分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选2000种pose，计算all-against-all RMSD矩阵根据RMSD进行聚类分析根据聚类结果挑选模型进行能量优化，消除原子间的碰撞蛋白复合物的相互作用分析，并作图形成报告交付给客户......阅读全文
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
高分子絮凝剂的技术流程
使用高分子絮凝剂沉淀是发生化学反应时生成了不溶于反应物所在溶液的物质。从字意上理解就是在重力作用下沉淀去除。污水中的悬浮物质，可以这是一种物理过程，简便易行，效果良好，是污水处理的重要技术之一。 根据悬浮物质的性质、浓度及絮凝剂性能，沉淀可以分为：自然沉淀，絮凝沉淀，区域沉淀。域沉淀的悬浮颗泣
短程分子蒸馏仪的工作流程介绍
当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到冷凝板被冷凝排出，而重分子达不到冷凝板沿混合液排出。物料从短程分子蒸馏仪的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地
短程分子蒸馏仪的工作流程介绍
当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到冷凝板被冷凝排出，而重分子达不到冷凝板沿混合液排出。物料从短程分子蒸馏仪的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地分布
短程分子蒸馏仪的工作流程介绍
当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到冷凝板被冷凝排出，而重分子达不到冷凝板沿混合液排出。物料从短程分子蒸馏仪的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地
短程分子蒸馏装置的工作流程介绍
易挥发组分在蒸气中得到增浓，难挥发组分在剩余液中也得到增浓，这在一定程度上实现了两组分的分离。两组分的挥发能力相差越大，则上述的增浓程度也越大。在短程分子蒸馏装置中，使部分汽化的液相与部分冷凝的气相直接接触，以进行汽液相际传质，结果是气相中的难挥发组分部分转入液相，液相中的易挥发组分部分转入气相，也
分子杂交技术介绍
互补的核苷酸序列通过Watson-Crick碱基配对形成稳定的杂合双链DNA分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的，可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测。杂交的双方是所使用探针和要检测的核酸。该检测对象可以是克隆化的基因组DNA,也可以是细胞总DNA或总RNA。根据使用的方法被检测
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
分子诊断的基本流程
多年来，大部分分子诊断实验室的核心技术都主要集中在检测特异性、相对较短的DNA或RNA片段上。该技术能诊断传染性疾病、鉴别影响药物代谢的特殊基因变异型或检测与疾病有关的基因，如与癌症有关的基因。这些检测的核心是实时定量聚合酶链反应（PCR）、转录调节扩增（TMA）、靶向扩增和信号扩增等类似技术的应用
如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能
如何科学合理地对待分子对接结果？
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于
技术专家对接纺织产业发展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512147.shtm11月9日，以“先进纺织打造美好未来”为主题的2023中国（龙港）先进纺织及纤维材料青年科学家论坛在浙江省龙港市召开。来自全国各地高校、科研院所的专家，青年科技工作者，企业代表等约2
短程分子蒸馏的操作流程
操作流程： 1、 安装进样器（顺时针旋紧进样器）、一、二、三级接收瓶，打开 冷却水循环按钮； 2、 打开刮膜器转子，调整到转速（不得超过400 r/min）； 3、 在液氮达到要求液位（不得少于冷凝柱体积1/2）后打开真空泵； 4、 待压力不再下降，调整真空泵微调阀（不得低于0.5 mbar）；
短程分子蒸馏的操作流程
操作流程： 1、 安装进样器（顺时针旋紧进样器）、一、二、三级接收瓶，打开 冷却水循环按钮； 2、 打开刮膜器转子，调整到指定转速（不得超过400 r/min）； 3、 在液氮达到要求液位（不得少于冷凝柱体积1/2）后打开真空泵； 4、 待压力不再下降，调整真空泵微调阀（不得低于0.5 mbar
分子蒸馏技术的介绍
分子蒸馏是一种特殊的液--液分离技术，它不同于传统蒸馏依靠沸点差分离原理，而是靠不同物质分子运动平均自由程的差别实现分离。当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
关于PAM沉淀的技术流程的介绍
沉淀是发生化学反应时生成了不溶于反应物所在溶液的物质。从字意上理解就是在重力作用下沉淀去除。污水中的悬浮物质，所以这是一种物理过程，简便易行，效果良好，是污水处理的重要技术之一。 根据悬浮物质的性质、浓度及聚丙烯酰胺絮凝性能，沉淀可以分为：自然沉淀，絮凝沉淀，区域沉淀。区域沉淀的悬浮颗泣浓度较
活性污泥处理技术流程详细介绍
当前流行的污水处理过程:传统的活性污泥法,AB法、SBR、氧化沟、A/A/O法,A/O法等,这些过程是源自于活性污泥法,并各有其特点。 活性污泥法工艺是一种应用zui广泛的污水好氧生化处理技术,其主要由曝气池、二次沉淀池、曝气系统和污泥回流系统,等。通过主键和二次沉淀池废水后槽底部的曝气池的活
分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式
项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV