赵可吉博士Nature发布重要测序技术
DNase I超敏感位点（DHS）是对DNaseⅠ高度敏感的活性染色质区域。哺乳动物细胞的DHS定位，能够提供转录调控元件和染色质状态的重要信息，一直是科学家们的研究热点。DNase测序（DNase-seq）是进行全基因组DHS分析的常用方法，不过DNase-seq需要数百万细胞，大大限制了该技术的应用范围。 美国NIH的研究团队为此开发了在单细胞中检测全基因组DHS的超灵敏策略，并将其命名为单细胞DNase测序（scDNase-seq）。这一成果发表在十一月二十五日的Nature杂志上，文章的通讯作者是NIH旗下心脏、肺和血液研究所的赵可吉博士。赵可吉博士1980年毕业于昌潍师范学院，1985年获得东北师范大学硕士学位，1996年获得日内瓦大学博士学位。在斯坦福大学接受博士后训练后在NIH任研究员，2007年至今任高级研究员。曾在Cell、Nature、PNAS等权威杂志发表多篇研究性文章。 研究显示，细胞之间的DHS......阅读全文
基于碱基编辑的全基因组扰动文库构建与筛选技术
通过全基因组规模扰动文库的构建与筛选，从宏观基因组层面系统研究基因型与表型的对应关系，是微生物功能基因组学研究的重要方法。相较于单个基因扰动文库的构建与筛选，混合文库的构建与筛选可通过一次实验实现特定条件下对上千个基因的同时筛选，显著提高通量。近年来，CRISPR/Cas技术凭借着精简高效、可编
全基因组解析推动中药灵芝成为首个药用模式真菌
《自然》 子刊 《Nature Communications》近期发表了中国医学科学院药用植物研究所陈士林课题组与美国、法国等合作单位关于基因组解析推动灵芝成为药用模式真菌的论文，并以特别图片(Featured Image)形式进行了推介，随后《今日美国》(US TODAY)以“揭秘
新研究可大幅提高杂交水稻全基因组选择预测精度
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505572.shtm水稻是人类重要的粮食作物之一，水稻杂交种的产量高于常规自交系品种，但由于杂交稻存在显性等非加性效应，稻米品质的遗传改良比自交稻更具挑战性。湖南农业大学植物保护学院副教授李兰芝团队联合美
科学家首次绘制小鼠全基因组沉默子图谱
近日，中国农业科学院农业基因组研究所猪基因组设计育种创新团队构建了小鼠全基因组沉默子图谱，阐明了其基本特征，并发现了影响细胞重编程效率的重要沉默子。相关研究成果发表在《先进科学》（Advanced Science）上。转录调控在生物体发育和细胞分化中至关重要，而沉默子作为关键的顺式调控元件，通过结合
新冠病毒全基因组大小和序列的研究进展
2月3日，《自然》在线发表论文介绍了上海公共卫生临床中心和复旦大学公共卫生学院教授张永振等人对2019-nCov的基因组序列的分析。该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示，该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。 通过对从患者收集的
中国科大攻克复杂肿瘤全基因组异常的检测难题
中国科学技术大学信息科学与技术学院副教授李骜研究组以原创性论文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在线发表了最新研究成果。论文的第一作者是博士生余振华。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征，在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。传统的
云健康开启Illumina－HiSeq－X－Ten全基因组测序时代
1月20日，沪上百余位知名媒体人及社会各界名流云集悦达889广场6楼云健康医疗科技集团总部（Cloud Health Medical Group，Ltd），共同见证航母级健康平台——云健康的上海首度公开亮相。当天云健康宣布启动 Illumina HiSeq X Ten 全基因组测序，同时旗下云健
花生二倍体野生种全基因组测序完成
国际花生基因组计划(International Peanut Genome Initiative, IPGI)——由多国作物遗传学家参与的国际团队，于2014年4月2日宣布，历经数年努力后成功完成了世界上首个花生全基因组测序。新测定的花生基因组序列将为世界各地的研究人员和植物育种者使用，来促
我国科学家绘制完成鲤鱼全基因组序列图谱
鲤科鱼类是我国最重要的水产养殖种类，年产量占我国淡水养殖总产量的70%以上，其中鲤鱼不仅是我国也是世界性的重要养殖鱼类。5月6日，中国“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在京举行。由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中科院北京基因组研究所共同实施
长牡蛎和栉孔扇贝全基因组框架图绘制完成
日前，长牡蛎和栉孔扇贝全基因组框架图绘制完成，并筛查得到与重要性状相关的基因或信号通路，在国际上填补了冠轮动物基因组学研究空白。 这是在国家863计划支持下，由中国海洋大学、中国科学院海洋研究所、中国水产科学研究院黄海水产研究所、中国科学院南海海洋研究所、威海长青海洋科技股份有限公司、大连獐子
