著名学者朱健康Cell子刊表观遗传研究新文章
来自中国科学院上海生命科学研究院和普渡大学的研究人员证实，甲基化CpG结合蛋白MBD7促进DNA主动去甲基化，限制了DNA高度甲基化以及转录水平的基因沉默。这一重要的研究发现发表在2月12日的《分子细胞》（Molecular cell）杂志上。 任职于中科院上海生命科学研究院和普渡大学的朱健康（Jian-Kang Zhu）教授是这篇论文的通讯作者。朱教授是植物抗逆生物学领域世界级领军人物之一，其及其领导的实验室在植物抗旱、抗盐与耐低温方面的研究硕果累累，在国内外享有声誉。是首批“千人计划”入选者，现为美国普渡大学生物化学系和园艺及园林系杰出教授，2010年当选为美国国家科学院院士。DNA甲基化是在植物和哺乳动物中最主要的表观遗传修饰之一，主要发生在CpG二核苷酸序列，大约70-80%的CpG发生这种甲基化修饰。 作为基因组自然发生的共价修饰之一，DNA甲基化是植物和哺乳动物正常生长发育所必需的，它广泛参与转录抑制、转座子......阅读全文
生化与细胞所揭示组蛋白H3K4甲基化抑制转录的新机制
真核生物染色质的组蛋白末端会发生多种的化学修饰（包括乙酰化和甲基化修饰等），这是真核生物细胞随环境变化而改变基因表达谱式的重要调控方式。之前的研究发现，组蛋白H3K4甲基化分布于基因的启动子区，对基因转录主要起正调控作用。然而，有研究表明H3K4甲基化对某些基因表达起到抑制作用，其
研究揭示RNA甲基化调控Rloop形成及转录终止机制
R-loop是一种由RNA：DNA杂合链和单链DNA组成的特殊核酸结构，在原核和真核生物的基因组中分布广泛且普遍存在。R-loop在很多关键的生物学过程中发挥重要功能，包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等，但其如何被精确调控的机制尚不清楚。m6A修饰作为信使RNA上丰度最高
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
组蛋白甲基化修饰研究再获突破
日前，复旦大学徐彦辉课题组在组蛋白甲基化修饰研究领域获得新进展，相关成果发布在《分子细胞》上，该项研究得到了国家自然科学基金面上项目的资助。 组蛋白甲基化修饰是一种非常重要的表观遗传修饰，参与调节异染色质形成、X染色体失活、基因印记及DNA的损伤修复等多种生命过程。关于组蛋白去甲基化酶的研究是
基因组所等RNA甲基化表观转录组学研究获进展
2014年1月，中国科学院北京基因组研究所基因组变异与精准生物医学实验室“百人计划”研究员杨运桂研究组，与中国科学院动物研究所“百人计划”研究员刘峰研究组合作开展的“m6A甲基转移酶复合物鉴定”研究，发现了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
转录因子和调节蛋白是包含关系吗
调节蛋白是个很大的概念,其调节对象可以包括DNA、RNA以及蛋白质,而转录因子特指对基因转录水平进行调节的蛋白质,从这一角度上说,”调节蛋白“概念涵盖转录因子。调节蛋白还包括:各种修饰蛋白(例如对DNA进行甲基化乙酰化修饰的蛋白、蛋白磷酸化甲基化蛋白),RNA剪接蛋白、蛋白辅助蛋白(分子伴侣)等等。
能控制转录终止的蛋白质ρ因子
能控制转录终止的蛋白质ρ因子(ρ factor)是一种与转录终止相关的蛋白质。1969年,Roberts J在T4噬菌体感染的大肠杆菌中发现了能控制转录终止的蛋白质,命名为ρ因子。ρ因子是由相同亚基组成的六聚体蛋白质,亚基分子量为46kD 。ρ因子能结合RNA,又以对poly C的结合能力最强
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。研究背景肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，由于环境的污染，肺癌
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。 研究背景 肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，
