减少测序错误,你做对了么?

不论是哪种测序平台,在测序过程中都不可避免地存在一些错误。Illumina的低成本高通量测序技术已经在许多领域得到了广泛应用,不过人们还不了解其系统性错误对测序数据的影响。 英国格拉斯哥大学的研究人员在16S rRNA扩增子测序的基础上,全面分析了Illumina台式测序仪的错误模式。他们由此找到了消除错误的有效策略,将这一测序平台的主要错误减少了93%。这项研究发表在前不久的Nucleic Acids Research杂志上。 “Illumina测序与454测序的方法完全不同,我们已经知道454测序时错误是如何产生的,但对Illumina的系统性错误还并不了解,”领导这项研究的Melanie Schirmer说。“鉴定小变异(比如病毒株或者菌株之间的突变)需要从背景中找出真正的遗传学变化。我们希望能够更好的理解测序时产生的系统性错误和偏差,尽量将其去除以便获得更加真实的信息。” Schirmer及其同事用两台Illu......阅读全文

移液器操作的常见错误

,装吸头。在移液器使用频繁的实验室里,常常可以听到敲击吸头的声音此起彼伏,颇有为枯燥的实验室生活增添点音乐的味道。走进细看,原来是使用者怕吸头不能装紧,在吸头装到移液器上之后,在吸头盒里再敲击几次,希望通过这种冲击力来保证移液的密封性。那这种操作错在哪里呢?其一,在撞击的作用下,吸头可能会变形而影响

标本采集常见错误分析

  送检标本的质量控制包括分析前、分析中、分析后三个主要过程的质量管理。大多数不满意的检验报告单可溯源到标本质量不符合要求,而分析前标本的质量控制对检验结果的可靠性有至关重要的影响,标本采集是影响标本质量最重要的因素之一。我们在加强与临床、护理沟通的同时,坚持标本的核实验收和不合格标本退回制

检验标本取样错误举例

1.溶血和凝血。太常见了,不说也罢。   2.静脉采血不当至血液淤滞。这样血浆中的水和无机小分子会扩散到组织间隙中,致使血浆大分子成分和血细胞浓缩,其中血清Ca常与蛋白复络合,因此Ca也可以偏高。  3.处理方式不当。对于不同的项目,根据不同的特点,在采血时要考虑更恰当的处理,这点国内做得都不太好。

移液器操作的常见错误

移液器的操作(一)常见错误以前在网上写“移液器的选择”时,也写过“移液器的操作”,并且还有幸被引用过几次。当然,在网上也有不止一个人写过类似的东东。但使用者是否都很重视这个问题呢?很遗憾答案是否定的。相当多的人认为移液器是很简单的仪器,其操作也很简单,没必要费口舌,更无需上什么培训课。事实上呢?良好

京华时报:想保全声誉-金浩不该用错误掩盖错误

  金浩用N个错误掩盖一个错误,无非是想保全企业声誉,以能够继续从公众身上获取利润,但如此做法,又把关系公众健康的饮食安全问题将置于何处?洞穿这一切后的公众,怎能对视公众健康如无物的企业保持认可?又怎能对截至目前仍未作出回应和解释的当地质监部门保持信任?  

发现自己论文的错误怎么办?那就指出自己的错误!

摘要:同一个实验室,如果发现别人的不端行为是否要举报?吹嘘和造假的界限究竟在哪里?     在申请博士后研究经费时,维杰把一篇“正在进行”的论文列为了“已送审”,后来他被解雇,这种惩罚过于苛刻吗?二年级研究生艾伦有了一个令人兴奋

应用Arraystar-ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究

  美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期,其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明,Tug1能够直接结合PGC

应用Arraystar-ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究

美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期,其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明,Tug1能够直接结

应用Arraystar-ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究

  美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期,其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明,Tug1能够直接结合PGC

X染色体的测序及研究

2003年6月,美国的研究人员在Nature杂志上发表了已完成的对人类Y染色体的详细分析。2005年3月17日,在Nature杂志上发表的一篇文章宣告基本完成对人类X染色体的全面分析。对X染色体的详细测序是在英国Wellcome Trust Sanger研究中心领导下,世界各地多所著名学院超过250

