中科院昆明动物所等发布新款基因测序软件
中科院昆明动物研究所研究员马占山与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。合作团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件。 针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的问题，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识（Consensus）时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件相比，Sparc可节省计算时间和内存达80%。这一重要突破为推进基因测序技术迈向三代技术的产业升级提供了又一关键软件技术。 Sparc 研发获得了中科院、遗传资源与进化国家重点实验室、国家自然科学基金以及云南省高端科技人才、海外高层次人才、云岭产业领军人才以及创新团队等项目的支持。由于该研究属于计算机科学、数学和生物学的交叉领域，因此创新团队成员间的跨界合作自然起到了关键作用。......阅读全文
昆明动物研究所通过实验动物饲料生产认证
11月29日，昆明市科学技术局为昆明动物研究所颁发实验动物饲料生产许可证，许可生产的七种饲料包括：实验猴繁殖、维持饲料，树鼩繁殖、维持饲料，大小鼠繁殖、维持饲料，实验兔维持饲料。 根据实验动物饲料生产许可证的认证程序，首先七种饲料要通过实验动物饲料检测部门的抽样检测，且各项营
中科院昆明动物所等发布新款基因测序软件
中科院昆明动物研究所研究员马占山与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。合作团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件。 针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的问题，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成
昆明动物所在三代基因测序领域取得进展
近日，中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平和马占山领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在Nature Biotechnology上（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人类基因组
中科院昆明动物研究所在广西发现鱼类新种
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481619.shtm 记者从中科院昆明动物研究所获悉，近日，科研人员在广西河池市凤山县采集到一个鱼类新物种，取名为才劳桂墨头鱼，属新建的“桂墨头鱼属”。 据了解，这项研究由中国科学院昆明动物研究所
昆明动物所转基因动物研究取得新成果
由中国科学院昆明动物研究所季维智研究员领导的研究小组关于非人灵长类转基因动物的研究论文Transgenic rhesus monkeys produced by gene transfer into early-cleavage–stage embryos using a simi
昆明动物所在家养动物基因交流研究中取得进展
家养动物被人类成功驯化后，伴随着人类迁徙至世界各地。在这个过程中，家养动物会与当地各种野生近缘种相遇，从而发生杂交促使基因交流的发生。中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平、吴东东课题组近期利用大规模基因组数据，阐明了基因交流在牛属动物的驯化以及环境适应中的重要作用，相关工作发表在Nature E
昆明动物研究所关于东亚人群源流研究取得新进展
随着大量线粒体DNA（mtDNA）全基因组信息的积累，科学家对东亚人群的母系遗传结构已经有较为清晰的认识。然而，研究中仍发现有一些mtDNA类型无法识别。虽然这些未定类型的分布频率很低，但其系统发育地位究竟如何迄今仍不得而知。与此同时，由于东亚具有丰富且较为连续的古人类（the a
