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基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同源范围的程序,在基因组注释中的作用日益显著。即使在稀少基因或组织特异性表达的基因中,基因组序列的相关性信息也颇具参考价值。所以利用基因组序列的比对来扩充基因的信息是不可获缺的。特别是在对人类基因组做注释时,与那些相对完整的脊椎动物基因组,如小鼠和鱼类的基因组比较是必不可少的步骤。许多基因组测序计划正在进行之中,尽管仍存在急需解决的问题,比较基因组学方法(comparative genome approach)被认为是最有应用前景的方法。该方法不仅在基因预测中举足轻重,而且在鉴定调控基因、探索垃圾基因(junk gene)等方面的作用也......阅读全文

精准医疗时代已至 基因测序数据分析成为关键

  随着医学技术提升、就医环境改善,困扰人们的复杂疾病是否能够得到更加有效的治疗?相关统计显示,针对城市居民死亡率较高的癌症(恶性肿瘤)、心脏病、冠心病等复杂疾病,传统医疗方案的治疗效果并不佳。据WINSymposium公布的数据显示,传统医疗在肿瘤治疗上用药无效率高达75%。人们仍然谈“癌”色变。

分析和比较各种基因组数据的多面手

  Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案,也是唯一一家可以提供

专业贴:基因创业的“船票”究竟有多贵?

  基因领域的创业热度持续升温。创业门槛有多高?市场规模有多大?哪些领域更适合创业团队切入?  近两年来基因领域的创业热度持续升温,在设备、工具、服务,检测四个跑道上都出现了很多种子创业选手。那么这四个方向的创业门槛有多高?市场规模有多大?哪些领域更适合创业团队切入,下面我给大家盘算一遍。

PeerJ:中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破

  近日,国际期刊《PeerJ》在线发表了中国科学院昆明动物研究所马占山研究员与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。研究团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件(软件试用下载网址: https://sourceforge.net/projects/sparc-con

华大基因的3万多“铁粉”,能否等到股价的再次起飞?

自2017年7月打开IPO涨停板,到2017年11月股价涨到巅峰的261.39元,再到2018年9月3日股价降到73.39元,华大基因的股东户数一直在3万多;而截止2018年上半年股东户数,为33,283户。这3万多“铁粉”,能否等到华大基因的再次腾飞?我翻越了它不少资料,试图从公司披露的中报,谈谈

美国龙头企业寻求扩张 基因测序市场广阔

  美国基因测序龙头企业Illumina(ILMN)股价在过去10年里大幅上涨16倍,特别是在近四年里上涨了六倍,目前市值已达到270亿美元。Illumina长牛表现的背后,是市场对基因测序应用前景以及该公司产品线的高度看好。在Illumina的研发推动下,人类基因测序成本显著下降,为该技术的商业化

基因测序市场广阔 全球龙头Illumina业绩增长迅猛

  美国基因测序龙头企业Illumina(ILMN)股价在过去10年里大幅上涨16倍,特别是在近四年里上涨了六倍,目前市值已达到270亿美元。Illumina长牛表现的背后,是市场对基因测序应用前景以及该公司产品线的高度看好。在Illumina的研发推动下,人类基因测序成本显著下降,为该技术的商业化

基因测序:上游三四代技术是趋势,下游样本积累是关键

  基因测序全产业链划分为上游的测序仪器与试剂耗材市场,中游的基因测序服务市场和下游的生物信息学分析市场。中下游市场面向群体包括医院、药厂、科研机构以及消费者等,可分为医疗和非医疗两个领域。  医疗领域可分为人体基因组和人体微生物基因组两个子领域。针对人体基因组的主要产品有肿瘤学(诊断筛查与治疗、靶

基因测序产业百家争鸣 测序仪器市场被欧美垄断

  基因测序全产业链划分为上游的测序仪器与试剂耗材市场,中游的基因测序服务市场和下游的生物信息学分析市场。中下游市场面向群体包括医院、药厂、科研机构以及消费者等,医疗领域可分为医疗和非医疗两个领域。人体基因组和人体微生物基因组两个子领域。针对人体基因组的主要产品有肿瘤学(诊断筛查与治疗、靶向用药、伴

中国版精准医疗计划将启动

  国家卫计委11月30日消息,目前我国正在制定“精准医疗”战略规划,或将纳入到“十三五”重大科技专项中。  精准医疗主要由基因测序等顶尖技术构成,将改变现有的诊断、治疗模式,为医学发展带来一场变革。据透露,我国将研发一批国产新型防治药物和医疗器械,形成一批我国定制、国际认可的疾病诊疗指南

先进科学:基因编辑如何摆脱“脱靶”困扰

  基因组编辑技术是当前生命科学研究的前沿领域。在多种不同的基因组编辑方法,以CRISPR/Cas9系统最为便捷、高效,应用也最广泛。  但CRISPR技术存在的脱靶效应依旧是影响其能否广泛应用的主要限制因素,如何正确评估、检测脱靶效应,并提出相应的策略降低脱靶效应,是当前基因编辑研究领域的重要研究

中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破

  针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%—40%的现实,该团队研发出了一套“线性复杂度”(复杂性最低)的算法,Sparc软件即基于该新算法完成。  综合测试显示:采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据,Sparc取得组装共识(Consensus)时错误率低于0.5%;同时与目前最优秀的同类软件