将基因测序与医学研究相结合

  由于科技的进步,基因组测序的价格从2001年的1亿美元降至如今的几千美元。因为价格较低,现在很多人仅仅因为受到好奇心的驱使就开始尝试基因测序技术。  但是基因测序尚未普及。国家人类基因组研究所的Leslie G. Biesecker表示,能够体验这一先进科技的人数不超过五位数。部分原因是很多人对

低级错误导致的误诊

  病例摘要:(患者有精神病,无家属陪同,病史诉说不清。)    患者,女,42岁,右下腹痛痛4天,伴有恶心,呕吐。近三天来于诊所输液抗炎治疗,右下腹痛无明显好转,恶心呕吐亦无好转,呕吐一般出现在餐后半小时到一小时。    入院查体:生命体征平稳,心肺未见异常,腹部平软,对称,无胃肠型及蠕动波。全腹

图尔克TURCK通过RFID避免错误

  Gefasoft是制造自动化、影像处理和识别领域的专业公司,在汽车和半导体行业各大制造商中享有盛名。其旗下的雷根斯堡分公司已有多年的RFID使用经验,并且尝试过不同制造商的系统,现在他们选择图尔克的BL ident用于其装配和自动化测量设备。   保存记录   图尔克的RFID解决方案BL

移液器操作时哪些常见错误?

  移液器又称移液枪,是一种用于定量转移液体的器具,被广泛用于生物、化学等领域和临床诊断实验室,生物技术实验室,药学和化学实验室,环境实验室,食品实验室的一种常用工具,常用的有手动可调移液器和电动的之分,具体还根据移取液体的容积的不同有许多可选规格。  移液器常见的错误操作:  1)装配吸头时,反复

“记忆错误”:来自午睡的恶作剧

  我们的记忆是不完美的:在记住一些时刻的同时,亦会丢失一些重要片段。有时,我们甚至会“记住”从未发生过的事情。研究人员将这一现象称为“错误记忆”。但这些错误记忆从何而来?先前的研究表明,睡眠在错误记忆的形成过程中起着重要作用。在最近的一项小型研究中,研究人员将睡眠纺锤波作为潜在的罪魁祸首进行了首次

探析血型报告的错误原因

    正确的ABO血型鉴定,是临床安全输血的关键。而错误血型的血液一旦输入,则直接危及患者的生命。笔者回顾性分析多年工作中所观察的32例造成ABO血型定型错误的原因与结果,现报告如下。      1 血型报告错误的原因      1.1 血型测定的错误 血型检测时因患者红细胞悬液浓度过低或离心时间

血型报告错误原因的分析

Reason Analysis of Blood Type Report MistakeZHAO Guilan, DU fei(Shuozhou People's Hospital, Shuozhou, Shanxi 038500, ChinaKey words:Blood type; B

探析血型报告的错误原因

  正确的ABO血型鉴定,是临床安全输血的关键。而错误血型的血液一旦输入,则直接危及患者的生命。笔者回顾性分析多年工作中所观察的32例造成ABO血型定型错误的原因与结果,现报告如下。         1 血型报告错误的原因         1.1 血型测定的错误 血型检测时因患者红细胞悬液浓度过低或

简述突触核蛋白错误折叠

  研究发现α-突触核蛋白正常、错误折叠及其寡聚化之间存在动态平衡,当这种平衡被打破后原纤维迅速聚集成大分子、不溶性的细纤维;α-突触核蛋白在不同的影响因素下会表现出许多种形态,包括舒展态、溶解前球型态、α-螺旋态(膜结合),β-片层态、二聚体态、寡聚体态、以及不可溶的无定型态和纤维态;α-突触核蛋

