如何解决RNAseq量化误差？
NA-Seq已经成为测量基因表达的标准，以及用于人类疾病研究的一种重要技术。基因表达量化分析涉及，测序序列与一个已知基因组或转录组参考序列的比对。这种量化的准确度取决于，序列中要有足够多的独特信息，才能使生物信息学工具能够准确地将测序序列分配到正确的基因位置上。 九月四日，英国爱丁堡大学的Christelle Robert和Mick Watson在国际知名生物学期刊《Genome Biology》发表题为“Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human disease”的研究成果。在这项研究中，研究人员采用12种常见的方法，评估来自RNA-Seq的基因表达，发现有几百个基因的表达被一种或更多方法所低估。研究人员继而提出了一种两阶段的RNA-seq数据分析法，并将这种方法应用于最近发表的小鼠癌症研究，证实这种方法能够从被丢弃的数据中，提取......阅读全文
怎么样通过引物序列找目的基因
你先看看你引物序列是什么吧，如果是巢氏PCR的引物，很有可能一部分序列是不在靶基因中的。即使是一般的PCR引物，也可以只有3'端的一部分序列与靶基因匹配即可。如果你想验证，直接合成后PCR，然后测序，验证下是不是得到EGFR序列即可。当然，你也可以根据EGFR基因自己设计引物，这个很容易。
胡萝卜基因组序列草图成功绘出
来自美国的一个研究小组称，他们完成了对30余种胡萝卜样品的测序，绘制出了胡萝卜基因组序列草图。这很可能是迄今最完整的蔬菜基因组序列草图。研究人员称，这一研究阐明了胡萝卜的起源和演化过程，对改善胡萝卜和其他农作物的营养价值提供了可能。相关论文在线发表在《自然·遗传学》杂志网站上。 胡萝卜和生菜
科学家首次完成蜈蚣基因序列测定
日前，科学家完成了蜈蚣的基因组测序的测定。结果表明，它们的基因数量比人类大约少三分之一。科学家以生活在西北欧沿海的一种常见蜈蚣物种作为测序对象。参与该项研究的106名科学家来自10多个国家和地区。 研究表明，蜈蚣的基因组大小是人类基因组的十分之一，含有的基因数量是人类的三分之二，共1.5万个，
关于断裂基因的调控序列种类介绍
①在5′端转录起始点上游约20～30个核苷酸的地方，有TATA框(TATA box)。TATA框是一个短的核苷酸序列，其碱基顺序为TATAATAAT。TATA框是启动子中的一个顺序，它是RNA聚合酶的重要的接触点，它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录。当TATA框中的碱基顺序有所改变时，m
科学家首次发现重度抑郁基因序列
【新闻事件】：本周《自然》发表了一篇重要论文。在分析5303例汉族女性重度抑郁患者和5337名对照的DNA序列后发现两个和重度抑郁相关的基因序列。一个紧靠SIRT1，另一个是LHPP的内含子。这是科学家第一次把重度抑郁和某个基因序列可靠地联系在一起，为以后药物开发打下基础。 【药源解析】：抑郁
白菜甘蓝油菜全基因组序列测定
由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。 研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
研究提出新型时间序列预测框架
近期，中国科学院软件研究所研究团队为提升大语言模型时间序列预测性能，提出了向量注入式上下文学习框架。该框架能够稳定提升时间序列预测性能，并可以降低计算开销。 大语言模型进行时间序列预测时面临一项主要挑战——预训练文本与时间序列数据在分布与结构上存在差异。传统方法采用全量微调来减少这种差异，但其
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比，该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比，该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
氨基酸序列的测定方法
有两种方法，一是直接测序列法，常用Edman降解法，在弱碱性条件下多肽连N端氨基酸（阿尔发）与PITC反应，标记为苯氨基硫代甲酰蛋白质。肽链中的第一个肽键变弱，在无水酸的存在下发发生降解，第一个氨基酸（AA1）经过分子重排成为PTH-AA1结合层析技术即可确定氨基酸的性质。C端氨基酸残基分析，可用；
氨基酸序列的测定方法
有两种方法，一是直接测序列法，常用Edman降解法，在弱碱性条件下多肽连N端氨基酸（阿尔发）与PITC反应，标记为苯氨基硫代甲酰蛋白质。肽链中的第一个肽键变弱，在无水酸的存在下发发生降解，第一个氨基酸（AA1）经过分子重排成为PTH-AA1结合层析技术即可确定氨基酸的性质。C端氨基酸残基分析，可用；
Nature子刊：从基因组序列快速发现新药的突破性方法
在一项寻找新药的研究中，美国Scripps研究所(TSRI)佛罗里达所区的科学家们开发出一种突破性方法，能够从基因组序列中设计新的候选药物。作为原理验证，他们发现了一种高效的化合物，能够导致癌细胞攻击自己而死。 TSRI的副教授Matthew Disney博士指导了这项研究，他说：“这
牡蛎全基因组序列图谱绘制完成
牡蛎基因组部分序列及其分析牡蛎基因组计划（OGP）团队成员在深圳华大基因研究院讨论项目中国科学院海洋研究所和深圳华大基因研究院签约仪式牡蛎是产量最大的海水养殖动物 牡蛎养殖 近日，牡蛎基因组计划（Oyster Genome Project，OGP）项目组宣布，
新“基因魔剪”按需敲入长DNA序列
北京11月27日电 据最新一期《自然·生物技术》发表的一项研究，在CRISPR基因编辑系统的基础上，美国麻省理工学院研究人员设计了一种新工具，可以更安全、更高效的方式剪除有缺陷的基因并用新基因替换它们。 使用这个系统，研究人员可将长达36000个DNA碱基对的基因传递给几种类型的人类细胞，以及小