植物表型组学概念和测量方法讨论

首先植物表型是受基因和环境因素决定或影响的, 反映植物结构及组成、植物生长发育过程及结果的全部物理、生理、生化特征和性状。说到育种不得不提到“表型”的概念,在生物学和遗传育种领域,特别是作物育种领域,表型是指基因型和环境决定的形状、结构、大小、颜色等生物体的外在性状。表型组又是指某一生物的全部性状特

赛默飞重推移动检测解决方案 定制化快速筛选

  2014年9月24日,赛默飞世尔科技亮相于上海新国际博览中心召开的2014慕尼黑上海分析生化展,隆重推出了赛默飞移动检测解决方案并召开新闻发布会,赛默飞中国

中国学者发文,介绍三代测序数据计算方法的突破

  9月18日,中山大学中山眼科中心谢志、肖传乐、谢尚潜,中山大学数据科学与计算机学院陈颖,湖南农业大学罗峰等学者合作在 Nature Methods 杂志上发表了三代基因组测序数据计算方法,解决了该领域的关键技术难题。  这一项目负责人谢志教授和主要完成人肖传乐副研究员表示:以 PacBio 和

华大智造联手德国Curetis开启传染病基因诊断的新时代

  近日,深圳华大智造科技有限公司(以下简称华大智造)与德国Curetis公司达成战略性合作。双方深入探究基于二代测序平台的微生物传感染临床鉴定方法,此次合作加速了基于基因测序的临床病原诊断进程,也拓宽了双方在严重病原物感染IVD领域的格局。  针对临床病原诊断及其遗传性抗生素抗药性的鉴定方法,双方

未来几年全球基因测序市场仍快速增长

        基因测序(DNA测序)产业近些年得到迅猛发展。来自BBCresearch的数据显示,全球基因测序市场总量从2007年的794.1万美元增长至2013年的45亿美元,预计未来几年全球市场仍将继续保持快速增长,2018

中国医学科学院蛋白质组学研讨会胜利召开

   2011年11月17日,第一届蛋白质组学研讨会在中国医学科学院基础医学研究所成功召开,本次研讨会是由中国医学科学院基础医学研究所主办,赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher Scientific)合办和赞助,分析测试百科网(www.antpedia.com)协办,主题是:蛋白质组学在生物

蛋白质组最新研究进展

  蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。 在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋

食为天 保证食品安全 守一方蓝天 CBIFS2018圆满闭幕

  2018年4月10号,CBIFS2018第十一届中国国际食品安全技术论坛进行到第二天,专家学者热情不减,在会上展开了热烈的讨论交流。会议现场中国科学院大连化学物理研究所 首席研究员 关亚风  中国科学院大连化学物理研究所首席研究员关亚风带来题为“真菌毒素样品制备和液相色谱荧光定量检测”的报告。关

细胞器基因组组装软件开发研究获进展

  真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体(包括叶绿体、白色体等)的全部DNA分子,是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内,有多个(甚至成千上万个)细胞器基因组单元的拷贝,使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展,测序成本下降,低

基因测序市场深度剖析

   Technologies(现为Thermo Fisher收购)公司全国临床与科研事业部销售总监、ThermoFisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章,对基因测序领域进行了深入剖析。让我们看看这个领域深入工作的人士,怎么看待2015年基因测序市场大热这一现实的。   ▌第一篇:基

DNA重组(DNA recombination)技术:DNA序列测定-3

2.利用末端转移酶和α-32P-ddNTP标记DNA的3ˊ-末端 在二价阳离子存在下,末端转移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羟基末端,如果作为底物的核苷酸经过修饰(如ddNTP),则可以在DNA的3ˊ-OH上仅加入一个核苷酸。对于双链DNA片段,亦存在DNA的两侧均被标记问题,可通过上述同

那些27岁的教授们

  据此前报道,浙江大学27岁的陆盈盈获评教授引起舆论纷争,最后浙江大学网站将她的头衔从教授改为“特聘研究员”。对于网络上的纷争,华中科技大学教授薛宇在自己的博客上发表了一篇文章,历数了那些年轻的教授们,表示这一事件并不应该大惊小怪。观察者网编辑查询发现,薛宇教授出生于1980年,2007年成为中国

2017年暑假生物医学大型仪器理论与实验技术培训班

(二轮通知 2017年7月10~19日,北京)  中国医学科学院基础医学研究所∕北京协和医学院基础学院在医学领域具有国内一流的影响力和知名度,以尖端的医学研究及出色的理论和实验教学成为著名的医学科学研究与教育基地。为了培养生物医学领域创新人才,现推出一年一度的,以尖端仪器和实战训练为特色的“大型仪器

《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

基因检测=高科技算命? 专家:天赋分析目前达不到

    据中国之声新闻纵横报道,您看到过这种广告吗:“采集唾液、口腔拭子或者血液样本,寄回给公司,七到十个工作日,就可以分析出用户基因信息,明确病因或预知身体患某种疾病的风险”,近年来,基因检测慢慢火爆起来,如今正从医学临床应用转移到健康消费市场。  目前,国内至少有几十家公司号称为普通消

研究发现全新全基因组组装方法

   十年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  英国时间12月9日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  这篇论文只有两位作者,

分析比产生更快?中国“智”造全基因组组装算法

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

BECIA2017新产品奖大盘点:赛默飞、安捷伦、岛津位居三甲

  分析测试百科网讯 2017年10月10日-13日,国内分析测试行业影响力最大的展会——BCEIA2017在北京国家会议中心开幕,展出当今国内外分析测试领域的前沿技术和先进仪器设备。本次展会上,组委会颁布了BCEIA 2017新产品奖,共计22家国产仪器厂商、74个产品。其中获奖最多的厂商是赛默飞