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Nature子刊:癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系

来自北京大学生命科学学院,清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的文章,通过对三种细胞的三维基因组测序(Hi-C)、全基因组测序(WGS)和转录组(RNA-seq)数据进行整合分析,发现了癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系。 这一研究成果公布在12月5日的Nature Communications杂志上,文章的通讯作者为北京大学生命科学学院李程研究员,第一作者为吴朋泽,李瑞风和李亭亭博士。 染色质在细胞核中折叠成高度复杂的三维结构,并且在细胞分化、增殖等过程中被动态调控。染色质构象捕获技术如5C、Hi-C 和 ChIA-PET 可以捕捉基因组范围的高分辨率染色质相互作用,帮助我们更好地理解三维基......阅读全文

中国科大揭示人类疱疹病毒的基因组包装机制

  5月30日,《自然》杂志在线发表了中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心、生命科学学院博士刘云涛、教授毕国强与合作者的研究论文,该工作利用冷冻电镜首次解析了人类疱疹病毒基因组包装的关键机制以及病毒的DNA基因组结构,有助于预防和控制疱疹病毒引发的多种疾病,并可望改造疱疹病毒用于靶向治疗。

PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性

  一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究,从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。  早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新

中国科学技术大学发表10篇CNS,全球学术排名表现出色

Science:中国科学技术大学在量子力学再取新突破  实现对量子系统的调控是人类认识并利用微观世界规律的必然诉求,也是诸多前沿科学领域的核心要素。自旋作为一种重要的量子调控研究体系,在世界各国的量子计划中均被列为重点研究对象。开展单自旋量子调控研究有助于人们在更深层次上认识量子物理的基础科学问题,

科学家绘制出人类基因组三维图像

  据美国物理学家组织网1月4日报道,美国南加利福尼亚大学多恩希夫文理学院的科学家,开发出一种绘制DNA(脱氧核糖核酸)之间接触位点的新方法,并利用计算机模型绘制出一个细胞中的完整DNA链——基因组的精确三维图像。相关论文预先发表在《自然·生物技术》网站上。   细胞内的基因组就像一碗细丝面,不同

基因组学大牛Science发布癌症重大成果

  Whitehead研究所的科学家们发现,称作为“隔绝邻域”的环状染色质结构遭到破坏可以激活能够推动侵袭性肿瘤生长的癌基因。这一研究发现对于癌症诊断及治疗均具有重大的意义。相关论文发布在《科学》(science)杂志上。  领导这一研究的是Whitehead生物医学研究所的Richard A Yo

Nat Commun:人工智能帮助找到导致胃癌的基因突变!

  在一项开创性研究中,来自新加坡基因组研究所(GIS)科技研究局的研究人员开发了一种全新的机器学习计算机模型(一种人工智能模型,AI)来准确寻找肿瘤突变。他们还发现了一个非编码DNA的新基因突变可能导致了胃癌。这项研究开发出的新技术将在未来帮助研究人员探索其他肿瘤中非编码DNA突变的影响。图片来源

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

中科院合纽约大学两篇Nature:新世界--单染色体酵母

  生物学教科书中将自然界存在的生命体分为具有被核膜包裹染色体细胞核的真核生物和染色体裸露无核膜包裹的原核生物。染色体携带了生命体生长与繁殖的遗传信息,真核生物通常含有线型结构的多条染色体,而原核生物通常含有环型结构的一条染色体。  在最新研究中,科学家们成功融合了真核生物酿酒酵母(Saccharo

揭示肿瘤和罕见疾病中起关键作用的蛋白质的新功能

  由Ana Losada领导的西班牙国家癌症研究中心(CNIO)的染色体动力学小组在一篇发表于《Cell Reports》的论文中,描述了在老鼠胚胎干细胞中黏连蛋白的新功能,这可能有助于理解和解决这些疾病的原因。  黏连蛋白是一种蛋白质复合物,对细胞分裂中的染色体分离至关重要。最近的证据表明,它在

Nature期刊评选出2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

《Nature》:2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

两院院士评选中国世界十大科技进展新闻揭晓

   由中国科学院、中国工程院主办,中国科学院学部工作局、中国工程院办公厅、中国科学报社承办,中国科学院院士和中国工程院院士投票评选的2015年中国十大科技进展新闻、世界十大科技进展新闻,2016年1月19日在京揭晓。  此项年度评选活动至今已举办了22次。评选结果经新闻媒体广泛报道后,在社会上产生

Cell:基因组三维结构存在细胞异质性

  美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现,不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。  研究人员利用高通量的染色质构象捕获(Hi-C)和高通量的荧光原位杂交(hiFISH)光学图谱绘制来分析人包皮成纤

BioTechniques:生命科学2015十大最新引人的成果

  2015年,我们研究细胞功能的方式,发生了一些惊人的变化,从蛋白质翻译起始的新模型和“RNA如何存在于细胞中”的再定义,到赋予旧测序仪器新的生命力,以及一个令人惊讶的衰老驱动机制。随着夏天的到来,BioTechniques为我们展示了今年到目前为止最流行的十大深度专题文章。  1. 父

