主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一,由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法,固定小分子的键长和键角,将小分子配体拆分成若干刚性片断,根据受体表面的几何性质,将小分子的刚性片断重新组合,进行构像搜索。在能量计算方面,Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用,在进行构像搜索的过程中搜索体系势能面。最终软件以能量评分和原子接触罚分之和作为对接结果的评价依据。AutoDockAutodock是另外一个应用广泛的分子对接程序,由Olson科研组开发。AutoDock应用半柔性对接方法,允许小分子的构像发生变化,以结合自由能作为评价对接结果的依据。自从AutoDock3.0版本以后,对能量的优化采用拉马克遗传算法(LGA),LGA将遗传算法与局部搜索方法相结合,以遗传算法迅速搜索势能面,用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。 FlexXFlexX是德国国家信息技术研究中心生物信息学算法和科学计算研......阅读全文
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一,由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法,固定小分子的键长和键角,将小分子配体拆分成若干刚性片断,根据受体表面的几何性质,将小分子的刚性片断重新组合,进行构像搜索。在能量计算方面,Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用,在进行构像
多功能酶标仪的软件功能和主要特点介绍
多功能酶标仪检测自动化,智能化,适合批量样品数据检测。人机交互性能好。操作使用简便。精度高,稳定度好,特别适合低刻度、小剂量的分子生物领域检测使用。 多功能酶标仪功能强大的内部软件,有包括中文在内的8种语言可供选择。 软件功能包括:设置微孔板布局(包括空白、标准品、待测样品、质控品等),显示
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化,根据简化的程度和方式,可以将分子对接方法分为三类。刚性对接:刚性对接方法在计算过程中,参与对接的分子构像不发生变化,仅改变分子的空间位置与姿态,刚性对接方法的简化程度最高,计算量相对较小,适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接:半柔性对接方法允许对接过程中小分子
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备:通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构;药物分子准备;对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备:通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构;对接,一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合,那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序,挑选
高分子材料试验机软件功能介绍
1.测试标准模块化功能:提供使用者设定所需应用的测试标准设定,范围涵盖GB、ASTM、DIN、JIS、BS…等。测试标准规范。 2.试品资料:提供使用者设定所有试品数据,一次输入数据*重复使用。并可自行增修公式以提高测试数据契合性。 3.双报表编辑:完全开放式使用者编辑报表,供测试者选
分子筛的主要结构特点介绍
自然界中存在一种天然硅铝酸盐,它们具有筛分分子、吸附、离子交换和催化作用。这种天然物质称为沸石,人工合成的沸石也称为分子筛。分子筛的化学组成通式为:(M)2/nO· Al2O3·xSiO2·pH2O,M代表金属离子(人工合成时通常为Na),n代表金属离子价数, x代表SiO2的摩尔数,也称为硅铝比,
什么是分子对接?
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接计算中如何确定对接口袋?
在一般的分子对接计算中,一个不可或缺的步骤是定义配体分子(通常为有机小分子)的结合位置,即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构,口袋内就有一个配体,它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构,我们该如何确定对接口袋呢?更一般地,对于核酸
分子对接计算中如何确定对接口袋?(一)
在一般的分子对接计算中,一个不可或缺的步骤是定义配体分子(通常为有机小分子)的结合位置,即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构,口袋内就有一个配体,它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构,我们该如何确定对接口袋呢?更一般地,对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋?(二)
3、从返回的结果中找到Output files,下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件(我们输入了PDB ID,POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件),文件②是我们需要的输出结果,包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来,然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。(P
分子对接计算中如何确定对接口袋?(三)
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多,分子对接中使用游离蛋白作为受体时,又该如何定义对接口袋呢?计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式,对于复合物蛋白,可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义(详见平台教程,在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接);对于游离蛋白,可通过
信号分子的功能特点
信号分子具有特异性、高效性和可被灭活的特点。特异性:只能与特定的受体结合;高效性:几个分子即可发生明显的生物学效应,如各种激素在血液中的浓度极低,一般在每100mL血液中只有几ug甚至几ng,但对人体的生理调节作用却非常重大;可被灭活:当完成一次信号应答后,信号分子会通过修饰、水解或结合等方式失去活
神经细胞黏附分子的主要功能和特点
在肿瘤中的作用NCAM在结构上与肿瘤控制因子DCC的结构很相似,故有人推测NCAM在肿瘤抑制方面可能有一定的作用。细胞的粘附和嗜同性:通过体外培养单个分离的鸡视网膜细胞发现:NCAM可以诱导细胞聚合,而细胞的聚合能够被NCAM的抗体的Fab片段所抑制,重新加入纯化的NCAM后,抑制作用又被中和。神经
CellSens-standard软件主要功能操作说明(二)
1. 将工具窗口切换至“流程管理”工具窗口;2. 选定“自动处理”选项;3. 单击“多通道”按钮,按钮将显示为已点击状态,此时该按钮内部的充实浅黄色的背景;4. 单击添加通道按钮 ,上下文菜单随即被打开;该上下文菜单中将列出所有当前软件设置的观测模式(DAPI、FITC、CY3、CY5等荧光观测模式
CellSens-standard软件主要功能操作说明(一)
一、明场实时图像调节及拍照保存1.打开cellSens软件后,首先在摄像控制工具窗口中切换相机芯片为“彩色模式”,此时相机自动切换为彩色芯片进行明场图像采图;接下来点击“实时观察”对样品进行预览,随后在摄像控制工具窗口中将曝光模式调节为“自动”,最后将曝光模式调节到“手动”,通过增加或减少曝光时间来
电子拉伸仪主要功能特点介绍
电子拉伸仪又叫做电子多功能拉伸仪,是用于测定面粉等品质的一款仪器。该仪器的工作原理如下:在规定条件下用粉质仪将小麦粉、水和盐制备面团,分出150g用拉伸仪的揉圆器揉圆,用成型器搓条使之成为标准形状。放置一定时间后,拉伸测试面块直至断裂并由程序记录所需的拉伸阻力即为拉伸力。这是面粉品质的重要方面,
分子对接有什么用途?
