科学家在蔷薇科叶绿体系统发育基因组研究中取得进展
系统发育基因组学是基因组学和系统发育生物学融合产生的一个交叉学科，主要用基因组水平的大规模分子数据解析生物之间的系统发育关系，并利用系统发育原理研究基因组进化机制。基因组大量的数据信息具有“缓冲”作用，能减少系统发育重建中的随机误差，使得引起基因树冲突的各种生物学因素被逐一分析，是当前重建生命之树，解析困难系统发育关系的最有效途径。由于大小适中、核苷酸置换率适度、容易比对、不存在旁系同源问题等优点，叶绿体基因组已经被广泛应用于解析困难类群的系统发育关系。蔷薇科包括约90属3000种，全球广布，具有多种世界最具经济价值的水果，如苹果、梨、桃、李、杏、樱桃、山楂，以及著名花卉如玫瑰、月季、梅花。植物学家对蔷薇科开展了大量分类和系统关系的研究，但由于频繁的杂交、孤雌生殖和可能的快速辐射分化等因素的影响，该科的亚科、族、属分类范畴仍存在很大争议，主要分支间系统发育关系难以解析，是系统发育重建最困难的植物类群之一。 中国科学院昆明植......阅读全文
成都生物所在系统发育基因组学研究方法中获进展
系统发育基因组学研究，主要是利用基因组/转录组数据和基因组学方法解决重要类群的进化关系，从而揭示物种起源与分化以及多样性形成机制等重要问题。与传统的系统发育研究相比，系统发育基因组学具有信息量大、结果可靠的优点。但是在这个新兴的领域，研究方法的发展严重滞后于数据量的爆炸式增长。传统的方法在处理成
水生植物泽泻科系统发育基因组学研究获新进展
泽泻科（Alismataceae）为古老的单子叶水生植物类群，包含17个属约100个物种。该科植物在世界广泛分布，因其复杂的进化历史、较高的观赏价值和生态价值等，长期以来一直受到植物进化生物学家及生态学家的关注。然而，由于该科植物形态复杂多变以及先前研究所采用的分子标记和样本采集的局限性，该科属间及
基因系统发育的定义
中文名称基因系统发育英文名称gene phylogeny定 义通过比较DNA序列之间的差异建立的DNA分子之间的一种进化关系。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
昆明植物所等在蔷薇类系统发育基因组学研究中取得进展
蔷薇类（rosids）和菊类（asterids）是真双子叶植物的两个主干分支，其中蔷薇类包括17个目，140个科，约70,000个物种，呈现了丰富的形态多样性，并具有重要的经济价值。近十几年以来，对叶绿体基因序列的分析支持蔷薇类分为豆类分支和锦葵类分支。其中，豆类分支包括固氮支系（由葫芦目Cuc
科学家在蔷薇科叶绿体系统发育基因组研究中取得进展
系统发育基因组学是基因组学和系统发育生物学融合产生的一个交叉学科，主要用基因组水平的大规模分子数据解析生物之间的系统发育关系，并利用系统发育原理研究基因组进化机制。基因组大量的数据信息具有“缓冲”作用，能减少系统发育重建中的随机误差，使得引起基因树冲突的各种生物学因素被逐一分析，是当前重建生命之
豆科系统发育基因组学和根瘤菌固氮共生演化研究获进展
原文地址：http://www.cas.cn/syky/202103/t20210322_4781822.shtml
细胞化学词汇基因系统发育
中文名称：基因系统发育英文名称：gene phylogeny定 义：通过比较DNA序列之间的差异建立的DNA分子之间的一种进化关系。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
中国地区熊蜂属系统发育获揭示
近日，中国农业科学院蜜蜂研究所传粉蜂生物学与授粉应用团队利用多基因联合对我国熊蜂属的系统发育进行了研究，揭示了中国地区26种熊蜂种的系统发育，为我国熊蜂属的分类奠定分子基础，同时也为熊蜂多样性和保护策略提供依据。相关研究成果在线发表在Zookeys上。 团队从青藏高原和中国北方不同地区采集了26
我国科研人员研发出系统发育分析新平台PhyloSuite
