全新双重荧光定量PCR方法助力细菌污染核酸检测

目前,核酸筛检系统(Nucleic Acids Testing,NAT)已广泛用于血制品常规病原体(乙肝、丙肝、艾滋、梅毒)的核酸检测,极大降低了相关疾病的输血传播。但是,在输血感染性风险中,血小板的细菌污染及相关败血症性输血反应仍是棘手的问题。将核酸筛检技术用于细菌污染检测还有不少困难,包括:1、细菌污染不像特定病原体,没有统一的标准品;2、缺少合适的内参质控排除假阳性或假阴性结果;3、核酸扩增聚合酶(Taq)大多是细菌来源,带有痕量的细菌核酸成分。 近期,中国科学院苏州生物医学工程技术研究所血液免疫学研究中心提出一种双重荧光定量PCR方法可提高细菌污染检测的可靠性:设计一条人工核酸序列(IRC)作为内参,其特点是IRC与靶基因共用同一对引物进行扩增,分别用不同荧光探针进行检测。通过精确控制IRC分子数达到阳性检出限,以其Ct(i)值作为阈值,只有样本检测的Ct(s)值小于或等于Ct(i)时,检测结果才可认定为阳性。一种......阅读全文

全新双重荧光定量PCR方法助力细菌污染核酸检测

  目前,核酸筛检系统(Nucleic Acids Testing,NAT)已广泛用于血制品常规病原体(乙肝、丙肝、艾滋、梅毒)的核酸检测,极大降低了相关疾病的输血传播。但是,在输血感染性风险中,血小板的细菌污染及相关败血症性输血反应仍是棘手的问题。将核酸筛检技术用于细菌污染检测还有不少困难,包括:

细菌的核酸抽提

DNA Extraction·         DNA Extraction from Bacteria (Julie B. Wolf,UMBC)Phenol/chloroform method·         DNA Extraction From Bacteria (Triton Method

核酸污染处理的难点

1.移液器移液器内部被污染很难去除,可以通过清洗或者另换一套移液器。2.生物安全柜移除内部所有物品,用DNA去除剂擦拭表面后,打开柜门连续运行。3.核酸提取仪内部用DNA去除剂擦拭内表面后,打开提取仪门或外罩,静置。如果能及时发现污染,通常情况不会太严重,采取上述措施实验室空置几天污染会消除。但是如

核酸污染的处理措施介绍

   发现污染第一步就是要暂停实验,评估假阳性对以往检测结果的影响。对实验进行彻底打扫和清理,尽可能更换相关的试剂耗材,对仪器设备进行清洁和去核酸处理。所有人员回家洗澡换衣服。    1.化学处理法    使用商品化的DNA去除剂,有好用的DNA去除剂大家可以推荐给我    1 mol/l的 盐酸和

如何预防细菌污染血液?

在现代设备条件下,基本上可以做到血液不受细菌污染,但实际上,由于各种原因,细菌污染仍然或多或少发生,在个别地方,污染率可以更高。己污染并大量生长细菌的全血、血液成分或血浆蛋白成分,输给受血者后将引起致命性败血症。因此,要针对原因,采取相应的预防细菌污染措施,特别要注意消毒、采用密闭法和严格的无菌操作

流动相的细菌污染

  流动相的细菌污染  流动相刚开始不长菌,在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的。举最简单的例子:50%的甲醇水流动相,有两种使用方式。一种方式是在上机前就配好混合在一起,另一种方式是在流路A放纯甲醇,流路B放纯水。从单纯实验效果来说,后一种有明显的优点:

纯水中的细菌污染

  纯水中的细菌污染  首先我们要认识到,一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理,直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质,也能在液相流路系统最前端的过滤头上排除,真正容易引起问题的,是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天就会长菌,而这些细菌虽然肉眼不可见,却足以堵塞柱填料颗粒的空隙,造成柱子很快报

如何避免核酸检测的样本污染?

  进行 PCR 反应时,遵照下列规则有助于防止 PCR 的污染。(1)PCR 的前处理和后处理在不同的房间或不同的隔离工作台上进行。即整个 PCR 操作要在不同的隔离区(标本处理区,PCR 扩增区,产物分析区)进行,特别是阳性对照需在另一个隔离环境中贮存、加入。(2)试剂要分装,每次取完试剂后盖紧

核酸污染的预防措施介绍

1.实验室布局    核酸检测实验室的布局是预防污染的根本,合理布局可以大大降低污染的概率。一般情况分为四个区分别为试剂准备区,标本制备区、核酸扩增区和产物分析区。对于不需要电泳的荧光定量PCR,核酸扩增区和产物分析区可以合并。每个区应独立通风,可控制空气流动方向。        (图片来自《实时荧