昆明动物研究所发现胡蜂牛虻过敏综合症直接证据
昆虫刺蛰引起的过敏反应是医学上的一个重要的病症，除了导致红肿、瘙痒等症状外，全身性过敏反应的发生甚至可能导致病人死亡。刺蛰的昆虫主要是昆虫纲膜翅目的成员，包括胡蜂、黄蜂等。但也有部分昆虫包括牛虻、斑虻、猎蝽等，会导致过敏性反应。长期以来，世界多个实验室都对牛虻和胡蜂导致的过敏反应进
中科院昆明动物研究所生物产业化中心成立
为了促进科技成果的转移转化工作，使科技成果更好的服务于国家及地方经济，中国科学院昆明动物研究所生物产业化中心5月1日在昆明成立，并与首批合作的三家企业签订合作协议。 据产业化中心主任博士介绍，未来十年，该所将加大科技成果的产业化力度，充分发挥学科优势，把生物医药、药效评价、
昆明动物研究所发论文：在喜马拉雅地区发现2个哺乳动物新种
中国科学院昆明动物研究所蒋学龙课题组与安徽师范大学等单位合作，在长尾鼩鼱属分类和系统演化研究中取得新进展。这一研究在喜马拉雅地区发现2个哺乳动物新种以及一个待描记新种。 图为雪山大爪鼩鼱生态照。中国科学院昆明动物研究所供图 长尾鼩鼱属隶属于哺乳纲鼩形目鼩鼱科，主要分布于喜马拉雅山脉及其相邻的高黎
昆明动物所在人类骨骼基因进化研究上取得进展
现代人类的表型多样性很大部分是由骨骼系统塑造而成的，例如不同人群在体型、骨密度、脸型等等方面都表现出巨大差异。实际上，伴随着农业的出现，人类骨骼系统发生快速进化。BMP3 (Bone morphogenetic protein 3)是其它骨形成蛋白的拮抗剂，在骨骼系统发育中起重要作
昆明动物所等破译山羊和绵羊基因组
在“973”项目的支持下，中国科学院昆明动物研究所研究员王文领导的团队继2013年解析山羊基因组揭示羊绒生长的基因基础之后，近日再次携手华大基因研究院、澳大利亚联邦科学与工业研究组织等国内外机构“破译”了绵羊基因组。至此，所有重要家畜动物的基因组密码全部告破。 山羊和绵羊是反刍动物的典型代表动
德国马普进化人类学研究所李明锟博士访问昆明动物所
6月20日，“中国科学院第二届人才发展主题活动日”在北京拉开序幕。作为系列活动之一的“海外人才走进科学院活动周”当天同时启动。该活动旨在通过邀请海外优秀青年科技人才集中访问中科院有关研究所并进行学术交流，与海外人才建立起交流密切的联络机制，向海外人才宣传国家和中科院人才政策与举措，搭建
昆明动物所等家养动物线粒体DNA基因组学研究取得进展
近年来，家养动物线粒体DNA（mtDNA）基因组学得到了迅速发展，积累了大量的mtDNA序列数据。与此同时，一些问题随之浮现出来。除了数据质量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系划分标准不一，世系命名混乱的问题也已开始干扰家养动物mtDNA的研究工
昆明动物所人类从头起源新基因研究取得重要进展
基因的起源在生物界是一个普遍而又不断延续的过程，是生物由简单到复杂演化的基础。新基因产生的机制主要有基因重复、外显子重排、逆转录、基因水平转移、可移动元件、基因断裂融合和从头起源等。其中，从头起源的基因（指基因起源于没有功能的非编码区域DNA）研究甚少，主要是因为人们一直认为此机
昆明动物所等在疯牛病调控基因研究中取得进展
朊病毒疾病是一类致死性神经退行性疾病，已在包括人在内的十多种动物中发现，例如牛的疯牛病、羊的搔痒症、人的克雅氏症等。其中，疯牛病因具有高度传染性和致死性，且可通过食物链传染给人类而受到高度关注。25年来对朊病毒疾病的研究表明，朊病毒基因是致病的基质，但是仅此一个基因还是无法彻底澄清朊病毒疾病的致
昆明动物所在家犬行为相关基因研究中取得进展
马里努阿犬是一种高兴奋型工作犬，在局促环境中常表现出转圈行为。其中表现一定转圈行为的个体较无转圈行为个体具有更高的兴奋性和工作欲望，较极度转圈个体具有更好的行为控制力。值得注意的极度转圈行为已经被定义为强迫症，且之前的研究已经发现了一些与之相关的一些基因，神经钙粘蛋白基因（Cadherin 2：
昆明动物所家犬嗅觉受体基因研究取得新进展
家犬作为人类最亲密的朋友，在人类历史上一直扮演者重要的作用。更重要的是，家犬是人类最早驯化的家养动物，由于其经过了驯化和品种培育两个重要的群体历史阶段，并且在家养哺乳动物中形成了最具多样性的品种，因此家犬一直是研究人工选择和自然选择的重要模式生物。中国最为家犬的驯化地，不仅遗传多样
