分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供各种主流芯片和测序平台的数据综合分析解决方案的商业软件公司。 Partek®软件的主要应用方面包括： RNA-Seq, ChIP-Seq, DNA-Seq, DNA甲基化，基因表达量，可变剪接，miRNA表达量，CNV，LOH，关联分析，Tiling，以及qPCR研究。 Partek Genomics Suite (Partek GS) 可以导入和分析所有的主要芯片平台的原始数据和中间数据，例如.CEL, .CHP, .CNT (CNAT), .MSK，以及单色或双色荧光芯片的文本格式数据文件等等。Partek ......阅读全文
基因组数据分析的“金标准”
五月十八日，美国安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、赛智生物网络（Sage Bionetworks）、分布式DREAM 团体(Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods)和加州大学圣克鲁兹分校的癌症研究人员，在《Nature M
Illumina收购Edico－Genome，加速基因组数据分析
Edico的DRAGEN™ Bio-IT平台为新一代测序带来了更快更简化的输出。 圣迭戈——2018年5月15日——Illumina公司（纳斯达克代码：ILMN）宣布收购新一代测序（NGS）数据分析加速解决方案的领先供应商Edico Genome。Edico Genome的DRAGEN™ B
迄今最详细人类基因组分析数据出炉
迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。图片提供：ENCODE计划 一项大型国际计划显示，与青少年在学校掌握的知识相比，人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时，他们专注于寻找那些用来确定全部生
分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观
缺乏数据使用指导原则，基因组数据共享遇阻
基因组数据共享将生物医学研究推向快车道，但向公共领域发布的现有数据指南一方面承认免费和无条件使用数据的重要性，另一方面还未能解决这种重要性与数据生产者首次发布数据的“权利”之间的关系。 在美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides看来，这种自相矛盾导致了数据生产者和数据使用
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
北京基因组所开发表观组关联分析数据库
近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心开发的人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项研究成果以EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata 为题在国际学术期刊《核
新方法可实现多环境数据的全基因组关联分析
全基因组关联分析是在自然群体中将标记基因型与复杂性状表型关联以挖掘复杂性状基因的方法，在动物、植物、林木和人类遗传中广泛应用。近日，华中农业大学植物科学技术学院教授章元明团队在植物学领域期刊额《分子植物》（Molecular Plant）上发表了研究论文，报道了全基因组关联分析方法学研究的突破性
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
国家基因组科学数据中心公布数据资源整合挖掘体系
近日，国家基因组科学数据中心在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表题为Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020 的文章，以整体形式介绍基因组数据资源整合与挖掘体系建设
国际癌症基因组联盟公布逾1万个癌症基因组数据
国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium，简称"ICGC")近日向科研界公布了超过1万个癌症基因组的数据。这些数据能更好地帮助全世界的癌症研究者从基因方面了解癌症，加快对癌症的研究并帮助更多癌症靶向治疗的发展。 安大略癌症研究所所
北京基因组所数据资源建设取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队研究论文在线发表于《核酸研究》期刊。该研究成果的发表是国内首次以数据中心为模式，整体发布我国生命组学数据资源建设情况，标志着生命与健康大数据中心建设取得实质性重要进展，也标志着我国建设综合性基因组数据资源获得国际同行认可。 生命与健