中国完成海带等7种海洋生物全基因组测序
中国科学家10月30日在青岛首次披露了海带、栉孔扇贝和南美白对虾全基因组测序的部分成果，至此中国已完成7种大型海洋生物的全基因组测序，为改良这些海洋生物品质、提高产量奠定了科学基础。 中国的海洋生物基因组学研究虽然起步较晚，但现在一些研究成果已达到国际前沿水准。目前，人类完成全基因组测序的
科学家首次绘制小鼠全基因组沉默子图谱
近日，中国农业科学院农业基因组研究所猪基因组设计育种创新团队构建了小鼠全基因组沉默子图谱，阐明了其基本特征，并发现了影响细胞重编程效率的重要沉默子。相关研究成果发表在《先进科学》（Advanced Science）上。转录调控在生物体发育和细胞分化中至关重要，而沉默子作为关键的顺式调控元件，通过结合
世界首例MALBAC全基因组扩增测序试管婴儿诞生
2014年9月19日，由北京大学第三医院乔杰教授团队、北京大学生物动态光学成像中心(BIOPIC)的谢晓亮教授团队以及汤富酬教授团队合作完成了世界首例经MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles，是目前最先进的
新突破！掌上测序仪首次完成人类全基因组测序
最近，英国牛津大学（Oxford University）Wellcome Trust人类遗传学中心（Wellcome Trust Centre for Human Genetics）和在基因组分析领域领先的英国公司Genomics plc宣布，首次使用掌上纳米孔测序仪完成了多个人类全基因组测序和
我国绘制完成世界首个鹅全基因组序列图谱
6月3日，深圳华大基因研究院和浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所联合召开新闻发布会，宣布“鹅全基因组序列图谱绘制完成”。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱，这一研究成果对于揭示家鹅繁殖、抗逆、生长、肉质、羽色等性状的遗传基础，鹅的驯化、不同鹅种的生物学分类、中国家鹅
盘点全基因组检测CRISPR脱靶位点的几种重要技术
在2013年，来自麻省总医院的研究人员发现使用CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶的一个重要局限：会在预期靶点以外的位点上生成多余的DNA突变。此后陆续有研究直接说明了CRISPR/Cas9存在严重的脱靶性，即该技术可以发生非特异性切割，引起基因组非靶向位点的突变，这样会造成研究结果的不确定
南林大联合多家单位完成簸箕柳全基因组测序
近日，南京林业大学长江学者尹佟明教授团队联合国内外多家单位完成了簸箕柳的全基因组测序。通过基因组比较研究显示，杨树和柳树起源于共同的古四倍体祖先，这一古四倍化事件发生在距今约5800万年前，比迄今发现的化石记录早了约1300万年。 杨树和柳树是重要的造林绿化和用材树种，在全球分布极为广泛。化
多囊卵巢综合征最大规模全基因组研究
Andrea E Dunaif PCOS是育龄妇女最常见的内分泌紊乱之一，是不孕症和II型糖尿病的主要原因。PCOS的起源尚不清楚，诊断往往基于不同临床标准，准确程度备受争议。 研究人员通过对7项涉及10000多名PCOS患者和10万欧洲血统对照者的全基因组关联研究（WGAS）进行荟萃分析，探讨
我国发布首个柑桔全基因组变异数据库
近日，《园艺研究》（Horticulture Research）在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。 柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前，柑桔类物
中国古代家犬线粒体全基因组揭示其种群扩散
1月8日，中科院生物一区杂志《分子生物学与进化》（Molecular Biology and Evolution）在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所古DNA实验室付巧妹研究员团队与中国科学院昆明动物研究所、陕西省考古研究院、浙江省文物考古研究所、兰州大学和四川大学等合作完成的关于中国古
北大谢晓亮、黄岩谊教授PNAS开发单细胞测序新技术
来自北京大学的研究人员报告称，他们开发出了一种基于乳液的扩增方法来抑制扩增偏移检测单细胞拷贝数变异（CNV），同时以高精确度检测单核苷酸变异(SNV)。这一方法能够与各种扩增实验方案包括广泛使用的多重置换扩增(MDA)相兼容。这一重要的成果发布在9月4日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。
《自然—方法学》年度方法：单细胞测序
2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道，将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。 近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些重
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细...