研究人员揭示超级增强子动态甲基化调控转录异质性
CpG DNA甲基化早在70年代就被提出是一种用来控制基因表达的DNA化学修饰，而我们对DNA甲基化在基因组不同区域的具体功能，在疾病、发育过程中所扮演的具体角色，以及控制基因表达的详细机理，直到今天并没有全面详细的认知。 2019年8月15日，美国Whitehead研究所Rudolf Jae
利用ssDRIPseqRNA揭示甲基化调控Rloop形成及转录终止机制
R-loop是一种由RNA:DNA杂合链和单链DNA组成的特殊核酸结构，在原核和真核生物的基因组中分布广泛且普遍存在。R-loop在很多关键的生物学过程中发挥重要功能，包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等，但其如何被精确调控的机制尚不清楚。m6A修饰作为信使RNA上丰度最高
玉米转录因子和籽粒重要转录因子互作协同调控醇溶蛋白
玉米（Zea mays）原产于墨西哥和中美洲地区，是一种由古印第安人（Indians）在数千年前利用野生墨西哥类蜀黍（Euchlaenamexicana）（现存在于墨西哥和尼加拉瓜）杂交而来的品种。但是，作为一类重要的粮食作物，天然玉米籽粒在其营养价值上却有着重要的缺陷。根据已有的文献报道，玉米籽粒
玉米转录因子ZmMADS47和籽粒转录因子Opaque2－调控醇溶蛋白
玉米（Zea mays）原产于墨西哥和中美洲地区，是一种由古印第安人（Indians）在数千年前利用野生墨西哥类蜀黍（Euchlaenamexicana）（现存在于墨西哥和尼加拉瓜）杂交而来的品种。但是，作为一类重要的粮食作物，天然玉米籽粒在其营养价值上却有着重要的缺陷。根据已有
组蛋白修饰与DNA甲基化之间的关系
在引起基因沉默的过程中，沉默信号(DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重新装配)是如何进行的?谁先谁后?这是一个“鸡和蛋”的问题，目前仍处于研究阶段，还没有定论。研究发现DNA甲基化和组蛋白乙酰化是一个相互促进、加强的过程，如许多HDAC可以和DNMTl、3a、3b相互作用；而甲基化CpG结合蛋白—
Hopx甲基化通过激活SNAIL转录而促进鼻咽癌细胞的迁移－一
《Nature Communications》甲基化研究揭示鼻咽癌治疗新靶点研究背景在中国华南地区，鼻咽癌有较高的发病率。目前，鼻咽癌病人的治疗方案主要取决于病人的TNM分期。但是，约30%的鼻咽癌病人虽然处于相同的TNM分期，采用相同的治疗方案，其结果也不尽相同。表观层面的改变对于肿瘤起始和发展，
Hopx甲基化通过激活SNAIL转录而促进鼻咽癌细胞的迁移－二
4、HOPX抑制鼻咽癌细胞的EMT过程在N2-Tert,，NP69 和SH cells敲低HOPX后，细胞形态发生显著变化。SUNE1细胞系中过表达HOPX后，检测发现ECADHERIN显著上调。5、鼻咽癌细胞中HOPX抑制SNAIL转录由于EMT-TFs在EMT过程中起着重要的角色，研究者检测了H
mRNA－显示蛋白的纯化和逆转录实验
实验材料 mRNA 显示蛋白翻译反应产物试剂、试剂盒 Oligo 纤维素Oligo（dT）结合缓冲液Oligo 洗涤缓冲液Ni-NTA 琼脂糖NI-NTA 结合缓冲液Ni-NTA 洗脱缓冲液鲑精 DNABSADNA splintSuperscript Ⅱ 逆转录酶缓冲液DTT脱氧核苷三磷酸S
mRNA－显示蛋白的纯化和逆转录实验
实验材料mRNA 显示蛋白翻译反应产物试剂、试剂盒Oligo 纤维素Oligo（dT）结合缓冲液Oligo 洗涤缓冲液Ni-NTA 琼脂糖NI-NTA 结合缓冲液Ni-NTA 洗脱缓冲液鲑精 DNABSADNA splintSuperscript Ⅱ 逆转录酶缓冲液DTT脱氧核苷三磷酸Supersc
mRNA－显示蛋白的纯化和逆转录实验
实验材料 mRNA 显示蛋白翻译反应产物 试剂、试剂盒 Oligo 纤维素 Oligo（dT）结合缓冲液
启动子与转录因子/基因表达调控蛋白
