新方法可实现多环境数据的全基因组关联分析
全基因组关联分析是在自然群体中将标记基因型与复杂性状表型关联以挖掘复杂性状基因的方法，在动物、植物、林木和人类遗传中广泛应用。近日，华中农业大学植物科学技术学院教授章元明团队在植物学领域期刊额《分子植物》（Molecular Plant）上发表了研究论文，报道了全基因组关联分析方法学研究的突破性进展。 该研究显著减少了混合模型中方差组分的数目，统一构建了关联分析主效位点、环境互作和位点间互作检测以全面剖析数量性状遗传构成的新框架，实现了从单环境数据关联分析到多环境数据联合分析的转变，为复杂性状基因发掘提供了新方法。 在QTN检测中，虽然关联群体标记通常有AA、Aa和aa三种基因型，应该估计加性与显性两种效应，但是目前几乎所有方法只估计等位基因替代效应，导致效应估计混杂和多基因背景控制不全面。在QTN×环境互作（QEI）和QTN×QTN互作（QQI）检测中，除上述问题外，还存在可供利用的方法十分有限的问题，导致了作物关联分......阅读全文
新方法可实现多环境数据的全基因组关联分析
全基因组关联分析是在自然群体中将标记基因型与复杂性状表型关联以挖掘复杂性状基因的方法，在动物、植物、林木和人类遗传中广泛应用。近日，华中农业大学植物科学技术学院教授章元明团队在植物学领域期刊额《分子植物》（Molecular Plant）上发表了研究论文，报道了全基因组关联分析方法学研究的突破性
又一灭绝物种全基因组数据解析
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起源
15000年前“农民”全基因组数据出炉
英国《自然·通讯》杂志近日发表的一项遗传学报告中，德国科学家公布了生活在15000年前的安纳托利亚“农民”的首个全基因组数据。该研究结果有助于认识欧亚大陆的农业起源。图片来源于网络 农业在公元前10000年至9000年左右起源于亚洲西南部的新月沃土（Fertile Crescent），随后传
首个中国地区古人全基因组数据被测序
近日，《当代生物学》发表了首次针对中国地区古人类的全基因组研究成果。该项目由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和德国马普进化人类研究所等团队合作完成，研究分析了距今4万年前出土于北京房山田园洞的一具男性个体基因组，发现东亚早期人群组成十分复杂。 虽然欧洲和西伯利亚地区都有古人类样本基因组被测序
滁州将实现生态环境监测全覆盖－数据系统互联共享
近日，记者从市环保部门获知，《滁州市生态环境监测网络建设工作方案》（以下简称《方案》）于日前印发。根据《方案》，到2020年，全市基本实现生态环境、重要污染源、生态保护红线管控区域的监测点全覆盖，各级各类监测数据系统互联共享，监测预报预警、信息化能力明显提升，基本形成上下协同、信息共享的生态环境
我国科学家成功获取奥氏马全基因组数据
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起
我国发布首个柑桔全基因组变异数据库
近日，《园艺研究》（Horticulture Research）在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。 柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前，柑桔类物
对环境致癌物进行全基因组测序－揭示突变特征
对人类肿瘤进行全基因组测序（whole-genome-sequencing, WGS）可显示出独特的突变模式，这些突变模式有助于揭示癌症的病因。 在一项新的研究中，来自英国剑桥大学、伦敦国王学院和韦尔科姆基金会桑格研究所的研究人员对324种暴露于79种已知或潜在的环境致癌物的人诱导性多能干细胞
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
如何利用大数据理解体重与基因及环境的联系
基因型的环境交互(genotype by environment interaction, GEI)对研究复杂的生物性状是必不可少的。然而，对人类而言，由于环境数据采集的困难以及环境影响效果弱，难以鉴定GEI效应相关的基因型。近日，来自昆士兰大学的研究人员通过对大量样本的分析推导出基因型和表型
研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库
10月22日，国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
315“打假”环境监测数据
3月15日，一年一度的“国际消费者权益日”。自1991年开播，央视3.15晚会已经成为国人多年的习惯。多个行业的“打假”，揭穿了无数的骗局、黑幕与陷阱，维护了公平正义，改变了不知多少人的命运。从某种意义上来说，人类也是空气、水、土壤等生态环境资源的消费者，其权益同样需要维护。在环保领域，打假也同
全基因测序法分析STEC
产志贺毒素大肠杆菌（STEC）是引起人类疾病的重要食源性致病菌之一，该分离菌能引起溶血性尿毒综合症（HUS），导致人体肾衰竭。2011年7月，由STEC引发的疫情曾在德国北部造成了至少22人死亡。事件爆发后，科研人员借助于快速全基因组测序方法分析疫情，并开发出一种实时荧光定量PCR检测试剂，精
全外显子测序和全基因检测的区别
全外显子测序和全基因检测的区别：全外显子组测序，是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行高通量测序，从而检测出约85%的致病突变，测序深度更高，数据更有效，变异检测更准确。全基因组测序，是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序，可以同时检测到外显子、内含子和调控序列，价格较
加拿大对新食品全基因组测序数据指导书等征询意见
2017年5月31日，加拿大卫生部在其官方网站上发布消息，加拿大卫生部拟对全基因组测序数据来做新食品上市前评估指导书向公众征求意见。该指导书是加拿大食品检验署和卫生部制定的、根据申请者应该在组织和提交全基因组测序时应考虑的原则和良好操作规则、且作为新食品上市前申请书一部分内容而制定。评议期至20
首创全基因组大数据的高精度计算技术揭示癌症复杂性
2月6日出版的《自然》集中发表了国际癌症基因组联盟（ICGC）泛癌全基因组分析协作组（PCAWG）完成的6篇论文，分别聚焦泛癌全基因组数据画像、肿瘤体细胞突变的路径图谱、非编码区的驱动突变特征、基因组结构突变的特征模式、复现肿瘤的演化历程和多组学荟萃的RNA变化规律六个方面。同日，PCAWG还在
环境保护部严查环境监测数据弄虚作假
为贯彻落实新环保法，打击篡改、伪造监测数据弄虚作假的行为，环境保护部近期组织各地污染源自动监控管理部门加大对污染源自动监控设施运行管理情况的监督检查，对发现的数据弄虚作假等违法行为进行了严肃查处，通报了一批典型案例。 环境保护部环境监察局局长邹首民具体通报了这些案例的造假事实： 1、建滔（河
麻城搭建环境监测数据平台
年初以来，麻城市不断夯实环境监测基础，努力搭建环境监测数据平台，加强污染源自动监控建设管理。 为完善生态环境保护预警机制，做好污染防治与排查，落实精细化管理措施，麻城市在去年10月完成水库饮用水源水质自动监测站2座(浮桥河、三河口)的基础上，今年分别在举水流域出口郭玉断面、举水三桥许家断面建设
环境大数据互联时代将到来
近年来，互联网为解决环境问题创造了前提条件。通过互联网的应用，可以实现环境数据、信息等要素互通共享，从而推动环境问题得到整体有效解决。公众舆论借助互联网将对企业排污形成巨大压力，督促其有效治污，也将推动环境改善因素由单一政府向全社会延伸。 预计在互联网的影响下，环保领域将迎来一个大数据互联时代
多措并举制止环境数据造假
污水处理厂是改善流域水环境质量的基础性设施，与人们生活息息相关，降低运营成本理应从提高污水处理技术、强化运营管理上下工夫。然而，目前在国内有些地方的个别污水处理厂却心存侥幸，妄图在自动监测设备上动手脚，扰乱自动监测设备正常运行，最终逃不过环境执法人员的“法眼”。 最近，山东省环保厅便
环境监测数据应从源头“打假”
环境监测数据造假成为困扰政府和业内的大问题，造假的既有污染源排放企业，也有地方政府相关部门。有关专家建议，避免数据造假应从根源入手。 资料图片 编者按 我国推行监测市场化已经有一段时间，但监测市场发育并不完善，政策法规并没有跟上，市场秩序存在混乱，同时，数据造假现象依然严重。 对此，环境保
环境监测数据造假的背后
日前，山西省临汾市环保数据造假事件尘埃落定。临汾市环保局原局长和第三方运维有关人员均被刑事处理。这是继陕西省西安市数据造假之后，又一起引发社会各界关注的事件。图片来源于网络 “环境监测活动客观评价生态环境工作成效，已成为政府工作考核的重要依据之一。只要考核就涉及排名，属于敏感事项，容易发生造假
环境监测中监测数据审核
监测数据审核监测数据原始记录执行三级审核制度，采样―分析原始记录―报告；第一级审核为采样人员之间及分析人员之间的互校；现场采样人员认真填写采样记录并进行互审；第二级为分析人员将分析数据交校对者校核或室负责人的审核，第三级为质量管理人员审核。
环境监测数据的主要特性
从质量保证和质量控制的角度出发,为了使监测数据能修准确地反映水环境质量的现状,预测污染的发展趋势,要求环境监测数据具有代表性、准确性、精密性、可比性和完整性。环境监测结果的“五性”反映了对监测工作的质量要求。一、代表性(representation)代表性是指在具有代表性的时间、地点,并按规定的采样
铜陵食品安全监督抽验数据平台全覆盖
铜陵市食品药品监管局今年以来快速推进数据平台注册、登录和使用工作，目前实现自上而下从市到县区数据平台全覆盖。年初，指定专门部门负责该项工作的宣传和落实：一是向市政府分管领导汇报了该项工作的意义和重要作用。二是全面部署，召开全系统会议，向县区下达任务。三是进行专门培训。四是进行了逐一的检查。
35个PM2.5监测点数据全超标
上班首日雾霾光临，PM2.5浓度一路飙升。截至昨日16时，全市35个PM2.5监测点24小时均值基本破100微克/立方米。其中4个交通污染监控点24小时平均为214微克/立方米，小时浓度最高的为东四环北路，高达292微克/立方米。
华大基因参与破译虎尾海马全基因组
2016年12月15日，由中国科学院南海海洋研究所、德国康斯坦茨大学、华大基因和新加坡A*STAR研究院共同组成的研究小组，联合破译了虎尾海马（Hippocampus comes）的全基因组，有关研究成果以封面文章的形式发表在Nature杂志上。 海马隶属于海龙科。与其他硬骨鱼不同，海马呈现高
全基因组测序确定脑瘤的基因变异
日前，圣犹达儿童研究医院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人员在新研究中鉴别出了一种儿童脑瘤亚型一半以上患者的致病性突变。此外他们还证实这些肿瘤对已经在研发中的一些药物敏感。这项研究论文刊登在了近期出版的《自然-遗传学》（Nature Genet
英国利用大规模全基因组测序数据－研发出新型血液病panel
英国研究人员利用5000份全基因组测序数据，其中超过一半来自患有血液病或者免疫疾病的患者，研发出检测遗传性出血性疾病、血栓性疾病和血小板疾病的靶向NGS panel，其验证研究结果发表在《Blood》杂志上，该研究表明大规模测序项目可以转化到临床应用中。 该panel分析由血栓基因组学联盟（T