塑料污染助推水体细菌滋生

一项研究发现,塑料袋浸出的化学物质对湖泊中细菌生长的刺激高于天然有机质。这些发现基于来自斯堪的纳维亚湖泊的样本,或可为某些情形下的缓解污染策略提供信息。相关研究7月26日发表于《自然—通讯》。淡水广泛受到塑料废物污染。塑料的分解会释放出化合物,可能为细菌的生长提供能量,也可能因其毒性而损害细菌生长。

自体输血细菌污染的现状

摘要尽管自体有风险,但与异体输血相比传播疾病的风险要小的多。当然,自体输血也需要有严格的。在日本,目前规定输血前要填写输血同意书,同意书上临床医生要提供输血风险的详细说明。为了我们更好地理解,首先要研究对自体输血能被污染的安全性作综合评价的方法。在1996年4月至1998年3月这24个月中,通过输血

细胞被细菌污染,怎么办

首先,41℃不知道是你哪里的出来的灭菌方式,要灭菌都是121℃下20分钟以上才行。要分析哪里污染可以按照步骤来,首先,考虑培养基。取样培养基,在37°培养箱中做无菌试验,看看培养基有问题没。接着,换一批培养瓶,枪头。因为我不知道你的实验条件怎么样,比如说枪头是灭菌的还是一次性包装中的吸量管,使用的方

蓝细菌是污染物吗?

蓝细菌在污水处理,水体自净中起积极作用。在氮、磷丰富的水体中生长旺盛,可作为水体富营养化的指示生物。有某些属种在富营养化的海湾和湖泊中引起海湾的赤潮和湖泊的水华。严重者引起水生动物大量死亡。

细胞被细菌污染,怎么办

如果不是十分珍贵的细胞,建议丢弃,从新培养。如果是十分难得,珍贵的细胞,需要挽救的话,建议分别配置含10倍双抗的PBS和5倍双抗的完全培养基各一份。然后先用10倍双抗的PBS洗涤细胞5-10次。然后用5倍双抗的完全培养洗涤细胞3次以上,并在其后每培养1小时换液一次,最后2倍双抗培养基培养过夜,第二天

细胞支原体污染与细菌、病毒、真菌污染的区别

由于支原体污染早期不易被发现,建议实验室定期对细胞上清做适当监控(可使用德国MB公司的Verno ®Gem OneStep试剂盒或Verno ®Gem qOneStep试剂盒,取2ul细胞上清即可判别是否有支原体污染,灵敏度很高,覆盖的支原体物种很广)。 那么,如何区分支原体污染与细菌、真菌、病毒的

细菌感染性疾病的直接核酸诊断试验(一)

细菌感染性疾病的直接核酸诊断试验                 Florence Paillard, PhD, and Craig S. Hill, PhD准确和快速的诊断是及时采取治疗措施和防止感染性疾病扩散的关键。理想的感染性疾病的诊断试剂应该能够给临床医生提供快速、灵敏度高和特异性强的实验结

细菌感染性疾病的直接核酸诊断试验(三)

A群链球菌性咽炎:检测咽炎病人A群链球菌(GAS)的金标准是采用咽拭子标本进行培养,但培养需要24—48小时。目前所开发的快速抗原检测试剂(RADT)虽然可以进行快速检测,而且使用也较方便,但其灵敏度一般比培养低。许多专家建议当病人为儿童或青少年、或医生在他的实际工作中不能确定所使用的RADT的灵敏

细菌感染性疾病的直接核酸诊断试验(四)

2.NAATs:Roche公司的AMPLICOR试剂是第一代基于PCR的NAAT;而BD公司的BDProbe Tec是第一代基于SDA的NAAT。这些试剂扩增的目标序列通常位于染色体DNA或质粒中。BDProbe Tec目前有两种:一是检测CT的BDProbe Tec CT,另一种是可以在一份标本中

细菌感染性疾病的直接核酸诊断试验(二)

3.TMA:TMA是在恒温过程中特异性扩增RNA或DNA分子,反应过程需引物和两种酶:逆转录酶(RT)和RNA聚合酶。逆转录酶用来合成DNA,合成的DNA再被RNA聚合酶用来复制更多的RNA,这一过程可以循环进行。采用自动化扩增仪,TMA可以在15到30分钟内使目标序列扩增100亿倍。检测采用HPA

细菌可以清除湖泊中的塑料污染

一项针对29个欧洲湖泊的研究发现,相比在树叶和树枝等自然物质上,一些自然存在的湖泊细菌在塑料袋残留物上的生长速度更快、效率更高。这种细菌会分解塑料中的碳化合物,作为它们生长的食物。科学家们表示,在水中添加特定种类的细菌可能是消除环境中塑料污染的一种自然方式。其影响是明显的,当塑料污染使湖水中的整体碳

