减少测序错误,你做对了么?

不论是哪种测序平台,在测序过程中都不可避免地存在一些错误。Illumina的低成本高通量测序技术已经在许多领域得到了广泛应用,不过人们还不了解其系统性错误对测序数据的影响。 英国格拉斯哥大学的研究人员在16S rRNA扩增子测序的基础上,全面分析了Illumina台式测序仪的错误模式。他们由此找到了消除错误的有效策略,将这一测序平台的主要错误减少了93%。这项研究发表在前不久的Nucleic Acids Research杂志上。 “Illumina测序与454测序的方法完全不同,我们已经知道454测序时错误是如何产生的,但对Illumina的系统性错误还并不了解,”领导这项研究的Melanie Schirmer说。“鉴定小变异(比如病毒株或者菌株之间的突变)需要从背景中找出真正的遗传学变化。我们希望能够更好的理解测序时产生的系统性错误和偏差,尽量将其去除以便获得更加真实的信息。” Schirmer及其同事用两台Illu......阅读全文

减少测序错误,你做对了么?

  不论是哪种测序平台,在测序过程中都不可避免地存在一些错误。Illumina的低成本高通量测序技术已经在许多领域得到了广泛应用,不过人们还不了解其系统性错误对测序数据的影响。  英国格拉斯哥大学的研究人员在16S rRNA扩增子测序的基础上,全面分析了Illumina台式测序仪的错误模式。他们由此

减少测序错误,你做对了么?

  不论是哪种测序平台,在测序过程中都不可避免地存在一些错误。Illumina的低成本高通量测序技术已经在许多领域得到了广泛应用,不过人们还不了解其系统性错误对测序数据的影响。  英国格拉斯哥大学的研究人员在16S rRNA扩增子测序的基础上,全面分析了Illumina台式测序仪的错误模式。他们由此

新DNA测序技术追踪单个癌细胞的基因错误

  一种新的DNA测序技术可以让科学家追踪单个癌细胞的基因错误。这是史上第一次科学家们能够重建肿瘤的生命史,并了解细胞DNA中的一个错误是如何导致肿瘤无法控制的生长的。这项新技术将帮助医生了解特定癌症是如何演变的,并为每位患者量身定制治疗方案,使其更有效、更成功。  我们是由数十亿个细胞组成的,它们

Science:震惊!公共数据库存在非常高的测序错误

  在一项新的研究中,来自新英格兰生物学实验室公司(New England Biolabs Inc., 简称NEB)的一个研究团队发现储存在公共数据库中的DNA测序样品具有比期待中更高的低频突变错误率(low-frequency mutation error rate)。他们描述了他们如何开发出一种

遗传错误修正技术使得测序精准度大幅度提高

DNA聚合酶将DNA复制成相同的新链DNA,逆转录酶将RNA复制成DNA,与DNA聚合酶不同,大多数逆转录酶属于古老进化起源的单一蛋白家族,这些酶本身很容易出现错误,因为它们缺乏一个校对区域(3′- 5′核酸外切酶),由于没有校对功能,RNA复制产物中的错误无法被检测到。因而30亿年来,人

观点:国人不要再在三代测序仪上犯同样错误了!

  作者:天津南开大学生命科学学院 高山  华大基因购入首台单分子测序仪PacBio RS II。看到这个消息,华大进入单分子领域太晚了。  我刚到美国的时候,2011年看好这技术,2012年开始写第一本中文手册,后面就想到中国会大肆购买,然后2013年写标书,2014年基金评审被毙。  其实当时就

-Biotechniques:如何降低下一代测序1%的碱基错误识别?

  为什么复杂疾病的全基因组关联研究都是失败的?  下一代测序带来的误差,使得我们很难检测到罕见变异,而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。  在Biotechniques最近的一篇新闻中,Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。  美国

三代基因测序融资频爆错误率、成本高制约商用

  二代测序还未唱罢,三代测序就已登台。  上周,北京希望组宣布完成由经纬中国和赛富投资领投、清科创投跟投的近亿元人民币A轮融资。12月12日,英国公司Oxford Nanopore Technologies宣布在最近一轮融资中获得了1亿英镑(合计1.26亿美元)融资。  12月13日,第三代基因测