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细胞克隆适应性不同生物会随着时间的推移不断进化，环境压力可促使具有某些特征的个体在群体中变得更加普遍。癌症也不例外，在不断增殖的肿瘤中，具有最佳竞争资源和抵御环境压力的癌细胞会逐渐占据主导地位。癌细胞的适应性（fitness）并不是一成不变的。在化疗药物
广州地化所发展出单细胞SIP反向基因组学技术
微生物是地球上丰富且分布广泛的生命形式，在生态系统中对有机物的生物地球化学循环发挥着关键作用。微生物降解是有机污染物分解过程中的重要环节。其中，降解功能微生物可将污染物转化为无毒化合物，是有机污染物降解的执行者。因此，研究原位降解功能微生物的种类和代谢特性，并从复杂环境微生物群落中发掘具有“特定
广州地化所发展出单细胞SIP反向基因组学技术
微生物是地球上丰富且分布广泛的生命形式，在生态系统中对有机物的生物地球化学循环发挥着关键作用。微生物降解是有机污染物分解过程中的重要环节。其中，降解功能微生物可将污染物转化为无毒化合物，是有机污染物降解的执行者。因此，研究原位降解功能微生物的种类和代谢特性，并从复杂环境微生物群落中发掘具有“特定
美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分
青岛能源所开发不依赖微流控技术的纳升级液体操控系统
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/518170.shtm近日，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心研发了一种离心驱动的纳升级别液体精确操控系统，具有低成本和可在常规生物实验室操作等特点。该系统不依赖昂贵微流控设备和耗材，显著提高单细
全基因组测序的竹亚科及生物学性状的比较基因组学研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，约有12000种，是水稻、小麦、玉米等人类粮食和牲畜饲料的主要来源，也为人类提供了加工淀粉、制糖、酿酒、造纸、编织和建筑等方面的重要原料。同时，禾本科又是植物遗传学和基因组学研究的模式类群。竹亚科（竹子）是禾本科的12个亚科之一，与早熟禾亚科、稻亚科组成BOP
微生物所开发新型微滴反应筛选技术及单细胞分析应用
微生物所微生物资源前期开发国家重点实验室杜文斌研究组和黄力研究组共同开发了一种新型的微流控界面纳升注射技术（Interfacial Nanoinjection, INJ），该技术可以将传统的生化反应体系微缩在一个纳升体积的油包水微液滴体系中完成。针对这一技术创新，团队申请了多项中国发明ZL和美国
开发新型微滴反应筛选技术并开展单细胞分析应用
中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室杜文斌研究组和黄力研究组共同开发了一种新型的微流控界面纳升注射技术（Interfacial Nanoinjection, INJ），该技术可以将传统的生化反应体系微缩在一个纳升体积的油包水微液滴体系中完成。针对这一技术创新，团队申请了多项中国