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首创全基因组大数据的高精度计算技术揭示癌症复杂性

2月6日出版的《自然》集中发表了国际癌症基因组联盟(ICGC)泛癌全基因组分析协作组(PCAWG)完成的6篇论文,分别聚焦泛癌全基因组数据画像、肿瘤体细胞突变的路径图谱、非编码区的驱动突变特征、基因组结构突变的特征模式、复现肿瘤的演化历程和多组学荟萃的RNA变化规律六个方面。同日,PCAWG还在《自然—生物技术》《生物通讯》在线发表相关研究成果。另外,本期《自然》杂志在选取癌症分类作为当期封面的同时,还配发了新闻综述和科技评论,称赞上述研究在广度和深度上都实现了重大突破,首创了多项面向全基因组大数据的高精度计算技术,以前所未有的规模进一步揭示了癌症的复杂性,在癌症组学的多个领域都取得了一批重要发现和具有指南意义的结论,是迄今最全面的癌症多组学研究成果。癌症驱动突变全景图(是对研究的超过90%的癌症病人的汇总)疑似癌化早期标志的多种基因组复杂变异情况 据西安交大相关论文作者介绍,综述和评论总结指出,6篇论文和PCAWG的其他......阅读全文

最全癌症基因图谱公布 有望提前数十年识别出肿瘤突变

  癌症是一种基因病,由体细胞癌基因突变引起。早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。  2月5日,Nature杂志及其子刊同期发表了20余篇关于癌症研究的文章,由来自37个国家、

两位华人科学家探寻癌症早筛解决之道,早筛痛在哪

  2016年,肿瘤学权威期刊《CA: A Cancer Journal for Clinicians》上刊登了一篇2015年中国癌症估测数据报告。数据显示,中国2015年癌症新发病例429.2万,死亡人数高达281.4万。再看世界卫生组织发布的癌症数据:每年全球大约有1400多万癌症新发病例,每年

多种测序技术或将深入推动癌症领域研究

  本文中小编整理了多篇文章,来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力,与各位一起学习!  【1】JAMIA:新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物  doi:10.1093/jamia/ocw022  科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

大型研究为癌症基因组分析奠定基础

  12月9日,国际癌症基因组协会(ICGC)在著名的《Nature Communications》杂志,发表了一篇令人瞠目的文章,它为即将到来的癌症基因组学研究时代,奠定了基础。该项目,是由Centro Nacional de Analisis Genómico (CNAG-CRG)和German

PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性

  一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究,从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。  早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

《自然》:人类癌症的致癌全景图

  用于新型癌症治疗方法的临床试验设计,一般来说都是集中在肿瘤起源所在的组织,然而近期由纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究人员完成的一项研究则发现了一种新的方法:基于基因组标记进行研究,而不是针对机体器官组织进行研究。   这一研究成果公布在9月26日的Nature Genetics杂志上,同时还

癌症基因组——癌症研究和云计算的里程碑

图片来源:https://www.nature.com/articles/d41586-020-00308-w  2001年,人类基因组计划完成,整个计划花费约30亿美元,1985年提出,1990年正式启动,历经十余年。肿瘤是最热门的研究领域之一,该领域的研究者们一直希望可以借助测序手段去表征肿瘤的

6篇Nature齐发!癌症基因组计划成果成井喷之势

  除了Nature一次性发表6篇论文外,Nature Genetics杂志发表了3篇,Nature Communications发表9篇,Nature Biotechnology一篇,详细报道BioArt后续会陆续发布。文章合集网址:https://www.nature.com/collectio

《Cell》:如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤

  时至今日,这一计划已经取得了许多成果,最新Cell杂志公布了泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas),这也是癌症基因组图谱(TCGA)的收官项目,同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表,以及相关的一些主要发现(每种肿瘤类型的标记论文)。  生物通报道:2005年美国国立

基因测序前景:上游市场增速放缓 中下游市场潜力巨大

  基因测序服务市场增速快,预计2016年超过测序仪器市场。据Markets&Markets预测,2014-2020年上游市场中测序仪的复合增长率是15.4%。中游测序服务市场重资产、技术附加值低,将是产业链中增速最快的,据BCC Research预测2011-2016年复合增长率为29%。

首届深圳国际生物科技创新论坛暨展览会在深隆重开幕

  2012年12月13日,由深圳市人民政府、中国医药生物技术协会以及华大基因共同主办的“深圳国际生物科技创新论坛暨展览会”在深圳会展中心成功开幕。本次展会以“生物产业链上的高成长机会”为主题,旨在深入探讨以生物基因资源为源头、以生物科技创新为牵引,贯穿从科学研究到技术创新到产业发展的生物领域全新思

Nature:回顾人类基因组计划的25年

   25年前,人类基因组计划启动了,时至今日,它所提供的经验仍旧指引着由它开启的,以团队协作为基础的科学研究。  1989年,人类基因组计划启动前,纽约冷泉港实验室举行的的班伯里会议。弗朗西斯·柯林斯与詹姆斯·沃森位于前排。  25年前,新落成的美国国家人类基因组研究中心(即现在的国立人类基因组研

