众包个体基因数据库缓慢发展
Yaniv Erlich 计算遗传学家Yaniv Erlich因其建立了世界最大“家谱”而引人注目。而目前，他的DNA.land又引发新一轮个体基因数据库“众包热潮”。 早在2013 年，Erlich 团队就发表了一篇论文，介绍了如何利用公共资源，通过交叉比对的方法确定遗传学研究参与者的个人身份。 之前研究发现，人们“遗留”在各个数据库里的匿名遗传学信息会泄露他们的真实身份信息，只需要将这些数据与个人的 DNA 进行一下比对就可以了。而且 Erlich 发现，只需要连上互联网就足以完成这一切工作。之后，该研究组还将1300万人的系谱信息结合到一棵家庭树上。 去年，Erlich与合作者、哥伦比亚大学的Joe Pickrell邀请在23andMe和Ancestry.com等商业基因公司测试过DNA的人，分享自己的DNA报告用于研究。Erlich提到，DNA.land将收入已经寄出唾液样本进行检测的300万参与者的基因数据。......阅读全文
众包个体基因数据库缓慢发展
Yaniv Erlich 计算遗传学家Yaniv Erlich因其建立了世界最大“家谱”而引人注目。而目前，他的DNA.land又引发新一轮个体基因数据库“众包热潮”。 早在2013 年，Erlich 团队就发表了一篇论文，介绍了如何利用公共资源，通过交叉比对的方法确定遗传学研究参与者的个人身
Science果：我们的寿命多大程度由基因决定？只有16％！
最新刊登在Science上的一项研究发表了可能是有史以来最大的家谱：这一里程碑式的数据集关联了有血缘或婚姻关系的1300万人，平均跨越11代。而正是基于这一庞大的家谱，科学家们得出了以上结论。 在这篇题为“Quantitative analysis of population-scale fa
Nature子刊再证“垃圾”DNA的重要性
首次在全基因组范围内分析短串联重复序列(short tandem repeats，STRs)的特征，来自哥伦比亚大学工程学院及纽约基因组中心的研究人员领导的一个计算遗传学家小组，证实了过去被视作为是中性或“垃圾”的STRs实际上在调控基因表达中发挥了重要的作用。这项研究工作揭示出了调节基因表达的
家谱揭示环境对寿命影响－寿命长短与遗传因素关联有限
今年你忘了妈妈的生日吗？振作起来：你的家谱如今可能包括1300万人的生日。这个6000人的家谱用图形理论进行了清理和整理。图片来源：哥伦比亚大学 美国纽约哥伦比亚大学计算生物学家Yaniv Erlich和他的同事，利用众包数据制作了一个将1300万人连接在一起的家谱。这一有关祖先的图表被认为是
Science：供研究用的匿名遗传数据可泄露个人信息
那些发布在网上用于科研的个人遗传信息(来自1000多人的数十亿DNA信息)看起来是绝对匿名的，但是对一个遗传学研究者来说，他只要在网络上进行一些聪明的搜索，就能确定他随机选出来的5个人的身份。不仅如此，研究人员还可以挖掘出这些人的整个家族，即使这些人的亲属并没有参与到这项研究中来。
基因黑客建立迄今最大家谱
利用来自在线家谱网站的数据，一个著名的“基因黑客”创建了可能是迄今为止最大的家谱。这一团队如今计划利用这些数据——包括一个能够回溯到15世纪的由1300万名个体构成的超级谱系——分析复杂基因特质的遗传，例如寿命和面部特征。 除了为全世界最大的家庭团聚提供邀请名单之外，由计算生物学家Yani
基因组信息如何加密－制定标准是必须
随着基因测序成本直线下降，专家认为，我们的基因组将有助于医生发现疾病，拯救生命。但并不是每个人都愿意将自己的基因组序列公之于众。现在，密码学家正在完善一个新的隐私保护工具，可将遗传信息转变成安全而实用的格式。 所谓的同态加密方法，可以帮助保持基因组隐私，就好像基因检测转移到廉价的在线云服务
《细胞系统》：基因数据噪音或可保护患者隐私
大型基因组数据库对于科学家寻找同疾病相关的遗传变异来说是必不可少的。不过，对于贡献了DNA的人来说，这会带来隐私风险。一项2013年的研究显示，黑客能利用网络上公开可用的信息，从被匿名的基因组数据中辨别出人们的身份。 为解决这些担忧，一个由美国麻省理工学院计算机科学家Bonnie Berg
科学家们竟然用DNA攻击了一台计算机！
