解决基因组学重要挑战的新工具
单细胞基因组学和宏基因组学是开创性的技术，可帮助研究人员评估环境微生物群落的结构和功能。现在应用这些技术的项目越来越多，但是，仍缺乏一种高通量过程来检查所组装的基因组序列，从而阻碍了这些技术的广泛应用。目前，去除已上传到公共数据库的微生物基因组中的污染序列，还是一个手动和耗时的过程，为了去除污染序列，就需要有关它们的信息。 为了解决这个障碍，来自美国能源部联合基因组研究所（DOE JGI）原核生物超级项目（Prokaryotic Super Program）的一个研究团队，首次开发了一种计算机程序，可快速、自动地去除基因组草图中的污染序列。他们开发的这种工具称为ProDeGe (Protocol for Decontamination of Genomes)，发表在六月九日的Nature旗下子刊《The ISME Journal》。 该研究小组表示，ProDeGe适用于任何类型的基因组序列，在这项研究中，研究人员使用18......阅读全文
基因组序列草图的概念
中文名称基因组序列草图英文名称draft genome sequence定 义已测定序列占到90%以上、测序精度在1%的基因组序列图。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
解析现代月季基因组序列
科学家研究现代月季基因。图片来源：monticelloshop.org 近日，法国农业科学研究院、里昂大学、法国国家科学研究中心的研究人员解密了现代月季的基因组序列。现代月季拥有独特的颜色与香味，广受称赞，这项研究帮助人们从分子角度了解这背后的基因和代谢流程。4月30日，相关论文在线刊登于《自然
概述酿酒酵母的基因组序列
1996年6月，在国际互联网的公共数据库中公布了酿酒酵母的完整基因组顺序，它被称为遗传学上的里程碑。因为首先，这是人们第一次获得真核生物基因组的完整核苷酸序列；其次，这是人们第一次获得一种易于操作的实验生物系统的完整基因组。 [10] 在酿酒酵母测序计划开始之前，人们通过传统的遗传学方法已确定
首次测定玉米蛇基因组序列
在现有的5000种哺乳动物中，有超过100种已经进行了基因组测序，但是，只有9种爬行动物（在10000个物种当中）的基因组对科学界来说是可用的。最近，瑞士日内瓦大学（UNIGE）的一个研究小组，构建了一个大的数据库，其中就包括一种爬行动物——玉米蛇的新基因组测序，这种蛇越来越多地被用来了解爬行动
胡萝卜基因组序列草图成功绘出
来自美国的一个研究小组称，他们完成了对30余种胡萝卜样品的测序，绘制出了胡萝卜基因组序列草图。这很可能是迄今最完整的蔬菜基因组序列草图。研究人员称，这一研究阐明了胡萝卜的起源和演化过程，对改善胡萝卜和其他农作物的营养价值提供了可能。相关论文在线发表在《自然·遗传学》杂志网站上。 胡萝卜和生菜
－震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！
震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！ 随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低，全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源，但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用，使得基因组数据面临很多问题。 近日，约翰霍
马铃薯基因组序列框架图全球发布
中国科学家的创新性思路助推测序工作提前完成 9月23日，由14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”分别在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地同时宣布了马铃薯基因组序列框架图的完成。此次公布的马铃薯基因“蓝图”绘制工作的中国参与单位主要来自中国农业科学院蔬菜花卉所和深圳华大基因研究院。
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
白菜甘蓝油菜全基因组序列测定
由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。 研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该
《Genome－Research》：根据基因组序列预测MRSA毒性
微生物毒力一直是一个复杂的多因素表型，与病原体的进化轨迹有着复杂的关联。毒性，破坏宿主细胞膜和粘附的能力，粘附到人体组织的能力，是许多细菌病原体的主要毒力因子，包括金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。 金黄色葡萄球菌是临床上常见的毒性较强的细菌，自从上世纪40
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一
牡蛎全基因组序列图谱绘制完成
牡蛎基因组部分序列及其分析牡蛎基因组计划（OGP）团队成员在深圳华大基因研究院讨论项目中国科学院海洋研究所和深圳华大基因研究院签约仪式牡蛎是产量最大的海水养殖动物 牡蛎养殖 近日，牡蛎基因组计划（Oyster Genome Project，OGP）项目组宣布，
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
史上最全小麦基因组序列图集问世
据最新一期《自然》杂志报道，加拿大萨斯喀彻温大学领导的国际团队在一项对全球小麦生产具有里程碑意义的研究——10+基因组计划中，对代表全球育种计划的15个小麦品种的基因组进行了测序。这将使科学家和育种人员能够更快地识别出具有影响力的基因，从而提高小麦产量、害虫抗性和其他重要的农作物性状。 小麦
四篇Science文章公布最新基因组序列
