江苏疾控首次鉴定一种新型环状单链DNA病毒
该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局送检的一例从新加坡回国的发热病人咽拭子样本进行病原体检测后所得。病原所实验室人员通过对送检样本用高通量测序技术检测发现其中含有一种新型环状单链DNA病毒片段，后根据高通量测序reads序列设计特异引物，对病人咽拭子样本进行PCR扩增，产物经过sanger测序、序列组装，于10月26日获得该病毒全长基因序列3018 nt。 该病毒基因组含2种主要开放读码框（ORFs），分别编码复制酶蛋白Rep和衣壳蛋白Cap；有2个基因间隔区，其中大的间隔区含有环状病毒特征性茎环结构。与该病毒最相似的为猪粪相关的环状病毒5（porcine stool-associated circular virus 5 (PoSCV5) , isolate CP3），编码蛋白氨基酸序列相似性约为43%和50%，进化分析揭示这2种编码蛋白分别与环状病毒科及未分类的环状单链DNA病毒聚为一类，疑似为一种......阅读全文
高通量测序的实验过程
1.样本准备（sample fragmentation）2.文库构建(library preparation)3.测序反应(sequencing reaction)4.数据分析(data analysis)
DNA测序PCR测序反应
1. 取0.2 ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂： 所加试剂 测定模板管 标准对照管 BigDye Mix 1 μl 1 μl 待测的质粒DNA 1 μl － pGEM-3Zf (+) 双链DNA － 1 μl 待测DNA的正向引物 1 μl － M13(
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
DNA测序的测序原理
DNA测序的测序原理是：利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸
基因测序技术破译生命密码，让基因“说话”
完成“人类基因组计划”所用的第一代基因测序技术，通量低、成本高、对人力需求大。而第二代基因测序技术可以一次性对几百万到几十亿条核酸分子进行序列测定，终结了漫长、浩大的测序时代，给生命科学研究和生物医学应用带来了全新突破。 在不久前公布的2022年度科学突破奖获奖名单中，开发二代DNA测序技术（
漫谈分子诊断技术50年（二）
二、核酸序列测定 测序反应是直接获得核酸序列信息的唯一技术手段,是分子诊断技术的一项重要分支。虽然分子杂交、分子构象变异或定量PCR技术在近几年已得到了长足的发展,但其对于核酸的鉴定都仅仅停留在间接推断的假设上,因此对基于特定基因序列检测的分子诊断,核酸测序仍是技术上的金标准。 (一)第1代
分子诊断技术、PCR技术、基因测序技术的区别、原理（二）
二、核酸序列测定 测序反应是直接获得核酸序列信息的唯一技术手段,是分子诊断技术的一项重要分支。虽然分子杂交、分子构象变异或定量PCR技术在近几年已得到了长足的发展,但其对于核酸的鉴定都仅仅停留在间接推断的假设上,因此对基于特定基因序列检测的分子诊断,核酸测序仍是技术上的金标准。 (一)第1代
一文读懂分子诊断常用技术（二）
二核酸序列测定测序反应是直接获得核酸序列信息的唯一技术手段,是分子诊断技术的一项重要分支。虽然分子杂交、分子构象变异或定量PCR技术在近几年已得到了长足的发展,但其对于核酸的鉴定都仅仅停留在间接推断的假设上,因此对基于特定基因序列检测的分子诊断,核酸测序仍是技术上的金标准。(一)第1代测序1975年
新技术实现单端高通量测序的平衡易位携带者筛查
染色体平衡易位是人类中最多见的一类染色体结构畸变，在新生婴儿中的发生率约为1/500~1/1000。平衡易位携带者通常没有临床表征，传统的诊断办法无法识别胚胎的染色体平衡易位携带状态。如今，研究人员攻克技术难关，成功研发BaseMapping技术，实现了单端高通量测序的平衡易位携带者筛查。 新
预防寨卡病毒感染的单剂接种环状RNA疫苗研究获进展
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员冯立强、巫林平与广州实验室研究员陈凌等合作，在国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目的支持下，利用环状环状RNA编码寨卡病毒抗原，探索了一种单剂接种即可预防寨卡病毒感染且无登革病毒感染增强风险的疫苗新策略。相关成果发表于《自然-通讯》。编码EDIII及
科研人员发现首个真菌多组分DNA病毒
真菌病毒是一类以真菌为宿主的病毒。4月3日，《科学进展》在线发表了首个三组分环状单链DNA病毒FgGMTV1，这种病毒的寄主是小麦赤霉病的主要病原真菌禾谷镰刀菌。发现者中国农业科学院植物保护研究所（以下简称植保所）研究员郭立华团队，利用克隆载体成功构建了该病毒的侵染性克隆。 多组分真菌RNA病
分子遗传学词汇环状DNA
中文名称：环状DNA分 类：环状单链DNA和环状双链定义：超螺旋，DNA双螺旋本身进一步盘绕称超螺旋，超螺旋有正超螺旋和负超螺旋两种。当盘旋方向与DNA双螺旋方向相同时，其超螺旋结构为正超螺旋，反之则为负超螺旋，负超螺旋的存在对于转录和复制都是必要的。
带切口环状DNA的结构特点
中文名称带切口环状DNA英文名称nicked circular DNA定 义双链环状DNA分子中一条单链上带有一个或多个裂口。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
染色体外环状DNA（eccDNA）
1. eccDNA成环的整体统eccDNA测序结果充分体现了基因组水平成环的多样性。eccDNA来源十分丰富，同一个基因有可能会产生非常多的环状，同样一个环状也不仅仅只会包含一个外显子。TTN基因就是一个非常典型的例子。该基因长度达到了0.3Mb，而这样一个基因竟然能衍生得到130个eccDNA，是
细胞化学词汇带切口环状DNA
中文名称：带切口环状DNA英文名称：nicked circular DNA定 义：双链环状DNA分子中一条单链上带有一个或多个裂口。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
