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国际知名学者综述:LncRNA分类

美国St. Laurent Institute的Philipp Kapranov教授,是基因组学与系统生物学领域具有重要国际影响的专家,长期从事系统生物学和基因组功能方面的研究,其发现人类基因组能够产生大量的有功能作用的非编码RNA,在概念层次上重新定义了“基因”,这一发现被Science选为最近10年内的10大发现之一。近十年在该领域累计发表国际高级别学术期刊论文50多篇,其中Nature、Science、Cell等国际顶尖期刊论文共计15篇。2014年4月,Philipp Kapranov作为华侨大学生物医学学院特聘教授,成功入选国家第四批“外专千人计划”。 长非编码RNA的研究越来越火热,延伸阅读:一个lncRNA可能是成功受孕的关键。但你是否注意到,lncRNA的命名和分类依然混乱。四月十日,Philipp Kapranov教授在Cell子刊《Trends in Genetics》发表题为“The Landscap......阅读全文

我国学者揭示长链非编码RNA顺式调控基因表达的新模式

  国际学术期刊Cell Stem Cell(《细胞·干细胞》)于近日在线发表了清华大学医学院沈晓骅研究组的最新研究成果“Divergent lncRNAs regulate gene expression and lineage differentiation in pluripotent cel

基因组所发表长非编码RNA分类问题综述文章

  近日,中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室的“百人计划”研究员章张及其团队,与沙特阿卜杜拉国王科技大学(King Abdullah University of Science and Technology)开展科研合作,对长非编码RNA的分类问题进行了系统综述,相关论文在RN

长链非编码RNA: 从科研到临床

   长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子;根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA;它具有多种作用机制,比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调节染色体结构

长链非编码RNA: 从科研到临床(一)

概述长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子;根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA;它具有多种作用机制,比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调

北京基因组所合作开发完成长非编码RNA数据库

  长非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病发生密切相关,在疾病诊疗方面表现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低,但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、蛋白运输与定位等过程的

人血细胞中的所有蛋白编码基因进行全基因组转录组分析

  在临床和研究环境中,血液都是对人类进行分子分析的主要来源,并且是许多治疗策略的目标,这突显了需要对构成人类血液的细胞进行全面的分子图谱构建。人类蛋白质图谱计划(www.proteinatlas.org)是一个开放式数据库,旨在通过整合各种组学技术(包括基于抗体的成像)来绘制所有人类蛋白的图谱。在

北京大学最新学术论文介绍LncRNADisease

  来自北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库(lncRNA and disease database, LncRNADisease),这一数据库收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病,并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。这一研究

Science最新报道:单细胞测序助跑癌症精准分型

  麻省综合医院(MGH)、MIT布罗德研究所、哈佛大学近日在Science杂志上发表了一篇文章(3月31日),使用单细胞RNA测序技术,并结合癌症基因组图谱分析了星形细胞瘤(astrocytomas)和少突神经胶质瘤(oligodendrogliomas)两种脑神经胶质瘤(gliomas)的细胞组

解读单细胞RNA-seq技术

  多年来,跟踪一个单细胞的转录组,超出了我们的能力。但是现在,时代已经变了,新的单细胞RNA-seq方法,可以分析大量的细胞及它们的命运。  我们都参加过大型生日派对:在拥挤的房间里,与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是,试想你并不知道寿星是谁,只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与

研究揭秘人类微生物组中数千个新型小蛋白质

  近日,美国斯坦福大学的研究人员在对人类微生物组的大规模分析中,发现了超过四千种过去不为人知的小型蛋白质,如果这些蛋白质的形状和功能可以在实验室中重建,那么它们将有助于研究人员增进对微生物组如何影响人类健康的科学理解,并为新药的开发铺平道路。 该研究已发表在《Cell》上。  我们的身体仿佛一个充

RNA实验方案和应用(一)

RNA是具有多种不同的功能的生物大分子。信使RNA(mRNA)是DNA转录得到的,用做蛋白质合成的模板。蛋白质的合成是由核糖体完成的,核糖体由核糖体RNA(rRNA)和蛋白质组成。用于蛋白合成的氨基酸,是通过转运RNA(tRNA)输送到核糖体上的。RNA分子也是参与RNA转运过程的核糖蛋白的一部分。

Cell惊人发现:谁说非编码RNA不编码?

  来自德克萨斯大学西南医学中心的Eric Olson和同事们在分析梳理肌肉特异性的长链非编码RNAs(lncRNAs)以了解它们的功能时,发现了一种在骨骼肌中特异性表达的lncRNA。尽管这一RNA以往被归类为是非编码RNA,它的序列中包含的一小段却看上去好像一个编码区域。这一研究发现发布在《细胞

Cell:人体微生物组产生上千种新的小蛋白

  你的身体是一个仙境。这是一个充满了数万亿个细菌的仙境。但它并不像听起来的那么可怕。事实上,有越来越多的证据表明,我们健康的许多方面都与我们体内的细菌的组成和多样性密切相关,不过具体是如何相关联在一起的,目前在很大程度上还不清楚。  在一项新的研究,来自美国斯坦福大学医学院的研究人员发现这些存在于

