛋白质或核酸等进行化学修饰形成甲基化产物。在生物系统内，甲基化是经酶催化的，这种甲基化涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及核糖核酸加工。
美国CDC将建炭疽杆菌公共数据库
日前，美国疾病预防控制中心（CDC）表示，将在亚特兰大建立一个有关炭疽杆菌的公共数据库。CDC称，已经在寻找可以建立这一公共数据库的承包商。 这一举动源于6月份在亚特兰大实验室发生的炭疽杆菌事件。由于实验室部分研究人员，在让炭疽杆菌失去活性时未遵守适当程序，便将可能含有活菌样本转移到安
天津建成食品污染物数据库
日前从天津市卫生计生委、市卫生监督所获悉，为了扩大食品污染物及有害因素监测覆盖面，实现对食源性疾病的主动监测，该市食品安全风险监测区域已覆盖全市16个区县，食源性疾病监测哨点医院已由18家增加到33家，并已形成了市食品污染物数据库。 根据目前在食品安全领域担负的职责，该市卫生计生部门规划建立了
首个免疫衰老多组学数据库设立
记者12月17日从中国科学院基因组所（国家生物信息中心）了解到，该所研究员张维绮团队、鲍一明团队与中国科学院动物研究所研究员刘光慧、曲静研究组合作，建立了免疫衰老领域首个多组学数据库Immunosenescence Inventory，旨在为整合和分析与免疫衰老相关数据提供一体化平台。随着全球人口老
我国首个寻亲DNA数据库在京建立
科技日报消息，我国第一个专门面向失散人员的寻亲DNA数据库日前在京宣告建立。据数据库建设方中科院北京华大方瑞司法物证鉴定中心的有关负责人介绍，通过该库，寻亲工作将变得方便快捷。同时，该库将免费为我国失散人群提供寻亲帮助，包括港澳台地区。 据悉，该库的第一批样本检测用试剂已经得到了美国
Nature：癌症数据库ClinVar打破Myriad垄断
去年，美国最高法院判定Myriad Genetics持有的BRCA1和BRCA2 DNA序列测试ZL无效，美国最高法院判定也意味着未来美国国内的癌症检查价格将变得更加便宜、普遍。 BRCA1基因的发现和致病相关性是Mary-Claire King博士在1990年发现，尽管当时她的研
英特尔将建帕金森患者数据库
帕金森症的患者通常都会被要求尽可能细致地做好自己的病情记录，以便于医生判断病情的进展。但不少患者都抱怨，我虽然正视自己的病情，但帕金森病并不是我生活的全部啊，按医生要求那样的忠实完整记录自己的病情？说起来容易做起来难！ 好消息是，现在的病情监测可以很容易了。拜可穿戴技术所赐，帕金森病患者运
全球最大自闭症数据库上线
总部位于美国纽约的Simons基金会日前宣布，全球最大的自闭症数据库（SSC）正式上线并向全球科学家开放。目前已有来自美国、加拿大、中国、法国、冰岛、澳大利亚、爱尔兰、巴西和卡塔尔等17国家相关机构的自闭症研究人员，通过云端查询等方式使用了这一数据库。 SSC包含近2600个家庭的基因组序列数
全球最大地震数据库建成
国际地震学中心绘制的2万次地震数据集。 2004年苏门答腊岛地震、2008年中国汶川地震、2010年海地地震、2011年日本地震，在每次灾难中，故事都是相同的：一场地震在毫无征兆的情况下发生，夺走成千上万条生命，并且摧毁了像沙子城堡一样的建筑。 地球科学家依然无法预测一场大地震
建立临床数据库的好处有哪些？
建立临床数据库具有以下诸多好处： 1. 提高医疗质量：通过对大量病例数据的分析，可以发现治疗过程中的优势和不足，从而优化治疗方案，提高医疗效果和患者的预后。 2. 支持临床研究：为医学研究提供丰富的数据资源，有助于发现疾病的发病机制、危险因素和新的治疗靶点，推动医学科学的发展。 3. 促进个性
全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的
美国CDC将建炭疽杆菌公共数据库
日前，美国疾病预防控制中心（CDC）表示，将在亚特兰大建立一个有关炭疽杆菌的公共数据库。CDC称，已经在寻找可以建立这一公共数据库的承包商。 这一举动源于6月份在亚特兰大实验室发生的炭疽杆菌事件。由于实验室部分研究人员，在让炭疽杆菌失去活性时未遵守适当程序，便将可能含有活菌样本转移到安全措施
代谢组学常使用的数据库
代谢组主要是对小分子代谢物（一般50-1500 Da）进行高通量定性和定量分析，代谢组分析产生了大量的生物信息数据。代谢组数据库的开发对于归纳总结这些大数据，方便后续的代谢组学数据分析，揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。 目前常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD
GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。
RNA甲基化研究深度剖析（一）
一、听说最近 RNA甲基化很火，它是何方神圣？1、高分文章频现 说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的，就有高达 17 篇。 图：RNA甲基化近期高
DNA甲基化反应的类型介绍
DNA甲基化反应分为2种类型。一种是2条链均未甲基化的DNA被甲基化，称为从头甲基化（denovo methylation）；另一种是双链DNA的其中一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化，这种类型称为保留甲基化（maintenance methylation）。
关于DNA甲基化的类型介绍
DNA甲基化反应分为2种类型。一种是2条链均未甲基化的DNA被甲基化，称为从头甲基化（denovo methylation）；另一种是双链DNA的其中一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化，这种类型称为保留甲基化（maintenance methylation）。
甲基化干扰实验的实验步骤
用DMS处理靶DNA使之局部甲基化（平均每条DNA只发生一个G碱基甲基化作用）同细胞蛋白质提取物一起进行温育，促进使DNA与蛋白质的结合进行凝胶电泳形成两种靶DNA条带：a、 其一没有同蛋白质结合的DNA正常电泳条带b、其二同特异蛋白质结合而呈现滞后的DNA电泳条带将这两种DNA电泳条带分别从凝胶中