新一代蛋白结构预测技术
《Nature Chemical Biology》杂志在线版一篇文章介绍,伊利诺斯州立大学John A. Gerlt博士率领的研究小组研制出一种新途径,能够确定氨基酸序列已知的蛋白的结构和功能。 这是首次利用计算机程序,根据蛋白的氨基酸序列精确预测蛋白功能。Gerlt等的“in silico”预测结果被实验室酶分析和X 射线结晶学手段所证实。 研究过程大致为搜寻序列已知的蛋白的数据库,寻找氨基酸序列与未知蛋白的氨基酸序列具有很大同源性的蛋白,然后根据搜索到的与未知蛋白最为贴近的蛋白的三维结构,分析未知蛋白的功能。这种方法提高了鉴别功能未知蛋白的生物学作用的工作效率。 研究小组利用这种同源模型中得到的结构数据,进行计算机化的分子对接实验(docking experiments,生物通编者译),快速评估是否未知蛋白偏向于结合任何潜在靶标分子或底物。确定与目的蛋白相结合的底物对于了解蛋白功能非常重要。Gerlt说,不需要对3万个......阅读全文
简述脂蛋白的结构
脂蛋白中的蛋白部分称为载脂蛋白(Apo)。载脂蛋白在脂蛋白代谢中具有重要的生理功能。Apo是用ABC命名法,当前已经发现很多种类,一般分为5~7类,主要测定其ApoAI,ApoB两种。 ApoAI主要由肝脏合成,小肠也可合成,它是高密度脂蛋白胆固醇(HDL-CHOL)的主要结构蛋白,占HD
骨桥蛋白的基因结构
OPN人的OPN基因定位在染色体4q13,是单一编码基因,8kb大小,具有7个外显子和6个内含子组成。小鼠位于5号染色体上,基因长约7Kb,包括7个外显子,其5’端有启动子序列,该启动子中IKb长度也被测序并用GCG程序分析了转录因子的可能识别部位,这些转录因子包括API-5、PEA-3、PEA
Ras蛋白的结构特点
Ras是大鼠肉瘤(rat sarcoma,Ras)的英文缩写。Ras蛋白是原癌基因 c—ras的表达产物,相对分子质量为21kDa。
载脂蛋白基因结构
载脂蛋白基因的分离是通过用相应的cDNA作为探针筛选基因文库而完成的。比较基因的核苷酸序列与cDNA的核苷酸序列得以鉴定基因的内含子与外显子数目以及它们的分界线。大部分真核细胞的基因含有内含子,内含子不编码氨基酸,但有些内含子参与基因表达的调控。外显子通常占据基因内的三个区域:第一个区域不编码氨
肌动蛋白的结构
肌动蛋白的氨基酸序列是最高度保守的蛋白质之一,因为它在进化过程中几乎没有变化,在藻类和人类等不同物种中的差异不超过20%。因此,它被认为具有优化的结构。它有两个显着特征:它是一种缓慢水解ATP的酶,ATP是生物过程的“通用能量货币”。然而,需要ATP以保持其结构完整性。其高效的结构是由几乎xxx的折
微管蛋白的结构特点
是一种球蛋白,是细胞内微管的基本结构单位。它是由两个蛋白质分子,即α-、β-微管蛋白分子聚合而成的异二聚体;每个这样的二聚体又与两个核苷酸分子相结合,一个属紧密结合,另一个为疏松结合,而且可以快速交换。分子量12万,沉降系数6s。微管蛋白有两个尺寸相等而结构不同的亚基(α和β)。其亚基分子量为5.5
Ras蛋白的结构特点
Ras蛋白为膜结合型的GTP/GDP结合蛋白,相对分子质量为2.1万,定位于细胞膜内侧.它由188或189个氨基酸组成,它的第一个结构域为含有85个氨基酸残基的高度保守序列,接下来含有80个氨基酸残基的结构域中,Ras蛋白结构轻微不同,除了K2Ras末端25个氨基酸由于不同的外显子而分为A型和B型外
肌球蛋白的结构
肌球蛋白是长形不对称分子,形状如“Y”字,长约160nm。电子显微镜下观察到它含有两条完全相同的长肽链和两对短肽链,组成两个球状头部和一个长杆状尾部。肌球蛋白分子量约460kD,长肽链的分子量约240kD,称重链;短链称轻链。将肌肉肌球蛋白用5,5′-二硫双(α-硝基苯甲酸,DTNB)处理后放出的一
