赵可吉博士Nature发布重要测序技术

DNase I超敏感位点(DHS)是对DNaseⅠ高度敏感的活性染色质区域。哺乳动物细胞的DHS定位,能够提供转录调控元件和染色质状态的重要信息,一直是科学家们的研究热点。DNase测序(DNase-seq)是进行全基因组DHS分析的常用方法,不过DNase-seq需要数百万细胞,大大限制了该技术的应用范围。 美国NIH的研究团队为此开发了在单细胞中检测全基因组DHS的超灵敏策略,并将其命名为单细胞DNase测序(scDNase-seq)。这一成果发表在十一月二十五日的Nature杂志上,文章的通讯作者是NIH旗下心脏、肺和血液研究所的赵可吉博士。赵可吉博士1980年毕业于昌潍师范学院,1985年获得东北师范大学硕士学位,1996年获得日内瓦大学博士学位。在斯坦福大学接受博士后训练后在NIH任研究员,2007年至今任高级研究员。曾在Cell、Nature、PNAS等权威杂志发表多篇研究性文章。 研究显示,细胞之间的DHS......阅读全文

新型微流控界面纳升注射技术还可以这么拓展应用?

  中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室杜文斌研究组和黄力研究组共同开发了一种新型的微流控界面纳升注射技术(Interfacial Nanoinjection, INJ),该技术可以将传统的生化反应体系微缩在一个纳升体积的油包水微液滴体系中完成。针对这一技术创新,团队申请了多项中国

单细胞分离用于单细胞基因扩增

 单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针,可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等,如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。  单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测;获得单克隆细胞;用于单细胞基因扩增,

单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里

单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin

单细胞测序这样的高通量技术的优势

单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin

单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里

单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin

单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里

单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin

单细胞测序技术(single-cell-sequencing)-综述(一)

单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向。在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术。传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平。但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的。所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要。单细胞测序可以

-NIH鼓励科学家在单细胞测序领域创新

  8月19日,美国国立卫生研究院(NIH)的Common Fund 基金会向单细胞测序领域发出挑战,Common Fund 称,愿意提供2项50万美元的奖金奖励那些在单细胞测序领域中有所突破的科学家或科研团队。  通过该技术,NIH称,希望能够了解细胞在发育过程中的各个阶段的变化以及行为,NIH要

我国科学家破解中国古代家犬线粒体全基因组

2020年1月8日,《分子生物学与进化》(Molecular Biology and Evolution)在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所古DNA实验室研究员付巧妹团队与中国科学院昆明动物研究所、陕西省考古研究院、浙江省文物考古研究所、兰州大学和四川大学等合作完成的关于中国古代家犬线

我国科学家参与番茄全基因组研究获重大进展

  由来自中国、美国、荷兰、以色列等14个国家的300多位科学家组成的“番茄基因组研究国际协作组”,历时8年多的艰苦努力,于近日完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。今天,国际权威学术期刊《自然》以封面文章发表了这项重大科学成果。   番茄是研究果实发育的经典模式植物,我国科学家在这项国际番茄基

百岁老人全基因组测序-并未发现长寿基因

  超级百岁老人(Supercentenarians)是世界上最老的人群,年龄都在110岁以上。目前全世界有74名超级百岁老人,其中22名生活在美国。研究作者对17名超级百岁老人进行了全基因组测序以了解人类极其长寿背后的基因基础。  利用如此小的样本,研究人员无法发现与极其长寿显著相关的改变蛋白质的

Nature:科学家绘成高质量油棕榈全基因组图谱

  日前,一支国际联合研究小组确定了一种称之为 Shell 的基因调控了油棕榈树的产量。油棕榈的果实和种子是全球近一半食用植物油的供应源,并且是最有前景的生物燃料来源之一。   新研究为我们提供了高质量的油棕榈全基因组图谱,并且还搜索了对于科学和工业均极为重要的基因序列。这一付诸多年努力所取得

“破案”了!天津第137例病例病毒全基因组测序结果出炉

  记者刚刚从天津市疾控中心获悉,经天津市疾控中心对本市第137例确诊病例呼吸道标本的新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析,中国疾控中心复核,确认与北京新发地市场相关病例的病毒序列完全相同,属于L基因型欧洲家系分支I。  此前报道,记者从天津市疾控中心获悉,6月17日6时至18时,天津市新增本地新冠

北京本起疫情病例病毒全基因组测序完成,均系Delta变异

  2021年11月10日我市接报1例在京存在活动轨迹的外省协查病例后,立即响应、迅速行动、严格落实各项防控措施、坚决阻断病毒传播链条。  截至11月11日24时,全市共发现7例与外省协查病例存在关联的新冠病毒感染者,其中朝阳区2例、海淀区5例。目前北京市疾控中心实验室已完成5例确诊病例病毒全基因组

人的一生,全基因组测序引发的4个需求

  2014年年初Illumina公司推出的HiSeq X Ten 测序平台,实现了“人类基因组测序成本降低至1000美元”的设想。该测序平台测序成本为当前其他测序平台成本的20%。换句话说,Illunima公司在引领二代测序市场的发展,促使测序成本呈跳水式骤降。  全基因组测序成本随时间变化图(不

国家重点实验室破解中国种茶树全基因组密码

  当前,世界主栽茶树分属两个变种: 中国种和阿萨姆种。省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室安徽农业大学宛晓春教授研究团队,联合深圳华大基因和中国科学院国家基因研究中心等相关研究团队,以国家级茶树品种舒茶早(中国种)为材料,用二代和三代测序技术对其进行测序,采取杂合组装策略,获得覆盖基因组93