北大特聘教授探讨破解癌症耐药性的基因组学方法

  近日,北京大学的张泽民教授在Trends in Genetics杂志上发表文章,探讨了破解癌症耐药性机制的基因组学方法。 癌症精确医疗面临的主要障碍是,靶向性治疗总是会遇到抵抗。因此了解和克服癌症耐药性,成为研究的焦点。  癌症耐药性背后的生化和遗传机制非常复杂。为了克服这一巨大的挑战,近年来人

北大特聘教授探讨破解癌症耐药性的基因组学方法

  近日,北京大学的张泽民教授在Trends in Genetics杂志上发表文章,探讨了破解癌症耐药性机制的基因组学方法。 癌症精确医疗面临的主要障碍是,靶向性治疗总是会遇到抵抗。因此了解和克服癌症耐药性,成为研究的焦点。  癌症耐药性背后的生化和遗传机制非常复杂。为了克服这一巨大的挑战,近年来人

《技术评论》选出2013年10大突破性技术(三)

  (六)产前DNA测序:成长的烦恼   自香港科学家卢煜明(音译)在1997年发现孕妇血液中存在胎儿DNA这一现象至今,无创产前DNA测序以前所未有的速度从实验室迈向市场。胎儿全基因组测序已经成为基因组革命的下一个前沿领域,随着测序技术的发展,胎儿全基因组测序也不再只是一个技术问题,而成为一个重

2013年10大突破性技术产前DNA测序:成长的烦恼

  自香港科学家卢煜明(音译)在1997年发现孕妇血液中存在胎儿DNA这一现象至今,无创产前DNA测序以前所未有的速度从实验室迈向市场。胎儿全基因组测序已经成为基因组革命的下一个前沿领域,随着测序技术的发展,胎儿全基因组测序也不再只是一个技术问题,而成为一个重要的社会问题。   重要性:未来,儿童

GEN:专家解析 大数据研究对于癌症治疗的焦点问题

  在今年一月,美国副总统拜登在瑞士达沃斯世界经济论坛的科学家小组讨论中提出了一系列攻克癌症的具体要求。其中,怎样通过大数据的收集、分析与应用来研究、预防与治疗癌症成为了一个格外引人注目的话题。  专家:  Keith Perry:圣裘德儿童研究医院高级副总裁和首席信息官  Narayan Desa

借鉴:人类基因组计划六大科研经验

   日前,美国国家人类基因组研究所的三位历(现)任所长回顾了人类基因组计划(HGP)大科学项目实施所取得的历史经验。他们认为,几年前围绕HGP的讨论主要集中在该计划已经或将对人类疾病的认识带来何种见解。但现在明确的是,HGP除了极大地加速了生物医学研究,还开启了科学研究的新方式和组织管理

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

国际基因组学大会在长春落幕

10月24日,2011国际基因组学大会在长春落幕。中科院院士贺林、美国国立卫生研究院癌症研究所资深研究员Charles Vinson等国内外知名专家学者,围绕“基因组学时代的机遇与挑战”主题,从基因组科学、基因组技术、基因组信息学与计算生物学、基因组转化与应用等方面进行了交流,并就全球基因

灵长类动物结构变异的机制

  2013年度基因组生物学大会(The Biology Of Genomes 2013)于5月7日晚在美国纽约冷泉港实验室召开。这是基因组学领域最大的会议之一,吸引了多个著名研究所的大牛参加。会议主题包括高通量基因组学和遗传学、复杂性状的遗传学、功能和癌症基因组学、计算基因组学、进化基因组学以

基因组测序新公司工作全靠机器人

CG公司的基因组测序工作完全由机器人完成工作人员正在蓝色幽暗的“车间”内操作检测设备   美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在,一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起,那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过,一家名为“整

有关TILLING技术介绍及相关的文献下载

TILLING 技术是于上个世纪 90年代末期,美国 Fred Hutchinson癌症研究中心基础科学研究所的 Steven Henikoff领导的研究小组发展起来的( 1)。目前, TILLING技术作为种研究方法已经应用于多种生物中,如拟南芥、玉米、水稻、百脉根、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫等。对

首届国际基因组学大会美洲分会在费城成功召开

  2012年9月27日至28日,为期两天的首届国际基因组学大会美洲分会(The International Conference on Genomics in the Americas,ICG Americas 2012)在美国费城儿童医院(CHOP)成功召开。本次会议由华大基因与费城儿童

大数据研究推翻常规认识

  近年来,科学创新日渐进入"大数据"时代,各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展,使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展,我们

英国欲成为DNA检测行业全球领先者

  新一代测序技术的快速发展带来的对更多物种、更多个体、更多层次上进行全基因组测序以及大规模的基因组数据的分析和管理,正在成为推动生命科学创新的源泉,并将为人类重大疾病预测、预防、诊断和治疗奠定基础。正式基于这样的共识,各国纷纷启动自己的基因组计划,美国建议启动“百万人美国人基因组计划,英国政府正式

7名中国青年当选亚洲医疗科学领域30岁以下俊杰

  近日,《福布斯》杂志评选出了亚洲地区的“30位30岁以下俊杰”(30 Under 30)榜单,来自医疗及科学、金融风投、艺术等10大领域的300名年轻人入选。《福布斯》杂志认为,他们代表了亚洲最为杰出的年轻企业家、创新者与变革人。  在“医疗及科学”(Healthcare & Scien