我国学者在DNA测序方法与技术上取得重要进展
在国家自然科学基金项目(项目编号:21327808,21525521)等资助下,北京大学黄岩谊课题组日前在DNA测序方法与技术上取得重要进展,发展一种全新概念的测序方法—纠错编码测序法(简称ECC),该方法采取一种独特的边合成边测序(SBS)策略,利用多轮测序过程中产生的简并序列间的信息冗余,大幅度增加了测序精度。研究成果于2017年11月6日发表在Nature Biotechnology(《自然-生物技术》)期刊上。图. 全新设计的核苷酸底物通过聚合酶的延伸反应产生荧光产物用于测序 序列信息的冗余来自黄岩谊团队新发展的“对偶碱基荧光发生”SBS测序流程,该流程通过全新设计的特殊测序反应底物,对待测DNA序列进行三轮独立的SBS测序,继而产生三条互相正交的简并序列编码。这三条编码可互为校验,后续不但能够通过解码推导出真实碱基序列信息,而且具备对单轮测序错误位点的校正能力。这种编码和解码策略已被广泛应用在其它科学领域中,用......阅读全文
巴陵全球单套产能最大SBS装置日产创新高
10月8日,巴陵石化年产20万吨热塑橡胶SBS装置日产量达627吨,这套全球单套年产能最大的SBS装置刷新了日产最高纪录。1至9月,该装置累计产量达12.98万吨,同比增加2.6万吨,产品合格率100%。 巴陵石化合成橡胶事业部SBS装置具有自主知识产权。通过持续技术创新,该装置2009年
浅谈NGS的这10年(一)
随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导至了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深 感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术
专家发现大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜性别
据中国农科院最新消息,该院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学创新团队与国内外同行合作,发现了一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别。相关成果发表于最新一期国际著名学术期刊《植物细胞》。 团队首席、中国农科院蔬菜花卉所研究员、深圳农业基因组所副所长黄三文介绍,大片段DNA序列的结构变异(S
两斤DNA装下“全世界”-现代数据存储技术瞄准基因序列
对于Nick Goldman来说,在DNA中编码数据的想法始于一个笑话。或许最多10年之后,没有人会再相信磁带储存。图片来源:Wes Fernandes 那是2011年2月16日,Glodman和一些生物信息学领域的朋友在德国汉堡聊天,话题是他们如何才能储存全世界涌来的基因组序列和其他数据洪流
DNA序列测定技术(Sanger双脱氧链终止法与Maxam-Gilbert-...
选择随机定向测定策略的影响因素(1)计算设备 任何大规模的测序计划将在很大程度上依赖计算机程序对原始序列资料进行分类、整理和排列(Staden,1986)。在权衡随机法的利与弊之时,必须将与适当的计算机设备进行联机的问题放到压倒一切的位置上来考虑。如果这些设备尚无从适当的计算机设备进行联机的问题
前导序列
中文名前导序列外文名leader sequence前导序列是结构基因中编码区之前的一段序列,这部分序列能被转录,但不被翻译,在mRNA是从5′端起至结构基因第一编码子开始点(通常 AUG)为止,在蛋白质合成过程中不被翻译。
Nature子刊发布单色靶向测序法
最近,研究人员开发出一种新的边合成边测序(sequencing-by-synthesis)方法,这种方法可让你在非常熟悉的平台上更快、更划算地进行靶向临床测序。相关研究结果发表在最近的《自然通讯》杂志(Nature Communications)。 新一代测序(NGS)技术通过降低测序的成本,
遗传学大牛PNAS公布一项最新测序技术
未来个性化医学,医生可能仅仅通过分析一份唾液样品,就能快速收集到患者谋者疾病的患病风险,以及最适合他的治疗方式。然而目前的新一代技术依然是一个很费钱的事。 来自哈佛大学Wyss研究所的著名遗传学家George M. Church开发了一种新的电子DNA测序平台,这一平台基于生物工程纳米孔,能帮
“智慧”的基因测序仪,造一个有多难
