河科大附医：通过比较SHEE和SHEEC细胞系构建ceRNA网络图
长链非编码RNA（lncRNA）在调节各种生物过程中发挥着关键和复杂的作用，包括染色质修饰，转录和转录后加工。更有趣的是，一些lncRNAs可以作为吸引miRNA的“海绵”，在转录后调控中抑制其与miRNA靶基因的相互作用。这意味着它们可以被认为是竞争内源性RNA（ceRNA）。 在这项研究中，研究人员取永生化人食管上皮细胞系SHEE和恶性转化的食管癌细胞系SHEEC，通过整合高通量RNA测序和微阵列数据，利用Targetscan和miRanda生物信息学算法和miRTarbase microRNA-靶标相互作用数据库对SHEE和SHEEC细胞系中的lncRNA，miRNA和mRNA表达进行了比较，并构建了竞争内源性RNA（ceRNA）网络。 通过比较SHEE和SHEEC细胞系间miRNA表达之间的差异，发现在2019个表达的miRNA中，有59个差异表达，其中25个表达上调，34个表达下调。通过分析测序结果，发现SHE......阅读全文
河科大附医：通过比较SHEE和SHEEC细胞系构建ceRNA网络图
长链非编码RNA（lncRNA）在调节各种生物过程中发挥着关键和复杂的作用，包括染色质修饰，转录和转录后加工。更有趣的是，一些lncRNAs可以作为吸引miRNA的“海绵”，在转录后调控中抑制其与miRNA靶基因的相互作用。这意味着它们可以被认为是竞争内源性RNA（ceRNA）。 在这项研究中
影响因子高达7.8分的直肠癌转移肝癌环状RNA文章思路解析
文章导读：在非编码RNA的大家族中，环状RNA是近年来继microRNA和lncRNA之后又一个明星成员。因其3’-5’端成环，所以在生物体中具有稳定性高，不易被降解的特性。大部分环状RNA通过直接或间接调控miRNA和靶基因参与海绵机制，现已有多篇文章报道该机制在疾病的发生发展过程中起至关重要的作
影响因子高达7.8分的直肠癌转移肝癌环状RNA文章思路解析
在非编码RNA的大家族中，环状RNA是近年来继microRNA和lncRNA之后又一个明星成员。因其3’-5’端成环，所以在生物体中具有稳定性高，不易被降解的特性。大部分环状RNA通过直接或间接调控miRNA和靶基因参与海绵机制，现已有多篇文章报道该机制在疾病的发生发展过程中起至关重要的作用。另
肉鸡胫骨软骨发育不良研究取得新进展
肉鸡是提供禽肉产品的重要经济动物。近年来，集约化养殖模式在不断发展数量、产量以及出栏速度的过程中，由于增重速度过快及饲养空间的限制，导致肉鸡胫骨软骨发育不良（TD）的发病率大幅度增加。据统计，TD在世界范围内发病率可达10%-30%，由于其多表现为亚临床症状而常被忽视。TD不仅抑制肉鸡生长，还
华人学者全面解读癌症中的ceRNA
过去几年人们逐渐发现，竞争性内源RNA（ceRNA）是一类重要的转录后调控子。这些RNA通过miRNA介导的机制改变基因表达，进而影响细胞的功能。 德州大学MD安德森癌症中心的研究人员最近在Cell旗下的Trends in Genetics杂志上发表文章，全面介绍了癌症ceRNA研究的新进展，
环状RNA研究方法（二）
在此基础上，哪些环状RNA分子发生了差异表达？在这里火山图、Venn图应有尽有。根据p=2的标准，一共发现42个环状发生上调，47个环状发生下调。 图3. 差异环状RNA的筛选2. 差异环状RNA分子的qPCR验证对于一篇做谱的文章，差异环状RNA的结果验证只需做到qPCR即可。对5个上调和5个下调
我国研究团队发现肝癌新型ceRNA调控靶点
肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌的主要类型，在我国肝癌患者中占75%～85%。深入阐明HCC发病和进展的肿瘤特异性机制，对于寻找HCC新的治疗靶点、制定治疗策略至关重要。 近日，中国中医科学院研究团队使用微阵列（GSE166163）分析了HCC患者的肝癌组织及癌旁正常组织中lncRNA、miRN
miRNA测序应用于阿尔茨海默氏症新机制的研究
阿尔茨海默氏症（Alzheimer's disease，AD）是一种神经性疾病。有研究表明，miRNA-Seq和全基因组测序鉴定到了一些非编码RNA可能参与了其中的疾病形成。竞争性内源RNA（ceRNA）是非编码RNA执行生物学功能的一种重要方式。然而，相对于其重要的生物学功能，只有部分
影响因子高达7.8分的直肠癌转移肝癌环状RNA文章思路解析