Dolomite微流控芯片成功用于高通量单细胞DNA/RNA测序
随着现代生物学的发展，细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序通过对单个细胞进行测序，解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。 2011 年，《自然方法》杂志( Nature Methods )将单细胞测序列为年
第二代高通量测序技术使用的DNA装配工具
第二代高通量测序仪实现了较廉价和快速的DNA测序方法，但是它们有一个共同的缺点即读出序列（reads）太短，大约在几十个bp到几百个bp。与生物的染色体长度相比，这样长度的reads给下一步的装配工作带来麻烦。看似种类繁多的生物界其实只使用4种核苷酸，分别为A,T,G,C。这意味着DNA序列中会有数
农科院植保所郭立华团队发现首个真菌多组分DNA病毒
真菌病毒是一类以真菌为宿主的病毒。4月3日，《科学—进展》在线发表了首个三组分环状单链DNA病毒FgGMTV1，这种病毒的寄主是小麦赤霉病的主要病原真菌禾谷镰刀菌。发现者中国农业科学院植物保护研究所（以下简称植保所）研究员郭立华团队，利用克隆载体成功构建了该病毒的侵染性克隆。FgGMTV1的分子
单分子测序揭示艾滋病毒可变剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上发表了一篇利用PacBio单分子测序方法对HIV-1病毒转录组可变剪切模式的研究。HIV-1病毒是一种典型的RNA病毒，其基因组比目前已知的任何一种病毒基因组都复杂。HIV-1只有一个转录起始位点，却有多种剪切异构体，是研究可变剪切的一种
含尿嘧啶的单链噬菌体－M13－DNA－制备实验
试剂、试剂盒 缓冲液和溶液 乙醇 氯化钠 苯酚 醋酸钠 TE 琼脂糖凝胶 原始的重组 M13 噬菌体
单链DNA编码金纳米粒子法实现动态“纳米”分子反应
近日，中国科学院上海高等研究院光源科学中心物理生物学研究室、中国科学院上海应用物理研究所和上海交通大学合作发展了一种用单链DNA编码金纳米粒子的方法，并实现了动态“纳米”分子反应。该方法通过设计一条多嵌段的单链DNA序列，可以赋予金纳米粒子类似原子的离散价态和正交价键。这些“纳米”原子则可通过D
含尿嘧啶的单链噬菌体－M13－DNA－制备实验
试剂、试剂盒 缓冲液和溶液乙醇氯化钠苯酚醋酸钠TE琼脂糖凝胶原始的重组 M13 噬菌体单链 DNAYT 培养基仪器、耗材 Corex 离心机管巴斯德滴管柱层析树脂大肠杆菌菌株 CJ236大肠杆菌菌株 TG1JM109 或相当的菌株实验步骤 材料缓冲液和溶液各种贮存液，缓冲液和试剂成分请参阅附录 1。
含尿嘧啶的单链噬菌体－M13－DNA－制备实验
经典的 Kunfcel 寡核苷酸指导的诱变方法利用大肠杆菌中的尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (glycosylase) 特异地筛除去含尿嘧啶碱基的 DNA 的选择性作用（请参考寡核苷酸诱变信息栏）。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。试剂、试剂盒缓
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。 单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个人类细胞，其中包含数百万个单个DNA分子
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。单分子实时测序示意图。图片来源：《自然·遗传学》单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个
PacBio单分子测序揭示丹参叶绿体DNA修饰的相互作用
2014年6月10日，中科院药用植物研究所（IMPLAD）刘昶团队在《PLOS ONE》杂志上发表了利用PacBio测序技术揭示丹参（Salvia miltiorrhiza）叶绿体DNA修饰之间复杂相互作用的相关文章，该文章报道了丹参叶绿体中编码及非编码RNA的表达情况。这也是国内PacBio第
如何看脱氧核糖核酸（DNA）测序报告单
脱氧核糖核酸,就是DNA.核酸分脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）脱氧核糖,是五碳糖的一种,脱氧核糖是脱氧核苷酸的组成成分.脱氧核苷酸是由一分子脱氧核糖,一分子含氮碱基,一分子磷酸组成.脱氧核苷酸是脱氧核糖核酸的基本单位,脱氧核糖核酸就是由许多个脱氧核苷酸缩合而成.脱氧核糖核酸（DNA），就
带您了解基因测序技术的发展
在生物多样性急剧减少和物种消失的时代，有时被称为“第六次大灭绝”或“全新世灭绝”，人们对开发有效的生物多样性研究和监测工具提出了很高的要求。迄今为止，世界各地的分类学家已经描述了超过170万个物种。然而，这只是地球上预计存在的数百万生物的一小部分。当试图使用传统的基于形态学的方法对所有物种进行分
DNA测序技术
目前还有一种基于半导体芯片的新一代革命性测序技术——Ion Torrent。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片， 一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时，会释放出一个氢离子，反应池中的PH发生改变，位于池下的离子感受器感受到H+离子信号，H+离子信号再直
DNA测序仪
DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括sanger双脱氧链终止法和maxam-gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今dna序列分析的主流。美国peabi公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等dna测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型