如何解决RNAseq量化误差？
NA-Seq已经成为测量基因表达的标准，以及用于人类疾病研究的一种重要技术。基因表达量化分析涉及，测序序列与一个已知基因组或转录组参考序列的比对。这种量化的准确度取决于，序列中要有足够多的独特信息，才能使生物信息学工具能够准确地将测序序列分配到正确的基因位置上。 九月四日，英国爱丁堡大学的Christelle Robert和Mick Watson在国际知名生物学期刊《Genome Biology》发表题为“Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human disease”的研究成果。在这项研究中，研究人员采用12种常见的方法，评估来自RNA-Seq的基因表达，发现有几百个基因的表达被一种或更多方法所低估。研究人员继而提出了一种两阶段的RNA-seq数据分析法，并将这种方法应用于最近发表的小鼠癌症研究，证实这种方法能够从被丢弃的数据中，提取......阅读全文
毗邻序列分析的方法特点和作用
中文名称毗邻序列分析英文名称nearest neighbor sequence analysis定 义分析核酸链中某核苷酸与其他核苷酸相邻频率的技术。即用5′-α-32P标记的某核苷三磷酸为底物参入核酸链，然后用特定的酶降解此核酸链生成3′核苷酸，则原来在某核苷酸5′侧的32P就转到相邻核苷酸的3
基于序列的药物设计新方法
20世纪90年代以来，基于蛋白质结构的药物设计（SBDD）一直是创新药物发现的主流方法，在针对具有明确靶标的疾病治疗方面取得了进步。这种方法一般涉及多个步骤的复杂流程，包括建立蛋白质的三维（3D）结构，识别潜在的配体结合位点，并通过虚拟筛选或全新设计发现活性化合物等。SBDD流程中的每个步骤都有
我国完成朱鹮全基因组序列图谱绘制
4月15日，深圳华大基因研究院与西安交通大学联合在西安公布了濒危野生动物朱鹮的全基因组序列图谱，这是继鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后，我国完成 的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱。朱鹮这种被称为“东方宝石”的珍稀鸟类目前世界仅存千余只，这一研究成果将对于挽救和保护朱
科学家完成辣椒全基因组序列测定
由我国科技人员主导完成的“栽培种和野生种辣椒的全基因组测序揭示辣椒属的驯化与特异性”研究论文，今年3月在国际著名期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)刊发。该论文的正式发表，标志着辣椒基因组序列成功解码，我国辣椒基础性研究取得重大进展，进入分子育种阶段。 美国农艺学会主席、新墨西哥州立大学
蚕“姑娘”终于有了完整的基因组序列
西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室教授代方银团队首次获得了家蚕W染色体完整基因组序列，并揭示鳞翅目昆虫W染色体起源与进化的新机制。日前，相关研究成果在线发表于《科学进展》。雌蚕。课题组供图雄蚕。课题组供图在昆虫中，性染色体组成以XX/XY系统为主，而鳞翅目昆虫性染色体组成与大部分昆虫不同，
科学家公布中国胆囊癌基因序列
《自然—遗传学》在线公布了中国患者的胆囊癌基因序列。这或有助于针对世界1/3的胆囊癌患者研发出新的靶向疗法。 胆囊癌是一种罕见的致命癌症，多发于特定人群比如东亚人群和印度北部人群。此外，胆结石和慢性炎症患者本身也有胆囊癌的高发风险。 Yingbin Liu和同事对57个中国胆囊癌患者样本中的
科学家破译“纯种马”基因组序列
马有90多种遗传疾病与人类的遗传疾病相似 一个国际科研小组11月5日报告说，他们破译了“纯种马”的基因组序列。这项研究成果将刊登在6日出版的新一期《科学》杂志上。 报告中所指的“纯种马”最早是300多年前英国培育的一种名贵赛马品种，后被一些欧美和亚洲国家引进，主要用于赛马和马
首次测定南极抗冻鱼基因组序列
近，包括美国东北大学H. William Detrich教授在内的一个国际研究小组，首次测定了南极抗冻鱼（Antarctic notothenioid fish）的基因组序列。他说，这一突破性成果，将阐明动物对寒冷水域独特的进化适应性，将有助于揭示鱼类如何应对海水温度上升，由于气候变化，预计接下
基因序列排序与整理、数据库比对与意义
由于定序系统的定序方法都是将体细胞内的基因序列打断成很多段落后，再利用DNA扩增的方式原理，在扩增的同时借由侦测萤光的方式（将不同碱基原料接上萤光讯号，只要这有接讯号的碱基被合成了，即会发出不同强度的萤光讯号）即能得到大量的片段式基因序列。经数字化后的基因序列需经整理将每段落的头尾相接成一个完整的基
三篇Nature－Methods：定位基因组的调控序列
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。 近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数
新一批敲除小鼠序列数据存入基因银行
美国得克萨斯州基因组医学研究所将其敲除小鼠库的超过275000个核苷酸序列信息存入了美国国立卫生研究院的基因银行。 以休斯敦为根据地的得克萨斯州基因组医学研究所于今年5月加入国际敲除小鼠协会。在美国国立卫生研究院号召在国际科学界广泛分享小鼠研究信息后，该研究所表示愿意向美国健康研究院提供基因序列
首个完整人类基因组序列公布
由美国国家人类基因组研究所、加利福尼亚大学圣克鲁斯分校、华盛顿大学等机构研究人员领衔的国际科研团队3月31日公布了首个完整、无间隙的人类基因组序列。与这项重大成果相关的6篇论文当天发表在美国《科学》杂志上。美国国家人类基因组研究所在一份公报中表示，人类基因组含有约30亿个DNA（脱氧核
美首次对老鼠基因组的调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分――调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验室主任任兵教