云序客户发表首篇直肠癌转移肝癌环状RNA文章，影响因子高达7.8分! 文章导读： 在非编码RNA的大家族中，环状RNA是近年来继microRNA和lncRNA之后又一个明星成员。因其3’-5’端成环，所以在生物体中具有稳定性高，不易被降解的特性。大部分环状RNA通过直接或间接调控m
ncRNA－UICLM通过ceRNA机制调控结直肠癌的肝转移
中山大学附属肿瘤医院院长、主任医师徐瑞华教授长期从事消化道肿瘤个体化治疗领域及抗癌药物研究，在消化道肿瘤的转移与转归、化疗药物耐受及其机制和优化临床治疗方面具有国际领先的创新性成果。近期，该课题组应用Arraystar lncRNA芯片在肝转移的结直肠癌组织中分析了lncRNAs的表达情况。课题组筛
Cell：绘制转移性癌症的互作网络图谱
这一发表在8月4日《细胞》（Cell）杂志上的研究，是加州大学圣克鲁斯分校和加州大学洛杉矶分校研究小组的合作成果。他们一开始从致命转移前列腺癌患者尸体中获得的临床组织样本入手，随后完成了一系列复杂的分析以前所未有的细节确定了来自每位患者的癌细胞特征。对生成的数据集进行一种新颖的计算分析，绘制出
科学家绘制调控人类大脑基因功能的网络图
一组研究人员绘制了有精神障碍以及无精神障碍的人脑中最大、最先进的基因调控网络多维图谱。这些图谱详细描述了协调大脑生物通路和细胞功能的许多调节元件。这项由美国国立卫生研究院（NIH）支持的研究使用了2500多名捐赠者的死亡后脑组织，绘制了大脑发育不同阶段和多种与大脑相关疾病的基因调控网络。 “这
Cell：最大规模的蛋白质互作组网络图谱
人类大约有2万个蛋白质编码基因，尽管自十年前首次完成人类基因组测序以来取得了一些显著的进展，对于这些蛋白质如何在细胞内发挥功能，科学家们仍然只详细了解了其中的一小部分。 作为人类基因组计划的延伸，蛋白质组学领域正在致力揭示蛋白质是如何执行由生成它们的基因所编码的过程的。一些先进的工具已帮助鉴别
Nature－Neuroscience:蛋白互作网络图谱助大脑疾病的药物开发
就像儿童有什么问题不能全怪父母一样，根据由USC医学院的神经学家的最新研究成果，自闭症等大脑紊乱疾病并不是由单基因的突变导致的。 为了帮助研究者们看到完整的调控网络，Marcelo P. Coba首次创建了大脑蛋白质相互作用的网络，这一工作首次为开发相关的药物提供了线索。 "我们目前使用的药
脑创伤外泌体环状RNA的鉴定功能及预测
近期，云序生物客户天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。该课题组集合了外泌体和环状RNA两大科研热点，应用云序生物提供的全转录组测序服务，仅通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影响因子5.19）
SCI文章解析lncRNA－UICLM通过ceRNA机制调控结直肠癌的肝转移
中山大学附属肿瘤医院院长、主任医师徐瑞华教授长期从事消化道肿瘤个体化治疗领域及抗癌药物研究，在消化道肿瘤的转移与转归、化疗药物耐受及其机制和优化临床治疗方面具有国际领先的创新性成果。近期，该课题组应用Arraystar lncRNA芯片在肝转移的结直肠癌组织中分析了lncRNAs的表达情况。课
科学家绘全球交通网络图展示人类活动影响
《Anthropocene》中的一幅图像。这段视频长3分钟，由加拿大人类学家费利克斯-菲兰德历时13年制作完成，展示了人类活动产生的影响公路、铁路、输电线和海底光缆编织出一个巨大的网络。这幅图像利用来自一些机构的数据与地球夜景卫星照片叠加在一起绘制夜色下的非洲大陆。与其他大陆相比，公
脑创伤外泌体环状RNA的鉴定功能及预测
近期，云序生物客户天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。该课题组集合了外泌体和环状RNA两大科研热点，应用云序生物提供的全转录组测序服务，仅通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影响因子5.19）
SARSCoV2蛋白互作网络图为老药新用提供新思路（一）
前不久，来自加州大学旧金山分校（UCSF），西奈山医院（Mount Sinai），法国巴斯德研究所（Institut Pasture），欧洲分子生物实验室（EMBL）等49个研究单位的125位研究人员合作完成了对SARS-CoV-2蛋白互作网络的分析。这项研究的结果于4月30日以标题 “A
SARSCoV2蛋白互作网络图为老药新用提供新思路（二）
