234岁的树却出奇的拥有一个年轻的基因组
瑞士洛桑大学校园里有一颗古老的橡树已经矗立在那里234年了，当1800年拿破仑的军队经过这座城市的时候，它还只是一颗小树，现在已经成长为参天大树，并且也变成了这座城市的地标。洛桑大学的研究人员采集了树木不同分支的样本进行基因组测序，然而让他们没有想到的是，这颗橡树的基因组依然“年轻”，在经过234年之后出现的突变不多，基因组保持着稳定。 这一研究发现公布在6月13日的生物学预印网站BioRxiv上。BioRxiv上的成果并没有经过同行评审，这一网站的目的是加速研究传播，并在科学家的论文正式开始同行评议前，使其获得论文反馈的机会。 每次细胞分裂时，由于复制基因组可能会发生错误，就会产生突变。动物通过在发育早期分离这些突变来保护其生殖细胞，以免出错。之后这些细胞（包含生殖系突变germline mutation）会遵循不同的发育途径，通常具有较低的细胞分裂率。 但是植物并不是这样，它们的干细胞不仅生成花的繁殖部分，而且也会......阅读全文
《Nature》子刊：新CRISPR技术－轻松实现单碱基精确基因敲除
CRISPR-Cas9系统为研究者提供了精准编辑DNA的技术手段，如今，研究人员又利用它开发出了靶向酿酒酵母（S. cerevisiae）单基因的技术，研究人员通过删除DNA序列中1个碱基即可关闭基因。这种基因组级别的生物工程与传统的靶向单个基因或有限数量基因的策略相比，未来将更方便研究者独立研
遗传发育所－个体水平发现单碱基编辑系统存在脱靶效应
人类遗传疾病和农作物农艺性状很多情况下是由基因组中的单个或少数核苷酸的突变引起的。因此，基因组中关键核苷酸变异的鉴定与定向修正是人类遗传疾病治疗及动植物育种的重要方向。基因组编辑工具单碱基编辑器的开发，为定向编辑和修正基因组中的关键核苷酸变异提供了重要工具，展现了其在遗传疾病治疗与动植物新品种培
组成碱基对的碱基有哪些？
组成碱基对的碱基包括A、G、T、C、U。严格地说，碱基对是一对相互匹配的碱基(即A：T，G：C，A：U相互作用)被氢键连接起来。
细胞化学基础碱基的种类修饰碱基
DNA和RNA分子中还含有核酸链形成后经过修饰形成的其它非主要碱基。这些碱基大多是在上述嘌呤或嘧啶碱的不同部位甲基化（methylation）或进行其它的化学修饰而形成的衍生物。DNA中最常见的修饰碱基是5-甲基胞嘧啶（m5C）。RNA中有许多修饰的碱基，包括核苷类假尿苷（Ψ）、二氢尿苷（D）、肌苷
碱基互补配对原则的碱基互补的介绍
在脱氧核糖核酸分子中，含氮碱基为腺嘌呤(A)，鸟嘌呤(G)，胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)。每一种碱基与一个糖和一个磷酸结合形成一种核苷酸。在其双链螺旋结构中，磷酸-糖-磷酸-糖的序列，构成了多苷酸主链。在主链内侧连结着碱基，但一条链上的碱基必须与另一条链上的碱基以相对应的方式存在，即腺嘌呤对应胸
HiFi测序：单碱基分辨率的高通量端粒长度测量方法
端粒是线状染色体末端的特殊核蛋白结构，包含约5-15 kb的富含TTAGGG的双链重复序列和保护染色体末端的shelterin蛋白复合物，3'末端为富含G的单链悬突，对于维持人类基因组的稳定和完整复制至关重要。 端粒主要依赖端粒酶进行合成，长度也并非一成不变。除了生殖细胞和干细胞，体细
陈子江团队－人源分裂期胚胎介导高效的单碱基编辑！
基础编辑器能够在不引起双链断裂的情况下实现单核苷酸转换，目前已成功应用于小鼠和人类胚胎的基础校正。与小鼠相比，人类胚胎中的碱基编辑效率通常较低（低于30％），这常常导致镶嵌现象，而且还限制了当前基础编辑方法在人类胚胎中进行基因功能研究的应用。2019年5月2日，杨辉、陈子江团队等人在Genome
叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
本报讯 日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea.catas.cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea。catas。cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到预期效果。
叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生
研究人员发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
碱基的定义
碱基，在生物化学中又称核碱基、含氮碱基，是形成核苷的含氮化合物，核苷又是核苷酸的组分。碱基、核苷和核苷酸等单体构成了核酸的基本构件。核碱基间可以形成碱基对，且彼此堆叠，所以，它们是长链螺旋结构，例如核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）的重要组成部分。
单碱基修复基因编辑公司Beam获8700万美元A轮支持
新闻事件 今天几位华人基因编辑科学家创建的单碱基修复基因编辑公司Beam获得8700万美元A轮支持。Editas的三位创始人MIT的张锋、哈佛的David Liu、和Mass General的Keith Young联手创立了Beam，CEO为Agios的原高管John Evans。本轮投
科学家发明单碱基分辨率测序技术：CeUSeq
