Antpedia LOGO WIKI资讯

海洋所首次完成仿刺参基因组测序和组装

日前,我国科学家在国际上首次完成仿刺参基因组测序和组装,对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义,将对我国刺参产业发展产生重要推动作用。 该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生团队和相建海团队共同完成,在天津生物芯片技术公司的技术支撑下,突破了刺参复杂基因组测序和组装技术瓶颈,采用新一代测序技术获得132Gb高质量DNA序列数据,覆盖全基因组160倍。科研人员利用针对高复杂度基因组组装的创新策略,在国际上首次成功完成了野生刺参的基因组组装,目前获得的框架图总长度达到765Mb,组装叠连群Contig N50达112Kb,该数值优于国际迄今已发表的多数水产动物基因组图谱的指标。初步检测表明,功能基因区覆盖达95%以上。该项研究得到了国家科技部“973”、“863”计划,国家基金委,中国科学院和山东省、青岛市科技厅的资助。 早在上世纪50年代,海洋所科研人员就开展了海参的形态分类和经典生物学研究,查清了我国海参的分布和生......阅读全文

中国科学家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装

   近日,记者从中国科学院海洋研究所获悉,我国科学家正式完成仿刺参基因组测序和组装,这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义,对我国刺参产业发展将产生重要推动作用。  据了解,该项研究得到了国家科技部973 、863计划,国家基金委,中国科学院和山东省科技厅、青岛市

天津生物芯片参与绘制海参基因组

  海参属于棘皮动物,是其中体型与形态最为特殊的种类,且处于从无脊椎向脊椎动物分化的独特进化地位,也是国内外重要的海产经济物种,具有极高的营养与医用价值。  10月12号,国际学术期刊PLoS Biology在线刊发了天津生物芯片参与的海参全基因组精细参考图谱项目文章-“The sea cucumb

海洋所完成凡纳滨对虾基因组并构建高密度遗传连锁图谱

  近日,中国科学院海洋研究所海洋动物生殖与遗传工程课题组利用高通量测序技术,对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查(Survey)分析,并在此基础上成功构建全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。  基因组探查(Survey)分析结果显示,凡纳滨对虾基因组中重复序列和杂合度比例均很高,其高复杂度使得国际

我国科学家成功破译南美白对虾基因组

  中国科学院海洋研究所(以下简称中科院海洋所)科研团队历时10年成功破译凡纳滨对虾(又称南美白对虾)基因组,并获得高质量的对虾基因组参考图谱,研究成果日前在《自然—通讯》上在线发表。  中科院海洋所研究员相建海介绍,对虾基因组是世界上公认的高复杂基因组,科研团队尝试了从一代到三代的各种基因组测序平

海洋所成功破译对虾基因组并获得国际首个基因组图谱

  由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队,与国内外多家单位共同合作,历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组,获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱,研究成果于1月21日在《自然-通讯》(Nature communications)在线发表,为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重

希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源

  希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 (https://github.com/Nextomics/NextDenovo),并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉,本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠

海洋所科研人员绘制完成牡蛎全基因组序列图谱

  近日,牡蛎基因组计划(Oyster Genome Project,OGP)项目组宣布,历时两年的牡蛎基因组序列图谱终于绘制完成。这是世界上第一张养殖贝类的全基因组序列图谱,标志着基于短序列的高杂合度基因组拼接和组装技术获得了重大突破。据悉,目前的基因组图谱已达到国际领先的基因组图

DNA测序40周年:DNA测序的过去、现在和未来(上篇)

  在DNA测序过去的40年中,我们见证了诸多技术的变革和测序规模的极度增长。从几千个碱基到第一个人体基因组,乃至当前数以万计的人体和无数其它的基因组。包括作为大量分子现象的“计数器”在内,DNA测序被广泛和创造性地应用于各个领域。从长远来看,我们可以预测DNA测序技术所带来的影响将会与显微镜的使用

中国花生基因组计划取得阶段性研究成果

  近日,由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院、山东省农业科学院和Macrogen千年基因联合启动的中国花生基因组计划取得了阶段性研究成果,该成果报告会于Macrogen千年基因圆满举办。本次会议总结了中国花生基因组计划的阶段性研究成果及国际上花生基因组研究的进展,并讨论了花生基因组计划后期

小麦基因组测序 为第三代育种绘制“高清地图”

