PLOSGenet：单分子测序技术助力原核生物DNA甲基化研究
近日，刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一项研究论文中，来自美国能源部联合基因组研究院的研究人员对230种古细菌和细菌基因组进行了测序，旨在研究DNA甲基化在原核生物中所扮演的关键角色。 细胞的表观基因组是基因组DNA特殊剪辑发生改变的一个特殊集合，这些表观基因组的改变会影响基因组的实际用途，而表观基因组的产生和变化一般是通过化学修饰而引发的。深入剖析地球微生物表观基因组的多样性或可帮助科学家深入理解微生物在地球营养循环中的作用，同时也可以利用基因组的调节系统来进行能量和环境相关领域的研究。 DNA甲基化是一种常见的表观基因组改变，其通常是真核生物用来调节基因表达的一种过程，比如维持特殊基因持续表达等；然而诸如细菌和古细菌等原核生物实际上也存在甲基化的DNA，但DNA甲基化的过程以及其在单细胞有机体中的功能目前研究人员并不清楚。 这项研究中，研究人员就对230种细菌和古细菌细胞基因组中的DNA甲基化模式进行了......阅读全文
克隆在原核载体的DNA片段的快速鉴定
已转化的重组载体的细菌细胞或 λ 噬菌体颗粒可通过直接从培养皿上挑取菌落或噬菌斑获得，然后直接加入到 PCR 混合液中，这时 PCR 混合液中含有除了未加热稳定 DNA 聚合酶外的所有试剂，其中引物与所要鉴定的已克隆 DNA 片段的侧翼序列互补。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方
关于原核生物的基因表达调控介绍
原核生物的基因表达调控虽然比真核生物简单，然而也存在着复杂的调控系统，如在转录调控中就存在着许多问题：如何在复杂的基因组内确定正确的转录起始点？如何将DNA的核苷酸按着遗传密码的程序转录到新生的RNA链中？如何保证合成一条完整的RNA链？如何确定转录的终止？ 上述问题决定于DNA的结构、RNA
原核生物界的分类都有哪些？
（1）光能营养原核生物门Ⅰ蓝绿光合细菌纲（蓝细菌类）Ⅱ红色光合细菌纲Ⅲ绿色光合细菌纲（2）化能营养原核生物门Ⅰ细菌纲Ⅱ立克次氏体纲Ⅲ柔膜体纲Ⅳ古细菌纲
原核微生物的特征和分类
原核微生物的核很原始,发育不全,只是DNA链高度折叠形成的一个核区,没有核膜,核质裸露,与细胞质没有明显界线,叫拟核或似核。原核微生物存在单一细胞器核糖体,只有由细胞质膜内陷形成的不规则的泡沫结构体系,如间体和光合作用层片及其他内折。也不进行有丝分裂。原核微生物形状细短,结构简单,多以二分裂方式进行
关于基因调控的原核生物的介绍
DNA水平上的基因调控鼠伤寒沙门氏菌(Salmoella typhimurium）有两个编码鞭毛蛋白的基因H1和H2，这两个基因并不紧密连锁。H2 的一边有一个调节基因( H1 repressor gene,rh1），它所编码的阻遏蛋白作用于 H1而使它不表达。H2基因的另一边有一段经常发生倒位
概述原核生物中的基因转换现象
在多种原核生物上, 研究表明基因转换导致了它们的多拷贝r RNA操纵子的基因致同进化现象。如:在大肠杆菌中有七个r RNA操纵子, rrn A、B、C、D、E、G和H, 每个操纵子上r RNA基因的排列顺序为16S-23S-5S, 编码r RNA的基因rrn往往是多拷贝的。Ammons等在研究敲
原核生物的转录终止有几种形式？
原核生物的转录终止有两种形式，一种是依赖ρ(Rho)因子的终止，一种是不依赖ρ因子的终止。原核生物DNA没有共有的终止序列，而是转录产物序列指导终止过程。转录终止信号存在于RNA产物3’端而不是在DNA模板。1、依赖ρ因子的转录终止Rho因子是rho基因的产物，广泛存在于原核和真核细胞中，由6个亚基
典型原核生物的细胞壁介绍
细菌细胞壁细胞膜外侧是细菌细胞壁。 细菌细胞壁由肽聚糖制成，其由多糖链制成，所述多糖链由含有D-氨基酸的不寻常肽交联。细菌细胞壁不同于分别由纤维素和甲壳素制成的植物和真菌的细胞壁。细菌的细胞壁也不同于不含肽聚糖的古菌细胞壁。尽管L型细菌可以在缺乏细胞壁的实验室中产生，但细胞壁对许多细菌的存活至关重要
信使RNA的原核生物的相关介绍
一、核糖体RNA：大肠杆菌共有7个核糖体RNA的转录单位，每个转录单位由16S、23S、5SRNA和若干转运RNA基因组成。16S和23S之间常由转运RNA隔开。转录产物在RNA酶III的作用下裂解产生核糖体RNA的前体P16和P23，再由相应成熟酶加工切除附加序列。前体加工时还进行甲基化，产生
原核生物的复制子功能介绍
原核生物一般来说只有一个复制起点，整个DNA都由这个起点开始的复制叉完成，所以它们的DNA是“单复制子”的。真核细胞是多个复制起点，每个起点开始各自完成一个片段最终相连完成整体复制，所以是“多复制子”的。
诺唯赞与真迈生物联合发布DNA甲基化文库测评数据
DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基化转移酶的作用下，通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程，是DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。DNA甲基化的修饰类型包括5-甲基胞嘧啶（5mC）、6-甲基腺嘌呤（6mA）等等，而5mC这种甲基化修饰方
Cell－Res重点论文：单细胞表观多组学测序技术最新突破