研究人员手里拿着一个小瓶，你能猜到这里面其实装着DNA状态的恶意计算机程序吗？ 这似乎是科学家们第一次用DNA成功地攻击了计算机软件程序。研究人员称将恶意软件编码到DNA里面，计算机分析DNA时就会被控制。 这些生物恶意软件是由西雅图华盛顿大学的科学家开发出来的，科学家们称之为第一个“基于D
凭基因测长相
一阵疾风骤雨般的批评落到了基因测序先驱Craig Venter的一篇论文上，该文章宣布可以通过DNA预测人们的生理特征。但评审人员，甚至是该文章的一名共同作者却称，它过于夸大利用一个人的基因辨别个人特征的能力，可能会引发对基因隐私的不必要担忧。 在这篇9月5日发表于美国《国家科学院院刊》（
全球最大癌症基因数据库发布
美国国家癌症研究所(NCI)科学家发布了有史以来规模最大的癌症相关基因变异数据库，为研究者们提供了迄今为止最全面的方式，搞清楚如何将治疗药物靶向疾病。 周一NCI在一份声明中称，基于基因组学研究的新数据库，将对全球开放获取，预计将有助于研究人员加快新药的开发，同时能够更
基因数据噪音或可保护患者隐私
大型基因组数据库对于科学家寻找同疾病相关的遗传变异来说是必不可少的。不过，对于贡献了DNA的人来说，这会带来隐私风险。一项2013年的研究显示，黑客能利用网络上公开可用的信息，从被匿名的基因组数据中辨别出人们的身份。 为解决这些担忧，一个由美国麻省理工学院计算机科学家Bonnie Berger
《细胞系统》：基因数据噪音或可保护患者隐私
大型基因组数据库对于科学家寻找同疾病相关的遗传变异来说是必不可少的。不过，对于贡献了DNA的人来说，这会带来隐私风险。一项2013年的研究显示，黑客能利用网络上公开可用的信息，从被匿名的基因组数据中辨别出人们的身份。 为解决这些担忧，一个由美国麻省理工学院计算机科学家Bonnie Berger
庞大基因数据库解开“墨西哥人”复杂历史
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510401.shtm
DNA数据库：游走在科学与伦理的边缘
你可以抛弃你的电脑，并留下你的手机在家里，但你不能逃脱你的DNA，因为他是属于你的唯一特征，但是现在它被越来越多的贡献给了某些政府当局。 世界各国当局政府打着打击恐怖主义和犯罪的旗号，正在搜集数以百万计公民的遗传信息。以美国为代表，最高法院近期就备份了许多被捕嫌疑人的DNA数据信息。英国警
南京农大构建世界首个植物重复基因数据库
图片说明：植物界不同类型重复基因含量分布及其随时间变化规律 2月21日，南京农业大学园艺学院教授张绍铃团队在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表研究论文，系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因，构建世界首个植物重复基因数据库，揭示重复基因进化的普遍规律。 植物在千百年
华北理工搭建首个蔬菜作物激素基因数据库平台
植物激素对蔬菜和多种作物的耐盐等逆境胁迫和生长发育具有非常重要的作用。激素主要有生长素、乙烯、细胞分裂素、脱落酸和赤霉素等十余类。然而，目前没有一个数据库能够全面展示这些激素在不同蔬菜中的作用及调控模式。这严重制约了激素相关基因的比较和功能组学研究。对此，华北理工大学教授宋小明团队对469种蔬菜及代
基因检测解码“生命说明书”－全球竞跑基因数据库
随着华大基因上市临近，基因检测概念再度被关注。 华大基因CEO尹烨曾在公开场合介绍，给基因学家一滴血，能查到生育、肿瘤、感染，从三检合一到N检合一，液体活检可以做更多的事情。 相比于传统的影像学检测手段只能检测出已经发生且长成一定大小的异物，基因检测技术的优势在于，在更早的发病初始期，从分子
药企高校联手打造史上最大非洲血统基因数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510572.shtm
解码“基因宝藏”：最全海洋微生物基因数据库出炉
9月4日晚，华大生命科学研究院（简称“华大”）联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构，在《自然》上发表研究成果。他们通过对目前已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘，构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库，并从中发现了大量具有应用潜力的基因资源
