GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。该研究开发的GenOrigin数据库可系统追溯565个物种，9,102,113个基因起源，并根据包含时间刻度的物种树推断基因年龄。 DOI:10.1016/j.jgg.2021.03.018 基因起源的时间（即基因年龄）与其功能密切相关。例如，抑癌基因TP53等癌症相关基因的起源时间与生物多细胞性出现的时间相对应。目前注释同源基因的数据库大多没有提供推断基因年龄的功能，即使有此功能，也仅针对少数核心物种。此外，由于不同研究之间所用注释和方法存在差异，各数据集的基因年龄推断之间也难以比较。 GenOrigin数据库建立流程......阅读全文
基因的分类及对应基因编码蛋白质的作用
把基因区分为结构基因和调节基因是着眼于这些基因所编码的蛋白质的作用：凡是编码酶蛋白、血红蛋白、胶原蛋白或晶体蛋白等蛋白质的基因都称为结构基因；凡是编码阻遏或激活结构基因转录的蛋白质的基因都称为调节基因。但是从基因的原初功能这一角度来看，它们都是编码蛋白质。根据原初功能（即基因的产物）基因可分为：①编
蛋白质结构显示肿瘤抑制基因开合
据美国物理学家组织网报道，美国加州大学圣克鲁兹分校癌症研究人员最近观察到细胞内生化反应分子机制，解释了肿瘤抑制基因是如何控制细胞生长分裂周期的，有助于开发癌症治疗新途径。研究发布在8月《自然结构与分子生物学》上。 目前已知，眼癌肿瘤抑制基因蛋白质就像一扇门，其打开还是关闭控
关于基因转录的蛋白质的分类介绍
真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录机构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所必须的。一般可将这些转录所需的蛋白质分为三大类： (1)RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。 (2)某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复合物
蛋白质芯片对于基因表达的筛选的应用
从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片，用特异性的抗体对其也进行检测，结果的准确率在87%以上，而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比，用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆，灵敏度可达到pg级。
蛋白质芯片技术应用与基因表达的筛选
基因表达的筛选AngelikaL．等人从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片，用特异性的抗体对其也进行检测，结果的准确率在87%以上，而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比，用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆，灵敏度可达到pg级。
让基因沉默提高酵母中的蛋白质产量
通过使基因沉默，研究人员成功地显著增加了酵母中的蛋白质产量。该方法可为制药蛋白和工业酶生产工业产出更好的工程化菌株。 来自丹麦科技大学诺和诺德基金会生物可生化性中心、查尔默斯技术大学和KTH皇家理工学院的研究人员已经鉴定出9个基因靶点，通过组合沉默使工程酵母细胞中的蛋白质产量提高了2.2倍。G
关于基因表达的机制蛋白质运输的介绍
许多蛋白质定位于细胞质以外的其它细胞器,多种信号序列（信号肽）负责将蛋白质引导至它们应该在的细胞器。原核生物中,由于细胞的有限区室化,这通常是一个简单的过程。真核生物却存在多种不同的靶向过程以确保蛋白质到达正确的细胞器。 并非所有蛋白质都保留在细胞内,许多蛋白质如消化酶、激素和细胞外基质蛋白通
基因突变致蛋白质合成异常分析（二）
（二)血红蛋白病的分类和分子基础 血红蛋白病可分为两大类，即异常血红蛋白病和地中海贫血。 1．异常血红蛋白病 异常血红蛋白（abnormal hemoglobin)是指由于珠蛋白基因突变导致珠蛋白肽链结构异常，如有临床表现者称为异常血红蛋白病或异常血红蛋白综合征。至今全世界已发现异常血红
基因突变致蛋白质合成异常分析（七）
2．抗凝血因子缺乏症 （1)遗传性抗凝血酶Ⅲ缺乏症：抗凝血酶Ⅲ（antithrombin Ⅲ,ATⅢ)对凝血酶Xa有抑制作用，肝素能加速其对凝血酶的抑制。其次，ATⅢ还有抑制Ⅸ、Ⅺ及Ⅻ的功能。 遗传性抗凝血酶Ⅲ缺乏症（hereditary antithrombin Ⅲ deficiency
如何通过chip确定与基因结合的蛋白质
染色质免疫沉淀,所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照.当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起.如果你是只知道你的蛋白.染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,可是双链或者是单链,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,在非变性的聚丙烯凝胶电泳
基因突变致蛋白质合成异常分析（一）
蛋白质性质是由DNA分子上碱基数量和顺序决定的。如果DNA分子的碱基数量或顺序发生变化，由它编码的蛋白质结构就发生相应的改变。由于基因突变导致蛋白质分子质和量异常，从而引起机体功能障碍的一类疾病称为分子病（molecular disease)。 分子病种类很多,根据各种蛋白质的功能可将分子病
基因突变致蛋白质合成异常分析（四）
②轻型β地中海贫血：患者是β+地贫、β0地贫或δβ0地贫的杂合子，基因型分别为β+/βA、β0/β+和δβ0/βA。这类患者由于还能合成相当量的β链，所以症状较轻，贫血不明显或轻度贫血。本病特点是HbA2升高（可达4%-8%)或（和)HbF升高。 ③中间型β地中海贫血：患者通常是某些β地贫变异