胶原蛋白的结构功能
胶原蛋白是生物高分子,动物结缔组织中的主要成分,也是哺乳动物体内含量最多、分布最广的功能性蛋白,占蛋白质总量的25%~30%,某些生物体甚至高达80%以上。
微管蛋白的结构特点
tubulin组成微管的蛋白质称为微管蛋白。微管蛋白是球形分子,有两种类型:α微管蛋白(α-tubulin)和β微管蛋白(β-tubulin),这两种微管蛋白约占微管蛋白总量的80%~95%,具有相似的三维结构,能够紧密地结合成二聚体,作为微管组装的亚基。α亚基由450个氨基酸组成,β亚基是由455
Cell:蛋白固有结构失序
许多蛋白(固有无序蛋白,IDPs)或蛋白区域(固有无序蛋白区域:IDRs)缺乏明确的生理条件三维结构,这些蛋白虽然未折叠,且高度动态化,但是其本身并没有变性,相反蛋白的固有结构失序就是其天然功能状态。 作为一类缺乏稳定结构的特殊蛋白质,固有无序蛋白在生命活动中行使重要的生物学功能,与人类重大
胶原蛋白的基本结构
其基本结构为三股胶原蛋白多肽链相互缠绕形成的三螺旋结构,直径为1.5nm。部分类型的胶原蛋白三螺旋可组合成相互平行的有序多聚体,称为胶原蛋白纤丝(collagen fibril),其直径在10-300nm,长度可达几μm。胶原蛋白纤丝可以进一步组装成直径为0.5-3μm、长度为上百μm的胶原蛋白纤维
关于蛋白质结构的结构种类概述
蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链,但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构,这种三维结构通常被称为蛋白质的构象,即蛋白质的结构。 蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面: 一级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸
关于蛋白质结构的结构预测介绍
测定蛋白质序列比测定蛋白质结构容易得多,而蛋白质结构可以给出比序列多得多的关于其功能机制的信息。因此,许多方法被用于从序列预测结构。 一、二级结构预测 二、三级结构预测 同源建模:需要有同源的蛋白三级结构为基础进行预测。 Threading法。“从头开始”(Ab initio):只需要蛋
关于蛋白质结构的结构测定介绍
专门存储蛋白质和核酸分子结构的蛋白质数据库中,接近90%的蛋白质结构是用X射线晶体学的方法测定的。X射线晶体学可以通过测定蛋白质分子在晶体中电子密度的空间分布,在一定分辨率下解析蛋白质中所有原子的三维坐标。大约9%的已知蛋白结构是通过核磁共振技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。除了
关于蛋白酪氨酸磷酸酶的基本结构介绍
PTP-1B广泛存在于脂肪细胞、肝组织细胞、肌组织细胞和上皮细胞多个组织中。荧光免疫原位杂交法表明,PTP-1B主要定位于胞浆内质网组织中,以C末端的35个特异性氨基酸与内质网结合,其N末端含有半胱氨酸和精氨酸残基,精氨酸残基的催化中心朝向胞浆。 PTP-1B含有一段240个氨基酸残基所组成的
Science:人类蛋白酶体3D结构
恶性细胞不仅以比我们体内大多数健康细胞更快的速度增殖,它们还生成了更多的“垃圾”,例如错误和受损的蛋白质。这使得癌细胞天生更加依赖最重要的细胞垃圾处理设施——蛋白酶体来降解缺陷蛋白,从血液循环中清除掉它们。治疗某些类型的癌症,如多发性骨髓瘤就利用了这种依赖性。一些选择性阻断蛋白酶体的抑制剂被用来
胰蛋白酶的化学结构如何影响其活性?