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物(虚拟筛选);解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
全自动酶标仪的软件功能介绍
软件功能是指全自动酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中酶标仪的一个非常重要的功能。 如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定全自动酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮助。E
全自动酶标仪的软件功能介绍
软件功能是指全自动酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中高档酶标仪的一个非常重要的功能。 如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定全自动酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮
全自动酶标仪的软件功能介绍
软件功能是指全自动酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中酶标仪的一个非常重要的功能。 如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定全自动酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮助。E
全自动酶标仪的软件功能介绍
软件功能是指全自动酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中酶标仪的一个非常重要的功能。 如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定全自动酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮助。E
凝胶成像系统软件功能介绍
A、软件的基本功能:可对不同样品,如条带,斑点,细菌克隆,芯片,细胞或者活体动物等,进行定 性、定量分析,加批注,输出图像等操作。B、图像采集方式:对于化学发光或多色荧光产品,软件应具备电影模式,可以进行图像多祯累计功能 来增强线性动态范围和数据准确度。C、操作简便,软件应具备操作辅助工具,使软件操
拉伸试验机软件功能介绍
A. 测试标准模块化功能:提供使用者设定所需应用的测试设定,范围涵盖GB、ASTM、DIN、JIS、BS…等测试标准规范。 B. 试品资料:提供使用者设定所有试品数据,一次输入永久重复使用。并可自行增修公式以提高测试数据性。 C. 双报表编辑:完全开放式使用者编辑报表,供测试者选择喜好的
核磁共振教学仿真软件的主要应用及功能
核磁共振教学仿真软件可模拟核磁共振成像的整个过程,包括基本成像序列选择、数据采集、K空间填充、图像重建等几个主要方面。当选择界面中的成像序列、原始层面及成像技术的参数后,就可以获得对应的数据采集过程、K空间填充、重建的图像等信息。 核磁共振教学仿真软件使用者可以很好的观察到不同序列的选择、
酶标仪软件功能
软件功能是指酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中高档酶标仪的一个非常重要的功能。如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮助。ELI
BPA2P张力仪-软件的主要特点
BPA-2P基于内置的现代操作系统嵌入式Linux,可作为独立仪器运行。 它包含内置的FTP和VNC服务器,用于共享以太网网络上的测量数据和远程控制。 您可以通过任何外部PC /笔记本电脑轻松访问BPA-2P。 无需外部PC连接即可支持所有仪器的功能。 作为用户界面,触摸屏提供了使用通过U
染色体自动识别软件系统功能特点
1、清晰度高:可在计算机显示屏幕上进行染色体核型的自动识别。 2、操作简单:采用标准Microsoft Windows平台,可以运行在Windows 98x/XP 之上,全汉字操作界面、以鼠标操作为主,最大程度地减少手工分析的繁琐工作。 3、染色体核型自动识别、排列:软件在众多医学临床专家指
染色体自动识别软件系统功能特点
1、清晰度高:可在计算机显示屏幕上进行染色体核型的自动识别。 2、操作简单:采用标准Microsoft Windows平台,可以运行在Windows 98x/XP 之上,全汉字操作界面、以鼠标操作为主,最大程度地减少手工分析的繁琐工作。 3、染色体核型自动识别、排列:软件在众多医学临床专家指
塑料拉力试验机的特点及软件功能
塑料拉力试验机的特点及软件功能塑料拉力试验机采用机电一体化设计 ,主要由测力传感器、变送器、微处理器、负荷驱动机构、计算机及彩色喷墨打印机构成。塑料拉力试验机的特点计算机显示器全程显示试验过程、曲线,微机自动传输试验设置与试验数据。用户可按各自要求修改试验报告,输出标准报告。通过对成组试验曲线的迭加
内毒素监测仪的软件的功能特点
1. 操作界面简单快捷,功能丰富,用户只需要第一次使用时进行简单设置。 2. 可保存设置、检测方案、检测结果以及标准曲线,并能随时提取保存文件,保存的文件可自动或手动命名。 3. 可批量设置检测方案,标准曲线一次设置自动标出所有点。 4. 可随时(包括检测进行中)添加、删除、更改检测方案。