SiMSenSeq:DNA测序错误率降至万分之一

  加拿大多伦多安大略癌症研究所(OICR)的研究员与国际合作者发明了一种技术,提高了重要癌症检测的敏感度。  最近发表在Nature Protocols杂志上的文章描述了提高DNA测序的敏感度的改进方法。该方法被称为SiMSen-Seq,可以帮助检测癌症复发,以更快的速度改善病人的预后。  聚合酶

新技术修正30亿年来的遗传错误,大大提高测序精度

  DNA聚合酶将DNA复制成相同的新链DNA,逆转录酶将RNA复制成DNA,与DNA聚合酶不同,大多数逆转录酶属于古老进化起源的单一蛋白家族,这些酶本身很容易出现错误,因为它们缺乏一个校对区域(3′ -5′核酸外切酶),由于没有校对功能,RNA复制产物中的错误无法被检测到。因而30亿年来,人体RN

SiMSenSeq:DNA测序错误率降至万分之一

  生物通报道:加拿大多伦多安大略癌症研究所(OICR)的研究员与国际合作者发明了一种技术,提高了重要癌症检测的敏感度。  最近发表在Nature Protocols杂志上的文章描述了提高DNA测序的敏感度的改进方法。该方法被称为SiMSen-Seq,可以帮助检测癌症复发,以更快的速度改善病人的预后

复制错误的概念

中文名称复制错误英文名称replication error定  义DNA复制过程中核苷酸配对发生错误的现象。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

移液器操作的常见错误

,装吸头。在移液器使用频繁的实验室里,常常可以听到敲击吸头的声音此起彼伏,颇有为枯燥的实验室生活增添点音乐的味道。走进细看,原来是使用者怕吸头不能装紧,在吸头装到移液器上之后,在吸头盒里再敲击几次,希望通过这种冲击力来保证移液的密封性。那这种操作错在哪里呢?其一,在撞击的作用下,吸头可能会变形而影响

血型报告错误原因探析

  正确的ABO血型鉴定,是临床安全的关键。而错误血型的一旦输入,则直接危及患者的生命。笔者回顾性分析多年工作中所观察的32例造成ABO血型定型错误的原因与结果,现报告如下。   1 血型报告错误的原因   1.1 血型测定的错误 血型检测时因患者红细胞悬液浓度过低或离心时间太短(未做反定型检测),

乙肝常见错误解读

 乙肝五项(也称为“两对半”)是临床常见的化验项目,目前已作为常规的体检项目,几乎在所有级别的医院均可开展,在各种体检中一般均包括此种项目,但由于对乙肝五项的解读需要一定的专业知识,在临床工作中,不但很多普通百姓或患者会对自己的乙肝五项结果产生误解,甚至很多非肝病专业的医生也会对患者给出错误解释,这

服用毓婷常见的错误

  毓婷紧急避孕药的上市,既弥补了我国常规避孕措施所不及的缺陷,也为广大育龄女性提供了一种方便有效的应急措施。但是,由于部分服药者对毓婷及紧急避孕知识了解不足,出现了一些错误的服药方法,从而直接影响了毓婷的药效,导致紧急避孕失败。    一、 服药期间未禁同房    毓婷紧急避孕药首次服药与第二次服

移液器的错误方法

移液器的错误方法1)吸液时,移液器本身倾斜,导致移液不准确(应该垂直吸液,慢吸慢放)。2)装配吸头时,用力过猛,导致吸头难以脱卸(无需用力过猛,选择与移液器匹配的吸头)。3)平放带有残余液体吸头的移液器(应将移液器挂在移液器架上)。4)用大量程的移液器移取小体积样品(应该选择合适量程范围的移液器)。

标本采集常见错误分析

  送检标本的质量控制包括分析前、分析中、分析后三个主要过程的质量管理。大多数不满意的检验报告单可溯源到标本质量不符合要求,而分析前标本的质量控制对检验结果的可靠性有至关重要的影响,标本采集是影响标本质量最重要的因素之一。我们在加强与临床、护理沟通的同时,坚持标本的核实验收和不合格标本退回制

移液器操作的常见错误

移液器的操作(一)常见错误以前在网上写“移液器的选择”时,也写过“移液器的操作”,并且还有幸被引用过几次。当然,在网上也有不止一个人写过类似的东东。但使用者是否都很重视这个问题呢?很遗憾答案是否定的。相当多的人认为移液器是很简单的仪器,其操作也很简单,没必要费口舌,更无需上什么培训课。事实上呢?良好

