带您了解基因测序技术的发展
在生物多样性急剧减少和物种消失的时代，有时被称为“第六次大灭绝”或“全新世灭绝”，人们对开发有效的生物多样性研究和监测工具提出了很高的要求。迄今为止，世界各地的分类学家已经描述了超过170万个物种。然而，这只是地球上预计存在的数百万生物的一小部分。当试图使用传统的基于形态学的方法对所有物种进行分类时，生物多样性的绝对规模是一个巨大的挑战。据估计，仅描述500万种动物物种的成本就可能高达2500亿美元，需要6个世纪才能完成。 基于形态的分类学充满了局限性，例如难以描绘形态上隐蔽的物种以及合格的分类学家数量的减少。这些限制产生了对更多创新分类法方法的需求。2003年，Paul Hebert和他的同事展示了采用基于基因组的方法进行分类鉴定的方法。这种方法，被称为“DNA条形码”，是为了利用大多数真核生物中存在的短而保守的基因区域，提供快速准确的生物鉴定而开发的。从那时起，DNA条形码已成为生物有机体快速鉴定的一种既定方法。 今......阅读全文
PacBio完成大型基因组测序项目
什么叫PacBio技术应用到大型基因组测序项目中会大打折扣，在哪个环节大打折扣?提出这个问题的读者几乎都是抱有同样的心态，尽管大多数读者都基本认同了，如果为了得到Finishing Genome，那么PacBio无论技术和成本，理论上都是最低的，但即使这样，客观成本还是高的吓人，而假如将就D
PacBio助力感染菌株基因组重测序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遗传与基因组中心的副主任。他目前领导着一些专攻治疗和诊断的合作项目，而他自己的研究也主要在病原体检测，药物基因组学，睡眠与遗传的关系几个方面展开。在加入西奈山之前，他曾经就职于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析－5
图5: 长读长实时测序原理。长reads的合成与真正测序的平台不同的是，合成长读长技术依赖于一个barcode系统来结合不同的片段，通过已有的短读长测序仪来获得长读长reads61。该方法将大的DNA分子分割成若干个小片段到微孔中或者乳液中。每个微孔或者乳液中的模板被切割并且加上了barcodes。
4000万！20232026年中国科学院测序和质谱检测项目公开招标
公告信息 采购项目名称
Illumina斥资12亿美元收购PacBio－加速基因测序行业整合
2018年11月1日，Illumina公司宣布收购Pacific Biosciences公司。Illumina将以后者每股8美元的价格以全现金交易的形式收购该公司。这一价格比Pacific Biosciences在2018年10月31日市场收盘时的30个交易日成交量加权平均股价溢价71%，按完全
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
纳米孔测序技术
测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”：他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本，然后就能在一个小时内现场进行谱系分析，甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析－4
表一：NGS平台概述。单分子长读长测序（PacBio和ONT）最近这段时间，最常用的长读长测序法平台就是使用PacBio Biosciences（PacBio）57的单分子实时测序法（single-molecule real-time sequencing, SMRT）（图5a）。该设备使用
为什么deSALT技术能够突破长RNAseq读序列比对瓶颈
由于高测序错误和复杂的基因结构，长读RNA测序读段的比对就显得非常重要。2019年12月16号，哈尔滨工业大学臧天仪、王亚东团队在Genome Biology上在线发表了题为deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment
PacBio推出小而强大的测序系统
之前，人们一直在猜测Pacific Biosciences可能会推出小型的单分子测序仪，但PacBio从未给出肯定的答复。而在2015年9月的最后一天，PacBio给了人们一个惊喜，突然宣布推出Sequel测序系统。Sequel系统保留了SMRT技术的优点，与现有的PacBio RS II系统相
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长速度
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源
希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 （https://github.com/Nextomics/NextDenovo），并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉，本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠
斯坦福大学借助PacBio首次临床全基因组测序
在Ricky Ramon 7岁时进行一次例行检查中，犹豫不决的儿科医生送他去拍一张胸部X光片，结果显示在他心脏左上腔里有一个良性肿瘤。对于Ramon来说，这是长达二十年的痛苦而漫长的就医史的开始——伴随他20年的，是没完没了的预约、诊断、和手术。 在此期间，非恶性肿瘤不断重新出现在Ramon的
带您了解基因测序技术的发展
在生物多样性急剧减少和物种消失的时代，有时被称为“第六次大灭绝”或“全新世灭绝”，人们对开发有效的生物多样性研究和监测工具提出了很高的要求。迄今为止，世界各地的分类学家已经描述了超过170万个物种。然而，这只是地球上预计存在的数百万生物的一小部分。当试图使用传统的基于形态学的方法对所有物种进行分
