中科院、华大基因Nature子刊测序新成果

来自中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院和亚利桑那大学等机构的研究人员完成了对短花药野生稻(Oryza brachyantha)的全基因组测序,并揭示出了稻属基因组进化的机制。相关成果发表在3月12日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 中科院遗传与发育生物学研究所的陈明生(Mingsheng Chen)研究员、华大基因研究院的王俊(Jun Wang)教授和亚利桑那大学的Rod A. Wing教授为这篇论文的共同通讯作者。 以全面测序模式生物基因组为基础的比较基因组学获得了一些关于基因和基因组进化的认识。在植物中,全基因组复制、转座因子和序列重排使得基因组组构复杂化。甚至如拟南芥属或稻属中的近缘物种其基因组大小、基因数量和基因共线性也存在显著的波动。到目前为止,主要是在一个远程进化时间范围内全面测序植物基因组,限制了推论基因组改变机制的能力。而比较分析短进化......阅读全文

基因组测序揭示须鲸的罕见进化模式

  单一物种如何演化成两个新物种?进化学家给出的答案通常是地理隔离。不过,有时没有地理隔离也能产生新的物种,这种罕见的情况被称为同地物种形成(sympatric speciation)。根据瑞典和德国的最新研究成果,须鲸正是经历了这种同地物种形成。  文章的共同第一作者、德国法兰克福大学的Fritj

最新果蝇基因组测序,展现奇妙的进化

  对真核生物进行全基因组测序在二十世纪还是一项了不起的大工程,直到2000年末人们还只完成了四项这样的研究。不过自那以后,测序技术的飞速进步使全基因组测序对于许多研究团队来说触手可及,现在每隔不久就会涌现出一项新的测序成果。日前,维也纳兽医大学Christian Schlötterer研究组的

基因组测序挑战由来已久的进化理论

  在Lewis Carroll写的《爱丽丝魔镜之旅》(Through the Looking-Glass)这本书中,红皇后向爱丽丝解释说:“你必须尽力地不停奔跑,才能使你保持在原地。”用中国话说就是“逆水行舟,不进则退”。 在逆水中要保持在原来的地方,也要不停地尽力地划。或者更形象地比喻为鱼儿在急

基因组测序揭示多细胞生物进化之谜

  最近,研究人员通过对各种绿藻进行基因组测序,已经接近于解开了“引起多细胞生物的遗传变化”的谜团。  从单细胞生物到多细胞生物的过渡,是地球上生命进化的关键进步;在不同的系统发育谱系中,这种改变已经独立地发生了多次。了解“有多少基因以及有哪些基因,对单细胞祖先成为多细胞来说是必要的”,是一个有趣的

基因组测序揭示龟鳖躯体发育及进化机制

  龟鳖类有着漫长且成功的演化历史,是形态学上最为特化的爬行动物之一。全球共有龟鳖类动物13科、89属、270余种,被分为两个特征明确的支系 ——侧颈龟亚目和曲颈龟亚目。中华鳖和绿海龟分别是曲颈龟中鳖类和海龟类的典型代表,对其进行基因组学研究,有助于理清龟鳖类系统发育及其躯体进化机制。   日

454测序参与棉花基因组进化研究工作

  棉花是全球重要的经济作物之一。它的纤维,俗称皮棉,是纺织工业主要的天然原料。全世界棉花种植面积约5亿亩,我国常年种植面积近8千万亩。棉花不但是重要的纤维和油料植物,而且是重要的植物蛋白来源。在食用油中,棉籽油的亚油酸含量最高,达到55.6%。除此以外,棉花种子中还含有极为丰富的蛋白质和脂肪等物质

我国领衔完成木薯基因组测序并揭示其进化特征

  记者从9月13日在海南海口召开的973项目“重要热带作物木薯品种改良的基础研究”课题验收会上获悉,我国科学家同步完成了木薯野生祖先种和栽培种两个全基因组测序,首次揭示了栽培木薯高光效、光合产物运输及淀粉高效积累途径基因的进化特征,这为今后通过分子定向设计育种培育出“超级木薯”奠定了良好的基础。 

