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将系统生物学建模分析与合成生物学实验相结合解析microRNA 定量调控规律。 日前，清华大学的汪小我、谢震研究组，通过合成与系统生物学方法揭示microRNA定量调控规律。相关成果发布在《美国科学院院刊》上。 microRNA是一类短的非编码RNA，通过与靶RNA结合抑制靶基因表达，在动植物中起到重要的转录后调控作用。每一类microRNA可以结合多种靶RNA。当microRNA表达量一定时，靶RNA通过与microRNA的竞争性结合消耗细胞内游离的microRNA，从而影响其对其他靶基因的调控，这一现象被称为竞争性内源RNA（ceRNA）效应。RNAi技术中的脱靶现象也与该效应密切相关。定量地刻画ceRNA效应，对理解microRNA调控规律和改进RNAi技术都具有重要意义。 论文将系统生物学建模分析与合成生物学实验相结合，建立了microRNA调控的数学模型，构建对应的合成基因线路并植入细胞中模拟ceRNA效应，证实......阅读全文
许多基因组学的工作常常涉及到这样的问题：哪些通路可能参与了所研究的生物学过程?近年来，围绕这一问题，已经发展出了大量的生物信息学分析方法，尤其是基于基因表达谱数据的生物学通路分析方法。 相关工作常常是利用经典的通路数据库(如KEGG，Biocarta和Gene Ontology 等)对
2018年7月19日，深圳华大基因股份有限公司（股票代码：300676.SZ）下属子公司北京六合华大基因科技有限公司宣布收购无锡青兰生物科技有限公司（以下简称青兰生物），收购完成后，华大基因将在青兰生物现有技术的基础上，共同开发高通量基因合成技术和下一代DNA合成技术，更好地服务于合成生物学发展
DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题，分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构，结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题，所采用的方法包括通过可视
Technologies（现为Thermo Fisher收购）公司全国临床与科研事业部销售总监、ThermoFisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章，对基因测序领域进行了深入剖析。让我们看看这个领域深入工作的人士，怎么看待2015年基因测序市场大热这一现实的。 ▌第一篇：基
近日，有一则新闻《新的“阿里巴巴”将诞生？孙正义再次重金剑指全新领域－合成生物学”》，报道了日本软银（SoftBank）向一家名不见经转的初创公司Zymergen投资总计1.3亿美元，吸引孙正义投资的技术优势之一是该公司的合成生物学平台。 那究竟合成生物学是什么？“基因电路”作为其中重要一环，
科学家们研究发现癌症有很多亚型，而针对不同亚型的癌症有着不同的治疗手段，本文整理了科学家们在癌症亚型研究中取得的成果。 【1】Nat Med：弥散性大B细胞淋巴瘤竟有5种亚型，个性化治疗刻不容缓！ doi：10.1038/s41591-018-0016-8 弥散大B细胞淋巴瘤（DLBCL）
据国外媒体报道，美国加州食品与农业研究学会科学家近日提出一项名为“深度结合”的最新技术手段，通过运用机器学习技术分析蛋白质与DNA和RNA的结合方式，查出可阻断细胞进程的致病突变。 美国加州食品与农业研究学会高级研究员布伦丹-弗雷运用“深度学习”技术，最新研发出一项可查出致病突变的科技手段。
近10年来，现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域，为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为，人类基因组并非人们想像的那样稳定，诸如基因重排、扩增、缺失，突变和DNA甲基化类型改变等时有发生，这些改变对于基因表达和调控，以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能，
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能
近日，国际期刊《J. Am. Chem. Soc》杂志上在线发表了南京大学生命科学学院张辰宇教授研究组的一篇研究论文，论文报道了在微小核糖核酸化学生物学研究中的重要进展。研究在通过实验方法鉴定micrornA靶基因方面实现了重要突破，为利用化学生物学手段研究细胞内microRNA提供了新的工具及
最近，一项关于白血病细胞基因表达的研究，发现了一种RNA结合蛋白，在推动癌症的发展过程中起着重要的作用。该蛋白通常活跃在胎儿组织，在成年人体内是关闭的，但它在一些癌细胞中被再度活化。这种表达模式使它成为抗癌药物的一个有吸引力的靶标，因为阻断它的活动，不太可能造成严重的副作用。 这项新的研究，发