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
真核生物RNA的转录与原核生物RNA的转录过程差异
⒈ 真核生物RNA的转录有的是在细胞核内进行的，而蛋白质的合成则是在细胞质内进行的。且真核生物线粒体和叶绿体的遗传信息系统被称为真核细胞的第二遗传信息系统，或核外基因及其表达体系。这是因为研究发现，线粒体和叶绿体中除有DNA外，还有RNA（mRNA、tRNA、 RNA）、核糖体、氨基酸活化酶等。说明
Cell－Res重点论文：单细胞表观多组学测序技术最新突破
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具
第一类：基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing, BS）引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性，使常规的分子生物学
关于单分子亲核取代反应的基本介绍
单分子亲核取代反应（unimolecular nucleophilic substitution,SN1）是只有一种分子参与了决定反应速率关键步骤的亲核取代反应,简写为SN1,其中S表示取代反应,角标N表示亲核,1表示只有一种分子参与速控步骤。
5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
Nature子刊：单分子测序揭示鹦鹉模仿能力
研究团队通过单分子测序揭示了鹦鹉基因组的特殊区域，并采用第二代测序技术对单分子测序数据进行了修正。文章发表在7月1日Nature Biotechnology杂志网站上。 如今单分子测序技术炙手可热，这一新技术能生成超长的测序读段，“能更容易拼装基因组的复杂部分，”文章的共同作者Duke
单分子实时测序技术的三大优势
Biosciences的单分子实时测序技术(SMRT)因其出色的读长而引人注目。然而，因通量较低，且一直被错误率高的流言所困扰，SMRT技术似乎有些被忽视。近日，几位著名科学家在《Genome Biology》杂志上发表文章，试图消除这些误解，为SMRT正名。 这篇文章的通讯
科学家发现高等真核生物中DNA新修饰方式
DNA甲基化作为重要表观遗传机制调控基因的表达，从而影响一系列的生物学过程，如细胞命运决定、发育和组织、器官的稳态维持。医学上，DNA甲基化失调与人类疾病密切相关，如肿瘤。DNA甲基化以多种修饰方式[5-methylcytosine (5mC), N6-methyladenine (6mA) 和
测序技术再现新进展，已开发基于单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面（例如基因组、表观基因组和转录组）的测序技术。这类技术可以更系统、全面地探索细胞异质性以及同一个细胞内的不同组学层面之间的互动关系，有利于更深入地解析复杂的生理、病理过程中细胞类型特异性的分子调控机制1, 2。2019年，Nature Me
亚硫酸氢盐测序法检测DNA的甲基化
亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BS
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
北京大学Nature发布重要甲基化景观图
来自北京大学、教育部辅助生殖重点实验室、哈佛大学等机构的研究人员，绘制出了人类早期胚胎全基因组水平的DNA甲基化景观图谱，提出了有别于以往小鼠研究结果的一些新见解。这些研究结果发表在7月23日的《自然》（Nature）杂志上。 北京大学第三医院的乔杰(Jie Qiao)教授以及汤富酬(Fuch
真核生物RNA的转录与原核生物RNA的转录过程的区别
⒈ 真核生物RNA的转录有的是在细胞核内进行的,而蛋白质的合成则是在细胞质内进行的。且真核生物线粒体和叶绿体的遗传信息系统被称为真核细胞的第二遗传信息系统,或核外基因及其表达体系。这是因为研究发现,线粒体和叶绿体中除有DNA外,还有RNA(mRNA、tRNA、 RNA)、核糖体、氨基酸活化酶等。说明
Nature子刊：基于纳米孔的新甲基化检测技术
Mayo诊所与Illinois大学的研究人员合作，开发出了一种检测甲基化DNA的新单分子检测技术，这种技术以固态的纳米孔为基础。文章发表在Nature旗下的Scientific Reports杂志上。 表观遗传学修饰可以不改变基因编码，而影响基因的开启或关闭。甲基化是表观遗传学修饰的一
蛋白质在原核生物中的表达
实验概要将克隆化基因插入合适载体后导入大肠杆菌用于表达大量蛋白质的方法一般称为原核表达。这种方法在蛋白纯化、定位及功能分析等方面都有应用。大肠杆菌用于表达重组蛋白有以下特点：易于生长和控制；用于细菌培养的材料不及哺乳动物细胞系统的材料昂贵；有各种各样的大肠杆菌菌株及与之匹配的具各种特性的质粒可供选择
什么是原核？
原核也指原核细胞（如细菌）的核质体。结合上一段，可见：人类和其他哺乳动物是真核生物，但生殖细胞却都是原核细胞，因此可断定——人类和其他哺乳动物都是细菌的后代。细菌是最原始的细胞。
DNA甲基化技术介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。介绍DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DN