2015年6月15日，北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Chemical Biology》杂志在线发表题为“Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of the mammalian transcriptome
单碱基编辑系统在植物中建立mRNA剪接操控新方法
mRNA前体的剪接是高等生物体内基因转录后加工的重要过程，传统mRNA的剪接遵循“GU-AG”法则，即主要剪接体包含三个保守的剪接位点，即位于内含子5’端的“GU”、3’端的“AG”和靠近3’端的分支点“A”。剪接体通过选择一种或多种剪接位点可将mRNA前体加工为一种或多种成熟的mRNA，即组成
234岁的树却出奇的拥有一个年轻的基因组
瑞士洛桑大学校园里有一颗古老的橡树已经矗立在那里234年了，当1800年拿破仑的军队经过这座城市的时候，它还只是一颗小树，现在已经成长为参天大树，并且也变成了这座城市的地标。洛桑大学的研究人员采集了树木不同分支的样本进行基因组测序，然而让他们没有想到的是，这颗橡树的基因组依然“年轻”，在经过23
Cell：单分子测序揭示惊人的基因组重排
科学家们发现，生活在池塘里的单细胞生物Oxytricha trifallax有一种非凡的能力，它们能在交配时将DNA打碎并快速重排这些片段。这项研究发表在上一期的Cell杂志上。 Oxytricha的基因重排是一个非常精密的过程，“这是大自然早期一种的复杂化尝试，”文章的资深作者，Prince
Cell：单分子测序揭示惊人的基因组重排
科学家们发现，生活在池塘里的单细胞生物Oxytricha trifallax有一种非凡的能力，它们能在交配时将DNA打碎并快速重排这些片段。这项研究发表在上一期的Cell杂志上。 Oxytricha的基因重排是一个非常精密的过程，“这是大自然早期一种的复杂化尝试，”文章的资深作者，Prince
互补碱基的DNA和RNA的主要碱基的差别
胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶碱，在RNA中极少见；相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶碱，在DNA中则是稀有的。在DNA分子结构中，由于碱基之间的氢键具有固定的数目和DNA两条链之间的距离保持不变，使得碱基配对必须遵循一定的规律，这就是Adenine（A，腺嘌呤）一定与Thymine（T，胸腺嘧啶）配对，G
昆明动物所等发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
新版树鼩基因组测序－填补首版约73％拼装缺口
从中国科学院昆明动物研究所获悉，近期，该所科研人员完成了新版的树鼩基因组高精度测序、组装和注释。新版树鼩基因组填补了第一版基因组中约73%的拼装缺口。 据介绍，树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，为灵长类动物的近亲，在生物医学研究中颇具潜力。目前，树鼩已被用于感染性疾病如乙型肝炎、丙
研究揭示伯乐树历史谱系分化和基因组脆弱性
中国科学院华南植物园研究员康明团队在广东基础与应用基础研究旗舰项目的资助下，对伯乐树谱系分化和基因组脆弱性研究取得新进展，揭示了伯乐树的历史谱系分化和基因组脆弱性。相关成果近日发表于《进化应用》（Evolutionary Applications）。东亚亚热带森林以其丰富的物种多样性和特有性而著称，
真核基因组的单拷贝顺序的内容介绍
一、真核基因组的单拷贝顺序的简介 单拷贝顺序在单倍体基因组中只出现一次或数次，因而复性速度很慢。单拷贝顺序在基因组中占50-80%，如人基因组中，大约有60-65%的顺序属于这一类。单拷贝顺序中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。目前尚不清楚单拷贝基因的确切数字，但是是有其在单拷贝
杨辉组/高彩霞组发现单碱基编辑系统存在严重脱靶效应
2016年，David Liu团队在 Nature 期刊上首次报道了基于胞嘧啶脱氨酶APOBEC1（能催化C脱氨基变成U，而U在DNA复制过程中会被识别成T）和尿嘧啶糖基化酶抑制剂UGI（能防止尿嘧啶糖基化酶将U糖基化引起碱基切除修复）的单碱基编辑工具（BE3）首次实现可以在不引入DNA双链断裂
1600亿碱基对，这种蕨类植物拥有已知最大基因组
人类基因组由30亿个碱基对组成。可与太平洋新喀里多尼亚等岛屿上的一种蕨——Tmesipteris oblanceolate相比，就小巫见大巫了。因为这种蕨拥有有史以来发现的最大基因组，包含了1600亿个碱基对。相关研究近日发表于《交叉科学》。这一发现可以帮助科学家了解基因组是如何长得如此之大的，以及
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
深度学习算法优化序列特异性的CtoG单碱基编辑器
8月12日，Nature Communications发表了题为Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究论文，该研
修饰碱基的概念
又称修饰碱基，这些碱基在核酸分子中含量比较少，但他们是天然存在不是人工合成的，是核酸转录之后经甲基化、乙酰化、氢化、氟化以及硫化而成。
互补碱基的原则
互补碱基，碱基间的一一对应的关系叫做碱基互补配对原则就是Adenine（A，腺嘌呤）一定与Thymine（T，胸腺嘧啶）配对，Guanine（G，鸟嘌呤）一定与Cytosine（C，胞嘧啶）配对，反之亦然。