近日，中国科学院水生生物研究所领衔开发的系统发育分析平台PhyloSuite的相关论文“PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data manageme
文献速递－|猴痘病毒系统发育和微进化
近日，Nature Medicine在线发表了葡萄牙里斯本国家卫生研究所的一项研究，题为“Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox
昆明植物所完成六种木本竹子叶绿体基因组全序列的测定
竹亚科（Bambusoideae）隶属于禾本科（Poaceae），全世界共分布有一千余种。木本竹子因种类数目多，形态性状复杂多变及多年生一次性开花等原因而成为系统发育学研究难点。随着新一代测序技术的兴起，系统发育基因组学为解决这类困难类群的系统发育关系带来了曙光。 中国科学院昆明植物研究所李德
二代测序技术助龙胆族叶绿体基因组进化和系统学获进展
随着二代测序技术的发展，植物叶绿体基因组序列已普遍应用于重建植物“生命之树”研究中。大多数植物叶绿体基因组呈环状四分体结构，包含约80个蛋白编码基因。叶绿体基因组由于缺乏重组，而常被认为是连锁的单一基因座；然而，越来越多的研究表明，叶绿体基因组中不同区域以及不同编码基因具有不同的核酸替代速率，经
叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生
叶绿体基因组遗传信息获取技术体系建立
记者日前从中科院昆明植物所获悉，该所种质资源库多年来致力于叶绿体基因组学研究，并建立了较为完善的叶绿体基因组遗传信息获取技术体系。该技术体系解决了叶绿体基因组获取方法需要大量新鲜材料以及一些物种因个体微小须通过二代测序方法获取叶绿体基因组的难题。 2012年以来，科研人员利用二代测序技术研究了
榕属叶绿体基因组比较研究获进展
近年来，叶绿体基因组因基因组小、突变率和重组率低的特点，被广泛用于植物系统发育、分子进化、谱系地理学的研究。榕属（Ficus）作为桑科的最大属，且是热带雨林的关键物种，而其系统发育关系仍需进一步研究。榕属物种具有多样的生态型，体现了对不同生境的高度适应性。尽管近年来关于榕属叶绿体基因组的研究有所
科研人员在兰科植物研究方面获得进展
15日从中科院成都生物研究所获悉，中科院成都生物研究所植物多样性研究团队利用Illumina测序技术分别研究了极小种群之一的巴郎山杓兰和对叶杓兰的叶绿体基因组特征，并基于叶绿体基因组数据重建了兰科植物5个亚科中的47个物种的系统发育树，为阐明杓兰属和兰科植物的系统发育关系和分类关系作出了重要贡
昆明植物所山茶属代表植物比较叶绿体基因组学研究获进展
山茶属是山茶科中包含许多举世闻名经济植物的一个重要类群，包括为人类提供天然保健饮料的茶（Camellia sinensis var. assamica 和C. sinensis var. sinensis），健康型高级食用植物油的油茶（C. oleifera）以及观赏花卉云南山茶（C. reti
研究推断出棕榈科植物系统发育关系
近日，海南大学热带作物学院教授王华锋团队为了更好地了解棕榈目中棕榈科植物，分析比较了棕榈科的叶绿体基因组结构特征，推断出系统发育关系，估计出棕榈科的分歧时间，并对祖先性状特征进行重建等分析进行了研究。相关研究于9月27日在线发表于《植物科学前沿》。 棕榈科是在棕榈目中的一个具有物种丰富性的分支
研究推断出棕榈科植物系统发育关系
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/9/487011.shtm 近日，海南大学热带作物学院教授王华锋团队为了更好地了解棕榈目中棕榈科植物，分析比较了棕榈科的叶绿体基因组结构特征，推断出系统发育关系，估计出棕榈科的分歧时间，并对祖先性状特征进行
科学家解析温带竹子分支系统发育关系
温带竹子分支(the temperate bamboo clade)包括23-32属，约546种，主要分布于东亚地区（特别是喜马拉雅）和东南亚地区，少数种类分布到印度南部和斯里兰卡、非洲和马达加斯加，以及北美洲东部的低海拔地区和热带或亚热带高山。东亚有该分支近500种，是其多样化中心，中国西南特有
