Nature子刊：DNA碱基编辑新方法
10月，国际知名学术期刊《自然-方法（Nature Methods）》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为“Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic diversification in mammalian cells”的最新研究成果，报道了利用靶向性胞嘧啶脱氨酶在体内实现高效率和高通量的DNA碱基编辑的新方法。单核苷酸的多样性是遗传多样性的主要来源，是分子进化的动力和很多疾病的直接诱因。然而由于哺乳动物基因组的高度稳定性，在哺乳动物细胞内很难高效和高通量地诱导单核苷酸的突变，进而研究这些突变的功能。虽然通过CRISPR等基因编辑技术，可以实现较高效的DNA切割和基因敲除，但由于同源重组(HDR)的效率低下，现有的CRISPR技术对于体内构建单核苷酸突变仍处于低效阶段。靶向性AID介导的核苷......阅读全文
Nature子刊：DNA碱基编辑新方法
10月，国际知名学术期刊《自然-方法（Nature Methods）》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为“Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic diver
Nature子刊：DNA碱基编辑新方法
10月，国际知名学术期刊《自然-方法（Nature Methods）》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为“Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic div
上海生科院发现DNA碱基编辑的新方法
10月10日，国际学术期刊《自然-方法》（Nature Methods）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic div
五花八门的DNA甲基化检测（下）
近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面生物通给大家介绍一些常用的方法。 全基因组的甲基化分析 基于芯片的甲基化图谱分析
基因突变的诱变机制定向诱变
利用重组DNA技术使DNA分子在指定位置上发生特定的变化,从而收到定向的诱变效果。例如将DNA分子用某一种限制性核酸内切酶处理,再用分解DNA单链的核酸酶S1处理,以去除两个粘性末端的单链部分,然后用噬菌体T4连接酶将两个平头末端连接起来,这样就可得到缺失了相应于这一限制性内切酶的识别位点的几个核苷
基因组高通量测序的原理
测序方案建立在双脱氧测序法(Sanger等，1977)的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和标准M
我国学者成功开发基于脱氨酶APOBEC的新型普适碱基编辑器
中国科学院上海生命科学研究院（营养与健康院）中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组与上海科技大学生命学院陈佳研究组和黄行许研究组合作，成功开发出一系列基于人胞嘧啶脱氨酶APOBEC的新型普适碱基编辑器，其中基于人APOBEC3A（hA3A）的碱基编辑器可高效介导甲基化胞嘧啶mC到胸腺嘧啶T的
APOBEC3介导的DNA修复在CRISPR/Cas9基因编辑中突变新机制
中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力研究组与上海科技大学陈佳研究组、南京医科大学沈彬研究组合作研究揭示了胞嘧啶脱氨酶（APOBEC）在CRISPR/Cas9引发的DNA断裂修复过程中产生突变的新机制，为进一步提高基因组编辑保真度提供了新思路。
揭示APOBEC3介导的DNA修复在CRISPR/Cas9基因编辑中突变新机制
中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力研究组与上海科技大学陈佳研究组、南京医科大学沈彬研究组合作研究揭示了胞嘧啶脱氨酶（APOBEC）在CRISPR/Cas9引发的DNA断裂修复过程中产生突变的新机制，为进一步提高基因组编辑保真度提供了新思路。 C
自然子刊：揭示基因组编辑新机制
中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力研究组与上海科技大学陈佳研究组、南京医科大学沈彬研究组合作研究揭示了胞嘧啶脱氨酶（APOBEC）在CRISPR/Cas9引发的DNA断裂修复过程中产生突变的新机制，为进一步提高基因组编辑保真度提供了新思路。 C
遗传发育所－个体水平发现单碱基编辑系统存在脱靶效应
人类遗传疾病和农作物农艺性状很多情况下是由基因组中的单个或少数核苷酸的突变引起的。因此，基因组中关键核苷酸变异的鉴定与定向修正是人类遗传疾病治疗及动植物育种的重要方向。基因组编辑工具单碱基编辑器的开发，为定向编辑和修正基因组中的关键核苷酸变异提供了重要工具，展现了其在遗传疾病治疗与动植物新品种培
DNA－甲基化测序常用方法
随着高通量测序技术（NGS）技术的发展，使我们能够从全基因组水平来分析 5’甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，由此能够发现很多传统的基因组学研究所不能发现的东西，这就是所谓的“DNA 甲基化测序”！DNA 甲基化测序方法按原理可以分成三大类： 1、重亚硫酸盐测序； 2、基于限制性内切酶的测序； 3、靶向
DNA甲基化技术介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。介绍DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DN
焦磷酸测序（Pyrosequencing）实验方法及技术
先进的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的PSQ96 MA技术平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测服务。另外，还提供短片段的测序服务（50-100 bp），适用于细菌和病毒分型等研究领域。 基于Pyrosequencing的SNP分析具有快速、高通量的特点，