在全基因组水平上解析玉米籽粒淀粉含量的遗传基础

  玉米是全球最重要的农作物之一。淀粉为玉米籽粒的主要组分,约占籽粒干重的70%,不仅是影响籽粒产量的重要因素,还为食品生产和工业加工如造纸业、医药行业、生物燃料等领域提供原料。因此,解析玉米籽粒淀粉含量的遗传基础,对高产优质玉米新品种的培育意义重大。  近日,中国农业大学国家玉米改良中心杨小红团队

Nature子刊:最大规模的全基因组肺癌易感性研究

  在一项由多国研究人员组成的国际研究组项目中,研究人员利用OncoArray基因分型平台,完成了最大规模的全基因组肺癌易感性研究,从中发现了一些新的癌症易感位点。这一研究成果公布在6月12日的Nature Genetics杂志上。  肺癌是全世界发病率和死亡率最高的癌症之一。每年有超过500万例新

新方法可实现多环境数据的全基因组关联分析

  全基因组关联分析是在自然群体中将标记基因型与复杂性状表型关联以挖掘复杂性状基因的方法,在动物、植物、林木和人类遗传中广泛应用。近日,华中农业大学植物科学技术学院教授章元明团队在植物学领域期刊额《分子植物》(Molecular Plant)上发表了研究论文,报道了全基因组关联分析方法学研究的突破性

中外科学家全球首次破译花生全基因组测序

  据中国之声《央广新闻》报道,昨天(6月17日)下午,由中国科学家牵头,美国、巴西等国科学家参与,联合完成了对花生的全球首次全基因组测序。   由我国科学家牵头组织的花生全球首次基因组测序昨天下午正式宣布完成,这在全球尚属首次,也将改变我国食用油的市场格局。这个项目是由山东省农科院、广东省农科院

谷子单倍体型图谱及全基因组关联分析研究出炉

  由中国农科院作物所、中科院上海生科院植生生态所国家基因中心、中科院遗传发育所等8家单位合作,在国际上率先完成了谷子单倍体型图谱的构建和大量农艺性状的全基因组关联分析,该成果于6月24日在Nature Genetics(自然-遗传学)发表,标志着我国在谷子遗传学研究领域取得了重要的突破。  

从传统育种到全基因组选择-动物遗传育种进入新时代

  全基因组选择,是近年来畜禽分子育种的全新策略,已成为动、植物分子辅助育种的热点和趋势。它突破了对候选个体从表型选择到基因组选择,解决了畜禽肉质和抗性等难以选育性状的障碍,提高了遗传评定的准确性,实现了低成本早期选择。  在国家863计划课题“基于高密度SNP芯片的牛、猪基因组选择技术研究”支持下

真骨鱼类全基因组加倍后重复基因进化研究引起关注

  基因和基因组加倍在进化过程中起了重要作用。1970年,Ohno提出脊椎动物进化早期的两次基因组加倍导致了脊椎动物基因组大小和复杂性的增加,同时也为脊椎动物的进化多样性提供了基础。大量的比较基因组学研究显示,真骨鱼类还经历了第三次基因组加倍,这一加倍被称为鱼类特有的基因组加倍。然而,在物种形成过程

我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘制

  2010年8月,中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队,历时一年,运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析,对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前

NatureGenetics:最大规模精神分裂症全基因组扫描

――超过41,000位患者的全基因组扫描,揭示了携带精神疾病极大风险的“拷贝数变异”目前发现的许多增加精神分裂症患病风险的遗传变异都是罕见突变,因此很难分析其在疾病中的作用。为了解决这一问题,加州大学圣地亚哥分校的医学院Jonathan Sebat博士研究组完成了目前为止最大的全基因组研究,分析了超

全血基因组DNA提取试剂盒(50次)使用说明

全血基因组DNA提取试剂盒(50次)试剂盒组成:1.溶液A 25ml 5×STMT(用时按体积比1:4 用灭菌双蒸水稀释)2.溶液B 17ml3. 溶液C 0.6ml RNase A4.溶液D 44ml5. 溶液E 1.25ml Resin(用时充分混匀)6. 溶液F 30ml 洗液(用时加入40m

Nature-Medicine:全基因组CRISPR筛选找到“癌中之王”薄弱环节

  胰腺癌生长快而且转移率高,是一种非常致命的恶性疾病,被称为“癌中之王”。胰腺导管腺癌(PDA)是胰腺癌的一个主要类型,它拥有抵御化疗的物理屏障,能诱导多种免疫抑制。多伦多大学的研究人员最近通过全基因组CRISPR–Cas9筛选找到了PDAC细胞的弱点,这项研究于十一月二十一日发表在Nature

世界首例MALBAC胚胎全基因组扩增测序试管婴儿诞生

世界首例MALBAC胚胎全基因组扩增测序试管婴儿诞生  2014年9月19日,世界首例经MALBAC基因组扩增高通量测序进行单基因遗传病筛查的试管婴儿在北京大学第三医院诞生,这标志着我国胚胎植入前遗传诊断技术已处于世界领先水平。  婴儿的父母,男方为单基因显性遗传病患者,经历了多次手术治疗

绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成

  绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱,也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛

首个基于全基因组测序技术的食源性疾病分子溯源网络

  食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题,早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展,基于全基因组测序(WGS)的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力,逐渐成为国际研究热点,欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国