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Nature:深度立体基因分析或可帮助理解机体肝脏的功能

如果你早晨醒来感觉精力充沛,头脑清楚, 那么你应该感谢机体肝脏在你吃早饭之前为你制造了一定的葡萄糖;在履行机体其它重要的功能中,肝脏还能够帮助清除体内的毒素并且在血液中产生大量的载体蛋白;近日一项刊登在国际著名杂志Nature上的研究报告中,来自魏兹曼科学研究院的研究人员通过研究发现,机体肝脏这种神奇的多任务处理技能至少部分是由于肝脏细胞中的精细劳动分工所造就的。 在每一个肝脏的微观世界中,一种六角小叶结构会组成洋葱样的同心层结构,通过绘制肝脏小叶结构所有细胞的基因活性图谱,研究者Shalev Itzkovitz博士及其同事就发现,每一层同心层结构都会发挥不同的功能,而且肝脏细胞能够被分为至少9种不同的类型,每一种类型都会专注于自己的任务。 研究者还发现,葡萄糖、凝血因子以及其它多种材料的合成都会发生于肝脏小叶的外层结构中,这些层状结构富含促进多种合成过程所需的氧气;肝脏小叶的内层结构则能够揭示毒素和其它物质被破碎的位点......阅读全文

基因表达谱数据聚类分析相关内容

DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题,分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构,结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题,所采用的方法包括通过可视

三种基因表达差异的显著性分析方法

DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验,应用之一是比较实验,目的是比较两个条件下的基因表达差异,从中识别出与条件相关的特异性基因,例如,识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性,对于同一样本,往往有两次或更多次的重复实验,但是,由于 DNA 微

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同

Bio-Mark™基因分析系统介绍

美国Fluidigm公司www.fluidigm.com创立于1999年,总部设在美国加州。其创始人是Steve Quake和Gajus Worthington(公司CEO)。Steve Quake是美国斯坦福大学教授,是微液流领域(Microfluidic Technology)的权威专家http

基因芯片数据的分析方法

研究背景:基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测,探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义,这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据,其分析方法和思路都大同小异,这里分享一个多组实验设

毛细管电泳仪在核酸分析中的应用

毛细管电泳仪(CE)是以毛细管为分离通道,以高压直流电场为驱动力,利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离,是分析科学继液相色谱仪之后的又一重大进展,使分析科学从微升级进入到了纳升级水平,不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能,也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。一、在DNA测序中的应

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP                                        

遗传病的基因诊断选择

  一、直接诊断和间接诊断  基因诊断可分为两类:一类是直接检查致病基因本身的异常。它通常使用基因本身或紧邻的DNA序列作为探针,或通过PCR扩增产物,以探查基因无突变、缺失等异常及其性质,这称为直接基因诊断,它适用已知基因异常的疾病;另一类是基因间接诊断。当致病基因虽然已知但其异常尚属未

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野生型测交后得到的

基因表达数据分析主成分分析 PCA

DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis , PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法,它可以从多元事物中解析出主要影响因素,揭示事物的本质,简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变

基因芯片数据的分析方法

研究背景:基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测,探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义,这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据,其分析方法和思路都大同小异,这里分享一个多组实验设

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

伯乐CFX96 TOUCH荧光定量PCR中文说明书

CFX96 Touch荧光定量PCR仪 型号:CFX96 Touch生产厂家:Bio-Rad (美国伯乐公司) 1.工作环境1.1 工作温度 5-31℃1.2 工作湿度 相对湿度≤80%1.3 工作电源 100–240 VAC, 50–60HZ. 2.功能可用于核酸定量

作物基因组学研究进展(二)

⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一,小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响,小麦生产面临严峻的挑战,对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦(Triticum aestivum L.)是3个不同亚基因组形成的异源

常用的分子生物学基本技术(三)

DNA序列分析(DNA sequencing) 应用各种突变检测技术检测到的基因突变,最后都需用序列分析才能确定突变类型及突变位置,其效率可以达到100%。现在的测序方法已与经典的方法有了很大的不同,其基本原理虽仍是双脱氧终止法,但自动化程度大为提高,操作更简便,测序时间也大大缩短。随着PCR技术与

高质量黑麦基因组揭示重要的农艺基因

  Nature Genetics  2021年3月18日,由河南农业大学王道文研究员团队联合多个单位共同破译黑麦基因组。相关研究成果“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomi

高效毛细管电泳仪在核酸分析中的应用

         高效毛细管电泳仪(CE)是以毛细管为分离通道,以高压直流电场为驱动力,利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离,是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展,使分析科学从微升级进入到了

高效毛细管电泳仪在核酸分析中的应用

        高效毛细管电泳仪(CE)是以毛细管为分离通道,以高压直流电场为驱动力,利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离,是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展,使分析科学从微升级进入到了纳升级水平,不仅使单细胞乃至单分子分析成为

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

   随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,

毛细管电泳色谱仪在基因突变分析中的应用

毛细管电泳色谱仪简称毛细管电泳仪(CE),是以毛细管为分离通道,以高压直流电场为驱动力,利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离,是分析科学继液相色谱仪之后的又一重大进展,使分析科学从微升级进入到了纳升级水平,不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能,也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。

常用的分子生物学基本技术1

DNA重组技术(或基因工程)是20世纪生物学的伟大成就,并已渗透到生命科学包括医学 各个领域,为肿瘤的实验研究和临床诊断及治疗提供了崭新的技术和有用的工具。本附录扼要介绍在分子肿瘤学领域中常用的分子生物学基本技术及其在肿瘤研究中的应用,着重介绍它们的原理和应用。至于具体的技术方法和操作步骤可参阅《分

表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法

人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中,发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3~5%。基因组中绝大部

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能

基因芯片在传染病分子流行病学中的应用(一)

基因芯片是指固定有许多有序列的寡核苷酸探针的载体,通过杂交检测,对各种基因进行分析[ 1 ] 。由于它所具有的高通量性、快捷、便宜等优点,在各个领域起着越来越重要的作用,其中也包括分子流行病学领域。基因芯片主要用于菌株的地理流行病学分析、菌株的重要分子特征相关的流行病学分析———分子流行病学的病因学

PCR技术(十五):个体配子DNA序列的PCR分析

高等生物遗传图谱的构建依赖于选择性杂交后代的分析或者通过家系分析法来计 算连锁关系。对人类而言仅后者是可行的。使用长度多态性限制片段(RFLPS)在构 建人连锁图谱方面已取得长足的进步。为了对带有与已知表现型相关的RFLP标记的基 因进行定位,首先得建立间隔约10CM的遗传标记束(平均1CM等于1%

核酸序列分析

【实验目的】1、 掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤;2、 掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析;3、 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析(内含子/外显子分析);4、 了解基因的电子表达谱分析。【实验原理】针对核酸序列的分析就

基因插入位点和模式实验(一)

实验材料 dCTP试剂、试剂盒 乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材 培养室MS 培养基实验步骤 一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野

比较分子生理基因组学 —cDNA阵列的异种杂交实验(二)

二、方法在开始任何微阵列实验之前,必须要选定合适的对照和时间点,这样获得的数据才有生物学意义。关于如何选择合适的对照,参见注释 1 和 2。1 总 R N A 的提取2 R N A 变性凝胶电泳(1)制备一块 1 % 的琼脂糖甲醛变性胶,浸没在 IXM OPS 缓冲液中,胶上的孔应被溶液完全没过。将