焦磷酸测序（Pyrosequencing）实验技术及方法
先进的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的PSQ96 MA技术平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测服务。另外，还提供短片段的测序服务（50-100 bp），适用于细菌和病毒分型等研究领域。基于Pyrosequencing的SNP分析具有快速、高通量的特点，完
Nature子刊：提高CRISPRCas9保真度
上海科技大学，中科院-马普计算生物学研究所，南京医科大学三处的研究人员合作发表了题为“APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR-Cas9-generated DNA breaks”的文章，证实了APOBEC在CRISPR/Cas9引发的同
单碱基基因编辑研究进展速览
本文中，小编整理了近年来科学家们在单碱基基因编辑研究领域取得的新进展，分享给大家！ 【1】Nat Commun：科学家首次在猪身上实现多位点单碱基编辑 doi：10.1038/s41467-019-10421-8 近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院赖良学课题组利用单碱基编辑器首次在猪
两篇PNAS：蛋白纳米孔检测DNA甲基化
两个独立的研究团队利用通道蛋白实现纳米孔测序，成功鉴别了5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。这两篇文章发表在同一期的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 基因组所蕴含的编码信息，包括DNA序列和核苷酸修饰两个部分。其中，动态的DNA甲基化模式，是基因表达的重要调控者，与细胞分化、胚胎发育和癌症
在糖基化酶碱基编辑器的机器学习研究中获进展
碱基编辑技术可实现精确的碱基转换，当前，有三类碱基编辑器被广泛应用，包括胞嘧啶碱基编辑器（cytosine base editor，CBE）、腺嘌呤碱基编辑器（adenine base editor，ABE）、糖基化酶碱基编辑器（glycosylase base editor，GBE）。 2020
糖基化酶碱基编辑器的机器学习研究中获进展
碱基编辑技术可实现精确的碱基转换，当前，有三类碱基编辑器被广泛应用，包括胞嘧啶碱基编辑器（cytosine base editor，CBE）、腺嘌呤碱基编辑器（adenine base editor，ABE）、糖基化酶碱基编辑器（glycosylase base editor，GBE）。 20
关于基因组高通量测序的基本介绍
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(
数十个测序平台技术参数盘点
1.第二代测序技术1.1 Roche 454 测序平台Roche 454（Genome Sequencer 20 System）是第一个NGS测序平台，由美国454 Life Sciences公司于2005年推出，2007年被瑞士Roche公司收购。此后Roche公司在此基础上开发了Roch
中国学者Nature－Biotechnology发文：植物基因CT单碱基新系统
来自中科院遗传与发育生物学研究所的研究人员发表了题为“Efficient C-to-T base editing in plants using a fusion of nCas9 and human APOBEC3A”，在前期研究基础上利用Cas9变体(nCas9-D10A)融合人类胞嘧啶脱
糖基化酶碱基编辑器的机器学习研究进展
碱基编辑技术可实现精确的碱基转换，当前，有三类碱基编辑器被广泛应用，包括胞嘧啶碱基编辑器（cytosine base editor，CBE）、腺嘌呤碱基编辑器（adenine base editor，ABE）、糖基化酶碱基编辑器（glycosylase base editor，GBE）。 20
Nature－Biotech：新工具可预测基因编辑的成功率
自2012年CRISPR-Cas9技术问世以来,基因编辑便驶入了快车道,取得了一系列新突破。如果将CRISPR-Cas9比作能够破坏目标基因的分子剪刀,那么base editor（碱基编辑器）可以称为分子铅笔,因其能对单个核苷酸进行替换。2019年开发的prime editor则具有更强大的功能
天津工生所实现单窗口碱基编辑
碱基编辑器主要有3种类型：胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)、腺嘌呤碱基编辑器(adenine base editor, ABE)和糖基化酶碱基编辑器（Glycosylase base editor，GBE），它们在不需要DNA双链断裂和编辑模板的情况下可分别
寡核苷酸指导的单链－DNA－诱变实验
实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌 试剂、试剂盒 ATP
寡核苷酸指导的单链－DNA－诱变实验
实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌试剂、试剂盒 ATPPE1缓冲液PE2 缓冲液噬菌体 T4 DNA 连接酶噬菌体 T4 多核苷酸激酶大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKlenow 片段M13 噬菌体通用测序引物含 4 种 dNTP 的 dNTP 溶液诱变的 M
寡核苷酸指导的单链－DNA－诱变实验
本文介绍了由 Zoller 和 Smith 的双引物技术（1984,1987) 结合 Kunkel 的诱变体产量富集方法（1985) 构成的经典方案。本方案中使用的单链 DNA 模板含有较高的尿嘧啶残基，因为它们是从生长于 dut 和 ung 基因突变大肠菌中的 M13 噬菌体中制备的（见方案 1)
多样化C－to－T植物碱基编辑器被开发
近日，电子科技大学张勇教授、马里兰大学YiPing Qi博士、扬州大学张韬教授课题组合作于《Plant Biotechnology Journal》发表了题名《Improved plant cytosine base editors with high editing activity, pur