Nature：平息百年“淋巴系统起源争议
一百多年以来，科学家们一直在为淋巴系统起源这一问题争论不休——淋巴系统是血管的一个并行系统，其充当了从免疫细胞、脂肪分子到癌细胞机体内的一切物质的通道。现在Weizmann研究所生物调控系的Karina Yaniv博士解决了这一问题。在发表于5月20日《自然》（Nature）杂志上的一项研究中，
最大的海洋微生物基因数据库有助于药物发现
迄今对包括细菌、病毒和真菌在内的海洋微生物基因进行的最全面分析，可为研究人员发现抗生素、追踪气候变化影响和保护濒危物种奠定基础。1月16日，相关成果发表于《科学前沿》。据《自然》报道，2021年，研究人员构建了一个目录，其中包含约3亿组陆地微生物和海洋微生物的基因。现在，沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科技大
英、中等国科学家将建耐药结核杆菌基因数据库
英国牛津大学２４日发布消息说，该校将与中国等国的研究人员合作，对来自世界多个地区的结核杆菌样本展开全基因组测序，建立耐药结核杆菌的基因数据库，以便提高对耐多药结核病的诊断和用药效率。 病菌的耐药性问题近年来日渐严峻，耐药结核病更呈迅猛上升趋势。据世界卫生组织介绍，耐多药结核病是耐药结
最大的海洋微生物基因数据库有助于药物发现
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516176.shtm迄今对包括细菌、病毒和真菌在内的海洋微生物基因进行的最全面分析，可为研究人员发现抗生素、追踪气候变化影响和保护濒危物种奠定基础。1月16日，相关成果发表于《科学前沿》。据《自然》报道，
谷歌致力于基因数据市场，整合Tute－Genomics基因数据库
谷歌希望凭借人类基因组云端服务Google Genomics在基因组研究市场占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具来填满这个工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一项云端服务，帮助大学实验室和医院等机构将患者或科研对象的生物基因储存到云端上，推进人类基因组信息的存
华北理工团队搭建大规模植物开花基因数据库平台
开花是被子植物从营养生长到过渡到生殖生长的重要生物学标志。然而，不同开花调控途径涉及的基因较多，使基因搜集耗时耗力，急需建立一个全面综合的植物开花基因数据共享及分析平台。对此，华北理工大学教授宋小明团队搜集了837个高质量植物基因组，并对其进行了开花基因的鉴定及深入分析，并搭建了“植物开花基因数据库
科学家分享基因测序技术研发成果
临床类 杜克大学分子遗传学教授David Goldstein David Goldstein提出运用精准医学治疗神经系统疾病。Goldstein专注于几个癫痫患者大规模研究的课题，其中包括一项对超过350个患病的儿童及其父母进行测序来发现新突变的项目。尽管许多发现的突变属罕见突变，但是它
南京农业大Genome－Biology构建世界首个植物重复基因数据库
以往的研究发现，有的植物有复制自己基因的功能，即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来，随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低，越来越多的植物基因组被破译。 植物在千百年的进化中，怎样变得越来越多姿多彩？一个重要
一个高度注释的与癌症铂耐药相关的基因数据库
10-20% 的癌症患者接受了铂类化疗，包括顺铂、卡铂和奥沙利铂。不幸的是，铂耐药在大量患者中产生，并成为临床结果的决定因素。铂耐药的机制可分为几个广泛的生物学过程，包括调节药物的进入、退出、积累、隔离和解毒，增强铂诱导的DNA损伤的修复和耐受性。 细胞存活途径的改变，多效过程和途径的改变，以
我国建立灵长类特异新基因数据库并系统预测新基因功能
灵长类特异乃至人特异新基因起源是推动人类表型演化的重要推动力，但只有少量新基因功能已知。近年来基因编辑技术和类器官技术的发展使得系统揭示新基因在人之所以为人这一演化过程中的贡献成为可能。然而，由于基因年龄推断方法的差别以及较低的新基因注释质量（很难区分新蛋白编码基因和假基因），文献中已经发表的灵