小麦是全球最重要的粮食作物之一，提供了20%人类所需的热量。2010年英国科学家宣布他们绘制出了小麦基因组草图，但这一序列并不完整。在7月17日Science杂志上，两个研究组分别公布了Chinese Spring小麦品种的每个染色体臂的基因组序列，以及小麦染色体3B基因组序列，另外两个研究小组
美首次对老鼠基因组的调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分――调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验室主任任兵教
首次测定南极抗冻鱼基因组序列
近，包括美国东北大学H. William Detrich教授在内的一个国际研究小组，首次测定了南极抗冻鱼（Antarctic notothenioid fish）的基因组序列。他说，这一突破性成果，将阐明动物对寒冷水域独特的进化适应性，将有助于揭示鱼类如何应对海水温度上升，由于气候变化，预计接下
首个完整人类基因组序列公布
由美国国家人类基因组研究所、加利福尼亚大学圣克鲁斯分校、华盛顿大学等机构研究人员领衔的国际科研团队3月31日公布了首个完整、无间隙的人类基因组序列。与这项重大成果相关的6篇论文当天发表在美国《科学》杂志上。美国国家人类基因组研究所在一份公报中表示，人类基因组含有约30亿个DNA（脱氧核
《自然》：美首次对老鼠基因组调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分——调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验
我国完成朱鹮全基因组序列图谱绘制
4月15日，深圳华大基因研究院与西安交通大学联合在西安公布了濒危野生动物朱鹮的全基因组序列图谱，这是继鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后，我国完成 的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱。朱鹮这种被称为“东方宝石”的珍稀鸟类目前世界仅存千余只，这一研究成果将对于挽救和保护朱
科学家完成辣椒全基因组序列测定
由我国科技人员主导完成的“栽培种和野生种辣椒的全基因组测序揭示辣椒属的驯化与特异性”研究论文，今年3月在国际著名期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)刊发。该论文的正式发表，标志着辣椒基因组序列成功解码，我国辣椒基础性研究取得重大进展，进入分子育种阶段。 美国农艺学会主席、新墨西哥州立大学
科学家破译“纯种马”基因组序列
马有90多种遗传疾病与人类的遗传疾病相似 一个国际科研小组11月5日报告说，他们破译了“纯种马”的基因组序列。这项研究成果将刊登在6日出版的新一期《科学》杂志上。 报告中所指的“纯种马”最早是300多年前英国培育的一种名贵赛马品种，后被一些欧美和亚洲国家引进，主要用于赛马和马
蚕“姑娘”终于有了完整的基因组序列
西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室教授代方银团队首次获得了家蚕W染色体完整基因组序列，并揭示鳞翅目昆虫W染色体起源与进化的新机制。日前，相关研究成果在线发表于《科学进展》。雌蚕。课题组供图雄蚕。课题组供图在昆虫中，性染色体组成以XX/XY系统为主，而鳞翅目昆虫性染色体组成与大部分昆虫不同，
三篇Nature－Methods：定位基因组的调控序列
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。 近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数
首个CRISPR/Cas9靶序列数据库
近期，来自美国国立卫生研究院和瑞典乌普萨拉大学的研究人员，在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表的一项研究中，首次提出了一个已在斑马鱼中经过实验验证的CRISPR/Cas9靶序列数据库。 CRISPR及CRISPR相关蛋白（Cas9），是在古细菌和细菌中发现的
我国自主完成首个果树作物基因组序列图谱
华中农业大学今天透露，该校科研人员经过一年多努力，已绘制完成甜橙的全基因组序列图谱。这是我国自主完成的第一个果树作物基因组序列图谱。这一农业科技基础研究成果，将对加快我国柑橘品种改良，改变柑橘品种大量依赖进口的状况，提升我国柑橘产业的核心竞争力起到重要作用。 据悉，柑橘是世界栽培面积
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学
益生乳酸菌全基因组序列测定完成
内蒙古农业大学正式公布,益生乳酸菌的全基因组序列测定分析全部完成,这是我国第一个完成的乳酸菌基因全序列测定。 由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌的全基因组序列测定Lb.casei Zhang科技项目是经过6年分离、筛选,并进行系统研究开发的具有完全自主知识产
我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定
2月22日，记者从军事医学科学院获悉，该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作，在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后，采用高通量测序技术，于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。 寨卡病毒属黄病毒科，是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中的恒河
蚂蚁基因组序列被破译－有助探究人类衰老根源
美国科学家8月30日表示，他们首次绘制出了两种蚂蚁的全基因组序列图。此举可为科学家更好地了解人类衰老以及行为表现提供帮助。 该研究项目的负责人、纽约大学兰贡医疗中心的生化学教授丹尼·赖因伯格说：“蚂蚁是绝对的社会动物，蚂蚁个体的生存要依靠蚂蚁群体，这与我们人类非常相似。无论是工蚁、兵