自从AlphaGo成了围棋界的No.1,“智能”的潜力被广而周知,尤其对于大量的重复性工作,写个“算法”让电脑“跑”,得出的结果说不定比人强。科学家不仅有足够大的脑洞,还有着非凡的执行力。这次是生物学者,他们借鉴了信息学科的思维,发明了基因测序的新方法。日前,一篇名为《基于信息理论来修正错误的高准确
RAPD分子标记的实验原理及操作流程
RAPD标记RAPD技术的全称是随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA),此技术建立于PCR基础之上,使用一系列具有10个左右碱基的单链随机引物,对基因组的DNA全部进行PCR扩增,以检测多态性。由于整个基因组存在众多反向重复序列,因此须对每一随机
通过毛细管电泳法是如何对DNA进行序列鉴定的
将提取出来的DNA物质(也称:DNA模板)与试剂混合,放在扩增仪中,使其基因链扩增,也就是把基因链扩展、放大得到几何倍数自我复制,让DNA浓度达到仪器可以检测识别的程度。
美科学家研发新技术可确定DNA序列源于母亲还是父亲
据物理学家组织网11月4日(北京时间)报道,美国科学家在最新一期的《自然·生物技术》杂志上撰文指出,他们研发出的一项新技术能成功解决DNA 测序领域的一个“疑难杂症”——确定某个特定的遗传序列来自母亲还是父亲。最新研究将有助于科学家们更好地评估基因变异对疾病的影响,加速器官捐赠的匹配过程并帮
双脱氧链终止法测定DNA序列实验原理、操作步骤和仪器...2
3.制备电泳凝胶及电泳(1)制备胶模:取双块制胶玻板,先用泡沫海绵沾“洗洁净”液仔细擦洗,用水彻底淋洗,干燥后继用酒精清洗,晾干,再用硅烷剂(repel- silane)将玻板的—面擦一遍,蒸馏水淋洗,干燥 (注意:清洗时应戴一次性手套操作)。将其中一块玻板平置台上(硅烷处理过的—面朝上),两侧各放
中国学者最新文章利用DNA序列鉴别隐性杂交种
物种自然杂交现象在自然界中普遍存在, 并被认为在适宜条件下可以多地独立发生. 2013年, 在云南元江采集的7种铁线蕨属植物中, 其中一种在形态上疑似台湾产梅山铁线蕨, 而该种被认为是以假鞭叶铁线蕨为母本、半月形铁线蕨为父本的自然杂交物种. 来自中国科学院上海辰山植物科学研究中心,上海师范大学
双脱氧链终止法测定DNA序列实验原理、操作步骤和仪器...3
3.单链模板的分离(1)沉淀M13:在上述M13培养物上清中,加入0.2倍体积的3.5mol/L醋酸铵/20%多聚乙二醇溶液,颠倒混匀数次,置冰浴30分钟。离心15-30分钟(11000g)可见白色噬菌体沉淀。小心除去上清液,可将试管倒置并吸去多余液体。(2)分离纯化模板:向沉淀中加入TE缓冲液10
放射性同位素标记的DNA序列测定分析
放射性同位素标记的DNA序列测定分析可应用于分析基因结构与功能关系。实验方法原理使用一种单链的DNA 模板或经变性的双链DNA 模板和一种恰当的DNA 合成引物。DNA 聚合酶利用单链的DNA 模板,合成出准确互补链,在合成时,某种dNTP换成了ddNTP,这时,DNA 聚合酶利用2’,3’-双脱氧
放射性同位素标记的DNA序列测定分析
测定DNA 的核苷酸序列是分析基因结构与功能关系的前提。从小片段重叠法到加减法、双脱氧链终止法、化学降解法、自动测序,DNA 测序技术发展很快。目前在实验室手工测序常用Sanger双脱氧链终止法。Sanger法就是使用DNA 聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA 核苷酸序列的方法。它要求使用一种
DNA序列测定技术(Sanger双脱氧链终止法与Maxam-Gilbert...4
序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA 化学降解法测序策略目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干组带放射性标记的
放射性同位素标记的DNA序列测定分析
放射性同位素标记的DNA序列测定分析 测定DNA的核苷酸序列是分析基因结构与功能关系的前提。从小片段重叠法到加减法、双脱氧链终止法、化学降解法、自动测序,DNA测序技术发展很快。目前在实验室手工测序常用Sanger双脱氧链终止法。Sanger法就是使用DNA聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA核苷
放射性同位素标记的DNA序列测定分析