胚胎干细胞研究最新进展

  胚胎干细胞,是一种具有持久更新能力的细胞,它能够或发育成几乎所有人类的各种组织或器官,故其在医学上具有非常重要的研究价值与应用前景。 人胚胎干细胞是在人胚胎发育早期——囊胚(受精后约5—7天)中未分化的细胞。囊胚含有约140个细胞,外表是一层扁平细胞,称滋养层,可发育成胚胎的支持组织如胎盘等。中

DNA双螺旋六十周年 Nature,Cell发文点评

  今天(美国时间4月25日)是DNA分子结构被发现的六十周年钻石纪念日,在1953年两位学者:Francis Crick和James Watson揭示了遗传信息如何通过双螺旋结构被编码的,从而开启了 “基因组时代”。然而时间过去了超过半个世纪,当时由这篇Nature论文引发的人类基因组计划

利用小分子化合物可以改变基因组的空间结构

  研究人员发现,利用小分子化合物可以改变基因组的空间结构,这些小分子化合物被认为是很有前途的抗癌药物。这项工作为开发一类可以改变三维基因组的新的抗癌表观遗传药物开辟了新方向,研究结果发表在《Nature Communications》杂志上。图片来源:Nature Communications  

Science杂志最受关注的文章(2月)

  美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的

2019年,中国“大农业”里那些高科技

   今年,我国“大农业”科研领域又诞生了诸多令人惊奇的发现,每一条都与我们息息相关。它们涵盖了观赏农业、林业、作物、医学等各个领域,包括睡莲、玉米、硅藻等进展。为了展现这些成就,本报特此就我国农业科学家今年发表的大部分重要论文进行梳理,以飨读者。野生玉米大刍草、SK、现代玉米自交系ZHENG58的

Naure揭示失活X染色体惊人发现

  马萨诸塞大学医学院、居里研究院和斯坦福大学的科学家们,详细地查看了磁性哺乳动物失活X染色体紧密包装的小结构——巴尔氏小体(Barr body)的内部,并开发出了一个模型系统,其有可能成为了解染色体结构和基因表达的一个重要工具。  长期以来人们都认为失活的X染色体是一种相当无组织的紧密结构,但发表

科学家成功从结构上揭示牛痘病毒增殖机制

  为了让病毒增殖,它们通常需要被感染细胞的支持。在许多情况下,在感染附近的其他细胞之前,只有在宿主细胞的细胞核中才能找到它们复制它们自己的遗传物质所需的分子。但是并非所有病毒都能进入细胞核中。一些病毒停留在细胞质中,因此必须能够独立地复制它们的遗传物质。为此,它们必须带上它们自己的“加工零件”。在

近期两篇Cell新文:从结构上揭示了牛痘病毒增殖机制

  为了让病毒增殖,它们通常需要被感染细胞的支持。在许多情况下,在感染附近的其他细胞之前,只有在宿主细胞的细胞核中才能找到它们复制它们自己的遗传物质所需的分子。但是并非所有病毒都能进入细胞核中。一些病毒停留在细胞质中,因此必须能够独立地复制它们的遗传物质。为此,它们必须带上它们自己的“加工零件”。在

科学家首次解析肿瘤染色体外DNA的环状结构与功能

  早期研究认为肿瘤中大量扩增的原癌基因存在于染色体上。2017年,来自美国加州大学圣迭戈分校的Paul Mischel教授团队在Nature杂志上指出,它们是以染色体外DNA(extrachromosomal DNA,ecDNA)的形式存在的,但ecDNA的结构和功能一直缺乏直接的证据。  201

解析肿瘤Hi-C多组学研究策略,IF≥10+文章不是梦!

   Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Se

解析肿瘤Hi-C多组学研究策略

Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S

科学时报:从仪器研制与改造看生命科学行进轨迹

  “衔接”出速度   中科院生物物理所研究员刘志杰从另一个角度解说了生命科学发展对新设备的需求。这位曾参与美国东南结构基因组研究中心工作的研究员2006年回国,一直致力于改进中国生命科学的研究设备。   他说,10年前,研究人员解析一个蛋白质三维结构大约需要1~2年时间,随着新技术、新方法

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

重磅级研究解读近期抗癌疗法研究新成果!

  本文中,小编整理了近期科学家们在抗癌疗法研究中取得的新成果,分享给大家!  【1】Science:揭示西兰花抗癌新机制!让肿瘤抑制基因再激活的新型抗癌疗法出炉  doi:10.1126/science.aau0159  要听妈妈的话:西兰花是有好处的。长期以来与降低癌症风险有关的西兰花和其他十字

全面回顾:2014年全球生物医学突破进展

  美 国  遗传研究更深入掌控基因;细胞学攻克检测与治疗多项难题;脑科学研究记忆刺激技术帮助恢复记忆,发现大脑存在“意识开关”和“信息交换台”。  遗传学方面,杜克大学绘制出综合酵母菌基因脆弱位点图,而脆弱位点所在区域正是DNA复制机变慢或停顿的地方,揭示了许多固体肿瘤中基因异常的源头;冷泉港实验

2014年世界生物医学科技发展回顾

  生物 医学  美 国  遗传研究更深入掌控基因;细胞学攻克检测与治疗多项难题;脑科学研究记忆刺激技术帮助恢复记忆,发现大脑存在“意识开关”和“信息交换台”。  田学科(本报驻美国记者)遗传学方面,杜克大学绘制出综合酵母菌基因脆弱位点图,而脆弱位点所在区域正是DNA复制机变慢或停顿的地方