四篇Science文章公布最新基因组序列
小麦是全球最重要的粮食作物之一，提供了20%人类所需的热量。2010年英国科学家宣布他们绘制出了小麦基因组草图，但这一序列并不完整。在7月17日Science杂志上，两个研究组分别公布了Chinese Spring小麦品种的每个染色体臂的基因组序列，以及小麦染色体3B基因组序列，另外两个研究小组
《Genome－Research》：根据基因组序列预测MRSA毒性
微生物毒力一直是一个复杂的多因素表型，与病原体的进化轨迹有着复杂的关联。毒性，破坏宿主细胞膜和粘附的能力，粘附到人体组织的能力，是许多细菌病原体的主要毒力因子，包括金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。 金黄色葡萄球菌是临床上常见的毒性较强的细菌，自从上世纪40
我国获得输入性黄热病毒全基因序列
国家卫计委13日通报，我国确诊一例输入性黄热病病例。今日，记者从中国疾控中心获悉，该中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，获得了输入性黄热病病毒的全基因序列。 据悉，中国疾控中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，在病人血液标本中直接获得了病毒全基因组序列。该病毒基因组全
《科学》：毛发助科学家测定猛犸基因序列
丹麦和美国的科学家近日利用来自俄罗斯冻土带的十头猛犸(Mammuthus primigenius)毛发标本，成功拼凑出了猛犸的线粒体DNA序列。这一成果显示了毛发惊人的抗降解能力，以及它在获得远古DNA片断方面出人意料的有用性。相关论文发表在9月28日的《科学》杂志上。 领导最新研究的是丹麦哥本哈根
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一
古老病毒序列，竟可调控鸟类大脑基因！
病毒与宿主在漫长的演化过程中的相互作用，会对宿主产生深远的影响。近日，我国科学家最新发现了古病毒与鸟类演化的有趣关联。研究人员发现，古老病毒曾经插入到鸟类DNA中，并伴随着雀形目鸟类的物种大爆发，从而在鸟类宿主里不断增殖。有意思的是，鸟类不仅可以高效的清除掉增殖的病毒DNA，有时还会利用残余的病毒来
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
史上最全小麦基因组序列图集问世
据最新一期《自然》杂志报道，加拿大萨斯喀彻温大学领导的国际团队在一项对全球小麦生产具有里程碑意义的研究——10+基因组计划中，对代表全球育种计划的15个小麦品种的基因组进行了测序。这将使科学家和育种人员能够更快地识别出具有影响力的基因，从而提高小麦产量、害虫抗性和其他重要的农作物性状。 小麦
关于基因调控的研究方法介绍
１、筛选突变型 这是在原核生物中广泛应用的方法，例如在乳糖操纵子的研究中筛选失去了基因调控能力的组成型，包括调节基因发生突变和操纵基因发生突变的突变型，以及筛选即使有乳糖或其他诱导物存在的情况下仍然不能合成β-半乳糖糖苷酶的超阻遏型等等。 ２、激素诱导 在高等的真核生物中，除了离体培养的体
Science开发创新基因表达研究方法
来自卡罗林斯卡学院和瑞典皇家理工学院(KTH)的科学家们，开发出了一种高分辨率的新方法来研究组织中活化的基因。这种方法可用于所有的组织类型，对于临床前研究和癌症诊断均具有价值。他们的研究结果发布在7月1日的《科学》（Science）杂志上。 疾病会改变组织中一些RNA分子和蛋白质的表达。在实验
研究揭示南极长时间序列固定冰图
南极固定冰与冰山（李新情供图） 南极中山站固定冰Landsat-8卫星影像（影像获取时间为2015年10月7日，李新情供图） 中山大学测绘科学与技术学院极地遥感团队与国内外科研人员合作，基于高分辨率SAR影像首次获取了环南极时间序列固定冰数据集，揭示了南极固定冰的时空分布、变化特征及其与冰
基因组所重复序列与哺乳动物内含子扩张关系研究获进展
近日，在中国科学院北京基因组研究所副所长、基因组科学与信息重点实验室主任于军研究员和“百人计划”雷红星研究员的指导下，基因组所王大鹏博士、博士研究生苏尧等科研人员在哺乳动物基因组内含子扩张与基因功能关系研究，以及突变和自然选择在基因组进化中的作用研究中取得新进展。相关学术论文在Ev
依赖核酸序列的扩增的基本方法
基本方法为:将引物，标本加入扩增反应液，65℃1min使RNA分子二级结构打开，降温至37℃加入逆转录酶，T7rna聚合酶和RNaseH，并在37℃反应1——1.5小时，其产物经琼脂 糖电泳，溴乙锭染色即可在紫外仪下看到条带.NASBA的特点为操作简便，不需特殊仪器，不需温度循环.整个反应过程由三种
核苷酸序列的分析方法介绍
核苷酸序列，就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A，T，G，C的排列顺序，或者mRNA中A，U，G，C的排列顺序，也包括rRNA，tRNA中碱基的排列顺序。 根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同
构建多序列比对模型的方法介绍
手工比对方法手工比对方法在文献中经常看到。因为难免加入一些主观因素，手工比对通常被认为有很大的随意性。其实，即使用计算机程序进行自动比对，所得结果中的片面性也不能予以忽视。在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序基础上，结合实验结果或文献资料，对多序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的。