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通过新一代测序来分析拷贝数变异

对于精准医疗而言,理想的情况是测定每位患者的遗传变异,并根据结果及其他因素开出适当的药物。具体到癌症,遗传变异包括单核苷酸替换和插入/缺失、基因拷贝数变异、部分或整个基因缺失、大的染色体区域的重复或缺失,以及染色体易位和其他重排。 HER2基因是癌症精准医疗的首批治疗靶点之一,并且已经改变了HER2阳性乳腺癌的治疗。自从发现HER2基因扩增并将其作为治疗靶点以来,测定拷贝数变异的技术在不断发展。利用最新的高通量拷贝数检测方法,人们可以更好地鉴定这些重要的基因变异,并深入了解它们与疾病的关系。克服挑战 在检测全基因组的拷贝数变异(CNV)时,过去常用的方法是比较基因组杂交(CGH)和基因分型芯片。CGH利用长寡核苷酸探针来比较差异标记的靶点和参考DNA之间的荧光信号。基因分型芯片则不同,它利用短序列来捕获DNA片段,并根据不同的杂交强度来推导拷贝数。 虽然基于芯片的方法能够带来高效、灵敏且大规模的拷贝数分析,但它们也存在......阅读全文

谢晓亮院士:单分子技术透视生命之谜

  2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差异。  MAL

北大谢晓亮教授:单分子技术透视生命之谜

2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差

数字PCR应用及前景

 剖析|你想要知道的数字PCR应用及前景 一. PCR的发展历史 PCR技术自问世以来,在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。代 PCR在进行扩增后通过凝胶电泳进行定性分析。 随着生物分子荧光技术的发展,1992年实时荧光定量P

你想要知道的数字PCR应用及前景

 一. PCR的发展历史  PCR技术自问世以来,在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。第一代 PCR在进行扩增后通过凝胶电泳进行定性分析。  随着生物分子荧光技术的发展,1992年实时荧光定量PCR(Quantitative

数字PCR应用及前景

一. PCR的发展历史 PCR技术自问世以来,在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。第一代 PCR在进行扩增后通过凝胶电泳进行定性分析。 随着生物分子荧光技术的发展,1992年实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR

高通量芯片技术在细胞遗传学检测领域的划时代飞跃

  细胞遗传学是从细胞的角度,主要是从染色体的结构和行为来研究遗传现象,并找出遗传机制和遗传规律。目前和基础理论与临床医学紧密结合对于遗传咨询和产前诊断具有重要意义。而迅速发展的芯片技术在检测通量、分辨率、灵敏度等方面都远远超过了传统的细胞遗传学方法。因此可以说高通量芯片技术是细胞遗传学检测领域的一

Nat Methods: 2014年值得关注的技术

  单细胞测序被评为2013年年度技术   2014 年首刊,《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时,杂志还介绍了2014年值得关注的技术,包括

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

解读《肿瘤个体化治疗检测技术指南》:9大检测技术

  肿瘤的个体化治疗基因检测已在临床广泛应用,实现肿瘤个体化用药基因检测标准化和规范化,是一项意义重大的紧迫任务。  为进一步提高肿瘤个体化用药基因检测技术的规范化水平,7月31日,国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会,在广泛征求意见的基础上,制订了《肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)》。  

新一代测序技术的先锋-SOLiD系统

2008年12月  作为上世纪生命科学领域最重要的技术发明之一,测序技术深刻地改变了我们对生命本质的理解和掌控能力。假如没有测序技术,基因序列就无法确定,酶切、克隆、反转录、cDNA、PCR、SNP、RNAi等等研究技术也就根本无从谈起,生命科学领域也不会有今日的蓬勃发展。无人不晓的GenBank;

用新一代测序寻找罕见变异 需谨慎

  新一代测序引入的误差,使得我们很难检测到罕见变异,而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。在Biotechniques最近的一篇新闻中,Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。  美国国家心脏、肺和血液研究所外显子组测序项目的研究人员,

Genomeweb:回顾基因产业十大热门新闻

  2015年是基因产业并购与新品发布的火爆年度,在这一年里,出现了多种值得期待的平台,同时业界对NIPT及液态活检技术更是趋之若鹜。国际知名基因组专业网站Genomeweb回顾了过往基因产业十大热门新闻,其中NIPT假阳性事件最受关注,其次为奥巴马总统提出的精准医学项目和牛津纳米孔公司的测序仪。 

Roche罗氏:新一代测序AVENIO肿瘤组织分析试剂盒正式上市

  近日,罗氏宣布在全球推出三种新一代测序(NGS)AVENIO肿瘤组织分析试剂盒——AVENIO肿瘤组织靶向试剂盒、扩展试剂盒以及监测试剂盒。这些试剂盒可检测实体瘤中的全部四种突变类型,是对罗氏用于肿瘤学研究的新一代测序(NGS)ctDNA试剂盒的补充。AVENIO仅限研究用的即用型试剂盒所组成的

Biotechniques:如何降低下一代测序1%的碱基错误识别?