生命科学国外重要数据库

EMBL数据库结构EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列

动脉炎病毒属介绍

动脉炎病毒属(Arterivirus)该属病毒为非虫媒病毒,马动脉炎病毒(EAV)为其代表种,此外,还包括其它3种病毒:乳酸脱氢酶增高症病毒(LDV)、猪生殖和呼吸系统综合症病毒(PRRSV)以及猴出血热病毒(SHFV)。目前尚未发现其它新成员。1.形态特征动脉炎病毒粒子呈球形,直径一般在40

解读单细胞RNA-seq技术

多年来,跟踪一个单细胞的转录组,超出了我们的能力。但是现在,时代已经变了,新的单细胞RNA-seq方法,可以分析大量的细胞及它们的命运  多年来,跟踪一个单细胞的转录组,超出了我们的能力。但是现在,时代已经变了,新的单细胞RNA-seq方法,可以分析大量的细胞及它们的命运。  我们都参加过大型生日派

王泽峰研究员发布RNA测序重要成果

  细胞周期的推进很大程度上依赖于周期性基因表达。王泽峰(Zefeng Wang)研究员领导北卡罗来纳大学的研究团队,绘制了细胞周期的高分辨率转录组图谱,揭示了周期性基因与癌症之间的新关联。这项重要的研究成果于七月一日发表在Cell Research杂志上。王泽峰研究员2015年将实验室移到中国上海

Nature杂志11月17日精选文章一览

  【1】封面故事: 大麻对神经系统的影响  doi | 10.1038/nature20153  大麻合法化已成为美国的一大热议话题,据最新报告显示,目前在欧洲寻求专业毒瘾治疗的人群中,大麻已取代海洛因成为这一人群最常用的非法药物。但是,关于四氢大麻酚(THC,大麻中的神经活性物质)如何影响神经网

Nature破解甜菜基因组秘密

  由德国比勒费尔德大学、西班牙基因组调控中心(CRG)、马克思普朗克分子遗传学研究所(MPIMG)等机构的研究人员组成的一个国际研究小组,第一次测序并分析了甜菜的甜味基因,并阐明了人工选择塑造这一基因组的机制。研究结果发表在12月18日的《自然》(Nature)杂志上。   如松饼、面包或番茄酱

转录组高通量测序

(第二代高通量测序技术-454)  转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代

武汉病毒所揭示蝙蝠腺病毒复制过程中基因表达动态分布

  近期,中科院武汉病毒所石正丽研究员领导的科研团队采用第二代高通量测序技术,对蝙蝠腺病毒BtAdV-TJM感染蝙蝠细胞系的转录谱做了系统的分析,提供了一套完整的蝙蝠腺病毒复制过程中病毒基因表达的动态分布。结果发表在2013年第1期Journal of Virology上。  腺病毒

知识分享:肿瘤相关基因

   癌基因(英语:Oncogene,亦称为致癌基因)是细胞遗传物质的一部分, 它们参与细胞从正常生长状态到肿瘤的过程。它们通过诱导或突变被激活。   致癌基因    原癌基因是参与细胞生长、细胞分裂和细胞分化的正常基因。但当其发生突变后,就会变成致癌基因。它们会在诸如放射性物质,化学物

肿瘤相关基因

癌基因(英语:Oncogene,亦称为致癌基因)是细胞遗传物质的一部分, 它们参与细胞从正常生长状态到肿瘤的过程。它们通过诱导或突变被激活。 致癌基因原癌基因是参与细胞生长、细胞分裂和细胞分化的正常基因。但当其发生突变后,就会变成致癌基因。它们会在诸如放射性物质,化学物质和病毒的作用影响下过渡成引发

肿瘤微环境分析指导癌症治疗

  在免疫疗法时代,癌症生物学家依靠新一代工具来了解肿瘤和免疫细胞之间的相互作用是如何影响疾病进程的。  虽然Sean Bendall是一名病理学家,但最近却成了一名图谱制作者,他使用尖端的蛋白质绘图技术来描绘出肿瘤组织的变幻莫测的景观。  这项技术由Bendall在加州斯坦福大学(Stanford

PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性

  一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究,从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。  早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新

阅读质粒图谱的方法

载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。一、一个合格质粒的组成要素  复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。  抗生素抗性基因 可以便于加以

质粒图谱的阅读

载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。一、一个合格质粒的组成要素  复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。  抗生素抗性基因 可以便于加以

阅读质粒图谱

载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。一、一个合格质粒的组成要素  复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。  抗生素抗性基因 可以便于加以

NCBI GenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答

GenBank数据库功能为一、提交获取的基因序列;二、查找已知基因的序列生物学特性信息,例如编码区,科学命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢? GenBank数据库起源 GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建

首创全基因组大数据的高精度计算技术揭示癌症复杂性

  2月6日出版的《自然》集中发表了国际癌症基因组联盟(ICGC)泛癌全基因组分析协作组(PCAWG)完成的6篇论文,分别聚焦泛癌全基因组数据画像、肿瘤体细胞突变的路径图谱、非编码区的驱动突变特征、基因组结构突变的特征模式、复现肿瘤的演化历程和多组学荟萃的RNA变化规律六个方面。同日,PCAWG还在