全基因组测序揭示喀斯特植物适应性进化机制

   中国南方喀斯特起源古老、分布广泛,被认为是生态与进化研究的“天然实验室”。中国科学院华南植物园研究员康明团队等完成了首个喀斯特植物怀集报春苣苔的全基因组测序。相关研究近日在线发表于《新植物学家》。  喀斯特植物是我国植物多样性和特有性的重要组成部分,但迄今为止对喀斯特植物的多样性起源和适应性进

基因测序技术进化史

  DNA上承载了关于我们的太多信息:发展史、祖先、特征、疾病易感性、甚至性格和命运。因此很多人迫不及待地想将DNA看得一清二楚。解码人类基因组的第一次郑重尝试是始于1990年的人类基因组计划。尽管合作和艰苦工作无疑扮演了重要角色,但一系列工程上的突破推动了这个项目,以前所未有的速率收集并核对数据。

基因组的进化特征

基因组不仅仅是生物体基因的总和,基因组还含有其它可以考虑特定基因及其产物的特征。复制在基因组的塑造过程中起了重要作用。复制的范围包括短串联重复序列的延伸、基因簇的复制、整个染色体甚至整个基因组的复制。这种复制可能是创造遗传新性状的基础。

什么是基因组进化?

基因组不仅仅是生物体基因的总和,基因组还含有其它可以考虑特定基因及其产物的特征。复制在基因组的塑造过程中起了重要作用。复制的范围包括短串联重复序列的延伸、基因簇的复制、整个染色体甚至整个基因组的复制。这种复制可能是创造遗传新性状的基础。

基因组测序

如果楼主指的是人类基因组计划,那时用的方法叫做双脱氧终止法,也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中,DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸)来作为原料,但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的,但与普通PCR不同,它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的

我国科学家对桃进行全基因组重测序-绘制进化路线

  我们平时吃的桃是如何进化而来的?近日,一项针对桃的全基因组重测序研究揭开了这一谜底。该研究对84份桃种质进行重测序,在全基因组水平上绘制了从光核桃到普通桃的进化路线,并鉴定了与人工选择相关的候选基因,揭示了桃的进化历史及人类活动对果树的影响。  这项研究由中国农业科学院郑州果树研究所王力荣研究团

解码“基因组学之父”桑格:测序,测序,测序

  “桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’,他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础,彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、   有一天,65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验,转身走出实验室,宣布自己正式退休。那一年是1983

二代测序技术助龙胆族叶绿体基因组进化和系统学获进展

  随着二代测序技术的发展,植物叶绿体基因组序列已普遍应用于重建植物“生命之树”研究中。大多数植物叶绿体基因组呈环状四分体结构,包含约80个蛋白编码基因。叶绿体基因组由于缺乏重组,而常被认为是连锁的单一基因座;然而,越来越多的研究表明,叶绿体基因组中不同区域以及不同编码基因具有不同的核酸替代速率,经

基因组测序仪简介

  基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器,于2012年12月19日启用。  技术指标  个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。  主要功能  样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库,从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道,以节约试剂用量。

认识泛基因组测序

什么是泛基因组?2005年,Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念(pangenome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年,Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接,发现了个体独有的DNA序列和功能基因,并首次提出了“

PNAS:甜瓜基因组测序

  甜瓜在世界范围具有很高的经济价值,日前西班牙的九个研究中心通力合作,利用罗氏454平台完成了甜瓜基因组的测序。除了甜瓜的全基因组,科学家还得到了 7个特定甜瓜品种的基因组,文章发表在Proceedings of the National Academy杂志上。   联合国粮农组织2009年

NEJM:利用基因测序谱写“肿瘤进化树”

  近几年来,肿瘤产生耐药突变以逃逸靶向治疗的假说已被业内科学家所默认。最近一段时间,几项重要的研究对这一假说进行了充分的证实,肿瘤学家Charles Swanton领导的肺癌癌症进化阻断计划(TRACERx)让耐药逃逸的假说逐渐为更多人所认可。  为了使TRACERx计划能够充分证实部分肿瘤细胞耐