基因组所完成开发RiceWiki数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。 水稻是人类重
中国开放最新家蚕基因组研究数据
“我们通过网络，以开放的姿态与世界共享家蚕基因组最新研究成果”，中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀26日介绍，包含有最新研究数据的中国家蚕遗传数据库目前已收到来自国内外科研人员的访问25万余次。 向仲怀介绍，中国家蚕遗传数据库由西南大学家蚕基因研究团队和深圳华大基因研究院合
又一灭绝物种全基因组数据解析
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起源
为何大家愿意公开自己基因组数据？
2007年，在诺贝尔奖得主James Watson共同发现DNA结构的54年之后，他成为了第一个完成个人基因组测序的人，当时这花费了近100万美元。但随着近年来测序成本的下降，到了测序先驱Craig Venter这里，已经可以在一个小时内，花不到100美元的钱就能得到个人基因组序列了。 这一市
分析数据的处理——分析数据的显著性检验
1. 平均值（）与标准值（m）之间的显著性检验 —— 检查方法的准确度 (20)若 t计 ³ t0.95, n 则 与 m 有显著性差异（方法不可靠） t计 < t0.95, n 则 与 m 无显著性差异（方法可靠）2. 两组平
北京基因组所构建完成质体基因组结构变异数据库
多相催化是实现高效定向化学转化的关键技术，其中的一个重要基础科学问题是如何通过精确设计和调控催化活性位结构及所在环境，从而强化其定向催化功能并创造新型高效催化剂。近日，中国科学技术大学熊宇杰教授课题组和江俊教授课题组继在电催化体系中提出表面极化概念后,再次通过与黄伟新教授课题组合作，证实界面极化
分析数据的处理——可疑数据的取舍
1. Q-检验法 （3~10次测定适用，且只有一个可疑数据） （1） 将各数据从小到大排列：x1, x2, x3……xn ; （2）计算 （x大-x小）, 即 （xn -x1）; （3）计算 ( x可-x邻), （4）计算舍弃商 Q 计 =ô x可-x邻ô/ xn -x1
分析数据的处理
一. 有效数字及其运算规则 1. 有效数字的意义和位数 （1）有效数字：所有准确数字和一位可疑数字（实际能测到的数字） （2）有效位数及数据中的“ 0 ” 1.0005， 五位有效数字 0.5000， 31.05% 四位有效数字 0.0540， 1.86
spss怎样分析数据
spss数据分析的五种方法：1、线性模型；点击分析，一般线性模型，单变量，设置因变量和固定因子，点击确定即可。2、图表分析。3、回归分析，点击分析，打开回归，设置自变量和因变量数据，点击确定即可。4、直方图分析。5、统计分析。SPSS（Statistical Product and Service
上海巴斯德所参与H7N9病毒基因组数据分析工作
尽管人们早已知道，禽类H7N9甲型流感病毒广泛存在于全世界，但此次是首次发现了感染人的病例。病例发生后，中科院上海巴斯德研究所积极参与由中国疾控中心牵头组织的、多家单位合作开展的对H7N9的研究。4月12日，他们完成的关于新型人感染H7N9病毒的研究结果在国际医学学术期刊《新英格兰医学杂志》在
癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些
加拿大个人基因组计划公布首批数据
加拿大个人基因组计划（PGP-Canada）于2012年启动，欲建立一个在线的加拿大人基因组数据库，供全世界的研究人员使用。近日，该计划公布了首批测序数据。根据《加拿大环球邮报》（the Globe and Mail）的报道，研究人员发现了许多意想不到的结果。 这个计划测序了首批56名参与者的
基因组新数据或改写人类进化史
新的人类进化模型表明，人类起源于非洲大陆的多个祖先种群。5月17日发表在《自然》杂志上的一项新研究对主流理论提出了挑战，认为智人是从非洲多个不同的种群进化而来的，在经历了长期的基因混合后，最早可检测到的分裂发生在12万至13.5万年前。 在检测非洲当前种群的遗传物质，并将其与那里早期智人种群的现有
15000年前“农民”全基因组数据出炉
英国《自然·通讯》杂志近日发表的一项遗传学报告中，德国科学家公布了生活在15000年前的安纳托利亚“农民”的首个全基因组数据。该研究结果有助于认识欧亚大陆的农业起源。图片来源于网络 农业在公元前10000年至9000年左右起源于亚洲西南部的新月沃土（Fertile Crescent），随后传
全球药典草药基因组数据库已上线
近期，中国中医科学院中药研究所团队建立了全球药典基因组数据库(GPGD)。该数据库是全球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库。相关研究成果发表在《Science China-Life Sciences》杂志，标题为“Global Pharmacopoeia Genome Database