北京希望组完成近亿元B轮融资，瞄准全球三代测序应用
近日，北京希望组（以下简称“希望组”）成功完成近亿元人民币B轮融资。本轮融资由远毅资本领投，昌平科技产业母基金（昌发展管理基金）和老股东经纬中国跟投。浩悦资本担任本次交易独家财务顾问。 希望组作为中国首家也是全球最大三代测序应用公司、全球最大的ONT测序中心，配备了20台GridION X5
浅谈NGS的这10年（三）
454平台和Ion Torrent平台相比于其他的短读长平台而言，能够提供较长的read读长，分别大约在700bp与400bp，因此在基因组结构较为复杂的研究上应用 较多。然而，由于同样都是基于SNA技术，它们都拥有相同的缺点。虽然，其在非碱基多聚体（non-homopolyme
Illumina与PacBio测序数据帮助质体基因组多样性演化机制
近日，中科院植物研究所研究员张宪春、副研究员向巧萍等揭示了自养维管植物中目前已知最特异的质体基因组。相关研究成果发表于《植物学报》。近年来质体基因组研究揭示了复杂多样的结构和序列变异，对教科书上经典的四分体结构提出了挑战。质体基因组多样性演化的机制常被笼统地诉诸于DNA修复系统可能存在缺陷。科研人员
－Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用
药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈，因此，开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种，大多数药用植物遗传背景不清楚，基因组信息缺乏，遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属（Panax）
北大汤富酬团队首次在单细胞水平上从头组装人类基因组
基因组组装受益于具有更高准确性和更高连续性的长读长测序技术。然而，大多数人类基因组组装需要来自同质细胞系的大量 DNA，而不会保持细胞异质性，因为细胞异质性会严重影响单倍型组装结果。 2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在Nucleic Acids Research （IF=19）在线发表
首个草莓完整基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494423.shtm草莓是蔷薇科植物，在世界范围内被广泛栽植。其约有25个种，倍性十分丰富，从二倍体到十倍体均有。森林草莓作为草莓二倍体模式种，有很大的研究价值。2018年GigaScience发表了利用
牛油果无间隙参考基因组组装助力脂肪酸生物合成和抗病性相关基因鉴定
牛油果属樟科鳄梨属常绿乔木，原产于中美洲。为阐释牛油果的遗传信息，中国科学院西双版纳热带植物园植物基因组演化与次生代谢研究组利用NGS、PacBio HiFi、ONT、Pore-C等测序技术对西印度品种的牛油果进行了全基因组测序，并组装了841.6Mb无间隙的牛油果基因组序列。 研究显示西印度
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
研究人员完成枣和酸枣单倍型基因组组装
近日，西北农林科技大学林学院红枣团队黄建研究员课题组以我国制干枣主栽品种‘骏枣’和著名“秦药”代表清涧酸枣为研究材料，整合了PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C等多种先进测序技术以及多种组装策略完成了枣和酸枣T2T gap-free和T2T gap-free单倍型基因组的组
第三代测序技术：PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
完整线粒体mtDNA提取神器SageHLS在测序合成的应用
有关线粒体DNA：线粒体是一种存在于大多数细胞中的由两层膜包被的细胞器，细胞中制造能量的结构，是细胞进行有氧呼吸的主要场所。线粒体病是遗传缺陷引起线粒体异常，致使ATP合成障碍、能量来源不足等导致的一组异质性病变，又称为线粒体细胞病。常见的线粒体疾病有Leber遗传性视神经病变（LHON）、线粒体脑
百迈客测序阵营再添强援—PacBio－RS－II测序仪正式投产
日前，百迈客公司引进的三代单分子实时测序PacBio RS II已正式投入生产。在三代测序平台上，实现了数据产量和读长的双重提升，一个SMRT Cell芯片可产出高达1.3Gb数据，reads平均长度达到14KB，N50超过20KB，最长reads超过45KB，为基因组测序、全长转录组测序、碱基
金唯智引入Illumina－X10及PacBio测序平台－深化基因组领域业务
近日，金唯智宣布引进全球最高通量的测序平台Illumina HiSeq X-10及最新的单分子基因测序系统PacBio Sequel。这些新平台的加入使得金唯智拥有市场上最先进的高通量测序平台，从而全面加强金唯智在基因组学研究、精准医疗与其它应用领域里的服务范围和能力。 新平台能为客户减低成本
百迈客PacBio基因公司联合实验室建立开启三代测序新布局
12月27日，北京百迈客生物科技有限公司与PacBio、基因有限公司举行了联合实验室揭牌仪式。北京百迈客生物科技有限公司创始人、董事长兼CEO郑洪坤先生，PacBio公司 Senior Director of Sales -North Asia（北亚区高级销售总监）牟德宜女士；基因有限公司仪器事
牛津纳米孔技术公司CEO卸任
Oxford Nanopore Technologies（ONT），即牛津纳米孔技术公司，近期发布消息称，Gordon Sanghera 已通知董事会，计划辞去首席执行官（CEO）一职并退出董事会。ONT 董事会现已正式启动寻找继任者的工作，旨在带领公司迈向新的增长与商业化阶段。 Gordon