PeerJ:中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破
近日，国际期刊《PeerJ》在线发表了中国科学院昆明动物研究所马占山研究员与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。研究团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件(软件试用下载网址： https://sourceforge.net/projects/sparc-consensus/ ,研究针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%-40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”(复杂性最低)的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识(Consensus) 时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件相比，Sparc可节省计算时间和内存达80%。这一重要突破为推进基因测序技术迈向三代技术的产业升级提供了又一关键软件技术。 Sparc是马占山研究员2011年回国后该团队在基因测序领域所研发公布的第三款重要软件。2011-......阅读全文
基因测序应用领域
英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状，就可以找到相
基因测序应用领域
英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状，就可以找
中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破
针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%—40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。 综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识（Consensus)时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件
PeerJ:中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破
近日，国际期刊《PeerJ》在线发表了中国科学院昆明动物研究所马占山研究员与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。研究团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件(软件试用下载网址： https://sourceforge.net/projects/sparc-con
基因测序的应用领域
英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状，就可以找
基因测序的应用领域
国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状，就可以找到相应
近期基因测序研究领域新成果！
本文中，小编整理了多篇研究报道，共同聚焦科学家们在测序研究领域取得的新成就，与大家一起学习！图片来源：Nature 【1】Nature：中国科学家使用单细胞测序来揭示人类胚胎植入的秘密 doi：10.1038/s41586-019-1500-0 近日，中国多家机构的一个研究团队利用单细胞测
基因测序领域之成果、政策大盘点
1. 利用CRISPR/Cas9进行NGS建库和细菌克隆。 (NGS建库新方法)Cas9本质上是一种核酸酶，虽然科学家发现Cas9在真核细胞的基因靶向和编辑中具有重要作用，但是新的研究也在将Cas9用于体外和微生物细胞中来剪切DNA。3月份，加州大学旧金山分校(UCSF)Joe DeRisi领导
中科院昆明动物所等发布新款基因测序软件
中科院昆明动物研究所研究员马占山与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。合作团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件。 针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的问题，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成
三代基因测序组装算法和软件研发获突破
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
浅谈基因测序领域的创新和定位（一）
在“大众创业，万众创新“的时代，“颠覆式创新”是经常听到的一个词，也成了很多创业者和投资者梦想的目标。“颠覆式创新（Disruptive Innovation）”这个概念是哈佛的Clayton Christensen 于1997年提出来的。大致是说有新的技术或模式创造了一个全新的市场，或是现
基因测序仪的应用领域有哪些
基因测序仪的应用领域有哪些导读：您是不是真有尼古丁依赖？您是不是适合饮酒的人群？您需要吃什么样的东西才能有效减肥？基因测序后便可明了。随着基因测序价格的持续走低，基因测序的应用也变得越来越广泛：防治疾病、亲子鉴定、个体化减肥、追溯物种进化史、农作物选育……让我们一一来看！DNA测序技术在分子生物学研
基因测序仪的应用领域有哪些
导读：您是不是真有尼古丁依赖？您是不是适合饮酒的人群？您需要吃什么样的东西才能有效减肥？基因测序后便可明了。随着基因测序价格的持续走低，基因测序的应用也变得越来越广泛：防治疾病、亲子鉴定、个体化减肥、追溯物种进化史、农作物选育……让我们一一来看！DNA测序技术在分子生物学研究中，DNA的序
基因测序仪的应用领域有哪些
