昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件
近日，中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合，相关的软件和网站服务发布在http://lab.malab.cn/soft/HPtree/上，软件可以安装在亚马逊（Amazon Cloud）等云计算平台。其技术报告发表在BMC System Biology上。 进化树，也称生物系统发育树或生命树。这一概念最早发源于19世纪中叶的古生物学研究，达尔文在《物种起源》中勾画了最早的进化树之一。对进化树广泛研究和构建则始于20世纪90年代，特别是在最近20年间，基因测序技术以及分子进化研究使得构建进化树成为进化生物学研究不可或缺的技术。达尔文进化论核心思想之一是地球上生命“同根”，即......阅读全文
巨型病毒点燃进化树之争
进化生物学家从来都不知道是什么制造了病毒，对它们的起源争论了十几年。但一组叫作Klosneuviruses的巨型病毒的新发现可能是“缺失的环节”，有助于解决争论——或者引发更多的争论。 2003年，研究人员报道发现了巨型病毒，并将其命名为Mimiviruses。其携带的基因表明，它们的原型可以
Science：鸟类进化树被改写
目前的鸟类进化树正在被美国最大的鸟类遗传学研究所改写。这项研究挑战了目前的分类，改变了我们对鸟类进化的认识，并提供了进行鸟类系统发育和比较研究的珍贵资源。 鸟类是目前研究得最多的动物之一，我们关于生物学的很多知识，从自然史到生态学、物种形成、繁殖等等，都来源于鸟类。尽管如此，鸟类的进化树还是备受争
NEJM：利用基因测序谱写“肿瘤进化树”
近几年来，肿瘤产生耐药突变以逃逸靶向治疗的假说已被业内科学家所默认。最近一段时间，几项重要的研究对这一假说进行了充分的证实，肿瘤学家Charles Swanton领导的肺癌癌症进化阻断计划（TRACERx）让耐药逃逸的假说逐渐为更多人所认可。 为了使TRACERx计划能够充分证实部分肿瘤细胞耐
PNAS：科学家构建肿瘤“进化树”
一个肿瘤内的个体细胞并不全是相同的。这可能听起来像是一个现代医学真理，但很久以前并不是这样，当时医生认为，从患者肿瘤采集的单一活检标本，能准确地反映整个肿瘤的生理和遗传构成。 研究人员开始意识到，癌症这种疾病是由相同的“适者生存”力量所驱动的，达尔文提出，适者生存推动了地球上生命的进化。然而，
《科学》：大规模遗传研究重塑鸟类进化树
朝确定鸟类谱系中主要分枝间进化关系的目标迈出了巨大一步 美国科学家近日进行了一项迄今为止规模最大的鸟类遗传学研究，重塑了鸟类进化树。这一研究的范围颇为广阔，许多鸟类的学名将会因之而改变，而生物学教科书和观鸟爱好者指南也不得不进行修订。相关论文发表在6月27日的《科学》（Science）杂志上。
18亿遗传密码重建开花植物进化树
为什么一项关于花花草草的研究，会被评价为“令人难以置信的成就”？英国皇家植物园领导的由279名科学家组成的国际团队，4月24日在《自然》杂志上发表了一篇新论文，公布了科学界对开花植物种系进化树的最新认识。这项研究利用了来自9500多个物种的18亿个遗传密码，覆盖了近8000个已知的开花植物属（约60
蛋白质数据+基因序列精准构建进化树
西班牙基因组调控研究中心的科学家们在最新一期《自然·通讯》上发表了一项创新研究，展示了如何利用蛋白质三维形状，解开生命中古老的“历史密码”，揭示了生命之树中最古老的进化关系。这项研究首次将蛋白质的形状数据与基因序列数据结合，提高了进化树的准确性。蛋白质结构解决“饱和问题”（艺术概念图）。图片来源：《
BMC－System－Biology发布超大规模进化树构建软件
中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合，相
昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件
近日，中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整
研究者构建了哺乳动物进化树中的更多分支
近日，在一项发表在PLOS Biology杂志上的新研究中，美国耶鲁大学的研究人员公布了一项对物种数据收集和分析方法的全面改革，以构建哺乳动物的生命进化树。该研究的目的是为科学家、动物保护管理者、政策制定者和环保主义者提供关于物种多样性过去与现在关系的更准确更全面的信息。 该研究第一作者、耶鲁
基于108种樟目植物基因组及序列构建九分支系统进化树
樟科（Lauraceae）是被子植物木兰亚纲（Magnoliidae）的重要类群，约有60属3500种，占木兰类植物种类的三分之一。当前，樟科分类系统问题尚未解决，先前基于部分形态学特征建立的无根藤亚科和樟亚科，以及樟亚科中的厚壳桂族、鳄梨族和月桂族备受争议。 为了确定樟科植物的族（tribe
多重序列比对及系统发生树的构建实验（二）
2. 文件outfile改为infile。点击DNADIST程序。选项M是输入刚才设置的republicate的数目，输入D选择data sets，输入200。设置好条件后，输入Y确认参数。程序开始运行，并在EXE文件夹中产生outfile，部分内容如下：将outfile文件名改为infile，为
多重序列比对及系统发生树的构建实验
实验方法原理 在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 实验步骤
多重序列比对及系统发生树的构建实验
实验方法原理在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤：1. 以FASTA格式准
多重序列比对及系统发生树的构建