  不久前,中国科学院遗传与发育生物学研究所发表于国际著名期刊《自然》的论文称,该所研究团队已完成小麦A基因组测序和染色体精细图谱绘制。这是继2013年,该团队成功绘制出小麦A基因组祖先种乌拉尔图小麦基因组草图并发表于《自然》之后,在此领域的又一项重大成果。图片来源于网络   中国科学院遗传与发育生

破译对虾基因组 获国际首个高质量对虾基因组参考图谱

  由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队,与国内外多家单位共同合作,历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组,获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱,研究成果于1月21日在《自然-通讯》(Nature communications)在线发表,为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重

花生转录组denovo测序揭示果针发育相关的功能基因

  近日,由广东省农业科学院作物研究所梁炫强研究员、陈小平博士,山东省农业科学院花生研究所所长禹山林研究员及国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组中心负责人Rajeev Kumar Varshney等完成的花生转录组de novo测序的结果发表于Plant Biotechnology

科学时报:大熊猫研究步入基因组时代

10月11日,深圳华大基因研究院宣布,大熊猫晶晶的基因组框架图绘制完成,这是世界首例用短序列进行新物种测序与组装新技术完成的大型基因组序列图。 深圳华大基因研究院大熊猫基因组项目负责人田埂博士在接受记者采访时表示:“目前的基因组框架图涵盖基因组95%区域,覆盖基因区约98%。虽然这还不是最终的基因

基因组学推动生命科学大步向前

  2010年下旬,河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布,向全国征集曹姓男性DNA样本,拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。   一下子,基因组科学成为热门,这一话题“落入寻常百姓家”。   事实上,伴随着2

作物基因组学研究进展(二)

⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一,小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响,小麦生产面临严峻的挑战,对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦(Triticum aestivum L.)是3个不同亚基因组形成的异源

一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列

随着疫情进入攻坚阶段,基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而,若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究,需获取完整的病毒基因组信息,这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性,华大智造可为新型冠状病毒高通量

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成

  绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱,也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛

研究发现全新全基因组组装方法

   十年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  英国时间12月9日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  这篇论文只有两位作者,

《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

分析比产生更快?中国“智”造全基因组组装算法

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列

  来自中科院遗传与发育生物学研究所,四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章,对一个籼稻基因组蜀恢498(R498)进行PacBio单分子测序,结合遗传图谱和

第三代测序重大突破!首次完成人类基因组测序

   第二代测序是当今应用最为广泛的技术,但读长短是它的软肋,并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序,也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序,而如今随着技

国内三代测序技术瞄准遗传病诊断

  在过去的2016年,第三代测序获得了完美突破,首次登上了太空,首次完成人类基因组测序,首次确定了二代测序未能检测到的致病性大片段缺失突变,最终确诊了一种罕见遗传病......第三代测序也被Science纳入2016年十大科学突破之一。  第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,在临床上具有无

Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用

  药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈,因此,开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种,大多数药用植物遗传背景不清楚,基因组信息缺乏,遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属(Panax)

Macrogen携手多家单位启动花生基因组计划

  由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院作物研究所、山东省花生研究所、Macrogen千年基因等共同发起的中国花生基因组计划目前已全面启动,并在“第十一届中国专利高新技术产品博览会”上举行了盛大的签约仪式。该项目计划于全球范围内首次完成对花生A基因组的全基因组测序、组装及序列结果的注释。

Macrogen千年基因携手多家单位启动中国花生基因组计划

  由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院作物研究所、山东省花生研究所、Macrogen千年基因等共同发起的中国花生基因组计划目前已全面启动,并在“第十一届中国专利高新技术产品博览会”上举行了盛大的签约仪式。该项目计划于全球范围内首次完成对花生A基因组的全基因组测序、组装及序列结果的注释。

2019中国生命科学领域CNS盘点:曹雪涛 颜宁 施一公上榜

  截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结:  按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie

中国科学家绘制小麦A、D基因组草图

  作为世界三大粮食作物之一,小麦养活了全球40%的人口,提供人类营养所需的20%的热能和蛋白质。   随着基因组学的发展,水稻和玉米的基因组相继被破译,但关于小麦基因组的测序研究依然困难重重、进展缓慢,小麦基因组成了横在科学家面前的一座大山。   中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工

华大基因、中科院Nature子刊发表新成果

  OpGen公司今日宣布,通过利用ARGUS® Whole Genome Mapping System技术结合新一代测序技术(NGS),生成了首个家山羊(domestic goat)的高质量参考基因组。这一研究是由深圳华大基因研究院和中科院昆明动物研究所领导,相关成果发表在《自然生物技术》