来自美国国立卫生研究院的研究人员在新研究中证实：一种称作H2A.Z的组蛋白变异体在胚胎干细胞(ESC)自我更新和分化过程中扮演重要角色，这将有助于对胚胎干细胞命运机制的进一步研究。相关论文发表在12月20日的《细胞干细胞》(Cell stem cell)杂志上。 领导这一研究的是NIH
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
加利福尼亚理工学院教授，美国系统生物学研究所所长，美国科学院、美国工程院和美国医学院院士，美国总统科学顾问。Leroy Hood教授是国际系统生物学创始人，也是国际人类基因组计划倡导者之一。他多年从事分子免疫学、生物技术以及基因组学的研究，先后发表文章600多篇，获得专利14项。
上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期，该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》（影响因子7.7）上。（ChIP-seq及mRN
上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期，该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》（影响因子7.7）上。（ChIP-seq及mRN
上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期，该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》（影响因子7.7）上。（ChIP-seq及mRNA-
CRISPR-Cas9是细菌在漫长的进化过程中演化出的重要防御机制。这个监控体系能够根据引导RNA（gRNA）的指示，靶标并降解入侵者的遗传物质。现在，CRISPR-Cas9已经成为了炙手可热的基因组编辑工具，帮助世界各地的研究者们解决实际问题。近年来，这一技术在多个领域中展现了自己强大的实力，
3. 多组学联合运用找靶点：转录组测序甲基化测序，双剑合璧 多个表达谱数据取交集找到靶基因（DOI: 10.1002/hep.29683） 甲基化数据同表达谱数据取交集（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）1）云序生物推荐Me
2012年12月28日，由北京林业大学、深圳华大基因研究院及北京林福科源花卉有限公司等多家单位合作完成的梅花基因组研究成果在《自然• 通讯》(Nature Communication)杂志上在线发表。该研究解析了梅花相关种属的进化起源及其相关性状的分子机制，为进一步探究蔷薇科植物的进化关
生物行业比较窄，集中在基因合成上就更窄了。 输入已知的基因序列，核苷酸合成仪就能合成大量脂肪型脂肪酸结合蛋白基因用于研究。很多研究机构纷纷购买了这种用来合成基因的实验仪器，价格几万美元到几十万美元不等。但是，科学家们很快发现，自己合成基因成本仍然太高。 独立出的“基因合成产业” 基因合成是
作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，IF:10.162)；环状RNA领域，云序环状RNA测序服务助力
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中的作用机制作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，
9月28日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室研究员张余课题组在Nature Chemical Biology上，在线发表题为CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究论文，主要研究细菌
胚胎干细胞具有自我更新和分化的全能性。但是，胚胎干细胞发育分化的分子机制目前还不是很清晰。研究胚胎干细胞调控机制有助于对胚胎的形成及胚胎发育相关的疾病有更深入了解。来自同济大学的研究人员通过在小鼠胚胎干细胞中研究一个WD-4蛋白——PWP1，为我们展现了该基因在调控胚胎干细胞分化过程中的重要作
Pwp1是通过调控了下游哪些通路影响分化过程呢？通过对基因芯片筛选到的差异基因进行GSEA通路分析，发现Jak/Stat3和Wnt/β-Catenin信号通路显著改变。qRT-PCR和Western blotting验证显著Stat3表达显著增加，同时其下游基因Klf4,c-Myc和Socs
最近，麻省大学医学院和弗吉尼亚大学的科学家们，设计出一种新型分子，可抑制难以治疗的复发急性髓性白血病（ALL）的发展。这种小分子是首次被设计用于特异性靶定致癌转录因子，以前被认为是一个无成药性（undruggable）靶标。这种策略可以用来设计其他新的分子，特异性地抑制致癌转录因子。这一重要研究