【实验目的】1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识；2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法；3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。【实验原理】在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的
如何构建分析方法
小编在后台收到不少关于建树的问题，今天转载一篇PLoB的帖子，分享给大家，一起来看一下吧~ 方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Ma
多重序列比对及系统发生树的构建实验（一）
实验方法原理在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤：1. 以FASTA格式准
Nature：植物如何进化为对抗寒冷
近期研究人员发现了植物如何进化为对抗寒冷天气的新线索。在12月22日的Nature杂志上发表的一项研究中，研究人员构建了超过32,000种开花植物的进化树——迄今最大时间刻度的进化树。通过将此进化树，与冷冻暴露记录和数千种植物的叶片/茎干数据进行比较，研究人员能够重现，当植物在全球范围内传播时，
数学院等在贝叶斯模型选择渐进行为研究中取得进展
近日，中国科学院数学与系统科学研究院和英国伦敦大学科研人员合作的关于贝叶斯模型选择的渐进行为的研究成果，在线发表在PNAS上。研究表明，贝叶斯模型选择的病态渐进行为是使用贝叶斯方法进行物种进化树估计得到不合理结果的可能原因。 模型选择与假设检验是统计学中比较棘手的问题。经典统计与贝叶斯统计的处
5亿多年前动物已进化出发光能力
八放珊瑚展示的生物发光。图片来源：《英国皇家学会学报B》科技日报北京4月23日电 （记者张梦然）据美国史密森国家自然历史博物馆科学家的一项新研究，至少5.4亿年前，生物发光首先在一种海洋无脊椎动物中进化出来。23日发表在《英国皇家学会学报B》上的研究结果，将动物身上发光这一特征最早出现的时间提前了近
科学家揭示德保苏铁叶绿体基因组特征
广西大学植物生理生态与进化课题组在苏铁植物的基因组学研究方面取得新进展，首次用苏铁的叶绿体全基因组重建了苏铁植物的系统进化树，揭示托叶铁科为非单系起源，该研究成果近日发表在《科学报告》上。 据介绍，研究人员通过对德保苏铁展开二代测序，获得了德保苏铁基因组几百万条的短片段，用先进的算法进行组装，
进化枝的概念
进化枝（Clade）是指生命进化树上包括祖先分枝和所有子代分枝（branch）总和的一个群体分枝。比如说，概述图中蓝色和红色区域可以称为clade，而绿色区域不可以，因为他是一个不完整的群体，蓝色群体也是其子代。
Nature－Genetics：揭示肠癌早期转移最新证据
根据传统的癌症分期方法，癌症可以笼统地被分为早期、中期和晚期。这个分类方法不仅很好地概括了癌症的特点，还通俗易懂地向大众传递了癌症的严重程度。然而近日发表于Nature Genetics的研究对上述分类提出质疑。 来自美国斯坦福大学医学院的医学和遗传学助理教授Christina Curtis联
Nature子刊发表研究揭示肠癌早期转移最新证据
根据传统的癌症分期方法，癌症可以笼统地被分为早期、中期和晚期。这个分类方法不仅很好地概括了癌症的特点，还通俗易懂地向大众传递了癌症的严重程度。然而近日发表在Nature Genetics上的研究对上述分类提出质疑。 来自美国斯坦福大学医学院的医学和遗传学助理教授Christina Curtis
Nature：测序揭示独一无二的神经系统
2013 年，佛罗里达大学的研究团队曾经在《科学》（Science）杂志上发表文章，通过一种栉水母（Mnemiopsis leidyi）的基因组撼动了进化树的根基，那篇文章一经发表就引起了热议。现在，他们又在《自然》（Nature）杂志上发布了另一种栉水母的基因组草图，再次验证了自己的观点。
动物没耳朵前就会“说话”
提到动物王国中最“健谈”的生物，人们可能会想到鸣禽、海豚，包括人类自身。而龟这种在人们印象中“沉默寡言”的动物可能不会被囊括其中。但事实上，这种魅力十足的爬行动物会通过大量的点击声、鼻息声和咯咯声进行交流。通过记录龟和其他被认为安静的动物的“声音”，科学家得出结论，从鸟鸣到狮吼，所有陆地脊椎动物发声
蚂蚁5000万年前会种庄稼－分泌抗生素做农药
北京时间3月26日消息，据国外媒体报道，美国的科学家日前称，他们最近在观察和研究中发现，蚂蚁一定程度上和人类社会的农夫非常相似，它们在5000万年就会种植“庄稼”，并且还懂得“施肥”和“除草”。但有趣的是，这些“庄稼”不是稻米小麦，而是可供蚂蚁食用的各种菌类。 资料图：切叶蚁正在搬运树叶(来源
小蝴蝶大学问－下一代DNA测序技术揭示蝴蝶进化史
最近，美国佛罗里达大学科学家对一些常见蝴蝶和飞蛾的将近3000个基因进行跟踪研究，一直追溯到它们最古老的祖先，并制作出一份涵盖广泛的“鳞翅目树”——这也是首次利用大范围下一代DNA测序技术进行的研究。相关论文在线发表于近日的英国《皇家学会会刊B辑：生物科学》上。 这次研究揭示出许多令人吃惊的发
通过质谱分析发现两百万年前牙齿内含最古老人族基因
人族指人类及其古老的亲属，大约700万年前出现在非洲。据《自然》网站10日报道，在一项最新研究中，来自丹麦和南非的科学家从生活在200万年前的非洲原始人罗百氏傍人的牙齿化石中提取到了其基因信息，这是迄今发现的最古老的人族基因，将基因记录追溯到了以前无法企及的时间。描述相关蛋白质序列的论文已经提交
动物所在物种进化历史分歧时间估算方法研究中取得进展
物种分歧时间估算一直是生命之树（Tree of Life）进化历史研究中具挑战性的热点工作。分析过程通常涉及：核苷酸序列数据的系统发育分析；在重建的系统发育树的基础上，基于化石信息校准内部节点时点区间。在现有的绝大多数利用基因或基因组数据开展的工作中，来自化石或生物地质事件的外在时间校准信息多由