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华大基因测序近700种植物的基因组

近日,华大基因的研究人员对云南瑞丽植物园内部及周边近700种植物的基因组进行了测序和分析。这项工作有助于推动地球生物基因组计划(EBP)以及万种植物基因组计划(10KP)。 在华大基因研究院副院长刘心的领导下,研究团队收集了761个植物样本,并产生了54 Tb的测序数据,每个物种的平均测序深度达60倍。这使得他们不仅能够构建参考系统发育,还能够开发植物测序数据的开放参考集。这项成果发表在《GigaScience》上。 “这项研究可作为一个基准项目,用来调整和标准化大规模基因组计划的采样、方法、数据积累和分析技术,”刘心补充说。 刘心及其同事采集了云南瑞丽植物园种植的689种植物的样本。他们从幼叶中提取DNA,并利用BGISEQ-500测序仪开展测序。每个样本产生了70 Gb的原始测序数据,在过滤后,每个样本的数据大约是60 Gb。 基于形态学和叶绿体序列,研究人员在种的水平上鉴定了257个样本,在科的水平上鉴定了5......阅读全文

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

用化学常识解释转基因

  河南日报退休高级编辑,大河健康报退休总编,河南农大兼职教授,中国新闻奖获得者。  各位女士、各位先生:  大家好。大家都是经常来图书馆借书、看书的读者,如今喜欢看书的人真是难能可贵。看年龄,大家多数是60后、50后,少数是70后、40后。大家可能都不是生物专业的大学生,但是大家在中学阶段都学过化

南京农大构建世界首个植物重复基因数据库

图片说明:植物界不同类型重复基因含量分布及其随时间变化规律  2月21日,南京农业大学园艺学院教授张绍铃团队在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表研究论文,系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因,构建世界首个植物重复基因数据库,揭示重复基因进化的普遍规律。  植物在千百年

破译青蒿 “基因密码” 培育高含量新品种落地非洲“解近渴”

  历时5年破译青蒿“基因密码”;培育的高含量青蒿新品种在非洲“落地生根”,一举攻破原料就近供应难题;贴心考虑非洲本土居民偏好,预防疟疾的膳食补充剂化身小小“软糖”,携带方便、口感佳,为疟疾爆发地非洲大陆开出“中国良方”;青蒿素神奇新妙用获发掘,有望开发降脂新药……上海交通大学长江学者特聘教授唐克轩

说说转基因植物“那点事儿”

设想,你要把一台机器,从生产厂里运输到需要这台机器的工厂里,并让它顺利工作,要通过几个步骤呢?首先呢,我们要先把这台机器生产出来,然后打包,装到汽车上并运输到目的工厂内,安装机器,最后经过一系列调试,才能让工厂使用这台新机器进行新产品的生产。和这一过程相似,生产转基因植物,也需要上面一系列步骤。在一

南京农业大Genome Biology构建世界首个植物重复基因数据库

  以往的研究发现,有的植物有复制自己基因的功能,即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来,随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低,越来越多的植物基因组被破译。  植物在千百年的进化中,怎样变得越来越多姿多彩?一个重要

昆明植物所破译稻属植物5个物种全基因组

  亚洲栽培稻(一般称为水稻)是世界上最重要的粮食作物之一,是中国第一大粮食作物,养活了80%以上的中国人口。在水稻与其它约23个物种共同组成的稻属植物中,它和7个稻种(普通野生稻、尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻、长雄蕊野生稻和南方野生稻)都是AA基因组类型,这些水稻近缘物种间断分

Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用

  药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈,因此,开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种,大多数药用植物遗传背景不清楚,基因组信息缺乏,遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属(Panax)

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

作物基因组学研究进展(二)

⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一,小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响,小麦生产面临严峻的挑战,对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦(Triticum aestivum L.)是3个不同亚基因组形成的异源

转基因植物及其安全性研究进展

  摘要:介绍了目前常用的植物转基因方法,并简要就转基因植物的生态安全性、35S启动子安全性、栽体骨架序列安全性、抗生素抗性标记基因安全性和食品安全性五个方面进行了综述。   21世纪,生命科学成为了自然科学中的主导科学。生物技术的核心是基因工程技术,新的技术带来了巨大的科学发展及经济效益,同时

转基因植物及其安全性研究进展

  摘要:介绍了目前常用的植物转基因方法,并简要就转基因植物的生态安全性、35S启动子安全性、栽体骨架序列安全性、抗生素抗性标记基因安全性和食品安全性五个方面进行了综述。   21世纪,生命科学成为了自然科学中的主导科学。生物技术的核心是基因工程技术,新的技术带来了巨大的科学发展及经济效益,同时

三种植物基因克隆的策略与方法

基因的克隆就是利用体外重组技术,将特定的基因和其它DNA顺序插入到载体分子中。基因克隆的主要目标是识别、分离特异基因并获得基因的完整的全序列,确定染色体定位,阐明基因的生化功能,明确其对特定性状的遗传控制关系。通过几十年的努力由于植物  发育,生理生化,分子遗传等学科的迅速发展,使人们

中科院、华大基因Nature子刊测序新成果

  来自中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院和亚利桑那大学等机构的研究人员完成了对短花药野生稻(Oryza brachyantha)的全基因组测序,并揭示出了稻属基因组进化的机制。相关成果发表在3月12日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。   