  为什么复杂疾病的全基因组关联研究都是失败的?  下一代测序带来的误差,使得我们很难检测到罕见变异,而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。  在Biotechniques最近的一篇新闻中,Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。  美国

科学家揭开“垃圾”DNA的神秘角色!

  生物学家们在很长一段时间里都认为,既然几乎所有具体的生理机能都要由蛋白质来完成,那么不编码蛋白质的DNA应该是没有用的,可以称为“垃圾DNA”;而且人类基因组项目发现人的基因组中仅有1.5%的序列是给蛋白质编码的,其余的98.5%的序列是以前认为的“垃圾”DNA。  此前研究人员进行了一项名为E

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

胚胎植入前染色体筛查的新技术

  尽管体外受精(IVF)已经彻底改变了不孕不育的治疗,但这个过程本身不够高效,成功率很低。染色体非整倍体,是造成体外受精失败的主要原因,因为大多数非整倍体胚胎无法植入,或在孕早期流产。因此,提高成功率的关键,是选择染色体数目正常的胚胎。为此,人们开始采用胚胎植入前染色体筛查(PGS)。  他们最早

新一代测序技术(下)-SOLiD (ABI)

 【摘要】 2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代

数字PCR技术的发展和原理

数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是绝对定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了。尽

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

总融资9.86亿美元!基因治疗浪潮即将来袭

  2018年,全球都在经历一场艰难的资本寒冬。募资难、融资难、估值缩水,这是许多投资人和创业者最深的体会。但尽管在这样艰难的岁月,基因领域依然创下了约9.86亿美元的高融资额,与2017年10亿美元相比基本持平。  这一年里,NMPA批准了首款基于NGS的肿瘤检测试剂盒,燃石医学喜提中国“肿瘤NG

多种测序技术或将深入推动癌症领域研究

  本文中小编整理了多篇文章,来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力,与各位一起学习!  【1】JAMIA:新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物  doi:10.1093/jamia/ocw022  科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上

盘点:分子诊断常用技术50年的沿革与进步

  一、基于分子杂交的分子诊断技术  上世纪60年代至80年代是分子杂交技术发展最为迅猛的20年,由于当时尚无法对样本中靶基因进行人为扩增,人们只能通过已知基因序列的探针对靶序列进行捕获检测。其中液相和固相杂交基础理论、探针固定包被技术与cDNA探针人工合成的出现,为基于分子杂交的体外诊断方法进行了

CNVs解读和报告立新标!哈佛大学沈亦平揭示核心内容!

  2019年11月6日,美国医学遗传学与基因组学学会 (ACMG) 和美国国立卫生研究院 (NIH) 资助的临床基因组资源中心 (ClinGen) 在Nature子刊Genetics in Medicine杂志上联合发布了《原发性拷贝数变异解读与报告技术标准》。这是继2011年该标准发布以来的首次

PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性

  一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究,从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。  早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新

液相芯片技术的原理与应用进展

   液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible Multi Analyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原 抗体、酶 底物、配体 受体的结合

液相芯片技术的原理与应用

液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible MultiAnalyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原抗体、酶底物、配体

基因测序让“孤儿病”不再孤独无依

  罕见病又称“孤儿病”,由于单病种人群发病率低、病例分散等特点,长久以来罕见病研究处于医学研究的荒漠地带,未能引起临床医生的足够重视,导致许多罕见病患者不得不面临无法获得明确、及时的诊断亦或即使诊断明确却无药可医的两难境地。解决罕见病患者诊断难、治疗难的问题不仅是现代医学面临的重大挑战,也是社会发

全外显子组测序接近成为“新家族史”

  贝勒医学院分子和人类遗传学儿科学系、人类基因组测序中心和德克萨斯大学健康科学中心的研究人员曾经报道称,在3386名接受全外显子组检测的患者当中,有大约四分之一的患者被诊断为一种已知的遗传疾病。  最近在《Journal of the American Medical Association》(J