《自然》：美首次对老鼠基因组调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分——调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验
胡萝卜基因组序列草图绘出－特有基因决定颜色营养价值
来自美国的一个研究小组称，他们完成了对30余种胡萝卜样品的测序，绘制出了胡萝卜基因组序列草图。这很可能是迄今最完整的蔬菜基因组序列草图。研究人员称，这一研究阐明了胡萝卜的起源和演化过程，对改善胡萝卜和其他农作物的营养价值提供了可能。相关论文在线发表在《自然·遗传学》杂志网站上。 胡萝卜和生菜、
蚜虫核基因EF1－alpha基因序列测定及系统发育分析
实验概要核基因含有更加丰富的遗传信息，生物的性状基本上是由核基因决定的，用适当的核基因研究昆虫的系统发育，结果更有可能真实地反映昆虫的进化历史。本研究采用DNA序列分析法，对三种蚜虫的核基因EF-1 alpha进行比较，通过系统发育树分析了它们的系统进化。这一结果结合三种蚜虫的mtDNA的C
基于基因序列编辑器的电化学传感器研究方面取得进展
成簇的、有规律间隔的短回文重复序列（Clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR）近年来被广泛关注。较之荧光检测方法，电化学生物传感技术具有成本低、高效、灵敏、易于微型化和集成化的优势。基于CRISPR的电化学检
前导序列
中文名前导序列外文名leader sequence前导序列是结构基因中编码区之前的一段序列，这部分序列能被转录，但不被翻译，在mRNA是从5′端起至结构基因第一编码子开始点（通常 AUG）为止，在蛋白质合成过程中不被翻译。
太湖长序列极端洪水事件重建研究获进展
较之气候水文平均态的缓慢变化，特大洪水引发的灾害对人类社会影响更加显著，而关注极端洪水、认识小概率事件需要更长时间序列。太湖洪水历来受到关注，自早全新世到20世纪末，历史和近现代都不乏特大洪水发生。文物考古与历史文献结合，成为了定量研究历史极端洪水的重要证据。然而，刻录洪水的文物对重建洪水序列也
新研究利用DNA序列追溯植物演化关键事件
来自北美、欧洲和中国的科学家最新研究揭示了地球植物演化过程中的重要过渡细节，该研究成果于2014年10月27日发表在《美国科学院院刊》上。 从外来藻类植物、苔藓植物、蕨类植物、生长在潮湿热带雨林中的花草树木、人们食用的谷子、蔬菜到家中的观赏植物，地球上的现生植物共同经历了长达十亿多年的历史。
基于深度学习的时间序列预测研究获进展
时间序列预测是大规模数据无损压缩和极端天气预报等领域的核心技术。随着应用场景多样化和数据复杂性提升，现有模型在异构数据的统一表达、长序列结构依赖建模、极端天气波动捕捉等方面存在挑战。中国科学院计算机网络信息中心人工智能团队围绕上述挑战开展研究，提出一系列创新算法与模型，并在实际系统部署应用。
关于增强子序列的相关研究分析介绍
观测位于HPV16 LCR序列YY1结合位点上游的组织特异性增强子序列对YY1蛋白的启动子P97抑制作用的影响。 方法构建带有不同长度的HPV16野生株、启动子远端YY1位点突变株、启动子近端YY1位点突变株的5′端LCR缺损序列的荧光素酶报导质粒，以及不同长度的近端YY1/SP1重叠结合位点基
我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定
2月22日，记者从军事医学科学院获悉，该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作，在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后，采用高通量测序技术，于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。 寨卡病毒属黄病毒科，是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中的恒河
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学的
蛋白质数据+基因序列精准构建进化树
西班牙基因组调控研究中心的科学家们在最新一期《自然·通讯》上发表了一项创新研究，展示了如何利用蛋白质三维形状，解开生命中古老的“历史密码”，揭示了生命之树中最古老的进化关系。这项研究首次将蛋白质的形状数据与基因序列数据结合，提高了进化树的准确性。蛋白质结构解决“饱和问题”（艺术概念图）。图片来源：《
我国自主完成首个果树作物基因组序列图谱
华中农业大学今天透露，该校科研人员经过一年多努力，已绘制完成甜橙的全基因组序列图谱。这是我国自主完成的第一个果树作物基因组序列图谱。这一农业科技基础研究成果，将对加快我国柑橘品种改良，改变柑橘品种大量依赖进口的状况，提升我国柑橘产业的核心竞争力起到重要作用。 据悉，柑橘是世界栽培面积
我国完成世界首张－西瓜基因组序列图谱
由北京市农林科学院蔬菜平台牵头，联合了中国农业科学院、深圳华大基因科技有限公司、美国康奈尔大学、荷兰瑞克斯旺等优势单位，共同完成了世界首张西瓜基因组序列图谱绘制与破译，获得了高质量的西瓜基因组序列图谱，成为由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学
加深癌症了解！新基因工具可按时序编辑DNA序列
据物理学家组织网23日报道，美国研究人员在最新一期《分子细胞》杂志撰文指出，他们发明了一种新基因编辑技术，可按时间顺序对切割点或编辑点进行编辑，有望促进癌症研究等领域的发展。 基因编辑领域的“当红炸子鸡”CRISPR使科学家能改变细胞内DNA的序列，或添加所需序列或基因。CRISPR使用名为C
－克雷格·文特尔：组建基因序列公司改善人类寿命
本月，基因组学创业家克雷格·文特尔(Craig Venter，见上图)宣布了他的最新冒险：组建一家公司，来创造出关于人类健康的所谓最全面的数据集，以应对衰老带来的疾病。 这家位于美国圣迭戈的“人类寿命”(Human Longevity)公司表示，将使用Illumina公司新的高通量