细胞化学词汇复制错误

中文名称:复制错误英文名称:replication error定  义:DNA复制过程中核苷酸配对发生错误的现象。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

检验标本取样错误举例

1.溶血和凝血。太常见了,不说也罢。   2.静脉采血不当至血液淤滞。这样血浆中的水和无机小分子会扩散到组织间隙中,致使血浆大分子成分和血细胞浓缩,其中血清Ca常与蛋白复络合,因此Ca也可以偏高。  3.处理方式不当。对于不同的项目,根据不同的特点,在采血时要考虑更恰当的处理,这点国内做得都不太好。

京华时报:想保全声誉-金浩不该用错误掩盖错误

  金浩用N个错误掩盖一个错误,无非是想保全企业声誉,以能够继续从公众身上获取利润,但如此做法,又把关系公众健康的饮食安全问题将置于何处?洞穿这一切后的公众,怎能对视公众健康如无物的企业保持认可?又怎能对截至目前仍未作出回应和解释的当地质监部门保持信任?  

发现自己论文的错误怎么办?那就指出自己的错误!

摘要:同一个实验室,如果发现别人的不端行为是否要举报?吹嘘和造假的界限究竟在哪里?     在申请博士后研究经费时,维杰把一篇“正在进行”的论文列为了“已送审”,后来他被解雇,这种惩罚过于苛刻吗?二年级研究生艾伦有了一个令人兴奋

探析血型报告的错误原因

  正确的ABO血型鉴定,是临床安全输血的关键。而错误血型的血液一旦输入,则直接危及患者的生命。笔者回顾性分析多年工作中所观察的32例造成ABO血型定型错误的原因与结果,现报告如下。         1 血型报告错误的原因         1.1 血型测定的错误 血型检测时因患者红细胞悬液浓度过低或

“记忆错误”:来自午睡的恶作剧

  我们的记忆是不完美的:在记住一些时刻的同时,亦会丢失一些重要片段。有时,我们甚至会“记住”从未发生过的事情。研究人员将这一现象称为“错误记忆”。但这些错误记忆从何而来?先前的研究表明,睡眠在错误记忆的形成过程中起着重要作用。在最近的一项小型研究中,研究人员将睡眠纺锤波作为潜在的罪魁祸首进行了首次

探析血型报告的错误原因

    正确的ABO血型鉴定,是临床安全输血的关键。而错误血型的血液一旦输入,则直接危及患者的生命。笔者回顾性分析多年工作中所观察的32例造成ABO血型定型错误的原因与结果,现报告如下。      1 血型报告错误的原因      1.1 血型测定的错误 血型检测时因患者红细胞悬液浓度过低或离心时间

简述突触核蛋白错误折叠

  研究发现α-突触核蛋白正常、错误折叠及其寡聚化之间存在动态平衡,当这种平衡被打破后原纤维迅速聚集成大分子、不溶性的细纤维;α-突触核蛋白在不同的影响因素下会表现出许多种形态,包括舒展态、溶解前球型态、α-螺旋态(膜结合),β-片层态、二聚体态、寡聚体态、以及不可溶的无定型态和纤维态;α-突触核蛋

低级错误导致的误诊

  病例摘要:(患者有精神病,无家属陪同,病史诉说不清。)    患者,女,42岁,右下腹痛痛4天,伴有恶心,呕吐。近三天来于诊所输液抗炎治疗,右下腹痛无明显好转,恶心呕吐亦无好转,呕吐一般出现在餐后半小时到一小时。    入院查体:生命体征平稳,心肺未见异常,腹部平软,对称,无胃肠型及蠕动波。全腹

移液器操作时哪些常见错误?

  移液器又称移液枪,是一种用于定量转移液体的器具,被广泛用于生物、化学等领域和临床诊断实验室,生物技术实验室,药学和化学实验室,环境实验室,食品实验室的一种常用工具,常用的有手动可调移液器和电动的之分,具体还根据移取液体的容积的不同有许多可选规格。  移液器常见的错误操作:  1)装配吸头时,反复

血型报告错误原因的分析

Reason Analysis of Blood Type Report MistakeZHAO Guilan, DU fei(Shuozhou People's Hospital, Shuozhou, Shanxi 038500, ChinaKey words:Blood type; B