目的基因的表达调控生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗，不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达，表达产生的一些特殊蛋白（如转录因子、调控蛋白）反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点，涉及到生命活动的各个过程，也是各类
关于基因转录的蛋白质的分类介绍
真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录机构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所必须的。一般可将这些转录所需的蛋白质分为三大类： (1)RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。 (2)某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复合物
信号转导及转录激活蛋白的功能
中文名称信号转导及转录激活蛋白英文名称signal transducer and activator of transcription;STAT定 义一组含有SH2和/或SH3功能域，具有信号转导和转录因子作用的DNA结合蛋白。其SH2域可与细胞因子受体的磷酸化酪氨酸结合，随后其本身被JAK酪氨酸
蛋白质DNA相互作用的甲基化和尿嘧啶干扰分析法—甲基化
实验方法原理在甲基化干扰实验中，探针通过将鸟嘌呤N-7及腺嘌呤N-3位用硫酸二甲酯 (DMS)进行甲基化而产生。这些甲基化的碱基可被哌啶特异性切割。实验材料含有蛋白质结合位点的DNA片段试剂、试剂盒TE 缓冲液 pH 7.5 〜8.0硫酸二甲酯（DMS)DMS反应缓冲液DMS终止缓冲液10 mg m
两篇PNAS：蛋白纳米孔检测DNA甲基化
两个独立的研究团队利用通道蛋白实现纳米孔测序，成功鉴别了5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。这两篇文章发表在同一期的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 基因组所蕴含的编码信息，包括DNA序列和核苷酸修饰两个部分。其中，动态的DNA甲基化模式，是基因表达的重要调控者，与细胞分化、胚胎发育和癌症
关于组蛋白修饰的形式介绍
在哺乳动物基因组中，组蛋白则可以有很多修饰形式.。一个核小体由两个H2A，两个H2B，两个H3，两个H4组成的八聚体和147bp缠绕在外面的DNA组成. 组成核小体的组蛋白的核心部分状态大致是均一的，游离在外的N-端则可以受到各种各样的修饰，包括组蛋白末端的乙酰化，甲基化，磷酸化，泛素化，ADP
组蛋白的修饰是怎么样影响基因表达的
组蛋白甲基化诱导了DNA的甲基化:组蛋白甲基化是招募DNA甲基化酶DNMT的信号，在异染色质蛋白HP1的协助下，DNA发生甲基化。DNA的甲基化又诱导组蛋白的去乙酰化:甲基CpG结合蛋白MeCP2可以特定地结合到甲基化的DNA.上，在组蛋白去乙酰化酶的作用下，将组蛋白.上的乙酰基去掉。而组蛋白去乙酰
组蛋白的修饰是怎么样影响基因表达的
组蛋白甲基化诱导了DNA的甲基化:组蛋白甲基化是招募DNA甲基化酶DNMT的信号，在异染色质蛋白HP1的协助下，DNA发生甲基化。DNA的甲基化又诱导组蛋白的去乙酰化:甲基CpG结合蛋白MeCP2可以特定地结合到甲基化的DNA.上，在组蛋白去乙酰化酶的作用下，将组蛋白.上的乙酰基去掉。而组蛋白去乙酰
甲基化干扰实验的实验步骤
用DMS处理靶DNA使之局部甲基化（平均每条DNA只发生一个G碱基甲基化作用）同细胞蛋白质提取物一起进行温育，促进使DNA与蛋白质的结合进行凝胶电泳形成两种靶DNA条带：a、 其一没有同蛋白质结合的DNA正常电泳条带b、其二同特异蛋白质结合而呈现滞后的DNA电泳条带将这两种DNA电泳条带分别从凝胶中
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。 实验材料 N-表达质粒 E.coi
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒储