什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。......阅读全文
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
什么是分子治疗？
分子治疗是指给机体输入分子制剂，以调节机体的特异性免疫应答。
什么是极性分子？
分子中正负电荷中心不重合，从整个分子来看，电荷的分布是不均匀的、不对称的，这样的分子为极性分子，以极性键结合的双原子分子一定为极性分子，极性键结合的多原子分子视结构情况而定，如CH4就不是极性分子。
什么是分子轨道？
分子轨道（MO），分子中的电子能级，用原子轨道线性组合。是可以通过相应的原子轨道线性组合而成。有几个原子轨道相组合，就形成几个分子轨道。在组合产生的分子轨道中，能量低于原子轨道的称为成键轨道；高于原子轨道的称为反键轨道；无对应的（能量相近，对称性匹配）的原子轨道直接生成的称为非键轨道。分子轨道理论（
什么是分子诊断
分子诊断：应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质的结构或表达水平的变化而做出诊断的技术，称为分子诊断。分子诊断是预测诊断的主要方法，既可以进行个体遗传病的诊断，也可以进行产前诊断。分子诊断的材料包括DNA、RNA和蛋白质。分子诊断主要是指编码与疾病相关的各种结构蛋白、酶、抗原抗体、免疫活性分子基因的
什么是分子进化？
分子进化（molecular evolution），生物进化过程中生物大分子的演变现象。主要包括蛋白质分子的演变、核酸分子的演变和遗传密码的演变。
什么是分子靶标
分子靶标是以研究疾病发生、发展过程中细胞分子生物学上的差异（包括基因、酶、信号转导等不同特性）为基础，筛选和鉴定与疾病密切相关的蛋白质、核酸、酶、受体等生物分子作为药物作用的靶点，通过研究药物设计和构效关系得到靶向特异性生物分子的先导化合物，通过靶向给药控释系统实现有效靶向给药及个体化治疗。分子靶标
什么是手性分子？
手性分子是指与其镜像不相同不能互相重合的具有一定构型或构象的分子。手性一词来源于希腊语“手”（Cheiro），由Cahn等提出用“手性”表达旋光性分子和其镜影不能相叠的立体形象的关系。手性等于左右手的关系，彼此不能互相重合。所有的手性分子都具有光学活性，同时所有具有光学活性的化合物的分子，都是手性分
什么是手性分子？
手性分子是指与其镜像不相同不能互相重合的具有一定构型或构象的分子。手性一词来源于希腊语“手”（Cheiro），由Cahn等提出用“手性”表达旋光性分子和其镜影不能相叠的立体形象的关系。手性等于左右手的关系，彼此不能互相重合。所有的手性分子都具有光学活性，同时所有具有光学活性的化合物的分子，都是手性分
什么是分子构型？
构型（Configuration）又称分子空间结构。共价键化合物分子中各原子在空间的相对排列关系。由于共价键具有方向性，所以分子具有一定的几何构型 。比如：正·异·Z·E·R·S这种排列不经过共价键的断裂和重新形成是不会改变的。构型的改变往往使分子的光学活性发生变化。
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
什么是超分子反应？
中文名称超分子反应英文名称supramolecular reaction定 义多分子构成的复杂反应体系。如生物膜、核糖体、复合酶、抗原-抗体结合、核酸杂交等皆是。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
什么是核酸分子杂交？
核酸分子杂交(简称杂交,hybridization)是核酸研究中一项最基本的实验技术。互补的核苷酸序列通过Walson-Crick碱基配对形成稳定的杂合双链DNA或RNA分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的,可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测。
什么是分子杂交仪
分子杂交仪又称分子杂交炉、分子杂交箱，是采用核酸分子杂交技术检测待测基因组中是否含有已知基因序列的设备。广泛地使用于克隆基因的筛选、酶切图谱的制作、基因组中特定基因序列的检测和遗传病的基因诊断等方面。
什么是－“分子靶向疗法”
“核弹”自动追击肺癌细胞——分子靶向疗法找出肺癌细胞的“至亲”，将“核弹”置放在它身上，让它“回家”始终追踪攻击癌细胞而不伤害正常细胞。
什么是小分子RNA？
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。在动植物以及病毒中已经发现有28645个miRNA 分子(Release 21: June 2014) 。大多数miRNA 基因以单拷贝、多拷贝或基因簇(c
什么是分子印迹技术
第八章 分子印迹技术将各种生物大分子从凝胶转移到一种固定基质上的过程称为印迹技术（blotting）。Southern在1975年首先提出了分子印渍的概念。他将琼脂糖凝胶电泳分离的 DNA片段在凝胶中进行变性使其成为单链，然后将一张硝酸纤维素(nitrocellulose， NC)膜放在凝胶上，上面
什么是分子结构
分子结构，或称分子立体结构、分子形状、分子几何，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态、颜色、磁性和生物活性。分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。
什么是高分子？
高分子又称高分子聚合物，高分子是由分子量很大的长链分子所组成，高分子的分子量从几千到几十万甚至几百万。绝大多数高分子化合物是许多相对分子质量不同的同系物的混合物，因此高分子化合物的相对分子质量是平均相对分子量。高分子化合物是由千百个原子以共价键相互连接而成的，虽然它们的相对分子质量很大，但都是以简单
什么是多原子分子？
分子中含有两个或两个以上的原子，称为多原子分子 。比如Ne叫单原子分子，而H2或H2O就叫多原子分子，其中含有两个原子的分子是双原子分子。
什么是低分子肝素
低分子肝素（LMWH）是一类抗凝药物。它们用于预防血栓和治疗静脉血栓栓塞（深静脉血栓形成和肺栓塞）以及治疗心肌梗塞。肝素是一种天然存在的多糖，可抑制凝血，即导致血栓形成的过程。天然肝素由不同长度或分子量的分子链组成。不同分子量的链，从5000到超过40,000道尔顿，构成多分散的医药级肝素。相比之下
什么是低分子肝素
低分子肝素（LMWH）是一类抗凝药物。它们用于预防血栓和治疗静脉血栓栓塞（深静脉血栓形成和肺栓塞）以及治疗心肌梗塞。肝素是一种天然存在的多糖，可抑制凝血，即导致血栓形成的过程。天然肝素由不同长度或分子量的分子链组成。不同分子量的链，从5000到超过40,000道尔顿，构成多分散的医药级肝素。相比之下
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像