最完整荨麻科分子系统发育框架完成
记者从中科院昆明植物研究所获悉，该所的博士研究生吴增源在研究员李德铢的指导下，与英国皇家植物园——邱园和爱丁堡皇家植物园合作，通过较高密度的属级取样，构建了目前最完整的荨麻科分子系统发育框架，为进一步的形态性状演化和生物地理学研究打下了坚实的基础。该研究成果日前发表在专业期刊《分子系统发育及进化
研究发现树蛙科系统发育和进化新进展
稳健的系统发育假说是生物多样性和进化研究的基础，其对于解决分类争议，理解演化历程和解析分化模式至关重要。树蛙科（Rhacophoridae）隶属于两栖纲Amphibia、无尾目Anura，多样性丰富，目前已描述有约19个属420个物种，广泛分布于东亚、东南亚、南亚和非洲地区。该类群表现出多样的性
喀斯特植物基因组大小的进化模式研究获进展
基因组大小即物种单倍体的DNA含量，是一个物种基本的生物学特性，也是进化生物学领域的重要理论问题。物种基因组大小的进化包括适应性和非适应性等多种机制，但不同机制在基因组大小进化过程中的重要性却一直存在争议。 喀斯特地区是我国植物多样性和特有性的热点区域，迄今为止没有开展过该地区植物基因组大
昆明植物所建立叶绿体基因组遗传信息获取技术体系
在分子生物学和基因组时代，叶绿体基因组为植物分类、系统发育和物种鉴定等提供了不可或缺的遗传信息。随着新一代测序技术的快速发展，叶绿体基因组学已经成为植物系统基因组学和超级条形码研究的热点，也是中国科学院昆明植物研究所三个重大突破目标——iFlora 研究的重要内容。 昆明植物所种质资源库多年来
昆明动物所等在食肉目鼬科分子系统学方面取得新进展
食肉目鼬科（Mustelidae）物种是经历快速辐射进化和近期物种形成事件的典型类群，围绕其所包含的各亚科之间的系统发育关系一直是国内外研究的热点，至今仍处于众说纷纭的状态。 中国科学院昆明动物研究所张亚平院士、云南大学于黎研究员和博士研究生刘江，硕士研究生彭丹结合模式生物基
中国科研人员在兰科植物研究方面获得进展
中科院成都生物研究所植物多样性研究团队利用Illumina测序技术分别研究了极小种群之一的巴郎山杓兰和对叶杓兰的叶绿体基因组特征，并基于叶绿体基因组数据重建了兰科植物5个亚科中的47个物种的系统发育树，为阐明杓兰属和兰科植物的系统发育关系和分类关系作出了重要贡献。 据了解，兰科是被子植物中最大
中山大学张鹏教授到水生所进行学术交流
张鹏教授作学术报告 5月10日，中山大学张鹏教授应邀来到中国科学院水生生物研究所进行学术交流，并为科研人员和研究生作了题为“两栖爬行动物分子系统学--从mtDNA到基因组”的学术报告。 张鹏教授以线粒体基因组(mtDNA)为出发点，首先介绍了mtDNA的特点及其在系统发育中的应用及优势，
石松类和蕨类植物的基因组大小与进化研究中取得新进展
基因组的大小与物种进化之间的关系一直以来都受到学者广泛关注。作为遗传信息的载体，基因组大小不可避免地逐步增加。已有研究显示，基因组的大小同物种的进化程度之间存在一定的正相关关系。从大尺度的分类水平来看，基因组大小和物种复杂程度在总的趋势上呈正相关性。然而随着研究的深入，人们发现基因组的大小和物种
我国揭示苏铁目下属间的分子系统发育关系
苏铁属(Cycas)是现存现存苏铁类植物中分布最广、种类最多的一个属，且多数物种被列入IUCN红色名录，处于濒危状况。该属共有115种，主要分布在亚洲东部以及东南部、大洋洲以及周围岛屿、非洲东部及马达加斯加岛的热带亚热带区域。以往的系统学研究结果表明，苏铁属在苏铁类植物中最先分出，和苏铁目其他9
我国学者破解冬青属系统发育及生物地理特性
为何有些植物分支的物种广泛分布并演化出许多物种而有些则不然？冬青属植物的进化研究，可能为回答这一进化生物学关键问题提供有力证据。 冬青属（Ilex）是木本雌雄异株植物中最大的属（至少664种）。该属植物大多喜好温暖湿润的生境，无法存活于土壤长期干旱或寒冬较长的生境，暗示该属植物可能存在较强的生