靶向SARS-CoV-2人源宿主因子的现有药物借助化学信息学工具，研究者们找到了靶向SARS-CoV-2人源宿主因子的16个批准药物，3个在研药物（临床实验阶段），以及18个临床前候选药物；另外，通过基于靶点和信号通路的文献搜索，他们还发现了13个批准药物，9个临床实验阶段的在研药物（INDs），和
SARSCoV2蛋白互作网络图为老药新用提供新思路（三）
病毒滴度检测（巴斯德所）病毒的滴度是通过蚀斑实验来检测的。将Vero E6细胞以7.5x10^4/孔的密度接种于24孔板。第二天，加入10倍稀释的含病毒培养基，于37˚C孵育1小时。随后，加入0.005%琼脂糖形成半固体覆盖层。于37˚C孵育3天后用4%多聚甲醛固定和结晶紫染色，肉眼观察和计数每
脑创伤外泌体环状RNA的鉴定功能及预测
研究背景：大脑创伤（TBI）具有极高的发病率和致死率，会不同程度地危害身体健康，目前对其致病机理，尤其是对神经系统造成伤害的分子机理尚不知晓。已知外泌体中富含环状RNA，这是一种新发现的环状非编码RNA，大多以miRNA海绵发挥调控下游功能基因的表达。而本研究作者正是集合了外泌体和环状RNA两大科研
研究揭示microRNA定量调控规律
将系统生物学建模分析与合成生物学实验相结合解析microRNA 定量调控规律。 日前，清华大学的汪小我、谢震研究组，通过合成与系统生物学方法揭示microRNA定量调控规律。相关成果发布在《美国科学院院刊》上。 microRNA是一类短的非编码RNA，通过与靶RNA结合抑制靶基因表达，在动植物中
科学家揭示了竞争性内源RNA作用于经典的双负反馈回路
4月9日，中国科学院上海营养与健康研究所王鹏课题组、中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所陈洛南课题组及复旦大学胡欣课题组的研究人员在国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了题为Competitive endogenous RNA is an intr
科学家揭示了竞争性内源RNA作用于经典的双负反馈回路
竞争性内源RNA (ceRNA)假说提出了一种调节生物学过程的内在机制。miRNA是调控生物功能的核心分子，ceRNA（如高表达的mRNA）可以中合miRNA，通过类似海绵吸水的效应来调控生物过程。但是ceRNA的动态变化是否能通过ceRNA来影响miRNA的活性，进而调控重大疾病仍然存在争议
防治橡胶树割面干涸研究有了新发现
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514917.shtm近日，中国热带农业科学院橡胶研究所死皮机理与防控团队在橡胶树割面干涸发生机制研究方面取得新进展，解析了橡胶树割面干涸发生的ceRNA（竞争性内源RNA）调控网络，进一步增进了对橡胶树
云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用（二）
4.对年龄相关性白内障circRNA的分析显示，circZNF292可以通过海绵机制调节miR-23b-3p功能发表期刊：Aging-us影响因子：4.831发表时间：2020.9.10研究方法：全转录组测序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、双荧光素酶实验等云序提供文章链接：Pr
研究揭示额颞叶痴呆主要症状网络定位
首都医科大学宣武医院武力勇教授团队在Brain发表一项研究，首次确定了额颞叶痴呆（FTD）不同临床亚型相关的萎缩映射网络图，并明确了淡漠和脱抑制网络的具体定位。淡漠和脱抑制是FTD最主要症状，存在于FTD的所有亚型中，给家庭/社会带来重大负担。由于个体临床和神经解剖学的变异性，传统的神经影像分析在阐
环状RNA研究文章汇总（一）
环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。迄今为止，云序已经积累了超过10000例环状RNA测序的经验，样本覆盖20多个物种以及50多种疾病，客户发表文章达20
Nature子刊：circRNA促进口腔鳞状细胞癌的发生发展
中南大学湘雅二医院陈林老师长期从事口腔癌的发生发展机制及治疗。近期，其实验室通过Arraystar circRNA芯片发现一种调控口腔鳞状细胞癌发生发展的circRNA分子—circRNA_100290。CircRNA_100290通过内源竞争结合miR-29，从而解除miR-29对CDK6的抑