利用细菌清除湖泊中的塑料污染

一项针对29个欧洲湖泊的研究发现,一些自然产生的湖泊细菌在塑料袋残留物上比在树叶和树枝等自然物质上生长得更快、更有效。这种细菌会分解塑料中的碳化合物,作为它们生长的食物。科学家们表示,在水中添加特定种类的细菌可能是消除环境中塑料污染的一种自然方式。其影响是明显的:当塑料污染使湖水中的整体碳含量仅增加

研究发现细菌可用“毛发”清除铀污染

  在清除放射性铀污染的队伍中,有望增加一批新成员。这些只有千分之一毫米长的清洁工挥舞着细长的“毛发”,能把溶解在水里的铀清除掉。美国研究人员新近发现,一类称为地杆菌的细菌有潜力用于铀污染的生物治理。  此前已有研究表明,一些地杆菌能够通过还原周围环境里的金属(也就是向金属添加电子)来获取

细胞被细菌污染了怎么办?

培养的珍贵细胞如果出现支原体的污染,细胞要保种,不舍得丢掉,我们知道可采用Minerva公司的Mynox或Mynox Gold祛除支原体(具体详请点击文章《细胞状态不好,你排除过支原体吗?》),如果出现细菌污染,我们应该怎么办呢? 对于细胞系,这的确是一个难题。小威根据北京市耳鼻咽

细菌污染的症状是怎样产生的

保持无菌是成功进行组织培养的必要条件,细菌和真菌污染是培养过程中最常见到的,这些微生物在自然环境中无所不在,一旦接触到培养基,获得最适宜的生长条件,它们的生长速度就比培养的组织快得多。细菌污染的主要症状是培养材料附近出现黏液状和发酵泡沫状物体,或在材料附近的培养基中出现混浊和雾状痕迹,一般接种后12

污染血液的细菌主要有哪些?

污染血液的细菌有致病菌或非致病菌之分。前者常造成患者死亡,后者的毒性较低,可能只引起发热反应。革兰氏阴性杆菌污染最常见最危险,如绿脓杆菌属,大肠杆菌、副大肠杆菌属和无色杆菌属等,这些细菌常存在于粪便、灰尘或泥土中。有的细菌在冷藏温度中生长旺盛,这种嗜冷菌常见于水中,甚至含氮的水中。很多在4—8℃生长

细菌阿尔古蛋白在沉默外来核酸中的作用

  在真核细胞中,阿尔古蛋白在由小RNA调节的基因沉默中扮演了一个重要角色。在最近一期的《分子细胞》中,Alexei Aravin和同事证明了一种细菌阿尔古蛋白在沉默外来核酸中的作用。   阿尔古蛋白被发现存在于一系列的细菌和古生菌中。尽管已经有几种晶体结构可用,并且对于一些细菌阿尔古蛋白的基

美研究人员利用细菌降低汞污染

  人类活动造成的汞污染无处不在,而汞对水资源的污染尤为严重。美国研究人员最近找到一种细菌,它所合成的酶可降低汞对环境的污染。   美国田纳西大学的研究人员发布公报说,他们在研究中发现,汞对靠近食物链底端的生物,如鱼及水生贝类的污染相当严重,并通过它们最终对人类健康造成影响,但有些细菌具有破坏这一

空气污染改变气道细菌种类

  空气污染的影响能否被气道中混合的细菌调节?对污染物的暴露似乎同生活在呼吸道中的细菌种类相关,从而证明污染和疾病之间可能存在隐藏的关联。  无数研究证实,空气污染会增加患上特定疾病的风险,比如心脏病和中风。即便是在英国,虽然其拥有相对清洁的空气,但污染仍被认为每年导致5万人过早死亡。  不过,为何

如何鉴别大量细菌污染并增殖的血液?

大量细菌污染并增殖的血液呈紫红色,可以有凝块和溶血及恶臭(硫化氢样臭味)。最简单迅速的诊断法是立即取容器内剩余的血浆做直接或离心后涂片染色检查,如见细菌,即是污染的证明。有时可直接涂片,在显微镜下可见布朗运动的细菌。镜检阴性结果也不能排除细菌污染的可能性,因为细菌多到24×105/个/毫升时才容易在

仿生鼻子可准确嗅出水污染细菌

  最近在国际著名学术期刊《Biosensors and Bioelectronics》发表的一项研究中,来自韩国首尔国立大学的研究人员,模仿人类的鼻子,开发出一种生物电子鼻,可通过嗅气味,检测出水中微量的细菌,而不需要复杂的设备和测试。这种仿生鼻子的工作原理是,利用人类鼻子中的嗅觉受体。  这种传