器械人因第一因使用错误与使用者错误的判别

一、场景假设设想一个这样的场景:一个护士遵照医嘱,使用微量注射泵给患者补钾,注射泵最大可识别的注射器为60ml,而她却顺手拿了一个100ml的注射器,操作过程中她按照自己通常的习惯完成了设置,设备未出现任何异常警示。巡房却发现,原本预定10小时输完的药物,6小时就输完了。上面是一个真实的不良事件案例

英研究称5亿年前生物DNA错误复制促成人类

  一条文昌鱼,它是人类和其它有脊椎动物的远古近亲。它似乎和一种早期无脊椎生物在它发生那两次严重的基因复制错误之前的状态相当相似   北京时间7月27日消息,据国外媒体报道,一项最新研究向我们讲述了这样一个故事:在大约5亿年前,在海底有一条无脊椎生物经历了两次成功的DNA复制——这是一次“程序

CRISPR基因编辑婴儿可能会早逝的研究出现重大错误

  今年6月份,美国加利福尼亚大学伯克利分校的生物学家Rasmus Nielsen及Xinzhu Wei在医学杂志Nature Medicine发表的一则论文在科学界引起了轩然大波,这篇论文可说是宣告贺建奎“基因编辑婴儿”实验彻底失败的证据。然而时隔4个月,该论文的作者却主动撤回了这篇论文,撤回的原

CRISPR基因编辑婴儿可能会早逝的研究出现重大错误

  今年6月份,美国加利福尼亚大学伯克利分校的生物学家Rasmus Nielsen及Xinzhu Wei在医学杂志《Nature Medicine》发表的一则论文在科学界引起了轩然大波,这篇论文可说是宣告贺建奎“基因编辑婴儿”实验彻底失败的证据。然而时隔4个月,该论文的作者却主动撤回了这篇论文,撤回

Nature:史上最大型RNA测序研究成果

  来自日内瓦大学医学院的研究人员领导一个欧洲科学家小组,发布了一张人类功能性遗传变异的综合图谱。这一研究发表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上,提供了有史以来RNA水平上最大的人类基因组与基因活性关联数据集。   了解每

新型DNA测序方法助力干细胞分化研究

生物医学领域的一个重要研究课题是解释为何拥有完全相同DNA的细胞会分化成不同的功能细胞。美国的一支联合研究小组近日发现,环绕DNA的染色质蛋白在这一过程中扮演了重要角色。《自然》网站日前预先发表了相关论文。染色质蛋白的功能不仅仅限于包裹基因物质,它们可以影响DNA双螺旋的各个部分的打开和关闭状态,从

单分子测序推动复杂动植物的研究

  Pacific Biosciences公司近日风光无限,发布了新系统,带动股价大涨。同时,它的单分子实时(SMRT)测序技术也助力了多个植物和动物基因组的研究。这些成果近期发表在多个期刊上,展现了SMRT测序的独特魅力。  最新一期的《Nature》杂志发表了Oropetium thomaeum

大麦6号染色体基因测序研究

  2013年11月15日,成立于1875年的嘉士伯实验室和华大基因旗下子公司――深圳华大科技服务有限公司(简称“华大科技”)宣布,双方将联合开展大麦6号染色体基因组破译工作,旨在为培育大麦新品种提供具有价值的资源。  基因序列信息是开展快速及现代育种的核心,有助于挖掘有利遗传突变,加速农作物育种改

单细胞研究指南:测序方法大比拼

  多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过,近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们,每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制,即使是同类型细胞,基因表达也会出现差异。  那么,细胞之间的哪些差异有生物学意义,哪些差异来自于技术偏好呢?要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢?这

蛋白上游研究之Sanger测序原理与方法

  在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于DNA测序的技术主要有Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method)。快速DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。   测序原理

单细胞测序技术的研究进展如何?

单细胞测序技术在近年来取得了显著的研究进展,主要体现在以下几个方面:  1. 技术改进:    - 提高了测序的通量和准确性,能够同时对更多的单细胞进行测序,并且降低了测序错误率。    - 开发了新的单细胞分离和捕获方法,如微流控技术的不断优化,提高了细胞捕获的效率和纯度。  2. 多组学