一步生成条件性基因敲除小鼠ESC
最近发展的基因组编辑工具，包括转录激活因子样效应物核酸酶（TALENs）和CRISPR/Cas9，使我们能够通过诱导双链断裂（DSBs）的非同源末端连接（NHEJ）修复，快速而有效的敲除靶向基因。然而，这种方法不能进行必需基因的功能研究，这类研究通常采用的策略是基于Cre-LoxP系统的条件性基因敲除（cKO）。 这就需要通过同源重组（HR）和诱导Cre重组酶表达，进行loxP位点的靶向整合（敲入）。Cre融合蛋白和 人类雌激素受体ERT2的突变配体结合域，常用于4-羟基他莫昔芬（4OHT）对Cre重组酶活性的控制，4OHT可促进CreERT2从细胞质到细胞核 的易位，在那里Cre可识别和重组嵌入基因组DNA的loxP位点。4OHT控制的基因敲除，不仅能让我们选择一个时间窗，在一个必需基因表现出其致命表 型之前，研究它的功能，而且也能让我们评估一个基因缺失的直接影响。 产生诱导型CKO小鼠胚胎干细胞（mESCs） 的传统......阅读全文
基因组研究持续存在“欧洲偏向”
科学家近日在《自然》杂志评论版块撰文表示，目前基因组学持续存在一种“欧洲偏向”，即大部分研究以欧洲群体为主，这导致其多样性严重不足。而正是历史、文化、科学和情理因素交织在一起，使基因组学研究维持了这种“尴尬的偏向”。 全基因组关联研究（GWAS）扫描成千上万人的基因组，通过对大规模的群体D
表观基因组学研究指南（三）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal
表观基因组学研究指南（一）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
近期最受关注的基因组测序研究
想象一下有人递给你一杯奶昔，要你鉴别出里面所有的东西。或许你能够辨别出有一点点的草莓或是酸奶的味道。但总体上它的味道就像是无法分辨的成分构成的混成品。 现在再想象一下，这杯奶昔是由来自大脑的2万个碾碎了的细胞所组成。你可以通过测试来确定样本中有什么分子，这就是科学家们现在所做的事情。这当然会提
《Nature－Genetics》：癌症的基因组结构研究
癌症的基因组结构研究发表《Nature Genetics》 B细胞通过一系列精心控制的染色体重排和“良好”突变产生抗体，这些突变使细胞能够产生大量不同的抗体。“尽管变化对产生大量多样的抗体至关重要，但仍有可能发生‘坏’突变并导致B细胞源性癌症，”研究负责人、哥伦比亚大学内科医师和外科医生学院微
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
基因组研究显示：猪与人“如此相似”
通过迄今为止规模最大的猪基因组研究，科学家发现猪拥有很强的适应能力，容易被食物诱惑和驯化，这些特征都与人类非常相似。而且，猪具有与人类相同的与很多人类疾病有关的基因和蛋白质变异。这一成果近日刊登在了《自然》杂志上。 在奥威尔的经典小说《动物庄园》中，猪和人类几乎一模一样。根据上述研究，《动
“863”肿瘤全基因组研究获进展
7月14日，“十一五”国家“863”重大专项“食管癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”和“肺癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”成果汇报会在京召开。 日前，遗传学权威期刊《自然—遗传学》刊登了我国科学家食道癌和肺癌研究的重要进展。由中国医学科学院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室教授林东昕
Nature发布轮虫基因组研究新成果
有一群动物放弃了性，但却在进化过程中生成了460多种物种。本周的《自然》(Nature)杂志上发表了一篇关于蛭形轮虫(bdelloid rotifer)全基因组的研究论文，为揭示这一进化机制减少了些许神秘。 Woods Hole海洋生物学实验室(MBL)David Mark Wel
－Nature：基因组研究探秘膀胱癌
日前，来自癌症基因组图谱研究网络(The Cancer Genome Atlas Research Network, TCGA)的研究人员在《自然》杂志上报告称，他们确定了一种主要的膀胱癌形式的新潜在治疗靶点，其中包括疾病中遭到破坏的一些重要基因和信号通路。 此外，他们还发现，在分子水
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模
基因组学:－跨越癌症研究国界
1982年11月，在尼日利亚海军医院外足球场上踢球的一名军官，突然摔倒死亡。这名男子被带到急诊室时，当时还是一个新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade医生正在值班。“我们搞不明白为什么他死亡，这让我感到震惊，从那时开始我意识到，我需要做更多的工作来理解和帮助人们。”Ol
最大规模肾癌基因组研究