蝴蝶基因组大小进化进展-发现表型多样性进化遗传基础

  蝴蝶因其丰富的形态多样性,自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一,近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型,已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。  中国科学院昆明动物研究所科研团队在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其

454测序用于美洲奶牛种牛基因组测序项目

  一只名为Pawnee Farm Arlinda Chief的种牛和它的儿子Walkway Chief Mark大约有60000个后代,其后代是牛奶生产的主力。最近一项研究中1,科学家通过454全基因组测序,掌握了他们的基因组中控制重要性状的基因,包括抗病能力、牛奶产量,这些性状已通过北美的当

我国完成小麦A基因组测序

本报讯(记者丁佳)5月10日,《自然》杂志刊发了中国科学院的一项最新成果,该项研究完成了小麦A基因组的测序和染色体精细图谱的绘制。 这项由中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工程国家重点实验室、中科院种子创新研究院和遗传发育所基因组分析平台等合作完成的研究,全面揭示了小麦A基因组的结构和

测序解读基因组,真的好吗?

测序解读基因组,真的好吗?   “对基因组了解过多也不全是好事。”贝勒医学院生物医学伦理学副教授、医学伦理和健康中心主任Amy McGuire,在今年旧金山举办的TEDMED机构年度大会上说,“尤其是对自己基因组信息的了解。”  虽然McGuire 从事人类基因组学研究已有多年,但

白肉灵芝完成基因组测序

 在韶关产业园种植的白肉灵芝。吴清平团队 供图 近日,中国工程院院士、广东省科学院微生物研究所名誉所长吴清平团队完成了第一个白肉灵芝全基因组测序。据悉,这是世界上首次对白肉灵芝的基因组进行组装和注释。相关研究发表于《G3:基因,基因组,遗传学》(G3-Genes Genomes Genet

我国完成小麦A基因组测序

   5月10日,《自然》杂志刊发了中国科学院的一项最新成果,该项研究完成了小麦A基因组的测序和染色体精细图谱的绘制。这项由中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工程国家重点实验室、中科院种子创新研究院和遗传发育所基因组分析平台等合作完成的研究,全面揭示了小麦A基因组的结构和表达特征,对深入和

简化基因组测序好做吗

简化基因组方法是一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度,进而研究基因组各类遗传结构性变异的技术手段。目前常见的简化基因组技术包括RAD(Restriction site Associated DNA)和GBS(Genotyping By Sequencing)。这些技

Nature完成桉树基因组测序

  一个横跨五大洲的科学团队宣布,巨桉(Eucalyptus grandis)的基因组测序已经完成,巨桉是世界上最广泛种植的树木之一。这一成果于六月十一日发表在Nature杂志上。  巨桉生长速度快,可以用作燃料和木材,是纤维、纸浆、生物燃料、药物和工业用油的重要可再生原料。这种树木原产于澳大利亚东

基因组测序拯救鸮鹦鹉

  为了保护极度濒危的新西兰鸮鹦鹉kakapo,几乎所有剩余个体的基因组都已被测序,这为其保护管理提供了重要信息。  新西兰鸮鹦鹉kakapo(Strigops habroptila)有几个特性。它是世界上最重的鹦鹉,有的雄性甚至超过3公斤,被认为有达90年的最长寿命。它是唯一一种不会飞的鹦鹉,通过

测序基因组勘探食品污染

   上周,两家公司因李斯特菌食品感染发令召回其所有产品。Sabra Dippin召回30,000例鹰嘴豆泥制成的食品,至今疾病防治中心未发现因食用该公司食品造成的食物中毒或死亡的病例。然而,堪萨斯州的蓝铃冰激淋工厂(Blue  Bell Creameries)已确认有少量食品原料已感染李斯特菌,目

454用于西红柿基因组测序

  最近,西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱,以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱,并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较,寻找与水果有些特性相关的基因,相关文献在Nature杂志作为封面文章发