昆明动物所重构蚂蚁等级分化祖先基因调控网络
近日，中国科学院昆明动物研究所生物多样性基因组学团队在调控蚂蚁等级分化演化机制研究中取得进展，研究人员通过对三个亚科五个蚂蚁物种的大脑转录组演化分析，揭示了蚂蚁这类超个体组织物种（superorganism）存在的生殖等级分化的核心基因调控网络。研究成果以Towards reconstructi
昆明动物所举办GLP培训
4月13日上午，中科院昆明动物研究所举办GLP培训会，研究所生物产业化中心及实验动物中心相关工作人员参加了培训。 生物产业化中心副主任杨启成博士就GLP的理念、管理准则及目标等进行了深入浅出的讲解。对在GLP运行中可能出现的问题、数据可追溯的重要性作了详细解释。同时，生物产业
动物全物种基因组测序仍有很大空白
近日，美国华盛顿州立大学领导的一项研究发现，目前对动物基因组进行的测序多数集中在与人类相似的动物上，研究人员警告称，该现状可能会忽视大量的生物多样性和机会。相关研究结果发表于美国《国家科学院院刊》。 研究人员分析发现，近3300种动物的基因组已被测序。虽然动物物种测序工作一直在进行，但与世界
全部脊椎动物基因组测序再上路
为了获得更多的关注和支持，研究人员迫切希望对所有脊椎动物的基因组进行测序。近日，科学家正式启动了脊椎动物基因组计划（VGP），发布了14个物种的15个高质量基因组。但该计划仍远未筹集到所需资金，以记录地球上约6.6万种脊椎动物的基因组。 这个项目已经进行了3年，其前身是2009年启动的基因组1
300多种反刍动物基因组将测序
科技日报北京8月8日电（记者刘霞）据最新一期《自然·遗传学》杂志报道，由多个机构组成的国际“端粒对端粒（T2T）”联盟正在推进“反刍动物端粒-端粒”项目，旨在对300多种反刍动物的基因组进行测序。研究团队期望通过测序得到的基因组图谱，推动农业的发展并促进动物保护工作的深入开展。该项目建立在T2T联盟
300多种反刍动物基因组将测序
据最新一期《自然·遗传学》杂志报道，由多个机构组成的国际“端粒对端粒（T2T）”联盟正在推进“反刍动物端粒-端粒”项目，旨在对300多种反刍动物的基因组进行测序。研究团队期望通过测序得到的基因组图谱，推动农业的发展并促进动物保护工作的深入开展。该项目建立在T2T联盟最新发布的一系列重要成果的基础之上
300多种反刍动物基因组将测序
据最新一期《自然·遗传学》杂志报道，由多个机构组成的国际“端粒对端粒（T2T）”联盟正在推进“反刍动物端粒-端粒”项目，旨在对300多种反刍动物的基因组进行测序。研究团队期望通过测序得到的基因组图谱，推动农业的发展并促进动物保护工作的深入开展。该项目建立在T2T联盟最新发布的一系列重要成果的基础之上
动物保护新动作，300多种反刍动物基因组将测序
据最新一期《自然·遗传学》杂志报道，由多个机构组成的国际“端粒对端粒（T2T）”联盟正在推进“反刍动物端粒-端粒”项目，旨在对300多种反刍动物的基因组进行测序。研究团队期望通过测序得到的基因组图谱，推动农业的发展并促进动物保护工作的深入开展。 该项目建立在T2T联盟最新发布的一系列重要成果的
昆明动物所蝙蝠视觉基因通路进化研究获新进展
蝙蝠是夜行性动物。食虫蝙蝠主要用回声定位来确定方位、捕捉昆虫，其眼睛退化;旧大陆果蝠没有回声定位能力，它们主要依赖视觉和嗅觉来寻找食物，其眼睛很发达。 在之前的研究里，中国科学院昆明动物研究所沈永义副研究员在张亚平院士的指导下，克隆了视网膜上视杆细胞视紫红质的RHO基因 (Rhodop
深圳华大基因研究院石琼教授访问昆明动物所
7月17日下午，受遗传资源与进化国家重点实验室系统进化与生物地理学组杨君兴研究员的邀请，深圳华大基因研究院海洋平台负责人石琼教授访问中国科学院昆明动物研究所，并作了题为“海洋基因科技及其产业化应用”的学术报告。 石琼首先介绍了海洋生物资源在全球的重要作用和对国家的战略意义，通过生物科技在海洋资
昆明动物所成功揭示泛肿瘤存在基因表达紊乱共有模式
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法
昆明动物所成功揭示泛肿瘤存在基因表达紊乱共有模式
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法