基因突变致蛋白质合成异常分析（三）
2．地中海贫血由于珠蛋白基因缺失或突变导致某种珠蛋的链合成障碍，造成α链和β链合成失去平衡面导致的溶血性贫血称为地中海贫血（thalassemia)。根据合成障碍的肽链不同可把地中海贫血分为α和β地中海贫血两类。此外还有少见的δβ和γβ地中海贫血。 （1)α地中海贫血（α-thalassem
基因突变致蛋白质合成异常分析（六）
目前已知的DMD基因突变主要为缺失型，约占病例的50%-60%；重复(duplication)次之，约占6%，有两个缺失热区：即5’端的第4-21外显子（占缺失的20%)；另一为第45-52外显子（占54%-60%)。内含子44约160-180kb，断裂频率最高，缺失导致移码突变者，多数会引起
基因突变致蛋白质合成异常分析（五）
表4-2选择性免疫蛋白缺乏症分型IgA缺乏症选择性IgA缺乏症共济失调-毛细血管扩张症Nezelof综合症慢性皮肤粘膜念珠菌病SIgA（分泌型)缺乏症IgA缺乏症IgA缺乏症选择性IgM缺乏症Wiskott-Aldrich综合征IgE缺乏症IgA-IgM缺乏症IgA-IgG缺乏症L链缺乏症
蛋白质磷酸化调控基因表达的机制
组蛋白的磷酸化一般导致对应区域基因表达的上调。表观遗传调控包括DNA甲基化，组蛋白修饰（磷酸化，乙酰化，甲基化等）和小RNA调节，是在DNA序列的基础上对基因表达的调节，是细胞分化的本质。如果除去表观遗传调控，人体各个细胞应该是一样的，但是组蛋白修饰在DNA复制过程中不但可以被复制，也可以在相应蛋白
克隆化基因体外合成蛋白质分析DNA蛋白质相互作用实验
体外合成的蛋白质对于测定一个克隆的基因是否编码一个特异的DNA结合蛋白， 以及分析DNA-蛋白质相互作用都是极为有用的。为了检测DNA的结合能力，可将标 记的蛋白质与特异的DNA片段共温育，用非变性丙烯酰胺凝胶电泳将蛋白质-DNA复 合物与游离的蛋白质分离开来。来源：《精编分子生物学实验指南》第五版
用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA蛋白质相互...
用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA-蛋白质相互作用实验实验方法原理 实验材料 含有所需结合位点的质粒DNA试剂、试剂盒 35S标记的蛋白5×结合缓冲液10 mg mL poly (dl-dC) • poly (dl-dC)或其他的大分子载体 DNA加样缓冲液45%甲醇 10%乙酸EN3HANC
PNAS：特殊蛋白质可控制机体“基因组卫士”
近日，发表在国际杂志PNAS上的一篇研究报告中，来自蒙特利尔临床研究学院的科学家通过研究鉴别出了免疫反应已知机制的一种新的作用亮点，研究人员发现了一种新型特殊蛋白，其可以控制“基因组卫士”—p53肿瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者对T细胞和B细胞的发育也进行了深入研究，这两种细胞均是保
同基因合子蛋白质C缺乏症的简介
同基因合子蛋白质C缺乏症是一种可能致命的罕见疾病，严重缺乏蛋白质C会导致血栓；在皮肤会出现紫斑或坏疽，容易发生于四肢，也可能出现于臀部、腹部、阴囊及头皮。 蛋白质C为肝脏生合成的醣蛋白，具有抗凝血的功能，在人体血液中循环时，为不具活性的酶原（inactive zymogen）。当蛋白质C在血管
NRG1基因编码蛋白质的结构和作用
该基因编码的蛋白质是一种膜糖蛋白，可调节细胞信号传导，并在多器官系统的生长和发育中起到关键作用。通过选择性启动子的使用和剪接，该基因产生了一种不同亚型的特殊变体。这些亚型以组织特异性的方式表达，在结构上有显著差异，分为I型、II型、III型、IV型、V型和VI型。这种基因的失调与癌症、精神分裂症和双
用克隆化基因在体外合成蛋白质分析DNA蛋白质相互作用
基本方案 实验方法原理 实验材料 含有所需结合位点的质粒DNA
《基因组蛋白质组与生物信息学报》：蛋白质组学技术面临
《基因组蛋白质组与生物信息学报》：蛋白质组学技术面临挑战 2003年4月人类基因组图谱基本绘制完成，但对基因的调节与功能问题仍未能解读。由于基因的功能主要是通过其编码的蛋白质来实现，蛋白质才是生命活动真正的执行者，所以越来越多的科学家致力于蛋白质的研究，试图找出人类疾病的致病机理，最终解决人类
蛋白质组学之逆袭，深度注释基因组
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。 从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会导
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。 通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会
同基因合子蛋白质C缺乏症的症状简介
同基因合子蛋白质C缺乏症，或复合异基因合子蛋白质C缺乏症（compound heterozygous protein C deficiency）通常在出生后至数日内发病，表现猛爆性紫斑症或急性静脉栓塞，有些蛋白质C低于20%的患者，会于儿童期或成年期初期发病。每位患者的症状并不一定相同，可能出现
最新模型定义蛇毒进化－剧毒蛋白质进化于无毒基因
据科学日报报道，目前描绘蛇或者蜥蜴嘴巴内部主要基因的科技改变了科学家们将动物定义为有毒的方式。如果口腔腺体能够表达与“毒素”相关的20个基因家族中的一些基因，那么这个物种就被定义为有毒。然而，美国德克萨斯大学阿灵顿分校的一项最新研究挑战了这一定义，这些研究还建立了一个描述蛇毒是如何产生的新模型。
科学家成功解析叶绿体基因转录蛋白质机器构造
叶绿体中的光合作用将光能转化为化学能，吸收二氧化碳，释放氧气，是地球生物圈的重要塑造者。叶绿体约在15亿年前通过蓝藻内共生进化而来。在进化过程中，叶绿体基因要么被废弃，要么逐渐转移到细胞核染色体中，导致多数陆地植物叶绿体基因组只保留了110-130个基因。其中，大部分基因编码基因转录、蛋白翻译和光合
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发