活性中心:胰蛋白酶的活性中心位于其氨基酸序列中的Cys残基和His残基之间。这两个残基通过形成氢键来稳定一个称为“酶-底物复合物”的结构。这种结构使得胰蛋白酶能够准确地识别并切割底物中的特定肽键。 电荷分布:胰蛋白酶分子中的氨基酸残基带有不同的电荷,这有助于它与带电的底物分子相互作用。例如,胰
NMR对食品中蛋白质和氨基酸的结构的测定
二维核磁共振波谱技术及其相应计算方法的发展,核磁共振波谱学已成为研究蛋白质和氨基酸的结构、空间构型以及动力学的重要工具。Niccolai 等在研究 MNEI(一种含96种氨基酸的甜蛋白)时,用带顺磁探头的梯度NMR图谱仪研究其表面结构,以确定该甜蛋白可能的络合部位及与水的络合情况。张猛等综述了甜蛋白
蛋白质二维结构的结构特点
二维结构是指原子或离子集团中的原子或离子具有在空间沿二维方向的正、反向延伸作有规律排布的结构。
蛋白质三级结构的结构特点
三级结构是由一个已经具有了某些a-螺旋和/或b折叠区的多肽链折叠成一个紧密包裹的、几乎成球形的空间结构,或称为天然构象。三级结构的一个重要特点是在一级结构上离得远的氨基酸残基在三级结构中可以靠的很近,它们的侧链可以发生相互作用。二级结构是靠骨架中的酰胺和羰基之间形成的氢键维持稳定的,三级结构主要是靠
血管生成蛋白的结构特点
中文名称血管生成蛋白英文名称angiogenin定 义最初从人腺癌培养细胞中分离的一种小分子蛋白质。能使新血管在活组织中生长。健康的非癌组织也产生这种小分子蛋白质,有35%的序列与胰核糖核酸酶同源。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),激素与维生素(二级学科)
样本蛋白的结构性质
了解样本蛋白的结构性质有助于选择最合适的抗体,至少两方面因素需要考虑。待测样本蛋白的结构域:抗体是由各种不同免疫原免疫宿主而制备得来,其中的免疫原包括:全长蛋白、蛋白片断、多肽、全有机体(如:细菌)或细胞,抗体说明书一般都有免疫原的描述,如果打算检测的是蛋白片断或一种特殊的同型物或蛋白全长的某一区
蛋白质整体的结构
蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物大分子。蛋白质分子上氨基酸的序列和由此形成的立体结构构成了蛋白质结构的多样性。蛋白质具有一级、二级、三级、四级结构,蛋白质分子的结构决定了它的功能。 一级结构:蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序,以及二硫键的位置。 二级结构:蛋白质分子局区域内,多肽
简述网格蛋白的结构
有两种类型的轻链:α链和β链,二者的氨基酸有60%是相同的,但还不知道它们在功能上有什么差别。许多三腿复合物再组装成六边形或五边形网格结构,即包被亚基,然后由这些网格蛋白亚基组装成披网格蛋白小泡。
G蛋白偶联的结构特点
与G蛋白偶联的多种受体具有共同的结构功能特点:分子量40-50kDa左右,由350-500氨基酸组组成,形成7个由疏水氨基酸组成的α螺旋区段,反复7次穿越细胞膜的脂质双层。肽链的N末端在胞膜外,C末端在细胞内。N末端上常有许多糖基修饰。
核糖核蛋白颗粒的结构
中文名称核糖核蛋白颗粒英文名称ribonucleoprotein particle定 义由RNA和蛋白质组合的颗粒体。如信号识别颗粒、端粒酶、核糖核酸酶P、核糖体、剪接体、编辑体等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)
肌动蛋白的结构组成
肌动蛋白是细胞中两种细丝的单体 亚基 :细丝,细胞骨架的三个主要成分之一,以及细丝,是肌细胞中收缩装置的一部分。它可以作为称为G-肌动蛋白 (球状)的游离单体存在,或作为称为F-肌动蛋白 (丝状)的线性聚合物 微丝的一部分存在,这两者对于细胞的移动和收缩等重要的细胞功能是必不可少的。
G蛋白偶联受体结构介绍
G蛋白偶联受体均是膜内在蛋白(Integral membrane protein),每个受体内包含七个α螺旋组成的跨膜结构域,这些结构域将受体分割为膜外N端(N-terminus),膜内C端(C-terminus),3个膜外环(Loop)和3个膜内环。受体的膜外部分经常带有糖基化修饰。膜外环上包含有
肌动蛋白的结构特性
它的氨基酸序列也是最高度保守的蛋白质之一,因为它在进化过程中几乎没有变化 ,在藻类和人类等多种物种中的差异不超过20%。它有两个显着特征:它是一种缓慢水解 ATP的酶 ,是生物过程的“通用能量货币”。 但是,ATP是必需的,以保持其结构完整性。其高效的结构由几乎独特的折叠过程形成。此外,它能够比任何