实验方法原理 使用一种单链的DNA 模板或经变性的双链DNA 模板和一种恰当的DNA 合成引物。DNA 聚合酶利用单链的DNA 模板,合成出准确互补链,在合成时,某种dNTP换成了ddNTP,这时,DNA 聚合酶利用2’,3’-双脱氧
DNA序列测定技术(Sanger双脱氧链终止法与Maxam-Gilbert...3
3.DNA 聚合酶通常用于双脱氧法序列测定的有几种不同的酶,其中包括大肠杆菌DNA 聚合酶I的Klenow片段(Sanger等,1977),反转录酶(见文献,如Mieredorf和Prfeffer,1987)经过修饰消除了 3'→5'外节酶活性的T7噬菌体DNA 聚合酶(
DNA序列测定技术(Sanger双脱氧链终止法与Maxam-Gilbert...2
二、Maxam-Gilbert DNA 化学降解法与包括合成反应的链终止技术不同,Maxam-Gilbert法要对原DNA 进行化学降解。这一方法是在体外研究lac阻抑制与lac操纵基因相互作用时酝酿发展起来的。时至今日,可以探测DNA 构象的蛋白质-DNA 相到作用,仍然是Maxam- G
双脱氧链终止法测定DNA序列实验原理、操作步骤和仪器...1
[目的]掌握双脱氧链终止法测定DNA序列的原理与方法[原理]DNA聚合酶催化的DNA链延伸是在3’-OH末端上进行的。由于2’,3’-双脱氧三磷酸核苷酸(ddNTP)的3’-位脱氧而失去游离-OH,当它参入到DNA链后,3’-OH末端消失,使DNA链的延伸终止。本实验根据此原理,将待测DNA片段插入
关于实验仪器PCR板的介绍
PCR板是一种在聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)中主要作为参与扩增反应的引物、Taq DNA聚合酶、dNTP、模板核酸、Mg、缓冲液等的承载物。 PCR板材质 其本身材质在当今主要以聚丙烯(PP)为主,能更好适应PCR反应过程中反复高低温设定,并
赛默飞世尔参加第一届SBS中国峰会
赛默飞世尔科技(中国)公司专家携产品于2010年12月7-9日期间在上海浦东香格里拉大酒店参加了第一届主题为“新药研发与技术创新”SBS中国峰会。该次峰会大约有300位与会者,均为药物研发方面的专家。本次会议以研讨会形式向中国展示SBS的传统优势,与会期间,赛默飞世尔科技的技
全球首个!欧美克仪器获得思百吉集团首个SBS银牌认证!
Congratulations! 不负12个月的精益求精,珠海欧美克仪器团队一举拿下思百吉集团全球首个SBS银牌工厂的荣誉称号,交付了几近满分的成绩单!这份万众瞩目的答卷充分展示了欧美克仪器在生产效率和质量控制上卓越的运营成效!马尔文帕纳科Global Operation Vice Presi
挑战生物学以往观点-哺乳动物细胞可将RNA序列写入DNA
美国费城托马斯杰斐逊大学的研究人员首次发现,哺乳动物细胞可以将RNA序列转换回DNA,这在病毒中比真核细胞更常见。这一发现可能会挑战生物学长期以来的观点,并可能对生物学的众多领域产生广泛影响。相关研究发表在6月11日的《科学进展》杂志上。 细胞含有一种机制,它可以将DNA复制成一组新的DNA,
基因组所开发出编码蛋白质DNA序列并行比对工具ParaAT
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员,带领其团队成功开发出“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT(Parallel Alignment and back-Translation)”。该研究成果发表在Biochemical and Biop
用原位筛选法分离编码序列特异性DNA结合蛋白的cDNA
放射性标记DNA探针的制备l 聚丙烯酰胺凝胶的制备1.按照(三)中操作流程灌制非变性聚丙烯酰胺凝胶。将10×TBE稀释成0.5×的工作浓度。聚丙烯酰胺的工作浓度取决于待测DNA片段的大小,200bp左右的片段需要4~5%的凝胶,小于100bp的片段应灌制6~8%的凝胶。 l DN
PCR扩增反应三部曲以及DNA(靶序列)的制备的步骤
聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction PCR)是一种体外扩增特异性DNA片段的技术。它可以在体外特异地对目的基因进行大量扩增,其巧妙之处在预先设计合成二段分别与待测目的基因二端互补的引物,以起到指向定点的作用;再借助于DNA聚合酶催化的若干次扩增反应后,即可使特定的基