导读：您是不是真有尼古丁依赖？您是不是适合饮酒的人群？您需要吃什么样的东西才能有效减肥？基因测序后便可明了。随着基因测序价格的持续走低，基因测序的应用也变得越来越广泛：防治疾病、亲子鉴定、个体化减肥、追溯物种进化史、农作物选育……让我们一一来看！DNA测序技术在分子生物学研究中，D
关于新型基因检测技术—基因测序的应用领域介绍
英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状，就可以找
人类基因组测序先驱欲进军生物医疗测序领域
J. Craig Venter(中)希望通过利用基因组学实现对抗衰老的目标。 美国人类基因组测序先驱J. Craig Venter将和其新创立的公司Human Longevity Inc.(HLI)进军生物医疗测序领域。HLI是“基因组学和细胞的诊断与治疗公司”，计划于今年夏季启动，终极目
人类基因组测序先驱欲进军生物医疗测序领域
J. Craig Venter(中)希望通过利用基因组学实现对抗衰老的目标 美国人类基因组测序先驱J. Craig Venter将和其新创立的公司Human Longevity Inc.(HLI)进军生物医疗测序领域。HLI是“基因组学和细胞的诊断与治疗公司”，计划于今年夏季启动，终极目标
中美合作Sparc新软件弥补三代基因测序“硬伤”
中国科学院昆明动物研究所“计算生物与医学生态学科组”研究员马占山与美国马里兰大学博士叶承曦在基因测序领域的合作取得新的突破。针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”的算法，这套算法复杂性最低，基于该新算法完成了Sparc软件的开发。 Sparc
宏基因组测序揭示神秘的生命领域
生物通报道：美国国家能源部Lawrence Berkeley实验室和加州大学伯克利分校的研究人员采用科罗拉多蓄水层的沉积物和地下水样本，通过宏基因组测序重建了二千五百多个微生物的基因组。这项研究发表在十月二十四日的Nature Communications杂志上，为人们揭示了地下世界惊人的生物学
宏基因组测序揭示神秘的生命领域
美国国家能源部Lawrence Berkeley实验室和加州大学伯克利分校的研究人员采用科罗拉多蓄水层的沉积物和地下水样本，通过宏基因组测序重建了二千五百多个微生物的基因组。这项研究发表在十月二十四日的Nature Communications杂志上，为人们揭示了地下世界惊人的生物学多样性，给生
罗氏454测序分析软件升级
罗氏公司近日宣布推出一款新的软件包(v2.8)，能显著改善其GS FLX+系统上长读取鸟枪法测序的性能。这一测序平台能带来百万个读取，其读长超过1000 bp。此次改进将让研究人员发现更多复杂的遗传变异，并揭开隐藏在基因组、转录组和宏基因组样品中难以测序的区域下的生物学秘密。 罗氏
单细胞测序推进了基因组的发展领域
单细胞测序能够帮助我们了解那些难以培养的微生物的基因组功能、了解遗传镶嵌功能在普通生物学功能或是疾病发生中的作用、肿瘤内在异质性对肿瘤发展以及耐药性的影响、重新定义细胞亚型等等。 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新的细胞类型，测序技术可谓是科技发展的一大创举，它推进了基因
基因测序
第1代测序技术——荧光标记的Sanger法 在第一台全自动测序仪出现之前，使用最为广泛的测序方法就是 Sanger 在 20 世纪 70 年代中期发明的末端终止法测序技术。 Sanger 也因此获得 1980年的诺贝尔化学奖。 他的发明第一次为科研人员开启了深入研究生命遗传密码的大门。G1.1
基因测序
基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术，是下一个改变世界的技术
昆明动物所在三代基因测序领域取得进展
近日，中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平和马占山领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在Nature Biotechnology上（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人类基因组
基因测序简介
测序技术迄今为止已发展了三代，测序技术有4个指标：读长、成本、准确度、通量。 成本、准确度这两项指标都很好理解，成本下降使得单个人类基因组的花费已经从2001年的1亿美元下降到了1000美元以下。准确度则是测序结果的准确程度，例如二代测序的solid可以达到99.9%，而唯一投入实用的三代测序
蚕豆基因测序！
蚕豆的基因组终于被测序了，它拥有130亿个碱基，超过了人类基因组的4倍。这项研究最近发表在《自然》杂志上。这一非凡的技术壮举对于培育具有最佳营养成分和可持续生产的豆子的目标具有重要意义。由英国雷丁大学、丹麦奥胡斯大学和芬兰赫尔辛基大学领导的一个来自欧洲和澳大利亚的研究小组合作进行了这项广泛的测序工作
基因测序定义
基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。 基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术是下一个改变世界的技术
基因测序原理
基因是位于DNA上的,其测序的原理是一样的DNA测序的方法有很多种.目前最常见的是双脱氧终止法了.在测序用的缓冲液中含有四种dNTP及聚合酶.测序时分成四个反应,每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A,C,G,T核苷三磷酸(称为ddATP,ddCTP,ddGTP,ddTTP),然后进行聚合反
基因测序仪
原理编辑abi prism 310型基因分析仪采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddntp(标记终止物法)，因此通过单引物pcr测序反应，DNA测序仪生成的pcr产物则是相差1个碱基的3''''末端为4种不同荧光染料