三种植物基因克隆的策略与方法

基因的克隆就是利用体外重组  技术,将特定的基因和其它DNA顺序插入到载体分子中。基因克隆的主要目标是识别、分离特异基因并获得基因的完整的全序列,确定染色体定位,阐明基因的生化功能,明确其对特定性状的遗传控制关系。通过几十年的努力由于植物发育,生理生化,分子遗传等学科的迅速发展,使人们

“两件事”,让猕猴桃变成“维C大王”

  弥猴桃经历两次同源四倍体事件,每个细胞中的染色体组和所有基因加倍。(论文作者供图)  中国科学家发现,猕猴桃在进化过程中发生过两次同源四倍体事件,这让猕猴桃的一些关键功能基因得以大幅扩张拷贝数,其中就包括合成维生素C的基因。这或许揭示了“维C大王”背后的秘密。相关研究结果于9月20日发表在细胞出

“两件事”让猕猴桃变成“维C大王”

  中国科学家发现,猕猴桃在进化过程中发生过两次同源四倍体事件,这让猕猴桃的一些关键功能基因得以大幅扩张拷贝数,其中就包括合成维生素C的基因。这或许揭示了“维C大王”背后的秘密。相关研究结果近日发表在细胞出版社最新创建的综合性学术期刊iScience上。  “了解猕猴桃的基因家族和产生维生素C的通路

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP                                        

基因组学推动生命科学大步向前

  2010年下旬,河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布,向全国征集曹姓男性DNA样本,拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。   一下子,基因组科学成为热门,这一话题“落入寻常百姓家”。   事实上,伴随着2

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野生型测交后得到的

清华百人计划发表CRISPR新成果

  CRISPR/Cas已成为强有力的基因组编辑技术,并已成功地应用于 许多生物,其中包括几个植物物种。然而,在植物中,基因组编辑试剂载体的传递仍然是一个挑战。最近,来自清华大学和中科院微生物研究所的研究人员,在 Nature子刊《Scientific Reports》发表的一项研究中,报道了一个基

科学家破解植物多倍化进化之谜

  中国农科院蔬菜花卉研究所王晓武团队和美国科学院院士迈克·菲林领导的团队合作,对植物基因组多倍化进化过程中基因分化和多基因组分化机理进行了研究。相关成果日前在线发表于美国《国家科学院院刊》。   植物在进化过程中通过基因组加倍(多倍化)的扩增方式,进行自我进化和适应自然环境。随着DNA测序技术的

科学时报:大熊猫研究步入基因组时代

10月11日,深圳华大基因研究院宣布,大熊猫晶晶的基因组框架图绘制完成,这是世界首例用短序列进行新物种测序与组装新技术完成的大型基因组序列图。 深圳华大基因研究院大熊猫基因组项目负责人田埂博士在接受记者采访时表示:“目前的基因组框架图涵盖基因组95%区域,覆盖基因区约98%。虽然这还不是最终的基因

昆明植物所等首次成功破译茶树基因组

  茶是世界上最为古老也是最为广泛饮用的含咖啡因软饮料,目前全球160多个国家的30亿人喝茶爱茶。普遍认为,茶树起源于中国的云南、四川等地;作为传播中国文化的使者,在茶从中国起身向世界各地传播的数千年的漫长历程里,与全球100多个国家多元的文化邂逅交融,发展形成了地球上复杂而美妙的茶文化。除了因为迷

美国放行基因编辑蘑菇和玉米 不含任何外源DNA

   美国农业部对采用基因编辑技术的新型作物网开一面,是由于基因编辑后的作物,不含任何新引入的遗传物质或外源DNA。当技术飞奔时,既面临重新定义转基因,也要思考监管如何收放。   在不到一周的时间里,美国农业部相继豁免了一种基因编辑蘑菇和一种基因编辑玉米的监管。   它们都采用了一种名为CRISPR

攻克基因组测序难题 探究茶树生物学奥秘

  我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载:“神农尝百草,日遇七十二毒,得荼(茶)而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地,在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里,与全球多元文化邂逅交融,发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎,除了有迷人的香气和令人愉悦的滋

Cell丨程时锋团队揭示现存陆地植物的共同祖先起源类群

  光合真核生命起源于大约15亿年前的海洋,繁盛于有光和水的地方;大约5-6亿年前,发生了绿藻陆地化事件,祖先绿色植物开始了从简单到复杂、从水生向陆地的迈进。植物陆地化是一个漫长而复杂的演化过程,在潮起潮落、沧海桑田的跌宕变迁中,一些地理生境出现周期性干涸的现象,如形成小水坑、河床、近海泥沼等,开始

昆明植物所在南方菟丝子基因组学研究中取得进展

  自然界绝大部分植物都通过叶片的光合作用和根部的水分和营养吸收维持自养生存,而寄生植物则是一类通过寄生在自养植物上获取能量和营养的植物。寄生植物独特的起源、演化和特殊生理生态长期以来吸引着研究者的目光。旋花科茎寄生植物菟丝子寄生行为在实验室中方便控制和观察,近年来已成为许多探索寄生植物生理生态和进

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

北京基因组研究所Plant cell基因组研究新成果

  来自中科院北京基因组研究所、荷兰瓦赫宁根大学和中科院/马普学会等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组,通过测序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因组提供了关于十字花科植物繁殖性状和基因组进化的新认识。相关研究发表在植物学权威期刊The Plant Cell杂志上