肾癌起源于肾小管上皮细胞，是泌尿系统常见恶性肿瘤之一，发病率占全身恶性肿瘤的3%。肾癌的化疗效果并不理想，肾切除手术被认为是最有效果的治疗途径。近50年来肾癌的发病率和死亡率在持续上升，但人们还不太清楚肾癌的发病原因。 贝勒医学院的副教授Dr. Chad Creighton领导研究团队深入分析
茄子基因组研究迈入高清时代
10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队，于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基因
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
中国学者基因组研究登NatureGenetics
近期最新SCI影响因子公布，在Nature系列子刊中，除了综述类的三个期刊，Nature Genetics稳居前列(35.532)，影响因子超过Cell，Science等综合性期刊。其中的原因之一多为近年来基因组研究领域的蓬勃发展，带来的引用也逐步攀升，在这一研究领域，国内的学者发表过不少的
基因组研究揭示欧洲马铃薯进化史
近日，来自德国、秘鲁、英国和西班牙的一个国际研究团队，对大量的马铃薯品种进行了测序，以了解更多关于现代欧洲马铃薯的历史。在他们6月24日发表在Nature Ecology and Evolution上的论文中，该团队描述了他们对马铃薯历史的研究以及新发现。 过去的研究表明，马铃薯是在17世纪被
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式
基因组研究让水稻育种走向精准设计
由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当日凌晨1时，国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传
Science：宏基因组研究挑战DNA编码规则
人们一直认为DNA编码的指令是所有生命通用的，例外情况极少。但本期Science杂志上的一项新研究显示，自然界中的生物又一次打破了既定的规则。 美国能源部联合基因组研究所的Edward Rubin领导研究团队，获得来自1776种环境（包括17个人体区域）的微生物宏基因组数据，以便在其中寻找重编
研究解析栽培草莓“祖先”的基因组图谱
草莓具有重要的经济和营养价值，现代八倍体栽培草莓起源于两个八倍体野生种弗州草莓和智利草莓的种间杂交。近日，中国科学院昆明植物研究所研究员朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化特征。相关研究成果在线发表于《自然-植物》。朱安丹表示，由于草莓属系统发育解析涉及未知的祖先、同源染色体交换和不完全
中国开放最新家蚕基因组研究数据
“我们通过网络，以开放的姿态与世界共享家蚕基因组最新研究成果”，中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀26日介绍，包含有最新研究数据的中国家蚕遗传数据库目前已收到来自国内外科研人员的访问25万余次。 向仲怀介绍，中国家蚕遗传数据库由西南大学家蚕基因研究团队和深圳华大基因研究院合
雪貂基因组测序加深人类疾病研究
近日，一个国际研究团队进行了雪貂基因组测序,他们认为这将巩固雪貂作为研究人类呼吸道疾病如流感和囊性纤维化的生物模型。 研究人员检查了雪貂感染大范围流感病毒后基因随着时间推移的不同表达，通过研究囊性纤维化雪貂模型反映了人类疾病的发展。 基因分析中心的合著人Federica Di Palm
德国基因组研究资源中心将关闭
德国基因组研究资源中心（RZPD）日前宣布，将在7月底终止服务，并且ImaGenes和Atlas生物实验室（Biolabs）将会结果它的大部分服务内容。关闭的原因尚未公布。 这个以柏林和海德尔堡为大本营的非营利性机构通过Affy公司的欧洲代理商NimbleGen提供Affy公司芯片服务。该中心宣布
研究解析栽培草莓“祖先”的基因组图谱
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/507227.shtm草莓具有重要的经济和营养价值，现代八倍体栽培草莓起源于两个八倍体野生种弗州草莓和智利草莓的种间杂交。近日，中国科学院昆明植物研究所研究员朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化
GenomeResearch：双生子表观基因组研究
基因决定了人生命中的方方面面，不过环境也能对基因产生强烈的影响，这种影响在人出生前就已产生，而且其造成的影响将会伴随人的一生。日前，研究人员首次展示了子宫内环境对新生儿表观遗传学图谱的影响，即我们出生时就带有的DNA化学修饰，这项研究将为人们提供宝贵的疾病风险信息。文章发表在7月16日的Geno
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式